genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1092941--1092996	4	14.2	4	73	3	51	67	5	26	0	1.11
1092896--1092989	34	2.6	35	81	8	109	64	7	27	0	1.20
1094008--1094091	25	3.5	24	82	9	93	15	22	20	41	1.89
1094020--1094088	22	3.0	22	82	6	75	14	23	21	40	1.90
1094708--1094748	22	1.9	22	85	14	59	41	2	7	48	1.44
1094902--1094935	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
1103586--1103615	13	2.2	14	94	5	53	76	3	13	6	1.11
1120959--1120998	7	5.9	7	88	5	64	75	0	0	25	0.81
1120979--1121014	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
1131344--1131384	19	2.2	19	86	8	57	39	4	4	51	1.45
1136175--1136235	29	2.1	29	82	11	72	40	8	4	45	1.55
1143285--1143327	22	2.0	22	86	9	61	58	6	11	23	1.57
1147265--1147357	18	5.2	18	88	0	132	30	22	13	33	1.93
1152967--1153016	25	2.0	25	84	0	64	58	6	10	26	1.54
1153541--1153583	19	2.3	20	80	11	56	16	4	13	65	1.43
1157541--1157598	24	2.5	24	83	5	66	36	0	3	60	1.14
1158945--1158984	19	2.1	19	95	4	71	62	0	0	37	0.95
1162053--1162136	29	2.9	28	84	5	114	10	25	38	26	1.88
1167757--1167782	12	2.2	12	100	0	52	7	7	34	50	1.60
1169530--1169572	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
1169530--1169572	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
1173618--1173710	18	5.2	18	81	0	114	33	13	22	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1173618--1173710	36	2.6	36	85	0	132	33	13	22	30	1.93
1174243--1174285	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
1174243--1174285	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
1176273--1176345	36	2.0	36	100	0	146	34	16	24	24	1.95
1177181--1177253	36	2.0	36	100	0	146	34	24	13	27	1.93
1177779--1177837	20	3.0	19	78	11	66	52	6	3	37	1.45
1192776--1192881	41	2.6	41	86	0	131	34	25	20	18	1.96
1202996--1203031	18	2.0	18	88	0	54	38	27	0	33	1.57
1205908--1205957	15	3.6	14	78	21	52	52	2	10	36	1.47
1205962--1206016	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
1206309--1206346	3	12.3	3	88	5	58	65	0	0	34	0.93
1207180--1207248	35	2.0	35	100	0	138	20	11	50	17	1.76
1207850--1208493	74	8.7	74	86	3	798	31	20	15	32	1.94
1208362--1208878	193	2.7	193	93	2	876	34	21	13	29	1.93
1219973--1220005	15	2.3	15	89	5	50	72	9	0	18	1.10
1220722--1221240	18	28.1	18	64	16	120	45	10	12	31	1.76
1220716--1220982	17	15.3	17	67	13	114	41	10	14	33	1.79
1220761--1220930	88	1.9	88	81	7	202	41	11	13	34	1.80
1220716--1220929	35	6.2	35	73	8	127	43	10	13	32	1.78
1220995--1221034	21	1.9	21	94	0	71	42	10	12	35	1.76
1220996--1221052	21	2.8	20	81	7	60	49	8	8	33	1.65
1221083--1221172	39	2.3	37	80	12	99	50	8	4	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1221150--1221236	35	2.5	35	81	3	104	48	13	10	27	1.75
1221151--1221246	17	5.5	17	75	9	86	48	13	11	26	1.76
1221197--1221289	20	4.9	19	72	7	59	40	11	11	35	1.79
1221823--1221890	8	8.5	8	85	9	86	0	19	0	80	0.70
1221823--1221886	15	4.1	15	91	6	92	0	18	0	81	0.70
1221826--1221903	23	3.3	23	85	5	95	0	17	1	80	0.77
1222005--1222049	11	4.0	11	88	5	72	0	8	8	82	0.85
1222005--1222049	23	2.0	22	91	4	72	0	8	8	82	0.85
1222074--1222116	18	2.3	18	88	4	59	2	13	51	32	1.54
1222168--1222226	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
1222158--1222225	16	4.1	16	87	7	91	0	29	0	70	0.87
1222158--1222222	34	1.9	33	87	3	94	0	29	0	70	0.87
1222327--1222369	18	2.4	18	88	0	59	13	9	6	69	1.35
1222584--1222700	30	3.9	30	78	7	96	45	4	21	29	1.71
1222599--1222700	30	3.4	30	83	2	125	45	4	21	28	1.72
1222696--1222732	15	2.4	16	90	4	58	24	0	2	72	0.97
1227422--1227515	31	3.0	31	98	0	179	52	4	28	14	1.61
