genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17822443--17822553	40	2.8	38	79	4	114	37	19	19	22	1.94
17822614--17822814	41	4.9	40	85	4	235	20	21	27	29	1.98
17823812--17823845	18	1.9	17	88	5	50	79	0	2	17	0.86
17824601--17824697	39	2.5	38	86	5	133	20	1	40	38	1.60
17824663--17824715	14	3.5	15	84	10	63	16	0	49	33	1.47
17824664--17824715	22	2.3	23	86	6	70	17	0	50	32	1.47
17827250--17827296	21	2.2	21	88	0	67	29	14	48	6	1.69
17827437--17827488	19	2.7	19	75	21	54	30	1	7	59	1.36
17827615--17827720	44	2.4	44	87	0	149	38	19	25	16	1.92
17827689--17827870	43	4.3	42	81	6	215	31	18	25	24	1.98
17829011--17829105	38	2.5	38	86	5	131	31	18	13	35	1.90
17829138--17829525	191	2.0	191	91	0	623	24	12	28	34	1.91
17831063--17831093	14	2.2	14	94	0	53	70	16	0	12	1.16
17833573--17833613	18	2.3	18	100	0	82	26	19	21	31	1.97
17836174--17836219	19	2.4	19	85	7	58	23	19	10	45	1.82
17844664--17845203	140	3.9	140	81	7	552	32	20	20	27	1.97
17844758--17845203	140	3.2	140	85	1	579	32	20	20	26	1.97
17846954--17847013	20	2.9	21	83	11	63	20	1	15	63	1.39
17847483--17847516	18	1.9	17	88	5	50	29	11	0	58	1.33
17849563--17849755	54	3.6	53	78	10	151	32	23	16	27	1.96
17849562--17849775	27	8.0	26	75	11	130	32	24	15	27	1.95
17849617--17849776	53	3.0	53	80	2	178	30	24	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17851542--17851672	60	2.2	60	81	1	145	39	6	14	39	1.71
17851735--17851772	19	2.0	19	100	0	76	47	31	15	5	1.68
17852354--17852427	37	2.0	37	81	5	87	47	5	1	45	1.34
17854140--17854181	16	2.6	16	96	0	75	47	0	7	45	1.30
17854395--17854428	16	2.1	16	100	0	68	70	11	0	17	1.16
17855581--17855619	20	2.0	20	84	0	51	23	2	2	71	1.10
17856468--17856509	22	1.9	22	85	9	59	30	9	14	45	1.77
17857695--17857727	16	2.1	16	94	0	57	9	6	27	57	1.53
17860692--17860904	25	8.7	25	70	10	107	19	25	19	35	1.95
17860672--17860926	25	10.4	25	69	9	105	21	25	19	34	1.96
17868114--17868240	24	5.2	24	76	8	123	17	26	22	33	1.96
17868224--17868287	25	2.6	25	87	5	85	20	26	25	28	1.99
17870802--17870853	24	2.2	24	85	0	68	40	3	1	53	1.30
17872109--17872177	31	2.2	31	94	0	120	34	2	1	60	1.20
17872118--17872217	42	2.4	42	88	3	139	37	3	1	59	1.20
17872140--17872226	42	2.1	40	95	4	156	34	2	0	63	1.07
17872200--17872239	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
17872199--17872253	21	2.5	20	80	13	56	38	1	3	56	1.28
17873128--17873174	19	2.5	19	72	6	51	55	2	2	40	1.24
17873273--17873325	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
17874849--17874920	26	2.8	26	80	4	83	55	1	6	36	1.35
17875043--17875109	10	6.6	10	70	20	50	41	0	2	55	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17875069--17875109	21	2.0	21	90	0	64	46	0	0	53	1.00
17875604--17875638	7	5.0	7	89	0	52	31	51	14	2	1.57
17876354--17876414	28	2.2	29	80	14	74	45	9	8	36	1.67
17876407--17876539	70	1.9	67	84	4	176	30	13	14	41	1.84
17880473--17880566	29	3.2	29	72	11	93	23	25	9	41	1.84
17896709--17896742	13	2.6	13	90	0	50	26	26	29	17	1.98
17900994--17901039	3	15.3	3	93	0	74	34	2	0	63	1.07
17901174--17901206	16	2.1	16	94	0	57	39	0	3	57	1.14
17902461--17902510	23	2.1	24	85	7	66	52	8	14	26	1.68
17907906--17907957	19	2.7	20	80	11	63	28	13	5	51	1.64
17909858--17909912	20	2.8	21	83	10	80	32	7	10	49	1.65
17913926--17913952	12	2.2	12	100	0	54	25	29	0	44	1.54
17914897--17914964	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
17914786--17915113	174	1.9	174	96	0	611	30	24	14	30	1.95
17915066--17915144	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
17923034--17923101	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
