genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16474203--16474353	56	2.7	56	98	0	293	47	11	2	39	1.54
16474274--16474319	22	2.1	22	91	0	74	47	10	2	39	1.51
16474296--16474442	34	4.5	34	78	10	180	48	9	3	38	1.52
16474340--16474568	9	26.7	9	65	18	60	44	13	3	38	1.60
16474203--16474377	56	3.1	54	91	6	230	48	10	2	38	1.52
16474240--16474448	96	2.3	90	89	6	303	47	10	3	38	1.55
16474448--16474526	34	2.3	34	80	0	86	43	13	1	41	1.53
16474570--16474625	25	2.2	25	83	0	67	44	14	5	35	1.68
16474606--16474639	16	2.1	16	94	0	59	52	14	0	32	1.42
16480041--16480205	66	2.5	65	84	4	197	40	18	26	14	1.90
16480193--16480273	21	3.9	21	81	0	81	35	14	43	6	1.71
16480579--16480785	43	4.7	42	78	10	175	20	17	31	30	1.96
16480696--16480806	43	2.6	43	83	0	105	22	17	31	28	1.96
16480793--16480917	43	2.9	44	82	11	159	35	25	18	20	1.95
16481076--16481118	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
16482679--16482727	22	2.3	21	80	13	55	12	8	2	77	1.07
16482731--16482777	18	2.8	16	84	12	58	14	4	2	78	0.99
16482834--16483108	32	8.0	33	70	18	134	43	1	1	53	1.18
16482942--16483033	34	2.7	34	74	14	109	53	1	0	45	1.07
16482967--16483017	17	3.1	16	71	20	50	62	1	0	35	1.06
16482995--16483041	21	2.2	22	88	3	69	46	0	2	51	1.13
16483010--16483108	36	2.9	34	86	8	148	38	1	2	58	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16483075--16483125	20	2.5	20	87	6	68	39	0	0	60	0.97
16483088--16483112	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
16483073--16483132	21	3.0	20	81	13	70	41	0	0	58	0.98
16482868--16483125	142	1.8	141	84	9	353	43	1	1	53	1.17
16483188--16483217	11	2.6	11	94	5	51	63	0	0	36	0.95
16483201--16483227	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
16483325--16483363	12	3.3	12	82	7	53	12	5	0	82	0.83
16483323--16483356	13	2.6	13	95	0	59	8	2	0	88	0.62
16483462--16483517	22	2.4	23	82	17	71	39	0	5	55	1.23
16483491--16483583	34	2.7	33	86	8	116	40	1	3	54	1.23
16483498--16483583	33	2.5	33	85	9	102	40	1	3	54	1.25
16483548--16483614	22	3.1	21	82	8	73	46	0	2	50	1.16
16483544--16483615	19	3.6	19	77	17	67	45	0	2	51	1.15
16483576--16483620	18	2.5	19	79	13	51	51	0	0	48	1.00
16483654--16483730	33	2.3	33	82	8	86	35	0	3	61	1.15
16483688--16483767	24	3.3	24	84	5	72	41	0	1	57	1.07
16483657--16483748	24	3.8	24	73	17	75	36	0	3	59	1.14
16483703--16483767	24	2.7	24	85	2	76	46	0	1	52	1.10
16483585--16483854	140	2.0	134	82	10	332	40	1	3	54	1.29
16483802--16483836	17	1.9	19	88	11	56	40	0	0	60	0.97
16483796--16483853	29	2.0	30	83	12	77	43	0	0	56	0.99
16483970--16483999	7	4.1	7	95	4	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16487243--16487349	30	3.6	30	83	0	115	27	15	26	30	1.96
16489539--16489689	71	2.1	72	91	2	241	41	3	3	50	1.39
16489598--16489638	20	2.0	20	85	0	55	53	0	0	46	1.00
16489752--16489836	40	2.1	41	88	2	127	54	2	5	37	1.38
16489781--16489836	22	2.9	18	69	25	51	60	0	1	37	1.07
16490332--16490375	19	2.2	20	92	4	72	47	6	0	45	1.29
16490312--16490381	16	4.2	16	74	16	52	38	4	0	57	1.19
16492597--16492636	18	2.2	18	86	0	53	42	2	35	20	1.65
16499049--16499095	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
16504892--16504928	16	2.3	16	85	0	56	37	0	0	62	0.96
16518564--16518959	40	9.8	40	90	3	605	24	28	21	25	1.99
16518564--16518967	82	5.0	82	94	1	654	24	28	21	25	1.99
16527373--16527768	40	9.8	40	90	3	621	23	29	21	25	1.99
16527373--16527776	82	5.0	82	94	0	670	24	28	21	25	1.99
16548907--16548947	21	2.0	21	85	0	55	53	26	0	19	1.45
16561139--16561173	18	1.9	18	94	0	61	42	2	2	51	1.31
16564287--16564320	13	2.6	13	90	9	52	26	17	2	52	1.58
