genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22724865--22724914	18	2.8	18	84	0	64	40	8	38	14	1.75
22732789--22732855	25	2.7	25	93	4	109	44	47	4	2	1.38
22738386--22738472	24	3.7	23	76	11	70	17	22	21	37	1.93
22740239--22740277	20	2.0	20	85	10	53	56	2	0	41	1.13
22741099--22741142	18	2.4	18	88	3	61	65	4	13	15	1.41
22744690--22744830	69	2.0	69	87	2	203	30	14	29	26	1.95
22745095--22745235	69	2.0	69	88	0	210	30	13	29	26	1.94
22744522--22745336	405	2.0	405	96	0	1513	29	16	22	31	1.96
22751439--22751485	11	4.1	12	78	10	53	61	0	2	36	1.08
22751439--22751505	22	3.0	22	78	8	73	61	0	1	37	1.05
22751443--22751506	11	5.8	11	77	14	51	59	0	1	39	1.07
22753199--22753246	25	2.0	25	87	4	71	35	4	2	58	1.29
22755348--22755381	18	1.9	17	88	5	50	38	0	2	58	1.13
22755749--22755781	15	2.2	15	89	10	50	42	0	0	57	0.98
22762331--22762473	41	3.5	40	77	6	135	24	26	14	34	1.94
22768783--22768825	11	4.1	10	88	8	59	74	0	0	25	0.82
22768783--22768825	16	2.7	15	89	7	59	74	0	0	25	0.82
22768783--22768825	21	2.0	21	90	0	68	74	0	0	25	0.82
22768783--22768825	5	8.2	5	85	10	59	74	0	0	25	0.82
22776465--22776515	25	2.0	25	100	0	102	31	23	0	45	1.53
22776866--22776946	23	3.7	22	85	8	103	39	20	20	18	1.93
22785822--22785861	6	6.7	6	97	0	71	12	17	2	67	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22795685--22795761	31	2.5	31	82	2	91	62	1	12	23	1.38
22800395--22800462	31	2.2	31	82	10	77	38	1	11	48	1.49
22800645--22800691	21	2.3	21	85	10	62	36	0	8	55	1.31
22800708--22800753	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
22800684--22800789	55	1.9	54	83	7	133	45	0	4	49	1.29
22800921--22801013	45	2.1	44	88	6	134	35	24	5	34	1.79
22801003--22801065	16	3.9	16	93	0	108	26	30	4	38	1.77
22812583--22813002	45	9.5	45	73	15	299	29	19	23	27	1.98
22812583--22813002	89	4.8	89	76	8	421	29	19	23	27	1.98
22812672--22812996	174	1.9	173	84	5	442	29	20	21	28	1.98
22814595--22814637	22	1.9	23	90	4	70	23	2	9	65	1.34
22815002--22815036	4	8.2	4	90	9	52	25	2	0	71	1.00
22814985--22815036	8	5.8	9	80	13	54	26	1	1	69	1.10
22837710--22837755	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
22837616--22837865	120	2.1	120	98	1	484	42	2	5	49	1.39
22837830--22837874	15	2.8	16	83	10	56	48	0	0	51	1.00
22837831--22837871	16	2.6	16	88	7	57	46	0	0	53	1.00
22838016--22838106	45	2.0	44	82	2	110	35	26	5	32	1.80
22838085--22838138	16	3.4	16	89	0	72	33	31	0	35	1.58
22842826--22842923	16	6.3	15	69	15	56	47	3	3	45	1.33
22844020--22844087	35	1.9	35	90	0	109	42	26	8	22	1.82
22847973--22848075	37	2.8	38	73	16	92	51	3	3	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22851566--22851658	48	1.9	48	91	0	150	46	7	23	22	1.77
22856199--22856241	21	2.0	21	100	0	86	27	4	23	44	1.73
22859934--22859981	24	2.0	24	95	0	87	50	10	6	33	1.62
22864159--22864314	45	3.5	45	81	3	206	28	17	19	33	1.95
22866126--22866313	91	2.1	91	80	0	205	34	20	13	31	1.91
22866806--22866839	9	3.8	9	92	0	59	44	14	11	29	1.81
22866897--22866959	29	2.2	29	86	8	85	17	52	0	30	1.45
22868339--22868394	25	2.2	25	96	0	103	25	12	19	42	1.86
22868429--22868482	23	2.3	23	74	0	54	38	1	9	50	1.45
22868465--22868549	44	2.0	42	83	4	107	34	9	10	45	1.71
22869695--22869734	19	2.0	20	90	4	64	30	0	2	67	1.04
22871954--22872006	27	2.0	27	85	3	72	58	0	0	41	0.98
22882523--22882565	22	2.0	22	90	0	68	44	13	0	41	1.44
22888002--22888199	33	5.5	33	69	18	144	34	26	17	21	1.96
22887996--22888201	74	2.8	75	89	0	324	33	26	18	21	1.96
22891112--22891136	11	2.3	11	100	0	50	44	0	28	28	1.55
22895838--22895865	7	4.0	7	100	0	56	42	0	28	28	1.56
