genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  41  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11079651--11079683	15	2.3	15	89	5	50	60	0	0	39	0.97
11079726--11079789	20	3.1	20	78	14	67	23	0	39	37	1.55
11080359--11080399	21	1.9	21	85	5	55	60	2	0	36	1.10
11083309--11083346	15	2.4	17	86	8	53	28	0	2	68	1.03
11084028--11084084	27	2.2	26	81	9	62	28	7	0	64	1.19
11084327--11084470	43	3.4	43	89	3	211	27	18	31	22	1.97
11084527--11084570	22	2.0	22	90	0	70	43	25	20	11	1.85
11087898--11087966	30	2.3	30	80	14	79	68	1	21	8	1.25
11088935--11089029	42	2.3	42	94	0	163	22	18	21	37	1.94
11089485--11089521	18	2.1	18	100	0	74	56	5	5	32	1.45
11112566--11112623	21	2.6	22	83	8	73	44	18	17	18	1.87
11112539--11112632	22	4.3	22	78	8	86	40	17	24	18	1.91
11116586--11116615	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
11121490--11121567	36	2.2	36	97	0	147	23	35	23	17	1.95
11129323--11129374	25	2.1	25	92	7	88	25	26	9	38	1.86
11131834--11131861	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
11131948--11132014	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
11135460--11135532	37	1.9	37	84	13	96	32	23	1	42	1.63
11135520--11135563	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
11135608--11135701	45	2.1	45	91	0	152	30	22	18	28	1.97
11144910--11144934	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
11146621--11146683	16	4.0	15	74	13	56	41	14	22	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11157511--11157544	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
11157630--11157663	17	2.0	17	88	11	52	52	0	2	44	1.16
11157746--11157782	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
11157866--11157902	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
11157986--11158022	16	2.2	17	86	13	51	54	2	0	43	1.14
11157491--11158023	119	4.5	120	96	1	941	47	5	3	43	1.41
11157961--11158122	54	3.1	53	71	16	142	49	1	2	46	1.26
11158043--11158200	78	2.0	78	95	0	280	48	2	2	46	1.29
11158157--11158307	47	3.3	47	72	17	172	49	3	2	45	1.32
11158117--11158322	90	2.3	91	96	1	380	48	3	2	45	1.34
11162306--11162368	23	2.7	24	76	16	78	52	20	7	19	1.70
11162335--11162380	22	2.1	22	84	8	58	58	17	4	19	1.55
11162278--11162507	107	2.1	107	98	0	442	44	23	6	25	1.76
11162413--11162475	23	2.7	23	79	16	76	52	22	6	19	1.68
11162442--11162487	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
11163867--11163935	34	2.1	33	83	2	84	53	4	10	31	1.54
11164030--11164080	24	2.1	24	85	7	68	64	7	0	27	1.21
11164812--11164853	15	2.9	14	83	13	50	76	2	2	19	1.01
11165191--11165228	14	2.5	15	87	8	51	7	15	28	47	1.74
11165726--11165825	44	2.3	44	89	0	155	32	25	19	24	1.98
11165989--11166132	44	3.3	44	68	7	121	23	23	27	25	2.00
11166017--11166154	43	3.2	43	65	8	107	19	25	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11165967--11166840	88	9.9	88	86	0	1111	22	25	24	27	2.00
11166165--11166300	44	3.1	44	64	8	114	27	27	20	23	1.99
11166183--11166319	44	3.1	43	67	8	114	26	27	21	25	1.99
11166193--11166328	43	3.1	43	67	8	112	25	27	22	25	1.99
11172539--11172724	42	4.5	42	89	3	261	29	18	22	29	1.98
11172700--11172767	34	2.0	34	94	0	118	26	17	26	29	1.98
11176100--11176182	36	2.4	34	77	6	85	55	4	9	30	1.53
11176279--11176330	3	17.3	3	76	7	52	67	3	0	28	1.08
11176277--11176330	18	3.1	17	83	5	63	66	3	0	29	1.09
11178498--11178540	24	1.9	22	86	13	61	46	13	20	18	1.83
11179481--11179562	41	2.0	41	95	0	146	42	8	10	37	1.71
11179741--11179782	22	2.0	21	81	13	50	45	2	2	50	1.27
11184820--11184858	20	2.0	20	100	0	78	51	15	5	28	1.64
11188868--11188911	23	1.9	23	85	0	61	61	6	2	29	1.34
11189273--11189302	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
