genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9261581--9261633	25	2.2	24	86	3	70	13	11	9	66	1.46
9264171--9264316	37	4.0	37	92	5	235	25	21	16	36	1.94
9264280--9264646	46	7.6	46	86	7	437	29	22	14	34	1.93
9264323--9264640	52	6.3	52	86	7	417	28	22	13	34	1.93
9264280--9264632	196	1.8	196	92	0	598	28	22	14	34	1.93
9264280--9264646	98	3.7	97	84	9	492	29	22	14	34	1.93
9272434--9272466	17	2.0	17	88	5	50	57	9	0	33	1.30
9273180--9273259	36	2.2	37	80	8	85	42	1	2	53	1.22
9277932--9279514	397	4.0	396	88	2	2223	28	24	19	28	1.98
9277932--9279514	662	2.4	660	89	3	2362	28	24	19	28	1.98
9277932--9279514	132	12.0	132	88	2	2223	28	24	19	28	1.98
9280784--9280827	7	6.3	7	80	19	56	13	15	0	70	1.17
9281780--9281820	20	2.0	20	86	9	57	63	4	17	14	1.47
9289384--9289437	23	2.4	23	87	6	76	59	7	1	31	1.36
9289387--9289456	3	23.3	3	74	11	63	61	5	1	31	1.28
9289921--9289958	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
9290448--9290472	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
9290977--9291589	44	13.8	45	72	13	172	27	22	19	30	1.98
9290901--9291242	188	1.8	187	91	3	571	27	20	19	32	1.96
9291165--9291587	87	4.9	88	74	9	287	27	23	20	29	1.99
9307914--9307949	17	2.1	17	90	10	56	58	0	8	33	1.28
9308089--9308121	16	2.0	17	88	5	50	63	9	3	24	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9318578--9318617	20	2.0	21	85	5	55	57	5	17	20	1.58
9321426--9321456	13	2.3	14	94	5	55	58	6	0	35	1.24
9326767--9326800	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
9329601--9329641	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
9331547--9331580	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
9332748--9332857	41	2.7	40	84	2	141	22	19	29	29	1.98
9333254--9333286	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
9333421--9333473	7	7.7	7	85	4	63	15	1	43	39	1.57
9333512--9333555	14	3.1	14	83	0	52	20	0	43	36	1.52
9333661--9333703	7	6.1	7	83	0	59	23	0	48	27	1.51
9333666--9333708	21	2.0	21	90	0	68	23	0	44	32	1.54
9337869--9337938	26	2.6	27	91	6	108	41	10	1	47	1.46
9337938--9337962	9	2.8	9	100	0	50	92	8	0	0	0.40
9338017--9338083	27	2.5	27	90	0	107	28	28	26	16	1.97
9338123--9338253	4	32.2	4	71	18	85	69	0	30	0	0.89
9338119--9338286	24	7.0	23	70	24	91	69	0	30	0	0.89
9338136--9338182	14	3.4	14	81	0	67	63	0	36	0	0.94
9338151--9338292	10	13.6	10	69	21	69	71	0	28	0	0.87
9338119--9338267	5	31.0	5	71	18	61	67	0	32	0	0.91
9338151--9338292	44	3.4	44	78	16	174	71	0	28	0	0.87
9338191--9338295	22	4.9	22	70	19	71	72	0	27	0	0.85
9339003--9339034	16	2.0	16	100	0	64	62	0	25	12	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9339323--9339889	158	3.5	159	73	15	556	49	7	12	30	1.67
9339129--9339915	320	2.5	320	93	1	1330	49	7	12	30	1.68
9344680--9344731	26	2.0	26	92	0	86	28	32	23	15	1.95
9344659--9345017	103	3.5	103	87	3	506	32	28	19	19	1.96
9344890--9344939	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
9345345--9345409	30	2.2	29	81	8	76	32	27	6	33	1.82
9352247--9352607	104	3.5	104	88	2	519	32	29	19	18	1.96
9355538--9355575	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
9355642--9355680	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
9355821--9355902	27	3.0	27	89	0	128	15	30	28	25	1.96
9355959--9356029	27	2.7	26	85	6	99	46	0	9	43	1.37
9356019--9356054	18	1.9	19	88	5	56	27	0	2	69	1.02
9356011--9356056	11	4.5	11	74	20	55	34	0	2	63	1.07
9357133--9357175	15	2.9	14	83	10	50	46	0	4	48	1.22
9357178--9357399	86	2.6	86	83	5	279	22	19	28	29	1.98