16564349--16564393	13	3.4	13	84	3	54	40	11	4	44	1.60
16564401--16564454	27	2.0	27	82	13	67	37	11	1	50	1.49
16564336--16564445	40	2.8	40	73	13	109	39	13	2	44	1.58
16564497--16564558	25	2.5	25	84	2	72	32	24	14	29	1.94
16564747--16564838	46	2.0	46	100	0	184	32	17	17	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16572158--16572220	7	8.9	7	78	13	67	14	17	0	68	1.22
16572158--16572228	14	5.0	13	74	16	61	12	18	0	69	1.20
16572177--16572221	20	2.2	20	92	0	72	13	20	0	66	1.24
16573029--16573078	22	2.2	23	79	10	59	18	8	10	64	1.48
16573729--16573813	35	2.4	35	96	0	152	42	5	14	37	1.69
16578288--16578322	3	11.7	3	93	0	52	60	0	5	34	1.21
16584911--16584952	17	2.4	18	88	4	59	23	11	11	52	1.71
16586295--16586341	11	4.3	11	78	10	60	57	0	2	40	1.11
16586301--16586346	22	2.1	22	95	0	83	67	0	2	30	1.03
16586268--16586341	33	2.2	33	92	4	123	63	0	4	32	1.13
16586278--16586364	33	2.6	34	74	22	85	65	0	3	31	1.09
16589241--16589311	26	2.7	26	77	4	79	49	1	2	46	1.25
16596116--16596172	26	2.3	26	87	6	82	43	7	0	49	1.29
16596113--16596172	24	2.4	24	86	5	84	43	8	0	48	1.33
16596312--16596381	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
16596317--16596387	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
16596599--16596660	33	2.0	31	90	9	99	24	22	3	50	1.64
16596716--16596777	33	2.0	31	90	9	99	50	3	22	24	1.64
16596970--16597026	18	3.1	18	89	2	78	52	0	8	38	1.33
16597090--16597141	27	1.9	27	92	7	88	15	30	23	30	1.95
16598738--16598782	16	2.8	17	76	13	58	40	11	13	35	1.80
16599645--16599677	15	2.2	15	100	0	66	48	6	0	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16602239--16602423	79	2.3	82	84	7	238	26	27	22	23	2.00
16602220--16602423	40	5.1	40	82	8	238	25	26	22	24	2.00
16610247--16610431	79	2.3	82	85	7	247	25	27	22	23	2.00
16610228--16610434	40	5.2	40	83	8	253	25	27	22	25	2.00
16613234--16613287	22	2.4	22	93	3	90	29	5	0	64	1.16
16613927--16613968	15	2.8	15	82	10	50	40	0	11	47	1.40
16632670--16632701	16	2.0	16	100	0	64	12	12	37	37	1.81
16638194--16638287	43	2.2	43	90	3	145	35	9	11	43	1.74
16638697--16639061	181	2.0	181	95	0	649	30	21	14	32	1.94
16640893--16640949	18	3.2	18	69	16	55	57	0	0	42	0.98
16642815--16642867	18	3.0	18	73	13	56	24	7	3	64	1.37
16643515--16643574	30	1.9	33	83	10	81	40	3	0	56	1.16
16653927--16653979	21	2.6	21	84	3	72	24	16	26	32	1.97
16655328--16655360	16	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
16664835--16664975	20	6.9	20	75	4	104	43	19	26	9	1.83
16672569--16672720	29	5.2	29	83	0	151	36	11	26	26	1.90
16679358--16679385	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
16694187--16694221	6	5.8	6	96	0	61	54	0	45	0	0.99
16712684--16712709	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
16714555--16714667	25	4.5	25	76	4	84	33	19	14	32	1.92
16715423--16715589	86	2.0	85	91	1	271	38	24	6	30	1.81
16729226--16729272	22	2.1	22	84	0	58	46	17	17	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16729264--16729402	32	4.4	32	88	0	190	38	19	20	20	1.93
16729399--16729446	26	2.0	24	84	12	62	33	25	25	16	1.96
16729409--16729458	26	1.9	26	83	0	64	36	22	22	20	1.96
16729574--16729655	24	3.5	23	76	5	83	45	23	9	21	1.81
16729695--16729925	27	8.6	27	85	0	302	24	21	18	35	1.95
16756681--16756707	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
16761546--16761579	18	1.9	17	88	5	50	41	0	38	20	1.53
16761697--16761759	24	2.6	24	79	0	72	14	38	3	44	1.61
16761859--16761889	16	1.9	16	93	0	53	9	9	6	74	1.23
16763461--16763529	37	1.9	35	82	11	86	39	2	2	55	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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