genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9649610--9649702	32	2.9	32	95	0	168	51	18	3	26	1.61
9649611--9649731	32	4.1	27	87	7	82	52	19	3	25	1.61
9649604--9649747	59	2.3	62	80	8	170	51	19	2	26	1.60
9649810--9649966	80	2.0	80	100	0	314	45	24	3	26	1.70
9651318--9651429	34	2.9	41	79	17	157	33	8	8	50	1.63
9653490--9653592	4	25.5	4	92	2	134	25	5	26	42	1.77
9654546--9654599	22	2.5	21	75	6	54	50	0	3	46	1.19
9654591--9654627	6	6.2	6	100	0	74	32	0	0	67	0.91
9655390--9655427	19	2.0	20	89	5	60	26	42	5	26	1.76
9663012--9663055	17	2.7	17	83	16	58	40	11	2	45	1.53
9672705--9672780	23	3.3	23	85	7	109	30	23	23	22	1.99
9685028--9685104	13	5.9	13	80	6	93	27	7	24	40	1.82
9685585--9685623	19	2.1	20	86	13	57	71	17	10	0	1.12
9693354--9693427	21	3.5	21	75	12	71	43	17	21	17	1.88
9693513--9693560	24	2.0	24	95	0	87	20	27	8	43	1.80
9696160--9696296	51	2.7	51	89	4	197	30	27	18	23	1.97
9698978--9699124	51	3.0	50	78	13	180	31	20	13	34	1.91
9699020--9699133	44	2.6	44	87	2	158	30	19	13	36	1.90
9700925--9700963	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9701082--9701110	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
9701197--9701269	23	3.2	23	88	7	121	23	20	24	31	1.98
9708436--9708464	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9708551--9708623	23	3.2	23	88	7	121	23	20	24	31	1.98
9712449--9712546	9	10.6	9	67	14	56	44	35	18	1	1.57
9712449--9712550	6	17.0	6	84	0	114	45	35	18	0	1.57
9733294--9733354	11	5.5	11	86	5	70	22	29	0	47	1.52
9735161--9735198	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
9735623--9735792	49	3.5	49	95	0	304	44	2	8	44	1.49
9738622--9738832	106	2.0	105	93	0	359	31	17	12	37	1.88
9738727--9738981	125	2.0	125	90	0	402	30	20	15	34	1.93
9739673--9739713	16	2.5	17	76	15	50	51	0	2	46	1.14
9746503--9746542	17	2.4	17	95	4	73	37	0	0	62	0.95
9756257--9756311	18	3.1	18	92	5	85	30	1	67	0	1.01
9756257--9756311	6	9.2	6	78	7	58	30	1	67	0	1.01
9757708--9757733	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9758395--9758476	21	3.6	24	73	20	70	39	8	14	37	1.77
9758395--9758440	21	2.2	21	100	0	92	39	8	13	39	1.75
9758914--9758957	3	14.3	3	86	13	63	36	0	0	63	0.95
9759218--9759317	52	1.9	51	82	6	121	30	7	7	56	1.53
9763818--9763857	4	10.2	4	84	15	57	70	2	0	27	1.01
9768388--9768433	21	2.1	23	84	8	60	39	4	13	43	1.63
9768590--9768628	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
9768851--9768894	3	14.3	3	81	13	54	34	0	0	65	0.93
9768835--9768894	15	4.2	15	71	16	56	31	0	1	66	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9771022--9771058	13	2.9	14	88	11	53	72	0	27	0	0.84
9771022--9771058	14	2.9	13	85	14	51	72	0	27	0	0.84
9772365--9772399	18	1.9	18	94	0	61	60	2	2	34	1.26
9772325--9772400	9	8.0	9	73	15	55	60	1	2	35	1.19
9772308--9772412	39	2.7	36	83	15	120	60	0	3	34	1.21
9774287--9774511	33	6.8	32	67	10	123	32	15	25	27	1.96
9774284--9774412	66	2.0	66	81	6	154	33	17	24	24	1.96
9774288--9774508	99	2.2	99	87	3	336	31	15	25	27	1.96
9774583--9774621	19	2.1	19	100	0	78	43	0	15	41	1.46
9777827--9778029	41	5.0	41	86	7	259	33	27	19	19	1.96
9778681--9778715	17	2.1	17	89	5	54	31	14	5	48	1.67
9788842--9788899	3	19.3	3	100	0	116	0	32	0	67	0.91
9793726--9793763	19	2.0	20	84	5	51	42	18	13	26	1.87
9796519--9796592	29	2.6	29	82	4	96	35	9	6	48	1.62
9826192--9826230	16	2.4	15	84	16	51	48	0	0	51	1.00
9827411--9827468	30	1.9	30	85	0	80	18	39	0	41	1.51
9829591--9829660	31	2.3	31	92	0	113	28	24	10	37	1.88
