genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26032760--26032808	7	7.3	7	82	15	59	65	0	18	16	1.28
26032760--26032808	20	2.5	19	86	6	62	65	0	18	16	1.28
26032760--26032799	13	3.0	13	96	3	71	67	0	17	15	1.23
26034036--26034656	87	7.1	87	88	3	843	28	22	25	24	2.00
26034135--26034271	43	3.2	43	66	17	120	27	25	23	23	2.00
26034036--26034656	264	2.4	263	91	1	978	28	22	25	24	2.00
26034723--26034876	50	3.1	50	73	1	157	30	24	20	24	1.99
26034851--26034949	51	2.0	50	81	2	117	37	21	14	27	1.92
26034725--26034943	100	2.2	100	81	5	237	34	22	18	24	1.96
26037757--26037846	28	3.2	28	95	1	155	24	16	14	44	1.85
26039780--26039858	37	2.1	37	88	4	115	24	30	20	25	1.98
26039977--26040381	47	8.6	47	93	1	657	28	29	8	33	1.87
26040359--26040409	16	3.4	16	70	25	56	33	27	1	37	1.68
26040353--26040410	29	2.0	29	100	0	116	31	27	3	37	1.73
26040306--26040457	76	2.0	76	100	0	304	30	27	6	35	1.82
26040257--26040504	123	2.0	124	96	1	453	29	28	7	34	1.85
26040382--26040686	47	6.4	47	95	1	547	30	28	8	33	1.86
26040116--26040647	266	2.0	266	99	0	1046	30	28	7	33	1.86
26040069--26040686	313	2.0	312	96	1	1139	30	28	8	33	1.86
26044240--26044505	40	6.5	40	90	6	406	25	28	22	23	1.99
26044304--26044477	87	2.0	87	98	0	339	25	29	22	22	1.99
26044264--26044505	127	1.9	127	95	0	439	24	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26046323--26046401	37	2.1	37	88	4	115	24	30	20	25	1.98
26046520--26046877	47	7.6	47	92	1	572	28	29	8	33	1.87
26046855--26046905	16	3.4	16	70	25	56	33	27	1	37	1.68
26046849--26046906	29	2.0	29	100	0	116	31	27	3	37	1.73
26046802--26046953	76	2.0	76	100	0	304	30	27	6	35	1.82
26046753--26047000	123	2.0	124	96	1	453	29	28	7	34	1.85
26046878--26047135	47	5.4	47	95	1	471	29	28	8	33	1.87
26046659--26047096	219	2.0	218	96	1	806	29	28	7	33	1.86
26046878--26047131	96	2.7	96	95	1	467	29	27	8	33	1.87
26046612--26047135	266	2.0	266	98	0	1021	29	28	8	33	1.86
26049595--26049667	35	2.2	32	78	7	74	46	13	30	9	1.75
26053678--26053910	41	5.7	40	82	6	270	24	20	23	31	1.98
26053675--26053910	82	2.9	80	86	5	312	24	20	23	31	1.98
26054234--26054270	14	2.6	14	95	0	65	21	0	29	48	1.50
26054319--26054351	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
26054371--26054638	145	1.9	140	82	11	341	28	1	28	41	1.65
26059610--26059749	43	3.3	43	83	4	140	24	17	24	34	1.96
26062273--26062329	25	2.3	25	84	0	78	29	24	22	22	1.99
26069755--26069823	17	4.1	17	73	1	68	20	13	14	52	1.74
26071092--26071182	48	1.9	47	93	2	155	39	27	14	18	1.89
26072952--26073346	27	14.9	27	75	12	225	41	19	16	22	1.90
26072967--26073346	54	7.2	53	72	13	259	41	19	17	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26072977--26073317	81	4.3	80	80	6	317	41	19	17	21	1.90
26073235--26073272	19	2.0	19	90	10	60	47	15	15	21	1.82
26073209--26073299	46	2.0	46	84	4	121	45	18	16	19	1.86
26073181--26073319	73	1.9	73	90	0	224	43	17	17	21	1.87
26073551--26073631	26	3.1	26	70	10	67	20	18	24	35	1.95
26073732--26073910	28	6.4	28	87	3	254	22	22	22	32	1.98
26073732--26073905	84	2.1	84	92	2	287	22	22	22	32	1.98
26075320--26075344	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
26084549--26084583	13	2.7	13	86	0	52	25	5	0	68	1.11
26087520--26087606	6	14.5	6	98	0	129	0	10	16	73	1.09
26088529--26088553	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
26102031--26102108	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
26102042--26102109	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
26102313--26102338	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
26103000--26103035	3	12.0	3	87	0	54	38	0	0	61	0.96
26109497--26109574	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
