genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21195798--21195838	21	2.0	20	90	4	64	53	4	0	41	1.22
21195830--21195859	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
21197978--21198015	19	2.0	19	85	10	51	76	0	0	23	0.79
21199840--21199920	40	2.0	41	87	4	119	23	25	25	24	2.00
21199999--21200309	97	3.2	96	85	7	423	41	1	17	39	1.60
21200846--21200871	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
21200850--21200889	16	2.4	16	87	8	53	47	0	0	52	1.00
21201018--21201069	16	3.2	16	100	0	104	25	0	36	38	1.56
21201050--21201140	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
21201305--21201339	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21201825--21202022	66	3.2	65	66	21	161	48	6	2	43	1.39
21201288--21202107	120	6.8	120	97	0	1437	48	5	2	44	1.38
21202215--21202247	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
21202594--21202743	59	2.6	58	85	3	212	37	22	18	21	1.94
21212137--21212176	20	2.0	21	85	5	55	10	17	0	72	1.11
21212137--21212192	21	2.7	21	81	13	53	8	19	0	71	1.12
21212165--21212198	15	2.1	17	89	10	54	5	23	0	70	1.09
21212607--21212635	6	5.0	6	95	4	51	0	0	51	48	1.00
21214448--21214482	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21214408--21214788	55	7.3	52	64	17	155	45	3	3	47	1.36
21214440--21214678	78	3.1	75	64	16	198	44	2	4	48	1.38
21214335--21214805	157	3.0	157	97	0	885	44	3	4	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21214605--21214639	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21214739--21214780	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21214748--21214789	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
21214737--21215033	120	2.5	121	90	6	462	50	5	2	41	1.39
21214858--21214909	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
21214835--21214925	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
21214777--21214960	59	3.1	59	65	21	148	49	7	2	41	1.42
21214994--21215032	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
21214999--21215032	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
21215065--21215259	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
21218709--21218733	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
21220525--21220560	15	2.3	16	90	4	56	66	2	0	30	1.06
21220556--21220657	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
21221042--21221088	3	15.0	3	82	8	58	63	0	36	0	0.94
21221045--21221073	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
21221182--21221220	14	2.8	13	85	14	51	84	12	2	0	0.72
21221371--21221438	10	6.5	11	72	14	56	77	0	22	0	0.76
21221377--21221436	11	5.8	10	81	13	68	76	0	23	0	0.78
21221388--21221433	10	4.4	11	84	15	62	76	0	23	0	0.79
21221573--21221613	10	3.4	12	80	19	50	31	0	0	68	0.90
21221789--21221831	22	2.0	22	86	8	63	34	13	9	41	1.77
21221932--21222284	17	19.9	18	69	12	189	30	14	10	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21221932--21222000	36	1.9	35	88	2	102	28	14	11	44	1.80
21222285--21222340	18	3.6	15	71	15	51	41	5	8	44	1.58
21226636--21227218	44	13.2	44	83	6	282	32	23	13	30	1.93
21226674--21227190	88	5.9	88	89	3	740	33	23	12	30	1.91
21226687--21227190	132	3.8	132	93	1	807	33	23	11	31	1.91
21239184--21239225	22	1.9	22	90	0	66	61	4	4	28	1.36
21243428--21243466	19	2.1	19	90	0	60	46	2	12	38	1.56
21249181--21249230	21	2.4	22	83	10	68	52	20	0	28	1.47
21249239--21249456	118	1.8	118	83	0	283	39	29	7	23	1.82
21254042--21254080	20	1.9	21	84	5	53	41	5	15	38	1.69
21254283--21254321	18	2.2	17	86	4	51	43	0	7	48	1.31
21265382--21265642	102	2.4	111	77	19	282	32	22	11	33	1.89
21265527--21265678	44	3.6	43	83	12	183	31	23	11	33	1.90
21281948--21281987	19	2.0	20	85	4	55	47	2	12	37	1.55
21287681--21287745	21	3.0	21	79	4	67	50	21	0	27	1.49
21287740--21287958	119	1.8	119	83	0	285	39	29	7	23	1.81
21292557--21292625	20	3.5	20	71	11	61	40	2	17	39	1.64