17922923--17923250	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
17923203--17923281	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
17924843--17925211	27	13.8	27	80	5	374	42	20	16	20	1.89
17924843--17925211	80	4.6	79	81	7	406	42	20	16	20	1.89
17924843--17925211	107	3.4	106	82	5	289	42	20	16	20	1.89
17938850--17938894	23	2.0	23	82	8	56	37	15	13	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17941367--17941495	30	4.3	30	76	7	127	41	12	24	21	1.87
17941338--17941465	60	2.2	59	89	1	202	39	12	25	23	1.90
17941365--17941495	60	2.2	60	87	2	183	41	12	23	22	1.87
17941480--17941559	30	2.7	30	84	0	97	40	8	21	30	1.83
17941339--17941570	90	2.6	90	76	4	245	38	12	24	25	1.90
17946905--17947008	52	2.0	52	92	0	172	40	15	13	30	1.86
17955565--17955631	32	2.1	32	94	0	116	29	13	22	34	1.92
17956467--17956570	27	3.8	27	77	6	102	43	19	19	18	1.89
17956634--17956739	27	4.0	26	75	9	97	40	18	20	19	1.92
17956417--17956838	181	2.3	181	79	6	444	39	17	21	21	1.92
17962120--17962168	20	2.5	19	80	12	55	24	12	4	59	1.50
17964486--17964539	20	2.7	20	82	0	63	42	22	9	25	1.83
17964645--17964698	28	2.0	27	85	3	72	37	0	5	57	1.22
17967542--17967743	100	2.0	100	84	4	266	50	3	3	41	1.39
17967775--17967801	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
17970572--17970606	18	1.9	18	94	0	61	25	17	20	37	1.94
17980143--17980199	23	2.6	23	80	5	64	52	0	12	35	1.39
17981312--17981343	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
17983869--17983962	44	2.1	44	100	0	188	37	13	6	42	1.70
17983887--17983957	22	3.2	22	63	21	58	42	12	7	38	1.70
17983941--17983984	22	2.0	22	91	4	72	40	13	4	40	1.65
17984573--17984649	13	5.9	13	90	0	127	37	29	7	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17989809--17989836	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
17992346--17992406	31	2.0	31	86	0	86	22	14	9	52	1.71
17992354--17992405	16	3.3	16	75	5	61	21	11	9	57	1.62
17992828--17992894	30	2.2	31	86	2	91	49	13	17	19	1.80
17998157--17998266	57	1.9	58	90	1	177	28	20	6	45	1.75
17998148--17998276	57	2.3	55	81	6	159	27	20	5	46	1.72
18007586--18007614	13	2.1	14	93	6	51	68	17	6	6	1.34
18011491--18011549	29	2.0	29	96	0	109	30	15	22	32	1.94
18012892--18012937	23	2.0	23	100	0	92	34	0	13	52	1.40
18012911--18013135	65	3.5	65	100	0	450	37	4	12	45	1.61
18013273--18013313	21	2.0	21	85	9	57	34	2	7	56	1.40
18013534--18013626	45	2.1	44	92	6	152	36	25	4	33	1.76
18013608--18013663	16	3.5	16	90	0	85	28	30	3	37	1.74
18028513--18028545	16	2.1	16	88	5	50	57	12	0	30	1.35
18030907--18030989	40	2.0	42	84	11	109	27	20	24	27	1.99
18034682--18034714	16	2.1	16	88	5	50	57	12	0	30	1.35
18037931--18037962	15	2.1	15	94	0	55	56	12	0	31	1.37
18039465--18039496	15	2.1	15	94	0	55	56	12	0	31	1.37
18041004--18041035	15	2.1	15	94	0	55	56	12	0	31	1.37
18045627--18045659	16	2.1	16	94	5	59	54	12	0	33	1.37
18053317--18053363	11	4.3	11	78	7	51	23	25	0	51	1.49
18055188--18055230	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18055471--18055518	21	2.3	22	79	17	57	29	41	16	12	1.85
18055651--18055820	49	3.5	49	95	0	304	43	2	8	45	1.49
18055693--18055776	29	3.2	29	62	28	78	42	2	9	45	1.49
18057223--18057371	41	3.7	41	89	4	239	20	22	26	30	1.98
18057625--18057657	15	2.3	15	94	5	59	33	0	33	33	1.58
18057767--18057826	14	4.3	13	81	12	66	23	0	45	31	1.53
18057767--18057818	7	7.4	7	88	0	68	21	0	46	32	1.52
18057767--18057826	21	2.8	20	80	9	66	23	0	45	31	1.53
18057930--18057963	7	4.7	7	88	3	50	17	0	52	29	1.45
18058228--18058311	39	2.2	39	84	4	107	40	17	20	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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