26109508--26109575	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
26109781--26109806	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
26113560--26113643	42	2.0	42	85	0	114	17	35	27	19	1.94
26118699--26118748	25	2.0	24	88	3	73	36	2	2	60	1.20
26120933--26121048	32	3.6	32	86	1	151	40	8	7	43	1.64
26126852--26126905	19	2.8	19	91	0	90	37	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26126867--26126931	19	3.1	21	82	10	80	38	6	15	40	1.72
26126884--26126941	22	2.7	23	78	7	59	37	5	15	41	1.70
26134370--26134467	46	2.1	46	88	3	144	14	3	37	44	1.60
26134732--26134804	30	2.4	30	90	0	119	21	30	24	23	1.99
26147434--26147525	46	2.0	46	100	0	184	41	28	8	21	1.83
26156764--26156988	40	5.6	39	84	6	265	24	21	28	25	1.99
26156803--26157011	80	2.6	79	83	7	221	26	20	27	25	1.99
26156764--26157021	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	1.99
26164730--26164954	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
26164730--26164987	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
26183811--26183871	5	12.2	5	100	0	122	39	0	0	60	0.97
26198653--26198745	37	2.5	37	85	0	141	24	11	21	41	1.87
26203080--26203104	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
26203088--26203213	55	2.3	55	100	0	252	45	4	11	38	1.62
26203208--26203331	29	4.3	29	96	0	212	29	1	25	43	1.64
26203337--26203521	71	2.6	71	94	0	325	44	15	3	37	1.62
26203409--26203519	25	4.6	25	68	17	81	44	15	2	37	1.61
26203922--26203956	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
26205739--26205871	50	2.7	50	90	3	207	30	26	15	27	1.96
26205734--26206074	51	6.8	50	71	9	232	30	25	15	28	1.96
26205838--26206074	102	2.3	101	82	3	298	29	26	16	27	1.96
26207961--26208011	25	2.0	25	100	0	102	19	27	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26208048--26208092	20	2.2	20	88	7	65	66	0	0	33	0.92
26208042--26208105	31	2.1	31	91	2	103	64	1	0	34	1.03
26208130--26208218	29	3.3	29	59	20	66	39	1	29	30	1.64
26208107--26208228	51	2.4	51	91	4	192	40	0	29	28	1.62
26208201--26208226	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
26211881--26211912	11	2.8	11	95	4	55	46	0	0	53	1.00
26217045--26217132	44	2.0	43	84	6	115	37	19	14	28	1.91
26217407--26217464	28	2.1	28	100	0	116	51	13	3	31	1.58
26220281--26220385	53	2.0	54	92	1	176	30	13	16	40	1.86
26220951--26220979	13	2.1	14	93	6	51	58	0	24	17	1.38
26221286--26221329	19	2.3	20	92	7	74	13	4	6	75	1.17
26221771--26221906	7	19.3	7	71	9	71	47	30	0	20	1.55
26221748--26221906	14	11.2	14	74	9	74	45	31	0	22	1.57
26221791--26221838	15	3.3	15	91	2	71	45	35	0	18	1.50
26222045--26222098	14	3.8	14	75	4	54	46	33	0	20	1.51
26222121--26222453	40	8.6	39	70	13	172	25	21	21	32	1.98
26222284--26222469	40	4.6	40	85	1	246	26	22	22	29	1.99
26222520--26222621	40	2.5	40	85	0	132	29	21	18	30	1.97
26233212--26233258	6	7.8	6	83	9	51	76	0	2	21	0.89
26242775--26242872	41	2.4	40	81	8	126	21	25	7	45	1.77
26244917--26244998	29	2.7	30	84	5	103	46	13	9	30	1.75
26248991--26249036	23	2.0	23	100	0	92	26	21	8	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26250896--26250947	21	2.5	21	87	0	68	34	7	26	30	1.85
26273021--26273119	10	10.2	10	70	12	55	64	0	4	31	1.12
26273027--26273104	29	2.7	29	78	7	88	66	0	3	29	1.09
26273021--26273119	19	5.1	20	71	10	55	64	0	4	31	1.12
26272954--26273126	28	6.1	27	69	20	90	61	1	5	31	1.25
26273458--26273646	86	2.2	84	79	9	193	28	6	21	43	1.78
26274861--26274945	41	2.1	41	100	0	170	29	22	14	34	1.93
26279228--26279483	45	5.7	45	84	2	282	37	13	21	28	1.91
26279225--26279468	89	2.7	89	81	3	283	38	12	21	27	1.90
26284359--26284397	12	3.3	12	89	7	53	56	0	10	33	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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