genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  96  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27102370--27102417	19	2.5	19	86	0	60	50	0	4	45	1.21
27104173--27104210	18	2.2	18	86	13	53	26	5	21	47	1.71
27109983--27110100	62	1.9	60	83	10	150	47	5	3	43	1.44
27114301--27114329	8	3.6	8	100	0	58	13	24	0	62	1.32
27116230--27116268	18	2.2	18	85	0	51	20	35	28	15	1.93
27134917--27134987	37	2.0	35	83	10	90	53	2	2	40	1.30
27138113--27138144	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
27142615--27142644	12	2.5	12	100	0	60	43	6	0	50	1.28
27142795--27142939	73	2.0	73	94	2	256	37	16	22	24	1.94
27149760--27149799	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
27149783--27149822	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
27149768--27149834	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
27149762--27149838	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
27151733--27151760	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
27153892--27153928	11	3.5	11	78	14	51	56	0	18	24	1.41
27153886--27153928	20	2.2	20	95	0	77	55	0	18	25	1.42
27154169--27154194	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
27154778--27154815	18	2.2	18	90	4	60	44	0	2	52	1.14
27154724--27154843	58	2.1	58	82	4	143	45	3	1	49	1.28
27157041--27157072	16	2.0	16	93	0	55	46	6	6	40	1.54
27157163--27157210	9	5.0	9	80	7	51	22	4	2	70	1.15
27157161--27157229	30	2.4	29	79	13	79	28	2	2	65	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27157207--27157308	18	5.4	19	71	14	59	41	0	7	50	1.31
27157261--27157308	20	2.5	19	90	10	71	37	0	8	54	1.31
27157593--27157631	20	2.0	20	84	0	51	41	5	5	48	1.47
27160182--27160579	82	4.7	85	74	11	286	33	12	12	42	1.79
27160228--27160464	87	2.7	87	78	9	214	33	12	11	42	1.79
27161077--27161105	14	2.1	14	93	6	51	51	20	6	20	1.70
27161321--27161380	31	1.9	31	100	0	120	36	13	23	26	1.92
27166909--27166934	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
27166920--27166967	22	2.2	22	85	10	64	35	0	0	64	0.94
27170571--27170606	18	2.0	18	94	0	63	25	27	5	41	1.77
27170802--27170842	21	2.0	21	90	0	64	31	43	17	7	1.76
27174092--27174361	126	2.2	125	91	2	443	29	15	18	35	1.93
27174168--27174577	216	1.9	216	91	1	669	30	16	15	37	1.90
27174380--27174700	126	2.6	126	89	0	473	29	16	15	38	1.90
27174756--27174859	34	3.1	34	86	6	140	40	14	0	45	1.45
27176483--27176568	38	2.2	40	89	4	131	54	8	1	36	1.38
27178637--27178664	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
27178904--27178971	30	2.3	30	87	5	93	23	7	19	50	1.72
27180104--27180134	14	2.1	15	94	5	55	35	0	16	48	1.46
27183982--27184148	88	1.9	87	90	1	262	31	15	12	40	1.85
27185573--27185645	27	2.7	27	82	0	92	20	28	27	23	1.99
27187293--27187349	21	2.8	20	81	5	78	31	17	29	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27188470--27188508	8	5.0	8	87	6	62	38	0	35	25	1.56
27188470--27188508	15	2.5	16	91	4	62	38	0	35	25	1.56
27189673--27189909	49	4.9	49	89	3	338	31	11	11	45	1.77
27190167--27190229	33	1.9	33	83	0	81	20	14	46	19	1.84
27192707--27192778	16	4.4	16	68	16	58	65	9	1	23	1.31
27192700--27192828	49	2.6	49	90	0	213	62	13	2	20	1.42
27193958--27193991	16	2.1	17	88	5	52	44	0	11	44	1.40
27195901--27195942	17	2.4	18	84	11	61	42	0	0	57	0.99
27204513--27204543	16	2.0	15	93	6	53	29	19	25	25	1.99
27205024--27205096	30	2.4	30	88	0	110	20	31	32	15	1.93
27205055--27205088	17	2.0	17	88	11	52	23	35	29	11	1.90
27207813--27207843	5	6.0	5	92	7	53	77	0	3	19	0.90
27208888--27208951	33	1.9	33	93	0	110	17	29	20	32	1.95
27213109--27213144	17	2.1	17	100	0	72	58	0	13	27	1.36
27214861--27215259	68	5.9	68	84	1	449	35	18	23	22	1.96
