genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17064266--17064313	6	8.0	6	78	17	55	64	0	0	35	0.94
17064266--17064333	19	3.5	20	78	15	72	64	0	0	35	0.94
17068190--17068550	27	13.4	27	85	5	275	18	14	20	45	1.84
17068188--17068549	54	6.7	53	83	5	433	19	14	20	45	1.85
17068189--17068549	81	4.5	80	86	2	483	19	14	20	45	1.85
17071254--17071360	17	6.2	17	78	4	97	48	18	7	25	1.74
17071883--17071964	33	2.5	33	79	0	92	45	10	3	40	1.57
17072108--17072179	29	2.4	31	83	9	103	47	19	4	29	1.68
17073653--17073719	32	2.1	31	86	8	91	37	4	0	58	1.19
17075809--17075839	5	6.0	5	96	3	53	0	58	41	0	0.98
17075857--17075941	9	9.1	9	69	19	50	38	1	0	60	1.05
17075847--17075930	17	4.7	17	71	16	62	38	1	0	60	1.04
17075875--17075951	11	7.4	11	76	15	67	38	2	0	58	1.12
17075859--17075966	39	2.7	38	87	9	137	38	1	0	59	1.08
17075905--17075973	22	3.2	21	76	13	70	39	1	0	59	1.06
17075906--17075973	21	3.2	20	72	20	59	39	1	0	58	1.07
17079474--17079523	25	2.0	26	84	11	68	34	4	8	54	1.49
17089214--17089369	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
17089584--17089681	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
17096844--17096997	41	3.8	41	88	9	226	29	20	21	28	1.98
17097216--17097291	33	2.5	32	80	14	90	32	7	22	36	1.83
17097214--17097279	33	2.0	32	88	2	96	31	9	21	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17097228--17097311	33	2.4	33	82	7	96	29	11	23	34	1.91
17101309--17101364	22	2.5	22	100	0	112	28	23	28	19	1.98
17109958--17110022	6	10.8	6	100	0	130	50	15	0	33	1.44
17111649--17111823	28	6.3	28	76	7	160	53	5	15	25	1.63
17111648--17111800	83	1.8	83	85	2	218	54	5	16	24	1.62
17111649--17111825	56	3.2	56	80	1	203	53	5	15	24	1.64
17111648--17111822	83	2.1	82	81	8	194	53	5	16	24	1.64
17113790--17113852	25	2.5	25	92	5	101	39	1	4	53	1.31
17119340--17119499	85	1.9	84	85	1	221	52	5	16	25	1.64
17119311--17119513	28	7.2	28	76	6	167	52	3	17	26	1.62
17134214--17134451	50	4.7	50	81	6	230	28	21	27	22	1.99
17143883--17143933	26	2.0	26	88	0	75	54	0	21	23	1.44
17146883--17147175	88	3.3	89	86	4	407	33	21	23	21	1.97
17146887--17147175	44	6.6	44	83	2	348	33	21	24	21	1.97
17147904--17147929	13	2.0	13	100	0	52	76	7	7	7	1.15
17151812--17151859	21	2.3	21	85	0	60	25	22	33	18	1.97
17155916--17156225	152	2.0	152	96	0	566	27	11	25	35	1.90
17159045--17159079	12	2.9	12	100	0	70	17	22	25	34	1.96
17159130--17159180	27	1.9	26	92	4	84	47	17	19	15	1.83
17159226--17159500	41	6.8	41	81	2	306	19	18	32	29	1.96
17159226--17159500	81	3.4	81	79	5	313	19	18	32	29	1.96
17159943--17159973	15	2.0	16	93	6	55	19	3	38	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17159777--17160331	291	1.9	286	85	7	753	27	2	27	42	1.69
17162367--17162425	27	2.2	27	90	3	93	28	0	0	71	0.87
17162350--17162413	32	1.9	34	87	9	96	29	0	0	70	0.88
17162367--17162434	27	2.6	26	86	4	91	27	0	1	70	0.96
17163829--17163901	38	1.9	38	86	5	103	36	9	9	43	1.70
17165596--17165716	61	2.1	57	84	9	154	37	10	9	42	1.71
17165753--17165816	26	2.4	27	84	12	87	31	9	3	56	1.47
17173392--17173472	40	2.0	40	100	0	162	40	19	9	29	1.84
17173395--17173460	22	3.2	22	64	24	61	40	19	9	30	1.83
17177167--17177231	26	2.5	26	71	16	62	66	0	6	27	1.15
17177423--17177466	23	1.9	23	85	0	61	63	0	4	31	1.14
17177946--17177996	18	2.8	20	77	17	65	37	0	1	60	1.08
17180188--17180221	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
17180549--17180618	22	3.2	22	82	13	90	34	25	1	38	1.65
17180584--17180648	11	6.2	11	70	22	59	36	26	0	36	1.57
17180558--17180619	22	2.8	23	90	4	92	37	24	1	37	1.65
17180590--17180648	30	2.0	30	93	0	100	33	28	0	37	1.58
17180620--17180671	22	2.4	23	81	12	65	34	28	0	36	1.58
