genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18577123--18577296	48	3.5	46	80	10	161	24	16	28	31	1.96
18583588--18583618	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
18592535--18592676	62	2.3	63	83	1	178	28	27	21	22	1.99
18593353--18593611	126	2.1	125	92	2	439	54	11	18	15	1.70
18595868--18595902	6	5.8	6	93	0	61	45	2	0	51	1.16
18596082--18596156	37	2.1	36	92	2	123	49	20	4	26	1.66
18597740--18597912	94	1.8	95	81	7	219	38	11	12	36	1.80
18597892--18598444	288	1.9	288	85	2	763	42	11	13	32	1.80
18602692--18603047	195	1.8	195	82	4	459	43	13	10	32	1.78
18604726--18604775	26	1.9	26	95	0	91	38	12	8	42	1.71
18604833--18604879	13	3.6	13	72	11	51	51	12	6	29	1.65
18607081--18607120	17	2.4	17	91	8	64	15	30	42	12	1.83
18608063--18608132	28	2.5	28	86	2	88	32	20	24	22	1.97
18608456--18608759	27	11.4	26	79	9	256	16	17	22	43	1.88
18608467--18608761	107	2.8	107	84	5	384	15	17	22	44	1.87
18608467--18608759	80	3.7	80	82	4	347	16	17	22	44	1.86
18610972--18611267	98	3.0	96	71	11	269	43	14	10	31	1.79
18610922--18611391	194	2.4	193	79	2	521	43	12	10	33	1.78
18613210--18613296	39	2.3	38	84	5	106	33	14	13	37	1.86
18613319--18613383	32	2.0	32	87	0	94	27	24	6	41	1.78
18617820--18617883	32	2.0	32	87	0	92	25	25	6	43	1.77
18621351--18621388	17	2.2	17	95	0	67	52	13	0	34	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18624576--18624612	3	12.0	3	88	5	56	64	2	0	32	1.07
18627638--18627694	28	2.0	28	100	0	114	49	7	14	29	1.69
18630311--18630466	52	3.0	52	100	0	312	40	13	17	28	1.87
18632026--18632090	32	2.0	33	90	3	105	61	6	15	16	1.53
18637419--18637464	24	2.0	23	86	4	65	28	10	2	58	1.43
18637759--18637819	19	3.2	19	80	13	63	36	1	0	62	1.05
18637768--18637819	21	2.6	21	85	11	65	36	1	0	61	1.07
18637881--18637921	21	2.0	21	85	9	57	21	4	2	70	1.18
18642409--18642450	16	2.6	16	88	3	57	57	2	0	40	1.12
18642505--18642534	15	2.0	15	93	0	51	50	0	6	43	1.28
18647480--18647523	19	2.3	19	84	7	54	13	4	18	63	1.46
18651067--18651117	21	2.3	22	80	10	59	54	0	1	43	1.11
18650995--18651152	86	1.8	86	88	8	241	45	3	0	50	1.22
18651737--18651823	40	2.1	41	83	6	106	33	21	18	26	1.96
18654470--18654514	22	2.0	23	91	8	74	33	24	6	35	1.82
18654479--18654550	22	3.3	22	78	3	74	34	20	8	36	1.83
18654570--18654660	22	4.0	22	74	8	67	32	21	9	35	1.87
18654623--18654673	22	2.3	22	82	0	66	39	19	7	33	1.81
18654604--18654802	103	1.9	103	87	2	292	32	20	11	35	1.89
18654479--18654776	125	2.4	125	80	3	321	33	20	11	35	1.88
18654717--18654774	22	2.6	22	83	0	62	34	29	8	27	1.87
18654628--18654824	103	1.9	103	89	0	304	31	20	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18654978--18655114	29	4.7	29	87	0	211	33	26	13	26	1.94
18654978--18655115	58	2.4	58	97	0	267	34	26	13	26	1.93
18661998--18662045	22	2.1	23	81	11	55	25	10	6	58	1.54
18662470--18662516	20	2.5	19	75	6	51	40	2	2	55	1.24
18662743--18662806	13	4.9	13	86	0	92	40	25	7	26	1.82
18668843--18668901	27	2.1	28	81	9	68	25	3	6	64	1.34
18668965--18668993	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
18669317--18669362	23	2.0	23	100	0	92	30	4	8	56	1.49
18674157--18674226	19	3.7	19	81	9	72	52	7	0	40	1.29
18674157--18674214	20	3.1	19	85	5	73	51	8	0	39	1.33
18674145--18674215	20	3.5	20	75	9	65	54	8	0	36	1.31
18675404--18675694	144	2.0	144	95	1	530	41	14	14	29	1.86
18679603--18679786	49	3.8	48	73	9	149	28	15	28	26	1.96
18679602--18679791	98	1.9	98	79	4	213	28	15	28	26	1.96
18680036--18680164	48	2.7	48	90	0	204	37	3	19	39	1.70
18680036--18680180	48	3.0	47	82	7	175	35	3	19	41	1.68
18687454--18687489	15	2.3	16	90	4	56	50	0	2	47	1.15
