genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19735006--19735049	23	1.9	23	86	9	63	18	6	4	70	1.27
19742328--19742389	30	2.1	30	87	6	90	48	11	8	32	1.68
19749549--19749627	23	3.5	22	78	16	90	21	32	15	30	1.94
19752083--19752123	21	1.9	22	85	5	57	58	7	7	26	1.51
19752214--19752265	25	2.1	25	88	0	77	65	7	5	21	1.40
19752543--19752574	16	1.9	17	93	6	57	75	0	3	21	0.95
19762318--19762380	25	2.5	25	87	5	83	33	14	14	38	1.86
19762326--19762393	25	2.7	25	86	4	75	35	16	13	35	1.87
19762479--19762513	14	2.5	14	90	9	54	48	14	5	31	1.67
19778139--19778426	42	6.8	42	74	10	239	19	25	33	21	1.97
19778643--19778713	24	3.0	24	97	0	133	4	39	36	19	1.71
19778650--19778718	13	5.6	13	68	13	56	5	40	34	18	1.75
19778644--19778725	24	3.4	24	89	3	121	6	37	36	19	1.77
19778744--19780442	85	19.9	85	80	4	1109	16	31	33	19	1.94
19778757--19780359	426	3.8	425	82	6	1545	17	31	32	18	1.94
19778744--19780362	298	5.4	298	80	6	1310	16	31	32	19	1.94
19778749--19780452	341	5.0	339	81	5	1500	16	31	32	19	1.94
19787706--19788041	42	7.9	42	76	10	317	17	27	33	20	1.96
19787706--19788005	85	3.5	86	81	8	355	17	28	33	20	1.96
19793384--19793456	24	3.0	24	85	0	101	6	36	34	21	1.81
19793470--19795042	85	18.4	87	78	6	858	16	31	33	18	1.93
19793467--19795042	128	12.3	129	76	7	1270	16	31	33	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19793467--19795042	256	6.2	254	81	4	1427	16	31	33	18	1.93
19793480--19795065	43	37.2	43	76	7	566	16	31	33	18	1.93
19801080--19801132	24	2.2	24	100	0	106	3	39	35	20	1.71
19801080--19801143	24	2.7	24	92	0	92	4	37	34	23	1.76
19801177--19801506	42	7.8	42	74	7	299	16	32	33	17	1.93
19801163--19801519	85	4.2	85	86	1	500	15	32	33	18	1.92
19802958--19803089	30	4.5	28	75	8	102	25	25	10	39	1.87
19803616--19804302	341	2.0	341	97	0	1311	40	17	10	32	1.83
19805780--19806014	50	4.6	50	84	3	254	25	20	30	22	1.99
19811332--19811458	47	2.7	47	83	0	146	24	16	16	42	1.88
19813262--19813344	30	2.9	29	90	3	123	22	13	14	49	1.78
19813534--19813572	20	2.0	20	84	0	51	30	5	0	64	1.15
19820749--19820789	21	2.0	21	90	0	64	53	7	14	24	1.66
19820813--19820860	20	2.3	21	79	13	55	66	6	16	10	1.41
19820795--19820855	28	2.1	28	84	6	77	72	4	13	9	1.27
19825691--19825720	13	2.3	13	94	0	51	46	0	3	50	1.18
19833218--19833266	21	2.3	20	79	6	53	38	20	0	40	1.53
19834736--19834888	27	5.7	27	84	0	144	32	20	12	34	1.90
19834735--19834911	54	3.3	53	80	3	165	34	19	12	33	1.89
19834735--19834911	27	6.6	27	80	2	122	34	19	12	33	1.89
19834735--19834911	81	2.2	81	77	4	185	34	19	12	33	1.89
19836323--19836382	27	2.2	27	82	5	77	33	15	28	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19841800--19841842	4	11.5	4	85	14	65	0	23	0	76	0.78
19848668--19848707	21	2.0	20	85	5	53	45	2	2	50	1.28
19850826--19850876	21	2.4	21	83	3	57	60	1	9	27	1.39
19852074--19852136	30	2.1	30	93	0	108	60	12	3	23	1.47
19854832--19854883	26	2.0	26	85	7	70	44	0	5	50	1.26
19855355--19855379	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
19855574--19855646	31	2.4	31	95	0	128	5	35	32	26	1.79
19855696--19855721	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
19855680--19855833	38	3.8	38	84	9	182	35	1	0	62	1.11
19867693--19867728	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
19868123--19868195	37	1.9	39	81	13	91	60	13	12	13	1.60
19869111--19869155	20	2.2	20	88	0	63	57	4	0	37	1.19
19869593--19869652	30	2.0	30	100	0	120	30	16	20	33	1.94
19874562--19874593	15	2.1	15	94	0	55	78	0	0	21	0.76