9357176--9357399	43	5.2	43	83	4	249	22	19	28	29	1.98
9357454--9357520	34	1.9	35	85	8	93	38	25	1	34	1.65
9359268--9359334	33	2.0	33	100	0	134	28	8	23	38	1.85
9380839--9380872	17	1.9	18	88	5	52	29	8	23	38	1.85
9382724--9382788	23	2.5	25	73	21	62	41	3	10	44	1.55
9383404--9383472	19	3.6	19	77	11	61	24	26	21	27	1.99
9385517--9385547	9	3.4	9	95	0	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9393707--9393766	28	2.2	27	82	8	77	51	3	6	38	1.45
9403541--9403607	31	2.2	31	80	15	77	46	8	1	43	1.44
9403879--9403919	21	1.9	22	85	5	57	56	2	0	41	1.13
9415115--9415223	5	22.0	5	96	1	202	58	0	0	41	0.98
9430965--9431033	22	3.1	22	87	0	102	17	23	17	42	1.89
9432481--9432538	27	2.2	27	78	9	66	24	20	12	43	1.86
9438310--9438351	21	2.0	21	95	0	75	30	9	21	38	1.85
9439759--9439829	31	2.3	32	83	9	85	36	0	4	59	1.17
9441879--9441993	21	5.5	21	66	8	72	18	18	16	46	1.84
9441883--9441992	42	2.6	42	88	0	166	18	18	16	47	1.83
9441881--9442035	42	3.7	42	83	0	157	17	23	16	43	1.88
9452059--9452085	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
9454267--9454303	19	1.9	20	88	5	58	43	0	0	56	0.99
9454267--9454359	16	5.5	17	74	17	70	40	0	1	58	1.05
9455836--9455871	6	6.0	6	100	0	72	16	16	50	16	1.79
9457870--9457914	3	14.7	3	82	13	56	28	0	4	66	1.11
9460429--9460465	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
9460639--9460674	5	7.0	5	96	3	63	19	2	0	77	0.88
9468491--9468553	18	3.8	18	76	23	84	39	0	0	60	0.97
9468486--9468553	30	2.2	31	94	2	120	41	0	0	58	0.98
9468496--9468543	15	3.2	15	72	21	55	39	0	0	60	0.97
9472941--9472983	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9473011--9473046	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
9472948--9473184	120	2.0	118	91	3	388	43	1	4	50	1.31
9473130--9473164	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
9475871--9475902	16	2.0	16	93	0	55	15	18	15	50	1.79
9476736--9476784	9	5.4	9	90	0	71	38	24	12	24	1.90
9476906--9476949	18	2.4	18	92	0	70	11	2	45	40	1.53
9477308--9477339	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
9478951--9479026	11	6.8	11	71	21	52	40	2	3	52	1.34
9486318--9486342	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
9486630--9486823	42	4.6	42	84	6	232	35	20	20	23	1.96
9486631--9486882	42	6.0	42	79	5	231	33	21	19	25	1.97
9486643--9486806	85	1.9	85	87	3	240	34	19	20	25	1.96
9486762--9486926	86	1.9	86	85	6	228	30	23	18	27	1.97
9486804--9486926	43	2.9	43	79	9	151	28	24	17	29	1.98
9487312--9487383	21	3.4	21	84	3	92	5	41	16	36	1.72
9490131--9490222	25	3.5	25	75	16	87	39	1	16	43	1.55
9490183--9490320	16	8.8	15	69	19	63	36	1	16	44	1.57
9490173--9490375	34	6.1	34	71	16	115	36	3	17	42	1.66
9490258--9490314	25	2.3	25	81	0	69	36	1	17	43	1.60
9490131--9490338	9	23.1	9	68	15	101	38	1	16	43	1.59
9490419--9490548	12	10.1	13	69	16	67	31	1	17	49	1.56
9490423--9490546	52	2.4	52	97	1	232	32	1	16	49	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9490421--9490513	28	3.5	29	68	19	85	29	2	19	49	1.60
9490535--9490615	9	9.4	9	76	10	71	32	1	18	48	1.56
9490536--9490605	25	2.8	25	82	0	77	32	1	18	47	1.58
9490757--9490833	28	2.7	29	76	8	77	49	2	2	45	1.29
9490784--9490833	22	2.2	23	85	3	75	48	4	2	46	1.32
9490750--9491225	120	3.9	120	89	6	733	46	7	6	40	1.57
9490898--9490958	28	2.1	28	87	6	86	45	3	4	45	1.41
9490916--9490964	22	2.2	23	92	3	82	44	4	4	46	1.41
9492697--9492883	82	2.3	82	82	2	214	34	22	13	29	1.92
9493662--9493717	7	8.0	7	80	7	60	46	41	0	12	1.42

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