genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  182  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54625343--54625550	108	1.9	107	80	6	240	50	4	12	32	1.59
54625470--54625516	20	2.3	20	81	0	58	55	0	6	38	1.26
54625359--54625575	110	2.0	111	84	4	287	49	5	10	34	1.60
54626937--54627235	44	6.9	44	73	11	222	27	21	20	31	1.98
54627255--54627566	44	7.1	44	64	20	132	29	22	17	30	1.97
54627207--54628570	132	10.3	132	93	0	2221	28	23	18	28	1.98
54633639--54633835	98	2.0	98	97	0	376	37	24	9	27	1.87
54634365--54634416	21	2.4	22	70	3	52	53	0	11	34	1.37
54634478--54634524	20	2.3	20	81	0	58	55	0	6	38	1.26
54634363--54634522	56	2.8	55	70	13	137	50	3	11	35	1.54
54634820--54634858	20	1.9	21	84	5	53	69	0	5	25	1.09
54651788--54651915	63	2.0	63	100	0	256	46	7	9	37	1.64
54651949--54652014	32	2.0	33	85	8	89	60	6	9	24	1.49
54653548--54653650	51	2.0	51	98	0	197	43	10	13	32	1.78
54653717--54653794	39	2.0	39	100	0	156	46	2	15	35	1.60
54661292--54661325	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
54669106--54669142	19	1.9	19	88	0	56	59	2	8	29	1.40
54669499--54669539	4	10.2	4	94	0	73	51	2	24	21	1.60
54669537--54669569	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
54669574--54669615	22	1.9	22	85	0	57	61	7	0	30	1.22
54670052--54670095	9	4.8	9	81	15	54	84	2	11	2	0.81
54670046--54670079	14	2.4	14	90	5	50	82	2	14	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54670046--54670079	5	6.8	5	90	10	52	82	2	14	0	0.79
54670046--54670088	19	2.3	18	84	11	59	83	2	11	2	0.83
54670226--54670256	16	1.9	16	93	0	53	35	3	0	61	1.12
54671277--54672671	129	10.8	129	91	1	2097	25	23	19	32	1.98
54671281--54672671	514	2.7	515	90	2	2141	25	23	19	32	1.98
54673831--54673874	23	1.9	23	85	0	61	63	6	0	29	1.20
54674303--54674347	18	2.6	17	83	13	56	84	2	11	2	0.80
54675251--54675542	44	6.8	40	70	10	134	30	24	16	28	1.97
54675533--54676927	129	10.8	129	91	1	2097	25	23	19	31	1.98
54675537--54676927	514	2.7	515	90	2	2141	25	23	19	32	1.98
54683391--54683427	19	1.9	19	88	0	56	59	2	8	29	1.40
54683786--54683830	4	11.2	4	95	0	81	51	2	24	22	1.60
54683828--54683866	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
54683832--54683906	12	6.2	12	78	9	71	65	2	2	29	1.20
54684308--54684344	16	2.4	15	91	8	65	86	0	2	10	0.67
54694017--54694052	18	1.9	18	88	5	54	38	0	2	58	1.13
54700342--54700405	13	4.9	13	86	0	83	32	6	26	34	1.82
54701022--54701047	12	2.2	12	100	0	52	23	42	7	26	1.81
54702457--54702767	72	4.3	72	93	0	498	55	14	4	24	1.58
54706045--54706069	12	2.1	12	100	0	50	52	16	16	16	1.76
54706195--54706235	13	3.2	13	75	25	50	46	19	31	2	1.63
54708658--54708710	3	17.7	3	100	0	106	33	0	32	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54709607--54709712	53	2.0	53	98	0	203	40	5	19	33	1.75
54718285--54718471	51	3.7	51	81	2	216	26	16	26	30	1.96
54721931--54721982	27	1.9	27	84	7	70	46	7	0	46	1.31
54723635--54723819	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
54723616--54723819	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
54731550--54731734	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
54731531--54731734	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
54736139--54736229	44	2.1	44	87	4	130	31	10	9	47	1.72
54752206--54752360	33	4.6	33	69	26	119	32	27	20	19	1.97
54752159--54752362	102	2.0	102	92	0	336	30	27	20	22	1.98
54759616--54759837	33	6.4	33	68	24	116	33	27	18	20	1.96
54759714--54759766	27	1.9	28	96	3	99	26	32	26	15	1.95
54759639--54759867	102	2.3	100	89	3	341	31	27	19	20	1.97
54759817--54759867	26	2.0	26	96	0	93	29	31	19	19	1.97
54766520--54766696	85	2.1	85	94	0	309	23	14	20	41	1.88