22896022--22896091	35	2.0	35	82	0	86	51	14	14	20	1.76
22896385--22896423	20	2.0	20	100	0	78	56	0	25	17	1.41
22901068--22901219	74	2.1	74	97	0	286	34	22	7	35	1.83
22904154--22904354	62	3.2	59	73	17	163	50	4	3	40	1.43
22904316--22904348	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22915520--22916182	91	7.3	91	98	0	1236	46	3	3	46	1.36
22916209--22916397	59	3.2	58	67	19	154	42	4	4	49	1.41
22916319--22916353	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22916272--22916455	56	3.1	59	66	22	148	42	3	6	47	1.45
22916452--22916493	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22916443--22916484	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22916198--22916488	120	2.4	121	94	1	496	43	3	4	48	1.39
22916707--22916755	16	3.1	16	81	0	62	20	34	4	40	1.71
22917880--22917904	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
22919494--22919583	29	3.1	29	100	0	180	21	13	16	48	1.80
22933169--22933197	7	4.1	7	100	0	58	55	0	0	44	0.99
22934211--22934274	21	3.0	22	68	9	60	18	20	25	35	1.95
22934510--22934663	23	7.1	23	73	10	128	22	18	21	38	1.93
22934510--22934663	43	3.5	46	75	8	128	22	18	21	38	1.93
22934510--22934663	66	2.4	63	86	4	218	22	18	21	38	1.93
22939579--22939737	45	3.6	45	84	0	185	30	13	22	33	1.93
22942625--22942815	40	4.8	40	96	1	321	21	21	30	26	1.98
22942625--22942856	40	5.8	40	92	2	315	21	21	30	26	1.98
22942626--22942884	80	3.2	80	84	4	310	22	20	29	27	1.99
22950945--22951176	40	5.8	40	91	2	315	21	21	30	26	1.99
22950946--22951204	80	3.2	80	84	4	310	22	21	29	26	1.99
22956238--22956290	23	2.2	25	83	6	65	13	30	20	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22956333--22956393	24	2.5	24	82	15	81	16	24	21	37	1.93
22956368--22956450	25	3.3	25	78	6	96	21	21	18	38	1.93
22957427--22957487	31	1.9	32	96	3	115	34	9	14	40	1.79
22963574--22963636	31	2.0	32	96	3	119	31	9	15	42	1.79
22977510--22977549	7	6.0	7	94	5	66	70	0	15	15	1.18
22977514--22977551	6	6.0	6	93	6	58	68	0	15	15	1.22
22977510--22977551	13	3.2	13	87	12	68	66	0	16	16	1.25
22978743--22979769	87	11.8	87	92	0	1705	29	22	23	24	1.99
22978891--22979026	43	3.1	43	61	17	100	30	24	20	24	1.98
22979892--22980162	44	6.4	41	76	10	206	30	22	20	26	1.98
22979887--22980162	127	2.2	129	92	2	450	30	22	20	26	1.98
22979936--22980162	85	2.7	81	78	13	224	29	22	20	27	1.98
23009438--23009477	7	6.0	7	94	5	66	70	0	15	15	1.18
23009442--23009479	6	6.0	6	93	6	58	68	0	15	15	1.22
23009438--23009479	13	3.2	13	87	12	68	66	0	16	16	1.25
23010670--23011697	87	11.8	87	92	0	1705	29	22	23	24	1.99
23010818--23010953	43	3.1	43	61	17	100	30	24	20	24	1.98
23011820--23012090	44	6.4	41	76	10	206	30	22	20	26	1.98
23011815--23012090	127	2.2	129	92	2	450	30	22	20	26	1.98
23011864--23012090	85	2.7	81	78	13	224	29	22	20	27	1.98
23015885--23016353	238	2.0	236	86	2	663	29	12	18	39	1.87
23026339--23026367	14	2.1	14	100	0	58	24	41	13	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23028449--23028482	18	1.9	18	88	5	52	47	14	5	32	1.69
23030352--23030859	261	1.9	261	97	0	971	39	16	8	35	1.79
23033808--23033844	16	2.3	16	90	0	56	45	8	8	37	1.63
23039786--23039848	30	2.1	29	85	5	81	65	1	1	31	1.12
23040455--23040495	19	2.2	18	86	4	55	24	2	0	73	0.96
23053138--23053187	25	2.0	26	96	4	93	72	8	0	20	1.10
23053138--23053187	13	3.9	13	97	2	93	72	8	0	20	1.10
23053228--23053284	15	3.6	15	90	9	87	59	5	14	21	1.54
23053230--23053284	18	3.2	18	82	7	62	61	5	12	20	1.50
23054630--23054664	17	2.1	17	100	0	70	40	31	22	5	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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