11190549--11190583	16	2.2	16	89	0	52	2	2	14	80	0.95
11194562--11194606	2	22.5	2	100	0	90	0	0	48	51	1.00
11195600--11195896	124	2.4	123	86	4	413	46	7	17	29	1.74
11200418--11200562	49	2.9	49	78	5	148	23	16	28	31	1.96
11200730--11200766	10	3.6	10	85	7	56	43	0	18	37	1.51
11205207--11205260	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
11205184--11205260	38	1.9	40	87	10	113	38	15	7	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11206536--11206573	11	3.5	11	92	0	67	55	0	0	44	0.99
11210767--11210794	9	3.1	9	100	0	56	78	0	10	10	0.96
11211802--11211836	13	2.6	13	86	4	52	48	17	17	17	1.81
11212276--11212311	17	2.1	18	89	5	56	13	44	27	13	1.82
11214435--11214482	21	2.3	21	81	0	60	14	27	31	27	1.95
11215027--11215079	21	2.5	21	81	0	70	18	28	28	24	1.98
11221863--11221914	21	2.5	21	96	0	95	28	7	28	34	1.85
11236889--11236933	23	1.9	24	82	13	58	46	2	2	48	1.26
11238572--11238614	22	1.9	23	90	4	70	55	2	0	41	1.12
11246696--11247149	229	2.0	226	97	1	863	29	12	15	42	1.84
11251389--11251477	8	10.8	8	73	15	56	28	4	4	62	1.34
11251389--11251477	17	5.4	16	74	12	56	28	4	4	62	1.34
11252481--11252515	16	2.2	16	89	0	52	31	0	0	68	0.90
11256538--11256718	45	4.0	45	75	11	172	31	18	13	37	1.89
11264034--11264088	14	3.4	16	70	14	51	0	10	7	81	0.86
11264110--11264153	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
11264507--11264589	4	21.2	4	91	4	98	28	2	25	43	1.67
11270769--11270806	17	2.1	18	85	9	51	47	7	7	36	1.62
11271090--11271129	15	2.6	15	88	4	53	17	0	32	50	1.47
11272558--11272597	18	2.3	17	83	8	53	22	0	0	77	0.77
11274403--11274432	11	2.7	11	94	0	51	60	10	6	23	1.52
11277070--11277123	21	2.6	20	82	8	72	25	9	33	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11286398--11286434	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
11290205--11290258	15	3.5	15	80	5	63	53	5	0	40	1.24
11290495--11290543	22	2.2	22	85	10	64	48	2	0	48	1.12
11292599--11292633	18	2.0	18	88	5	54	34	0	14	51	1.42
11295162--11295278	25	4.8	25	72	9	82	17	28	23	31	1.96
11295136--11295278	24	5.8	24	71	8	83	17	26	23	32	1.96
11295136--11295277	48	2.9	48	72	9	117	17	26	23	33	1.96
11298139--11298230	25	3.7	24	77	2	85	15	28	19	36	1.92
11298139--11298236	50	2.0	50	84	8	128	16	27	19	36	1.93
11298260--11298333	25	3.0	25	77	0	76	21	18	17	41	1.90
11303722--11303777	28	2.0	28	100	0	112	21	10	14	53	1.70
11314337--11314399	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
11314434--11314476	11	3.9	11	75	0	50	53	9	18	18	1.70
11314429--11314471	22	2.0	22	85	0	59	53	11	16	18	1.72
11314428--11314484	22	2.6	22	77	5	53	57	8	17	15	1.63
11315397--11315445	20	2.6	17	82	17	62	36	0	2	61	1.08
11315397--11315449	19	2.8	19	78	18	65	39	0	1	58	1.09
11320433--11320495	32	2.0	32	96	0	117	44	12	28	14	1.82
11322254--11322294	16	2.6	16	84	0	55	53	2	9	34	1.47
11324263--11324524	132	2.0	132	92	0	434	30	24	16	28	1.97
11324145--11324416	88	3.1	88	65	9	221	28	25	18	28	1.98
11324426--11324764	95	3.6	95	92	3	558	30	24	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11324428--11324824	190	2.1	189	83	5	498	29	23	18	28	1.98
11324768--11325706	100	9.5	100	81	6	961	23	21	23	32	1.98
11324784--11325064	51	5.6	51	71	11	161	24	21	23	31	1.98
11324768--11325706	199	4.8	200	80	6	1002	23	21	23	32	1.98
11324768--11325701	50	19.0	49	68	10	293	23	20	23	32	1.98
11325249--11325326	38	2.1	38	100	0	156	15	28	26	29	1.96
11324791--11325549	287	2.6	287	81	6	805	22	21	23	32	1.98
11325778--11326090	44	7.2	43	64	14	124	23	24	24	27	2.00
11325731--11326136	88	4.6	88	91	2	642	23	23	24	27	2.00
11325761--11326136	174	2.1	175	93	0	646	24	23	25	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230