27214861--27215259	204	2.0	205	83	4	520	35	18	23	22	1.96
27216750--27216812	29	2.1	29	85	2	81	44	15	6	33	1.72
27217751--27217812	32	1.9	32	93	0	106	37	22	9	30	1.86
27219357--27219425	15	4.7	15	69	15	54	28	2	4	63	1.28
27220517--27220555	13	2.8	14	80	11	53	10	10	7	71	1.30
27220594--27220665	37	1.9	37	97	0	135	54	2	22	20	1.58
27225654--27227255	801	2.0	802	96	0	2936	28	13	23	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27257832--27257894	33	1.9	33	83	6	83	60	0	1	38	1.07
27257892--27257923	12	2.5	13	90	10	57	68	6	6	18	1.32
27257941--27257997	27	2.1	27	87	6	80	68	0	5	26	1.11
27266470--27266534	15	4.4	15	72	14	55	24	1	3	70	1.10
27266441--27266534	28	3.4	28	73	14	86	23	1	4	71	1.10
27266441--27266568	55	2.3	56	89	2	186	23	3	4	68	1.23
27266463--27266563	28	3.7	26	71	19	80	21	3	4	69	1.24
27282554--27282707	33	4.6	33	70	12	116	32	15	24	27	1.95
27282528--27282745	101	2.2	101	88	0	319	31	16	24	27	1.96
27282715--27283153	215	2.0	217	94	0	765	34	13	21	30	1.92
27287052--27287151	42	2.4	42	89	0	155	28	28	8	36	1.85
27287246--27287305	29	2.1	29	82	11	72	36	13	5	45	1.65
27288022--27288055	17	2.1	17	88	5	52	32	17	0	50	1.47
27289399--27289499	41	2.5	41	91	0	166	22	29	19	27	1.98
27289481--27289666	41	4.5	42	89	2	220	30	26	17	26	1.97
27289998--27290181	63	3.0	61	80	9	171	42	14	4	38	1.66
27298037--27298081	23	2.0	23	81	0	54	71	2	8	17	1.23
27299685--27299763	38	2.1	38	87	0	113	53	5	7	34	1.51
27299703--27299762	18	3.2	18	68	15	50	53	5	6	35	1.49
27313541--27313580	21	1.9	21	94	0	71	57	2	0	40	1.12
27315266--27315323	25	2.3	25	82	5	73	34	18	25	20	1.96
27315351--27315434	25	3.3	25	80	6	105	36	17	22	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27315351--27315451	27	3.9	26	79	7	107	37	16	21	23	1.93
27315350--27315458	52	2.1	52	92	0	182	36	16	24	22	1.94
27315350--27315490	52	2.7	52	85	4	169	36	17	22	24	1.95
27315533--27315616	24	3.5	24	78	13	91	32	20	28	19	1.96
27315545--27315591	25	1.9	24	91	4	76	38	19	25	17	1.92
27315757--27315811	22	2.5	21	75	19	51	50	16	0	32	1.45
27315765--27315803	22	1.9	20	85	15	53	51	15	0	33	1.44
27317807--27317858	10	5.0	10	75	9	50	5	13	1	78	1.01
27318675--27318727	26	2.0	27	88	3	81	35	5	20	37	1.77
27330878--27330939	27	2.3	27	78	18	74	53	0	3	43	1.17
27330901--27330953	16	3.5	15	76	10	54	54	0	5	39	1.24
27330963--27331003	16	2.3	18	84	12	50	48	0	4	46	1.23
27338136--27338311	56	3.1	56	98	0	343	44	9	23	22	1.81
27338381--27338408	13	2.2	13	100	0	56	85	0	14	0	0.59
27339458--27339659	40	5.1	40	82	8	225	24	21	28	25	1.99
27339509--27339673	79	2.1	79	84	6	210	24	21	28	25	1.99
27346115--27346290	56	3.1	56	100	0	352	44	9	23	22	1.81
27346360--27346384	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
27347433--27347654	40	5.7	39	84	8	265	23	22	29	25	1.99
27351804--27351857	27	2.0	27	82	7	65	29	24	24	22	1.99
27365426--27365628	29	7.0	27	73	12	97	28	16	17	37	1.92
27365502--27365645	30	5.0	28	76	6	94	29	19	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27365511--27365628	30	4.0	30	83	3	132	31	17	16	34	1.92
27366943--27366984	16	2.4	17	84	15	59	26	14	11	47	1.78
27368714--27368753	8	5.0	8	90	0	62	25	35	10	30	1.88
27375382--27375414	17	1.9	17	88	11	50	60	12	0	27	1.32
27376306--27376401	50	1.9	50	89	0	147	17	31	25	26	1.97
27380677--27380770	41	2.3	41	76	10	95	36	2	23	38	1.67
27380833--27380928	23	4.2	23	80	10	117	14	2	37	45	1.57
27380833--27380928	45	2.1	45	86	9	133	14	2	37	45	1.57
27381468--27381738	135	2.0	134	97	0	515	35	21	18	25	1.96
27385156--27385191	19	1.9	19	88	5	56	5	13	5	75	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230