19878385--19878428	16	2.8	16	83	10	54	22	0	15	61	1.34
19878392--19878429	17	2.3	17	90	4	60	18	0	18	63	1.32
19887717--19887760	21	2.1	21	95	0	79	22	4	31	40	1.74
19899276--19899434	66	2.4	66	89	0	228	20	24	28	26	1.99
19899805--19899906	51	2.0	51	100	0	204	27	15	19	37	1.92
19905754--19905820	34	1.9	35	84	3	91	29	5	13	50	1.65
19912578--19912761	66	2.8	66	88	1	262	21	27	26	25	1.99
19923623--19923671	13	3.8	13	78	7	55	63	6	0	30	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19925698--19925772	37	2.0	37	100	0	150	49	18	10	21	1.77
19927264--19927289	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
19938053--19938228	95	1.9	95	86	4	257	38	12	19	29	1.88
19941850--19941874	13	1.9	13	100	0	50	40	4	24	32	1.73
19941812--19941877	26	2.5	26	82	0	69	43	1	22	31	1.62
19951417--19951456	15	2.8	14	85	7	62	30	0	0	70	0.88
19951424--19951466	22	2.0	22	90	9	70	34	0	0	65	0.93
19951417--19951463	8	6.2	8	78	11	55	29	0	0	70	0.88
19954242--19954281	12	2.9	15	75	21	50	25	5	5	65	1.34
19954933--19954966	14	2.4	14	95	0	59	8	11	44	35	1.72
19960057--19960088	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
19960399--19960438	18	2.2	18	90	0	62	45	10	0	45	1.37
19960346--19960422	36	2.1	36	81	9	86	38	12	0	48	1.42
19960857--19960896	19	2.1	19	95	0	71	75	7	0	17	1.03
19961471--19961495	6	4.2	6	100	0	50	0	20	16	64	1.30
19962814--19962848	17	2.1	17	88	0	52	34	11	0	54	1.37
19969434--19969462	13	2.2	13	100	0	58	37	6	17	37	1.76
19974945--19975089	40	3.7	40	81	4	152	31	20	26	22	1.98
19975112--19975480	41	9.0	41	84	6	430	21	20	28	29	1.98
19975112--19975480	122	3.0	120	83	5	429	21	20	28	29	1.98
19975725--19975764	20	2.0	21	95	5	73	17	0	30	52	1.45
19975654--19975765	7	15.9	7	69	12	50	18	0	34	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19976011--19976068	14	4.1	15	81	18	79	25	0	34	39	1.56
19976011--19976076	28	2.3	29	82	14	77	25	0	31	42	1.55
19979775--19979880	43	2.5	43	85	0	140	23	16	32	27	1.96
19979775--19979896	43	2.8	42	80	4	127	23	17	29	29	1.97
19993629--19993653	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
20012347--20012636	46	6.6	45	82	9	341	35	14	21	29	1.92
20019464--20019539	29	2.7	29	79	2	91	57	2	6	32	1.38
20023051--20023094	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
20023193--20023314	23	5.3	23	91	0	190	33	25	18	22	1.97
20023760--20023817	29	2.0	30	82	3	73	29	25	3	41	1.72
20027341--20027443	41	2.5	41	93	1	172	28	21	29	21	1.98
20029560--20029594	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
20041166--20041218	16	3.4	15	71	19	54	50	11	1	35	1.49
20041175--20041252	40	2.0	40	85	5	106	52	12	2	32	1.53
20045107--20045184	38	2.0	39	95	2	140	30	1	7	60	1.33
20046305--20046342	12	2.8	13	88	11	51	52	0	2	44	1.14
20049898--20049974	36	2.1	36	83	4	93	28	20	18	32	1.96
20049930--20050131	76	2.6	75	82	3	242	25	19	21	33	1.97
20058526--20058580	28	2.0	28	92	0	92	58	1	10	29	1.43
20069916--20069967	27	1.9	27	92	0	86	19	5	28	46	1.73
20071332--20071374	23	1.9	23	90	4	70	32	2	2	62	1.20
20071333--20071382	22	2.2	23	82	10	59	36	4	2	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20072090--20072147	21	2.8	21	89	0	80	39	8	22	29	1.84
20072541--20072580	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
20072529--20072595	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
20074544--20074599	27	2.1	27	100	0	112	32	7	28	32	1.84
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