18687454--18687495	13	2.9	14	86	10	50	45	0	2	52	1.13
18688448--18688473	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
18689132--18689195	21	3.1	20	77	16	60	60	3	1	34	1.22
18689132--18689195	23	3.0	21	82	10	76	60	3	1	34	1.22
18689140--18689187	11	4.3	11	78	5	51	64	4	2	29	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18689125--18689195	9	7.1	9	72	20	52	57	4	1	36	1.27
18690310--18690671	113	3.2	112	77	7	399	32	16	21	28	1.95
18690486--18691130	188	3.3	188	75	12	654	33	15	21	29	1.94
18690969--18691206	75	3.2	75	82	5	338	29	15	22	32	1.95
18691630--18691666	7	5.6	7	87	12	60	16	0	51	32	1.45
18691630--18691666	12	2.9	12	92	8	56	16	0	51	32	1.45
18691635--18691682	19	2.4	20	86	6	62	20	0	47	31	1.50
18691630--18691681	26	2.0	26	84	0	68	21	0	46	32	1.52
18691766--18691841	7	10.9	7	72	10	57	21	0	44	34	1.52
18691766--18691850	21	4.2	20	78	14	68	21	0	43	35	1.53
18692038--18692091	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
18692086--18692130	20	2.2	20	84	7	56	60	6	6	26	1.47
18692154--18692245	47	2.0	47	82	0	112	43	6	3	46	1.45
18692522--18692947	198	2.2	198	91	1	685	29	16	19	34	1.94
18694171--18694214	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
18694218--18694305	7	12.3	7	78	4	95	5	11	11	71	1.29
18694218--18694305	21	4.1	21	86	2	113	5	11	11	71	1.29
18694220--18694304	43	2.0	43	88	9	129	5	11	11	70	1.32
18694752--18694803	13	4.0	13	87	9	70	44	9	3	42	1.55
18694771--18695173	53	7.6	53	70	13	231	39	9	5	45	1.61
18695019--18695060	13	3.2	13	90	6	59	45	7	4	42	1.52
18694751--18695474	267	2.7	267	97	0	1367	39	10	5	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18695286--18695328	13	3.3	13	90	6	61	46	6	4	41	1.51
18695305--18695437	53	2.5	53	88	0	203	38	11	6	44	1.65
18695585--18695826	9	27.8	9	70	14	150	45	19	3	31	1.68
18695585--18695680	34	2.7	35	81	15	108	45	21	3	29	1.67
18695735--18695834	25	4.0	25	73	7	85	46	18	3	33	1.64
18701366--18701405	12	3.3	12	96	0	71	40	17	40	2	1.63
18701873--18702056	42	4.3	42	86	2	226	25	21	20	32	1.97
18701873--18702056	85	2.2	85	84	3	228	25	21	20	32	1.97
18702128--18702170	22	2.0	22	90	0	68	48	23	13	13	1.79
18705793--18705911	57	2.1	58	82	4	143	29	20	5	45	1.72
18708434--18708590	49	3.2	49	75	13	137	35	14	27	23	1.93
18708379--18708567	98	1.9	98	81	8	224	35	13	24	26	1.92
18711848--18711892	20	2.2	20	84	0	54	22	17	0	60	1.37
18713927--18715022	547	2.0	545	97	0	2084	40	12	12	34	1.80
18717137--18717228	23	3.8	26	80	12	99	41	21	21	15	1.90
18717148--18717228	23	3.4	23	87	5	108	40	22	22	14	1.90
18717265--18717355	26	3.5	26	82	7	105	36	18	21	23	1.95
18717412--18717540	64	2.0	64	90	0	204	35	24	20	19	1.95
18720161--18720236	21	3.7	21	75	10	93	40	0	10	48	1.38
18720163--18720240	41	1.9	41	97	0	147	39	0	10	50	1.37
18724788--18724833	23	1.9	25	86	8	69	41	6	0	52	1.27
18726135--18726168	15	2.3	15	94	0	59	55	11	0	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18731050--18731086	6	6.0	6	87	6	56	81	0	18	0	0.70
18735645--18735708	31	2.1	31	82	11	78	54	1	4	39	1.31
18735726--18735792	31	2.2	31	83	5	82	56	1	4	37	1.29
18737604--18737895	46	6.6	46	90	7	462	29	21	15	33	1.94
18737608--18737874	85	3.1	85	90	5	396	29	20	16	33	1.94
18737604--18737895	131	2.2	132	90	6	466	29	21	15	33	1.94
18743022--18743097	22	3.5	22	68	13	57	46	3	17	32	1.66
18744952--18744990	18	2.2	18	86	9	53	20	15	35	28	1.93
18746196--18746264	31	2.3	31	89	2	113	44	14	8	31	1.75
18748083--18748112	15	2.0	15	100	0	60	33	26	0	40	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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