genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28776495--28776530	18	2.0	18	100	0	72	33	5	27	33	1.80
28778384--28778506	47	2.6	47	97	0	228	29	26	20	24	1.99
28784967--28785242	48	5.8	48	89	0	426	23	17	30	29	1.97
28786043--28786078	18	2.0	18	94	0	63	33	2	27	36	1.72
28787047--28787246	46	4.3	45	84	6	249	22	29	20	28	1.98
28787079--28787249	94	1.8	92	90	7	274	22	30	20	26	1.98
28790689--28790730	18	2.2	20	87	8	61	26	0	4	69	1.08
28791744--28791777	17	2.0	17	94	0	59	55	5	5	32	1.48
28794341--28794374	17	1.9	17	88	5	50	73	0	2	23	0.97
28796736--28796781	13	3.5	13	81	0	65	36	30	8	23	1.85
28798112--28798581	234	2.0	233	97	0	886	42	15	18	23	1.88
28798955--28799012	23	2.7	21	86	7	82	55	17	1	25	1.52
28798956--28799015	10	5.8	10	83	12	77	53	20	1	25	1.55
28799073--28799165	19	5.1	19	72	12	77	47	12	8	31	1.72
28799063--28799195	54	2.5	54	91	0	203	43	13	7	35	1.72
28801776--28802037	39	6.6	39	87	5	320	25	22	27	24	2.00
28801828--28802062	78	3.0	79	85	6	257	26	21	26	24	1.99
28809796--28810056	39	6.7	40	87	8	328	25	22	27	24	2.00
28812049--28812311	39	6.7	40	87	6	337	25	22	27	24	2.00
28814627--28814830	53	3.8	52	76	5	174	38	17	23	20	1.93
28816373--28816429	28	2.0	28	96	0	105	15	21	14	49	1.80
28821081--28821515	27	16.1	27	75	8	171	30	11	19	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28821147--28821515	27	13.7	27	79	5	252	31	9	19	39	1.83
28821148--28821515	54	6.8	54	85	3	413	31	9	19	39	1.83
28821832--28821895	28	2.3	28	91	0	101	26	37	17	18	1.93
28824397--28824535	51	2.7	52	84	4	185	29	24	19	26	1.98
28824353--28824535	50	3.6	50	81	4	190	29	24	19	26	1.98
28830348--28830373	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
28835012--28835274	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
28835051--28835309	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
28841705--28841863	43	3.7	44	78	9	175	25	18	25	30	1.98
28848703--28848757	23	2.5	23	88	5	87	32	3	29	34	1.75
28849222--28849368	43	3.4	42	68	11	102	27	19	23	29	1.98
28852244--28852300	23	2.5	23	100	0	114	15	15	10	57	1.64
28860053--28860093	20	2.0	20	95	0	73	36	4	21	36	1.75
28864106--28864143	20	1.9	20	100	0	76	47	13	23	15	1.81
28867151--28867265	29	4.0	29	82	6	128	26	28	15	28	1.96
28868443--28868843	38	9.7	44	70	17	188	31	23	14	30	1.94
28868408--28868767	85	4.4	84	74	14	333	30	23	15	30	1.95
28868492--28868767	38	7.0	38	73	19	208	31	23	14	30	1.95
28868401--28868767	116	3.1	119	85	7	492	31	23	14	30	1.95
28868684--28868817	48	2.8	48	87	3	173	31	24	14	29	1.94
28871568--28871609	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
28874855--28874931	38	2.0	38	87	0	109	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28874900--28875033	48	2.8	48	85	1	171	30	21	16	31	1.95
28880687--28880924	50	4.7	50	78	3	253	29	25	18	26	1.98
28880746--28880927	101	1.8	101	86	0	265	30	24	18	26	1.98
28883889--28883931	15	2.8	16	79	10	54	53	13	18	13	1.73
28887449--28887844	50	7.9	50	75	3	355	30	25	16	27	1.97
28887452--28887843	151	2.6	151	89	0	606	31	25	17	26	1.97
28888910--28889058	26	5.8	26	86	1	203	26	23	24	26	2.00
28888887--28889058	78	2.2	74	85	7	236	25	23	23	27	2.00
28889108--28889165	11	5.6	11	70	15	52	32	18	10	37	1.85
28889108--28889174	20	3.3	20	85	4	91	31	19	10	38	1.85
28896066--28896250	40	4.6	39	82	6	203	24	22	27	25	2.00
28896066--28896250	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
28896067--28896273	79	2.6	78	81	9	197	26	21	27	25	2.00
28913933--28914055	43	2.9	42	81	6	140	27	27	15	29	1.96
28926281--28926345	22	3.0	22	79	0	76	18	27	16	36	1.93
28928627--28928872	80	3.1	80	82	2	298	20	27	16	36	1.94
28928810--28928888	20	4.0	20	68	14	56	21	26	15	36	1.93
