genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14316496--14316589	39	2.4	39	91	1	145	39	22	19	19	1.93
14316627--14316983	41	8.7	41	89	0	534	19	21	28	31	1.97
14317002--14317187	79	2.3	80	76	14	179	17	40	3	38	1.65
14319526--14319734	43	4.9	43	85	4	262	21	18	31	28	1.97
14319466--14319734	86	3.2	86	82	5	217	23	17	29	30	1.97
14319549--14319734	43	4.3	43	90	0	282	19	18	31	30	1.96
14323501--14323554	23	2.4	22	80	17	58	59	3	3	33	1.33
14336837--14336871	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
14339409--14339443	9	3.8	9	88	3	52	77	11	8	2	1.10
14351908--14352000	46	2.0	46	100	0	186	29	45	6	19	1.75
14352389--14352422	9	3.8	9	96	0	59	44	17	11	26	1.83
14352471--14352531	30	2.0	31	87	3	88	18	44	1	36	1.59
14352625--14352665	19	2.1	20	82	13	50	26	31	0	41	1.56
14352907--14352969	12	5.2	12	72	16	58	34	1	0	63	1.04
14353966--14354005	15	2.7	14	88	7	53	47	2	10	40	1.50
14357808--14357846	3	13.0	3	86	0	51	33	5	2	58	1.33
14359570--14359767	51	4.0	48	77	7	189	24	17	27	30	1.97
14359764--14359861	46	2.2	43	82	12	117	23	18	25	32	1.97
14359986--14360017	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
14362135--14362166	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
14362394--14362584	51	3.8	51	74	11	194	30	27	17	25	1.97
14362392--14362576	101	1.8	102	88	3	284	30	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14384936--14384977	22	2.0	21	85	4	57	76	4	16	2	1.07
14385394--14385699	42	7.3	42	83	6	352	21	17	22	37	1.94
14385394--14385699	83	3.6	81	83	6	326	21	17	22	37	1.94
14386327--14386371	18	2.6	17	79	6	63	0	17	0	82	0.68
14386549--14386779	50	4.6	51	68	18	144	44	3	12	39	1.60
14386548--14386831	151	1.9	149	90	2	453	41	4	11	41	1.63
14386541--14386875	151	2.3	144	83	8	431	41	4	11	42	1.62
14390108--14390171	31	2.1	31	85	5	85	23	25	10	40	1.87
14396413--14396462	20	2.5	20	83	6	66	28	12	16	44	1.83
14402052--14402089	20	1.9	20	84	10	51	63	10	5	21	1.46
14402283--14402335	26	2.0	26	82	7	63	39	20	3	35	1.71
14402775--14402821	21	2.2	21	85	7	60	46	0	10	42	1.38
14402769--14402811	21	2.0	21	100	0	86	48	0	4	46	1.22
14415704--14415797	46	2.0	46	95	0	170	24	21	23	30	1.99
14430003--14430068	20	3.3	20	73	0	69	36	10	18	34	1.85
14430023--14430089	20	3.3	20	76	0	80	32	14	22	29	1.94
14430003--14430104	40	2.5	40	90	0	150	35	14	19	30	1.92
14433291--14433326	17	2.2	17	90	5	56	52	5	0	41	1.24
14436361--14436416	18	3.2	17	85	7	67	41	3	0	55	1.17
14442652--14442882	44	5.2	45	65	10	134	29	27	24	18	1.98
14442585--14443151	88	6.4	88	90	0	866	28	28	23	19	1.98
14442784--14442919	43	3.1	42	65	12	112	26	30	25	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14443162--14443367	44	4.7	44	80	6	231	26	18	25	29	1.98
14443718--14444016	44	6.9	43	72	10	196	30	19	21	27	1.98
14443937--14444170	128	1.8	128	85	1	326	28	20	21	29	1.98
14445555--14445614	3	20.3	3	75	21	56	31	1	3	63	1.20
14446129--14446180	15	3.2	18	65	30	53	21	3	5	69	1.26
14446117--14446181	30	2.2	30	100	0	130	20	3	6	70	1.22
14453609--14453702	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
14459411--14459473	19	3.3	18	74	23	58	26	28	0	44	1.55
14459410--14459464	27	2.0	27	82	6	67	27	27	0	45	1.54
14460169--14460235	35	1.9	34	81	6	80	35	7	2	53	1.44
14464973--14465098	38	3.3	38	75	10	112	38	14	13	34	1.85
14466360--14466559	43	4.7	43	89	0	285	27	27	17	28	1.98
14472324--14472365	16	2.5	17	92	7	68	45	0	0	54	0.99
14472475--14472594	7	17.3	7	71	13	52	36	37	1	24	1.65
14472538--14472646	21	5.1	22	72	15	68	43	31	1	23	1.65
14472473--14472668	14	13.9	14	69	12	80	39	35	1	23	1.64
