genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24251573--24251647	23	3.2	24	73	24	72	26	5	1	66	1.21
24251567--24251663	43	2.3	40	77	19	99	26	4	1	68	1.14
24252740--24252780	17	2.5	16	84	4	55	80	4	2	12	0.97
24256415--24256469	28	1.9	29	85	3	76	9	12	7	70	1.32
24258704--24258843	40	3.5	40	72	6	115	31	24	17	27	1.97
24259273--24259318	23	2.0	23	95	4	83	0	26	0	73	0.83
24259270--24259344	4	18.2	4	74	15	55	2	24	1	72	1.06
24260296--24260324	15	1.9	15	100	0	58	55	0	10	34	1.34
24260538--24260570	13	2.7	12	95	4	57	69	0	3	27	1.03
24261789--24261822	14	2.4	14	90	0	59	0	5	35	58	1.22
24266355--24266620	107	2.5	107	81	0	298	25	17	24	31	1.97
24279021--24279096	14	5.4	14	81	12	93	34	3	0	61	1.14
24279011--24279096	28	3.0	31	81	14	112	33	3	0	62	1.12
24279021--24279149	45	3.0	42	85	9	170	34	3	0	62	1.11
24279060--24279126	14	4.6	14	75	23	57	35	4	0	59	1.18
24279903--24279928	11	2.4	11	100	0	52	26	46	0	26	1.53
24288421--24288574	75	2.1	75	80	4	168	43	7	6	42	1.57
24300185--24300242	22	2.6	22	80	2	71	5	6	17	70	1.28
24300795--24300828	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
24301613--24301663	23	2.2	23	86	6	68	47	5	0	47	1.26
24301678--24301716	20	2.0	20	90	5	62	46	2	0	51	1.14
24301809--24301859	8	5.8	9	86	9	61	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24302271--24302309	21	1.9	21	94	5	71	35	2	0	61	1.10
24302272--24302316	20	2.2	20	84	7	56	35	2	0	62	1.08
24302270--24302316	21	2.3	20	85	3	67	36	2	0	61	1.08
24307847--24307964	29	4.2	29	75	12	120	31	15	23	29	1.95
24307854--24307962	55	2.0	56	87	1	157	32	14	24	28	1.95
24307800--24307964	84	2.0	84	86	2	233	32	15	23	28	1.95
24313163--24313215	22	2.4	22	87	0	70	13	11	24	50	1.73
24317736--24317794	27	2.2	27	87	0	82	27	23	11	37	1.90
24320010--24320067	24	2.5	24	91	2	91	15	20	24	39	1.91
24323883--24323907	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24328216--24328241	12	2.2	12	100	0	52	46	30	7	15	1.74
24329344--24329456	19	5.8	19	91	4	190	37	10	15	36	1.83
24329344--24329463	40	3.2	38	90	6	190	37	10	15	36	1.81
24329345--24329456	59	1.9	59	96	0	206	37	10	15	36	1.82
24330932--24331126	98	2.0	98	92	2	329	28	9	25	36	1.87
24335610--24335645	13	2.8	12	88	12	54	88	8	0	2	0.59
24336916--24337172	132	1.9	132	93	1	444	29	21	25	24	1.99
24337157--24337714	44	12.9	44	71	10	312	29	19	22	28	1.98
24337160--24337765	217	2.8	217	91	2	984	29	19	23	28	1.98
24337164--24337714	84	6.4	87	71	12	259	29	19	23	28	1.98
24337289--24337616	173	1.9	173	82	5	412	28	19	23	28	1.98
24337931--24338021	19	4.8	19	90	1	139	37	10	16	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24338766--24338819	23	2.2	24	83	6	74	31	7	3	57	1.44
24339487--24339681	98	2.0	98	92	2	329	28	10	24	36	1.89
24340149--24340315	55	3.0	55	98	0	316	43	13	7	35	1.72
24341202--24341300	25	4.0	25	75	10	80	19	25	20	35	1.95
24344406--24344449	17	2.6	18	78	10	56	50	0	0	50	1.00
24344406--24344448	11	3.8	11	79	14	52	48	0	0	51	1.00
24375167--24375204	19	2.0	19	94	0	67	10	18	36	34	1.85
24385788--24385829	21	2.0	22	90	4	68	54	4	0	40	1.21
24385846--24385911	19	3.6	17	75	20	62	46	0	0	53	1.00
24385847--24385918	36	1.9	38	86	5	103	48	0	0	51	1.00
24390152--24390199	25	2.0	25	88	12	73	54	2	0	43	1.12
24391973--24392005	15	2.1	16	88	11	50	12	9	24	54	1.66
24395431--24395474	20	2.1	21	83	4	54	59	0	36	4	1.18
24399679--24399731	18	3.0	18	77	2	63	35	3	28	32	1.75
24404549--24404596	19	2.6	18	87	12	62	41	4	31	22	1.73
24405233--24405266	5	6.6	5	86	6	50	38	0	0	61	0.96
24410849--24410918	33	2.1	33	94	0	122	17	8	31	42	1.79