28928631--28928854	120	1.9	120	82	5	283	19	27	16	37	1.93
28928627--28928875	40	6.2	40	78	6	227	20	27	16	36	1.93
28936279--28936347	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
28936279--28936347	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
28936328--28936418	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28936583--28936617	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28936566--28937668	120	9.2	120	97	0	2071	47	5	2	44	1.39
28940966--28941000	9	4.0	9	92	7	63	65	0	0	34	0.93
28940966--28941000	17	2.0	17	94	5	61	65	0	0	34	0.93
28947189--28947231	20	2.2	20	86	0	59	58	2	0	39	1.11
28947195--28947311	19	6.4	19	70	19	70	53	3	1	41	1.28
28948378--28948407	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
28950186--28950239	28	1.9	28	96	0	99	35	20	18	25	1.95
28950759--28950817	31	1.9	31	92	0	100	33	6	20	38	1.79
28956274--28956508	126	1.9	121	85	10	329	43	1	2	51	1.24
28966510--28966549	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
28967608--28967642	13	2.6	14	95	4	63	14	11	5	68	1.37
28967607--28967645	13	2.8	14	88	11	62	15	12	5	66	1.41
28988437--28988520	37	2.2	38	87	2	116	39	30	16	13	1.87
28989971--28989996	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
28990463--28990578	40	2.9	41	87	3	155	23	28	15	32	1.95
28990480--28990578	41	2.5	40	88	5	128	22	31	15	31	1.94
28996752--28997257	47	10.6	49	91	4	772	31	8	30	29	1.87
28996752--28997257	96	5.3	96	92	4	810	31	8	30	29	1.87
29003917--29004075	27	6.1	27	77	10	161	41	22	18	17	1.90
29003960--29004075	54	2.1	54	90	3	180	37	23	21	17	1.93
29004361--29004419	28	2.1	28	93	0	100	25	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29004354--29004448	28	3.0	32	76	17	92	27	24	20	28	1.99
29011363--29011487	50	2.5	50	84	0	169	21	28	23	27	1.99
29013272--29013353	26	3.2	26	92	3	130	24	18	30	26	1.98
29018945--29018989	20	2.1	22	84	8	58	64	0	2	33	1.06
29018945--29018989	22	2.1	21	84	12	56	64	0	2	33	1.06
29025075--29025131	27	2.1	26	84	15	71	50	10	1	36	1.47
29026077--29026101	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
29026185--29026214	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
29027854--29027903	20	2.7	19	80	20	61	42	2	6	50	1.38
29030398--29030591	29	6.6	29	83	2	217	36	12	28	22	1.90
29030368--29030596	88	2.6	88	81	4	275	36	13	27	22	1.91
29030372--29030604	29	8.0	28	77	8	155	36	13	27	22	1.91
29030427--29030591	59	2.8	59	93	2	271	37	12	29	21	1.89
29033439--29033489	20	2.6	19	87	9	75	31	15	13	39	1.87
29033903--29033952	14	3.3	15	83	13	59	40	0	0	60	0.97
29033911--29033979	17	4.1	17	75	18	65	43	0	1	55	1.08
29033910--29033986	34	2.4	32	84	6	102	44	0	1	54	1.08
29033910--29034000	15	5.7	15	69	18	51	43	0	2	53	1.12
29033910--29033986	15	4.7	16	72	24	54	44	0	1	54	1.08
29034059--29034118	25	2.4	23	71	15	57	55	0	1	43	1.10
29039822--29039933	41	2.7	40	78	9	109	27	25	18	27	1.98
29041670--29041720	24	2.1	25	88	3	77	52	0	5	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29042194--29042231	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
29042469--29042644	35	5.1	35	79	2	185	21	22	14	40	1.90
29042470--29042646	34	5.1	34	79	2	192	21	23	14	40	1.90
29042470--29042622	69	2.2	69	95	0	270	21	21	16	39	1.92
29045469--29045506	19	1.9	20	89	10	60	13	10	5	71	1.30
29045469--29045512	21	2.1	21	83	8	54	13	9	6	70	1.33
29046483--29046513	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
29050825--29050937	12	9.8	12	67	18	53	41	2	3	52	1.33
29060817--29060853	19	1.9	19	88	0	56	37	0	2	59	1.12
29063641--29063680	13	2.8	14	85	14	55	55	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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