14472552--14472639	35	2.5	35	86	1	113	44	31	2	21	1.65
14472571--14472668	43	2.3	42	84	5	117	42	33	1	22	1.60
14472552--14472646	7	13.4	7	74	10	68	44	31	2	22	1.64
14472993--14473100	41	2.7	41	89	1	164	30	31	19	18	1.96
14473803--14473828	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
14477517--14477547	5	6.2	5	100	0	62	19	0	41	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14481581--14481643	31	2.0	31	90	6	101	20	19	9	50	1.74
14500576--14500614	18	2.2	18	100	0	78	35	33	0	30	1.58
14501476--14501511	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
14501873--14501915	18	2.4	18	80	7	52	51	2	0	46	1.13
14505020--14505307	75	3.8	75	77	6	244	32	4	17	44	1.70
14515798--14515862	25	2.6	25	78	9	78	23	29	20	27	1.98
14518598--14518625	8	3.5	8	100	0	56	39	10	0	50	1.37
14528191--14528231	16	2.3	19	80	16	52	9	4	24	60	1.47
14528198--14528232	18	1.9	18	88	11	54	5	5	22	65	1.36
14530263--14530308	19	2.6	18	93	6	76	41	4	0	54	1.20
14533734--14533801	28	2.3	29	82	5	75	36	8	1	52	1.42
14534210--14534240	16	1.9	16	93	0	53	0	16	0	83	0.64
14537305--14537368	21	2.9	20	84	15	74	62	3	6	28	1.34
14537415--14537452	19	1.9	19	89	5	58	57	2	21	18	1.52
14538923--14539512	87	6.8	87	89	0	865	25	23	21	29	1.99
14538923--14539512	175	3.4	174	88	1	860	25	23	21	29	1.99
14538923--14539512	262	2.3	262	91	0	957	25	23	21	29	1.99
14540735--14540774	21	1.9	21	90	10	64	15	15	0	70	1.18
14540781--14540813	7	4.7	7	100	0	66	12	0	0	87	0.53
14541183--14541242	29	2.2	26	82	8	75	10	8	10	71	1.31
14541676--14541750	24	3.2	24	66	21	68	33	24	9	33	1.87
14555586--14555625	19	2.0	20	85	4	55	37	25	5	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14555799--14555973	73	2.4	72	85	5	228	29	21	24	24	1.99
14555872--14556221	114	3.1	114	86	0	495	26	20	26	27	1.99
14556436--14556585	7	20.4	7	69	11	52	17	2	42	37	1.63
14556457--14556582	36	3.4	37	92	4	209	16	3	45	34	1.64
14556909--14556962	27	2.0	26	83	16	67	77	3	3	14	1.04
14556921--14556963	19	2.3	18	80	11	50	76	4	2	16	1.05
14558286--14558311	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
14562222--14562322	43	2.3	43	76	6	107	32	23	16	26	1.96
14562670--14562730	12	5.3	12	71	11	56	4	39	16	39	1.70
14562667--14562742	33	2.3	33	93	0	125	5	40	15	38	1.70
14566563--14566590	7	4.0	7	100	0	56	71	14	0	14	1.15
14567826--14567891	7	10.0	7	76	12	59	34	37	0	27	1.57
14567831--14567855	13	1.9	13	100	0	50	32	52	0	16	1.44
14567829--14567891	32	2.0	32	84	6	83	36	34	0	28	1.58
14568069--14568114	7	6.7	7	85	9	51	30	54	0	15	1.41
14568072--14568118	20	2.3	20	88	0	67	29	51	0	19	1.47
14568150--14568226	39	2.0	39	84	5	102	48	18	3	29	1.66
14572484--14572519	16	2.2	16	90	5	54	11	0	5	83	0.80
14580276--14580315	21	1.9	21	84	0	53	32	0	2	65	1.06
14587807--14587957	67	2.3	67	81	9	166	35	19	21	23	1.96
14600308--14600413	53	2.0	53	90	0	167	33	26	16	23	1.96
14602792--14602823	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14603157--14603202	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
14606504--14606580	22	3.4	22	67	19	68	36	25	2	35	1.70
14606491--14606585	46	2.1	46	100	0	190	41	23	2	33	1.66
14610308--14610511	101	2.0	101	97	0	381	24	27	14	33	1.94
14611178--14611254	22	3.4	22	67	19	68	36	25	2	35	1.70
14611165--14611259	46	2.1	46	100	0	190	41	23	2	33	1.66
14613908--14613963	26	2.4	24	75	24	57	30	1	7	60	1.33
14618884--14618968	43	2.0	43	97	0	161	43	4	22	29	1.73
14618935--14618996	28	2.2	28	97	0	115	45	6	17	30	1.74
14618905--14618973	22	3.2	22	70	25	65	43	5	21	28	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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