1230384--1230435	25	2.1	25	82	7	61	51	7	13	26	1.67
1233101--1233141	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1236860--1236920	31	2.0	31	87	6	88	8	1	4	85	0.80
1236856--1236943	18	4.9	18	76	18	69	13	1	3	81	0.87
1252383--1252437	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1252732--1252769	3	12.3	3	88	5	58	65	0	0	34	0.93
1252735--1252767	16	2.1	16	94	0	57	66	0	0	33	0.92
1252732--1252769	19	2.0	19	94	0	67	65	0	0	34	0.93
1253604--1253672	35	2.0	35	97	0	129	21	11	49	17	1.78
1262536--1262567	17	1.9	17	93	6	57	71	6	18	3	1.20
1266855--1266958	50	2.1	50	98	0	199	37	15	11	35	1.84
1268408--1268734	164	2.0	161	89	2	503	29	17	10	43	1.82
1268837--1268891	23	2.3	23	79	11	58	49	7	7	36	1.58
1269090--1269137	24	2.0	24	100	0	96	54	12	12	20	1.70
1270402--1270453	17	3.0	17	78	15	54	11	3	7	76	1.12
1272467--1272505	19	2.1	19	95	0	69	38	15	5	41	1.69
1279218--1279355	69	2.0	69	94	1	242	13	15	6	63	1.49
1279233--1279345	22	5.0	23	67	19	58	15	13	6	65	1.45
1279342--1279368	10	2.7	10	100	0	54	0	11	0	88	0.50
1279310--1279357	22	2.2	21	78	10	53	12	8	4	75	1.18
1280704--1281021	169	1.9	169	80	5	374	31	17	21	29	1.96
1283921--1283969	18	2.7	17	81	12	62	53	0	0	46	1.00
1286091--1286194	50	2.1	50	98	0	199	37	16	11	34	1.85
1287727--1287789	34	1.9	32	87	9	92	23	17	6	52	1.67
1288525--1288574	21	2.4	22	83	6	59	16	8	18	58	1.62
1289140--1289178	19	2.1	19	95	0	69	35	15	2	46	1.60
1290389--1290527	46	3.0	45	85	4	179	32	27	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1301065--1301098	17	2.0	17	88	0	50	26	26	0	47	1.53
1304623--1304940	169	1.9	169	81	3	390	32	17	22	27	1.96
1306703--1306767	18	3.7	18	81	4	71	47	0	6	46	1.27
1306710--1306769	18	3.3	18	80	0	75	45	0	5	50	1.23
1307004--1307077	22	3.4	22	67	20	64	56	13	5	24	1.58
1314795--1314830	18	2.0	18	88	0	54	38	27	0	33	1.57
1324316--1324349	15	2.2	16	89	5	52	64	0	0	35	0.94
1325673--1325865	37	5.0	37	84	11	255	25	22	15	36	1.94
1325782--1326050	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
1325825--1326044	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
1325782--1326050	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
1329173--1329481	49	5.9	50	79	12	327	32	31	13	22	1.93
1329257--1329482	58	4.0	58	87	10	362	31	31	13	23	1.93
1329208--1329481	107	2.6	107	95	0	485	32	31	13	22	1.93
1329373--1329463	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
1330740--1330890	37	3.9	37	85	9	171	26	21	15	36	1.93
1330808--1331076	46	5.6	46	84	10	340	28	21	14	35	1.93
1330851--1331070	52	4.3	52	84	8	290	27	22	14	35	1.92
1330808--1331076	98	2.7	98	92	0	448	28	21	14	35	1.93
1334200--1334508	49	5.9	50	79	12	327	32	31	13	22	1.93
1334284--1334509	58	4.0	58	87	10	362	31	31	13	23	1.93
1334235--1334508	107	2.6	107	95	0	485	32	31	13	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1334400--1334490	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
1335767--1335917	37	3.9	37	85	9	171	26	21	15	36	1.93
1335835--1336103	46	5.6	46	84	10	340	28	21	14	35	1.93
1335878--1336097	52	4.3	52	84	8	290	27	22	14	35	1.92
1335835--1336103	98	2.7	98	92	0	448	28	21	14	35	1.93
1347726--1347771	2	23.0	2	90	0	65	43	0	56	0	0.99
1353742--1353814	5	14.8	5	74	18	64	38	0	4	57	1.18
1353772--1353814	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
1353819--1353858	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
1354727--1354860	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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