17180859--17180892	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
17183039--17183889	28	30.4	28	82	9	884	45	21	0	32	1.58
17183039--17183889	142	6.1	142	83	8	928	45	21	0	32	1.58
17183826--17183870	23	2.0	23	95	0	81	48	17	2	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17183133--17183889	114	6.7	114	78	12	690	45	21	0	31	1.58
17186996--17187259	123	2.1	124	85	2	361	31	22	14	31	1.94
17190888--17190982	43	2.2	43	80	0	109	17	28	31	22	1.97
17193072--17193482	114	3.6	113	84	3	475	23	21	26	28	1.99
17195537--17195585	7	6.9	7	79	4	53	12	0	44	42	1.41
17195537--17195585	14	3.4	14	83	5	62	12	0	44	42	1.41
17198150--17198193	15	2.8	16	82	10	54	38	4	0	56	1.20
17198236--17198263	13	2.2	13	100	0	56	53	7	0	39	1.28
17198263--17198335	35	2.1	35	87	9	107	54	13	1	30	1.47
17198472--17198515	23	1.9	23	100	0	88	45	18	0	36	1.49
17198604--17198764	19	8.4	19	70	25	58	49	19	1	29	1.57
17198624--17198923	9	34.8	9	72	15	224	45	20	1	32	1.61
17198643--17198934	16	17.5	16	70	17	145	45	20	1	32	1.59
17198612--17198810	71	2.8	70	78	17	191	48	19	1	31	1.56
17198602--17198764	18	8.5	19	66	23	85	49	19	1	30	1.56
17198624--17198851	25	9.1	25	72	17	170	46	20	1	32	1.59
17198601--17198919	25	12.6	25	67	22	86	46	20	1	31	1.62
17199462--17199550	44	2.0	44	100	0	178	41	13	26	17	1.87
17204437--17204478	21	2.0	21	90	9	68	33	19	40	7	1.78
17204862--17205090	43	5.4	41	78	10	228	27	19	21	31	1.98
17204881--17205090	85	2.5	85	85	3	262	27	20	21	29	1.98
17207131--17207257	61	2.1	61	81	0	146	33	6	18	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17211150--17211252	9	11.4	9	79	8	102	29	9	22	38	1.86
17211150--17211252	27	3.8	27	83	5	127	29	9	22	38	1.86
17214184--17214229	24	1.9	24	86	0	65	47	6	4	41	1.49
17214184--17214236	24	2.2	24	82	0	61	50	5	3	39	1.44
17221090--17221129	21	1.9	21	89	0	62	27	25	15	32	1.95
17222600--17222661	22	2.8	22	77	0	70	22	29	14	33	1.94
17222643--17222695	22	2.4	22	83	0	70	18	26	18	35	1.95
17248430--17248466	6	6.0	6	87	6	56	81	0	2	16	0.81
17248430--17248465	13	2.8	13	87	4	56	83	0	2	13	0.76
17254551--17254595	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
17259831--17259893	17	3.6	17	76	2	54	34	14	25	25	1.94
17273501--17273577	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
17273517--17273556	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
17273505--17273571	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
17273540--17273579	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
17273682--17273750	20	3.5	20	73	0	57	10	26	18	44	1.81
17276455--17276489	17	2.1	17	89	5	54	42	8	14	34	1.76
17285993--17286344	81	4.3	82	84	1	406	29	10	14	46	1.78
17286026--17286321	163	1.8	162	86	0	430	29	10	13	46	1.76
17290378--17290427	22	2.3	22	83	16	68	30	2	2	66	1.14
17304749--17304781	16	1.9	18	88	11	52	18	3	30	48	1.63
17310471--17310518	18	2.6	18	90	6	69	18	25	4	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17325743--17325791	13	3.2	16	69	19	50	48	0	0	51	1.00
17325735--17325791	29	1.9	30	82	10	73	45	1	1	50	1.22
17328013--17328058	20	2.3	20	92	0	74	52	15	4	28	1.61
17328021--17328064	20	2.2	20	83	0	52	52	9	4	34	1.54
17332466--17332504	20	2.0	20	94	0	69	48	15	5	30	1.66
17332467--17332511	20	2.2	20	88	0	63	55	15	4	24	1.59
17343990--17344036	16	3.0	15	81	9	58	63	0	0	36	0.94
17348834--17348893	28	2.1	28	100	0	120	26	23	23	26	2.00
17368679--17368721	21	2.0	21	82	8	52	23	44	6	25	1.78
17370460--17370521	5	12.0	5	73	13	54	75	4	1	17	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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