21292715--21292798	20	4.2	20	67	3	53	38	3	15	42	1.64
21300219--21300269	12	3.9	13	76	16	52	68	0	9	21	1.18
21300469--21300558	33	2.8	32	79	14	94	44	2	12	41	1.54
21301707--21301746	19	2.0	20	85	4	55	47	2	12	37	1.55
21318314--21318368	26	2.1	26	83	6	67	27	10	9	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21319817--21320005	96	2.0	96	86	2	263	34	13	17	34	1.89
21323252--21323296	22	2.0	22	83	12	56	64	2	0	33	1.06
21328968--21329029	26	2.4	26	86	2	90	51	1	6	40	1.37
21331024--21331051	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21333089--21333435	172	2.0	172	96	0	631	38	17	12	31	1.88
21336430--21336470	22	1.9	22	85	5	57	36	4	12	46	1.63
21340973--21341010	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
21341474--21341542	3	22.3	3	76	5	66	30	1	5	62	1.27
21341484--21341545	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
21341508--21341553	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
21351722--21351777	21	2.6	22	75	8	53	30	16	28	25	1.96
21352238--21352285	24	2.1	22	81	11	53	58	16	6	18	1.59
21352571--21352600	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
21352558--21352600	20	2.3	18	88	8	59	69	0	0	30	0.88
21356481--21356574	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
21356491--21356568	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
21358903--21359015	60	1.9	60	90	0	181	21	10	38	30	1.87
21368942--21369032	30	3.0	30	76	6	94	29	19	17	32	1.95
21372705--21372759	12	4.8	12	77	20	55	52	0	3	43	1.18
21372723--21372761	14	2.8	14	88	0	60	51	0	5	43	1.24
21372892--21372962	3	22.7	3	77	11	63	63	4	5	26	1.35
21374487--21375092	50	12.2	50	72	3	389	22	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21374536--21375114	100	5.8	100	88	1	752	22	21	24	30	1.99
21375218--21375835	44	13.8	44	73	12	438	28	21	18	31	1.97
21375198--21375472	134	2.1	134	97	0	523	29	21	17	32	1.96
21375476--21375835	186	1.9	186	93	1	614	27	21	18	32	1.96
21377214--21377258	18	2.4	18	88	7	63	13	15	0	71	1.15
21377223--21377260	18	2.1	19	95	5	69	10	13	0	76	1.02
21378086--21378132	24	1.9	25	82	4	60	14	10	10	63	1.51
21382280--21382326	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
21384577--21384621	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
21386077--21386117	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93
21392670--21392717	21	2.2	22	77	3	53	58	6	14	20	1.58
21397132--21397171	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
21397140--21397206	34	1.9	35	84	3	91	32	10	13	43	1.78
21397155--21397193	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
21398550--21398619	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
21402345--21402417	24	3.0	24	87	0	110	38	4	45	12	1.61
21409016--21409131	60	1.9	61	89	1	180	21	17	13	47	1.82
21409573--21409651	31	2.5	31	85	0	104	46	12	12	27	1.78
21419213--21419267	23	2.4	23	84	0	65	41	21	23	12	1.88
21419530--21419612	39	2.1	40	88	6	125	33	4	8	53	1.53
21420116--21420149	15	2.3	15	90	5	52	50	0	2	47	1.16
21423174--21423221	6	8.0	6	100	0	96	33	16	0	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21436003--21436032	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
21436003--21436032	11	2.6	11	94	5	51	83	0	0	16	0.65
21437668--21437749	3	27.7	3	77	11	80	35	2	2	59	1.24
21438181--21438233	14	3.7	14	77	5	52	69	5	7	16	1.31
21438516--21438571	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
21443374--21443427	26	2.1	26	86	6	74	44	9	18	27	1.80
21445437--21445493	27	2.1	27	87	6	80	38	14	14	33	1.85
21465827--21465875	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
21468899--21468974	37	2.1	36	85	11	102	39	1	3	55	1.27
21469111--21469158	26	2.0	25	84	15	66	39	2	14	43	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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