24410864--24410933	33	2.1	33	86	0	95	22	8	31	37	1.85
24411386--24411419	11	3.2	11	83	8	52	52	5	26	14	1.64
24412993--24413020	12	2.3	12	100	0	56	53	17	0	28	1.44
24445053--24445148	44	2.2	45	83	10	119	77	7	0	15	0.98
24445027--24445131	6	16.8	6	87	9	104	77	7	0	14	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24445027--24445148	32	3.9	31	75	16	117	77	8	0	13	1.04
24446810--24446859	8	6.4	8	84	11	68	74	0	2	24	0.93
24446793--24446859	16	4.3	15	83	7	80	71	0	2	25	1.00
24446799--24446870	35	2.0	37	81	10	87	70	0	5	23	1.08
24453542--24453581	12	3.3	12	85	0	53	75	5	0	20	0.99
24455122--24455158	19	1.9	19	88	0	56	43	21	16	18	1.88
24456499--24456528	5	6.2	5	92	7	53	0	23	0	76	0.78
24457250--24457287	11	3.3	12	78	14	53	23	26	5	44	1.74
24463660--24463709	27	1.9	27	84	8	68	40	4	4	52	1.39
24464238--24464271	17	2.0	17	88	0	50	38	2	0	58	1.13
24471952--24472174	109	2.0	109	95	0	401	34	16	29	20	1.94
24475668--24475910	50	4.8	50	89	0	360	20	32	21	25	1.98
24482530--24482667	41	3.4	41	88	0	204	28	23	14	33	1.94
24491096--24491136	17	2.4	18	84	12	59	19	7	0	73	1.07
24494707--24494768	28	2.3	27	86	8	81	30	25	22	20	1.98
24494858--24494964	26	4.1	26	83	4	135	36	24	18	20	1.95
24497390--24497430	18	2.3	18	86	0	55	21	17	17	43	1.87
24497392--24497437	24	1.9	24	86	0	65	26	13	17	43	1.85
24502881--24502927	22	2.1	22	84	7	60	76	0	2	21	0.89
24506707--24506876	32	5.4	32	78	4	166	37	20	22	20	1.95
24507141--24507279	27	5.1	27	83	0	152	25	19	20	35	1.96
24509491--24509533	17	2.5	18	85	11	63	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24509495--24509533	13	2.9	13	88	3	51	23	0	0	76	0.78
24510563--24510645	17	4.8	17	70	21	66	73	0	6	20	1.04
24510555--24510638	25	3.3	26	76	15	86	71	0	7	21	1.09
24510563--24510638	4	18.5	4	77	17	50	72	0	6	21	1.07
24510563--24510647	16	5.2	16	70	17	52	72	0	5	21	1.05
24515670--24515825	42	3.7	43	77	5	147	23	17	28	30	1.97
24521418--24521573	42	3.7	43	78	5	147	25	17	26	30	1.98
24527252--24527361	42	2.6	42	86	4	141	24	17	26	31	1.97
24527213--24527369	43	3.7	43	80	7	167	25	17	26	31	1.97
24527591--24527790	100	2.0	100	100	0	400	27	13	17	43	1.85
24531555--24531692	72	1.9	73	90	1	224	30	19	18	31	1.96
24531838--24532040	106	1.9	106	85	5	284	30	15	18	35	1.92
24533648--24533711	25	2.6	25	78	7	67	20	21	15	42	1.89
24533681--24533899	49	4.4	50	75	10	173	17	24	20	37	1.93
24533697--24533899	25	8.2	25	70	13	111	16	24	20	37	1.93
24533692--24533874	98	1.9	98	82	8	230	16	24	20	38	1.93
24533697--24533932	25	9.6	25	70	9	110	18	24	21	36	1.95
24536454--24536491	13	2.8	14	80	19	53	65	7	5	21	1.38
24538264--24538304	18	2.3	18	84	12	57	63	14	4	17	1.47
24538465--24538491	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
24540017--24540349	50	6.7	50	69	2	204	25	20	20	33	1.97
24539985--24540371	100	3.9	100	85	0	470	25	20	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24540506--24540829	132	2.5	131	93	2	567	29	25	17	27	1.98
24540598--24540790	44	4.4	43	67	13	124	27	25	18	28	1.98
24540841--24541040	87	2.3	89	90	3	316	23	24	27	25	2.00
24543732--24543797	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
24547232--24547385	28	5.5	28	90	1	220	26	12	27	33	1.92
24562042--24562195	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
24565626--24565692	29	2.4	29	71	14	68	61	4	0	34	1.16
24566970--24567036	29	2.4	29	71	14	68	61	4	0	34	1.16
24568388--24568428	18	2.3	18	84	12	57	63	14	4	17	1.47
24568588--24568614	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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