54769697--54769937	49	4.9	49	83	3	315	31	15	9	43	1.80
54769697--54769937	98	2.5	98	95	1	430	31	15	9	43	1.80
54774308--54774436	49	2.6	49	85	7	172	29	11	12	46	1.77
54775374--54775408	17	2.1	17	88	0	52	65	11	5	17	1.43
54777400--54777440	18	2.3	18	87	4	57	29	12	39	19	1.88
54779775--54779830	27	2.1	27	96	0	103	44	10	16	28	1.80
54780638--54780675	6	6.3	6	100	0	76	34	15	18	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54782195--54782261	14	4.5	14	75	12	53	47	1	7	43	1.40
54782519--54782560	20	2.0	20	86	9	57	38	4	21	35	1.75
54783322--54783364	19	2.3	19	83	0	50	20	16	27	34	1.94
54783332--54783368	19	1.9	19	94	0	65	16	21	27	35	1.94
54783341--54783427	19	4.6	19	82	2	86	20	28	25	25	1.99
54785351--54785551	68	3.0	67	72	15	200	41	4	3	49	1.41
54785423--54785539	62	1.9	59	87	5	171	43	4	2	49	1.35
54788854--54788914	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
54795614--54795657	17	2.6	17	88	0	61	36	25	6	31	1.82
54797097--54797136	21	1.9	21	89	0	62	22	7	0	70	1.12
54797163--54797205	20	2.2	20	87	4	61	30	13	0	55	1.39
54797264--54797307	17	2.6	16	82	10	52	25	2	2	70	1.10
54797281--54797317	15	2.3	17	86	9	51	21	5	5	67	1.31
54797344--54797387	21	2.2	20	91	4	70	20	2	4	72	1.13
54797351--54797398	20	2.3	21	85	3	62	31	2	4	62	1.26
54798141--54798242	38	2.6	40	84	10	138	56	0	0	42	1.05
54801092--54801146	27	2.1	26	80	16	60	41	1	5	50	1.36
54806661--54806707	15	3.1	16	80	17	55	17	44	2	36	1.60
54812570--54812866	50	5.8	50	79	3	265	22	26	21	29	1.99
54816364--54816421	20	2.9	20	89	5	91	32	1	5	60	1.29
54822674--54822702	15	1.9	15	100	0	58	34	27	6	31	1.83
54827571--54827611	21	2.0	21	85	0	55	41	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54830481--54830669	93	2.0	93	90	2	299	32	16	14	36	1.89
54835509--54835538	15	2.0	15	93	0	51	76	0	16	6	0.99
54835533--54835572	19	2.0	19	85	9	53	60	0	17	22	1.37
54837592--54837617	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
54842042--54842083	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
54842051--54842092	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
54842040--54842362	107	3.0	107	97	0	601	49	5	1	43	1.37
54842252--54842297	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
54842252--54842306	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
54842413--54842680	47	5.9	44	70	19	167	47	2	2	47	1.33
54842370--54842706	91	3.5	95	80	14	376	48	2	2	46	1.30
54842472--54842706	44	5.2	43	71	15	197	48	2	2	47	1.27
54842447--54842705	91	2.8	91	97	0	473	46	2	3	47	1.30
54842145--54842562	221	1.9	226	83	8	561	48	4	2	44	1.36
54843702--54843737	17	2.1	17	100	0	72	41	16	0	41	1.48
54846279--54846322	20	2.1	21	88	12	65	15	9	15	59	1.61
54849707--54849793	41	2.1	41	89	0	129	43	8	5	42	1.58
54849885--54849940	27	2.1	27	93	0	94	41	8	14	35	1.77
54851189--54851245	30	1.9	30	92	0	96	43	8	0	47	1.34
54852419--54852472	3	18.7	3	79	7	58	25	1	3	68	1.16
54852411--54852471	31	2.0	31	87	6	88	26	1	3	68	1.14
54862422--54862560	45	3.1	45	79	10	149	33	20	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54864159--54864212	18	3.1	18	91	2	83	1	51	46	0	1.11
54864392--54864444	21	2.4	22	84	9	72	33	0	3	62	1.13
54873579--54873616	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
54881733--54881911	44	4.1	44	92	0	286	49	11	9	29	1.70
54881819--54881889	21	3.3	21	64	21	56	52	15	4	28	1.61
54891784--54892705	459	2.0	459	97	0	1727	27	17	26	28	1.97
54893814--54893901	44	2.0	45	84	2	115	39	4	6	48	1.50
54894328--54894376	14	3.4	14	81	10	55	30	6	0	63	1.19
54897258--54897426	59	2.8	60	87	0	232	43	10	4	41	1.60
54897591--54897629	6	6.5	6	82	11	53	51	0	5	43	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230