9829738--9829780	19	2.3	18	88	4	68	62	0	9	27	1.25
9829993--9830031	15	2.6	16	88	8	55	56	5	0	38	1.22
9831607--9831742	72	1.9	72	90	3	220	31	19	19	29	1.96
9832121--9832175	25	2.2	26	86	3	76	50	0	9	40	1.34
9833858--9833904	20	2.4	19	89	3	67	21	2	6	70	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9833859--9833904	19	2.3	20	88	3	67	21	2	4	71	1.14
9833901--9833942	18	2.3	19	84	12	52	28	7	2	61	1.35
9834874--9835196	114	2.9	114	92	0	533	36	15	17	30	1.91
9836455--9836492	19	2.0	19	89	0	58	39	5	21	34	1.76
9847483--9847767	107	2.7	106	81	8	262	32	18	16	32	1.93
9847552--9847767	108	2.0	109	87	7	320	30	17	17	34	1.93
9849758--9850092	43	7.8	43	65	16	131	28	22	18	30	1.97
9849737--9850158	130	3.2	132	90	3	685	28	22	18	30	1.97
9850134--9850529	215	1.9	212	87	5	584	26	25	20	27	1.99
9850415--9850780	85	4.3	85	69	12	221	26	21	20	31	1.98
9850411--9851038	128	4.9	129	85	5	816	27	21	19	31	1.98
9850411--9851026	254	2.4	256	90	4	953	26	21	19	31	1.98
9850416--9851524	44	25.7	45	69	15	320	27	22	19	30	1.98
9851057--9851651	263	2.3	263	88	2	858	28	21	19	30	1.98
9863476--9863608	70	1.9	70	89	3	205	27	20	19	32	1.97
9864253--9864320	27	2.5	27	80	2	73	26	4	2	66	1.25
9865387--9865423	19	1.9	19	94	0	65	27	10	0	62	1.28
9865500--9865568	30	2.3	30	89	2	102	37	10	24	27	1.88
9867570--9867639	31	2.3	31	92	0	113	28	24	10	37	1.88
9867716--9867758	19	2.3	18	88	4	68	62	0	9	27	1.25
9869549--9869684	72	1.9	72	90	3	220	31	19	19	29	1.96
9870063--9870117	25	2.2	26	86	3	76	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9871793--9871839	20	2.4	19	89	3	67	21	2	6	70	1.20
9871794--9871839	19	2.3	20	88	3	67	21	2	4	71	1.14
9871836--9871877	18	2.3	19	84	12	52	28	7	2	61	1.35
9872810--9873132	114	2.9	114	92	0	533	36	15	17	30	1.91
9874395--9874434	20	2.0	20	90	0	62	37	5	25	32	1.77
9885810--9886104	109	2.7	110	89	0	412	34	18	14	32	1.91
9886589--9886624	3	11.7	3	88	5	54	66	5	0	27	1.13
9886589--9886624	16	2.3	15	90	4	54	66	5	0	27	1.13
9888058--9888335	126	2.2	125	83	11	343	28	21	19	31	1.97
9888542--9888869	41	7.8	41	67	17	152	27	21	20	30	1.98
9888521--9889019	128	3.9	127	83	7	629	26	21	19	32	1.97
9888520--9888988	254	1.8	255	92	3	802	27	21	20	31	1.98
9889040--9889653	44	14.1	44	73	8	256	28	22	19	30	1.98
9888666--9889525	43	19.9	45	71	14	306	27	22	19	30	1.98
9889058--9889652	263	2.3	263	88	2	858	28	21	19	30	1.98
9902638--9902672	17	2.0	18	88	5	54	54	2	0	42	1.15
9902685--9902745	18	3.3	18	82	8	68	22	1	6	68	1.21
9902701--9902745	20	2.3	20	88	7	67	22	2	4	71	1.15
9902742--9902783	18	2.3	19	84	12	52	28	7	2	61	1.35
9903258--9903577	114	2.9	111	90	4	488	35	15	17	31	1.91
9904835--9904874	20	2.0	20	90	0	62	37	5	25	32	1.77
9916252--9916547	110	2.7	110	89	0	421	34	18	14	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9916703--9916755	22	2.4	23	79	17	60	69	7	7	15	1.34
9917045--9917083	3	12.7	3	89	5	60	66	5	0	28	1.12
9918674--9919014	44	7.8	43	66	14	169	27	23	18	30	1.98
9918653--9919080	132	3.2	132	93	0	730	28	22	18	30	1.97
9919056--9919456	217	1.8	218	87	4	596	26	24	20	27	1.99
9919342--9920059	85	8.3	86	69	10	306	27	21	19	30	1.98
9919339--9920059	44	16.7	44	70	10	337	27	21	19	30	1.98
9919338--9919973	129	4.9	129	88	1	936	27	21	19	31	1.98
9919338--9920059	129	5.6	128	85	4	871	27	21	19	30	1.98
9919338--9919972	258	2.5	258	93	1	1076	27	21	20	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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