genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29646912--29646972	23	2.5	26	84	15	85	29	22	26	21	1.99
29646912--29647006	26	3.8	24	79	13	86	32	21	24	22	1.98
29656692--29656716	9	2.8	9	100	0	50	20	32	24	24	1.98
29658632--29658663	16	2.1	16	94	5	57	40	3	6	50	1.43
29658783--29658837	23	2.4	24	82	8	62	32	3	3	60	1.32
29659246--29659318	31	2.4	31	88	4	103	23	16	12	47	1.80
29662305--29662329	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
29663215--29663245	16	1.9	16	100	0	62	12	9	6	70	1.31
29663874--29664071	62	3.1	62	70	18	161	41	3	4	50	1.40
29664005--29664038	12	2.8	12	86	0	50	47	0	2	50	1.16
29666381--29666433	20	2.6	21	79	8	65	18	0	7	73	1.06
29666378--29666425	19	2.6	18	83	9	60	16	0	6	77	0.97
29667072--29667127	29	2.0	29	85	3	78	28	14	16	41	1.87
29667429--29667481	22	2.4	22	87	6	81	32	33	0	33	1.58
29667513--29667571	30	2.0	28	90	6	91	40	0	1	57	1.09
29668660--29668684	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
29669847--29670520	29	23.4	29	88	1	894	43	23	1	32	1.63
29673723--29674001	125	2.3	123	85	5	373	32	21	15	30	1.95
29677008--29677063	27	2.1	27	83	3	69	37	1	0	60	1.07
29678613--29678658	19	2.3	21	81	11	60	41	0	4	54	1.20
29689839--29690089	116	2.2	116	92	0	421	29	21	20	28	1.98
29690413--29690484	36	2.0	36	94	0	126	38	16	16	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29694954--29694991	16	2.3	17	81	9	51	23	31	23	21	1.98
29706611--29706662	6	8.7	6	100	0	104	65	0	0	34	0.93
29708003--29708058	18	2.8	20	78	10	71	28	19	21	30	1.98
29720464--29720539	25	3.0	24	78	17	84	25	3	5	65	1.31
29724091--29724225	50	2.7	50	89	1	207	21	29	22	25	1.99
29724193--29724260	35	1.9	35	90	0	109	25	29	20	25	1.99
29724602--29724659	30	1.9	30	82	6	73	32	22	6	37	1.81
29731740--29732373	94	6.8	94	79	8	640	34	18	21	26	1.96
29731780--29731922	44	3.1	45	67	19	114	33	19	20	26	1.96
29732042--29732286	50	5.1	49	65	23	137	32	17	22	27	1.97
29731753--29732293	275	2.0	274	84	2	710	34	18	21	26	1.96
29732089--29732325	44	5.1	43	67	20	120	32	16	23	27	1.96
29734032--29734066	9	3.9	9	96	0	61	40	11	2	45	1.55
29734155--29734211	24	2.3	26	75	21	61	26	7	1	64	1.28
29756255--29756302	25	1.9	25	87	8	71	31	29	27	12	1.93
29764761--29764786	12	2.2	12	100	0	52	38	15	0	46	1.46
29767551--29767578	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
29767785--29767855	35	2.0	35	100	0	142	45	14	23	16	1.84
29768079--29768267	62	3.0	62	100	0	378	25	22	14	37	1.92
29770614--29770832	25	8.8	25	75	5	183	30	23	19	26	1.98
29770614--29770832	75	2.9	75	79	6	230	30	23	19	26	1.98
29771936--29771974	20	2.0	20	90	10	62	12	5	30	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29776653--29776798	25	5.8	25	74	7	100	30	22	19	27	1.98
29776740--29776810	25	2.8	26	81	8	76	29	26	19	23	1.98
29776653--29776798	50	2.9	49	79	8	168	30	22	19	27	1.98
29777917--29777955	20	2.0	20	90	10	62	12	2	30	53	1.52
29781278--29781320	16	2.6	17	85	10	63	69	0	4	25	1.07
29788043--29788073	15	2.1	15	100	0	62	45	6	0	48	1.28
29790926--29791109	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
29790926--29791109	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
29790978--29791132	79	2.0	79	82	10	192	26	21	27	25	1.99
29792484--29792616	50	2.7	50	94	1	223	20	31	21	26	1.98
29794647--29794755	40	2.7	40	82	4	130	33	18	12	34	1.89
29799209--29799258	26	1.9	26	83	0	64	52	0	34	14	1.42
29801995--29802047	16	3.4	16	80	15	74	52	0	3	43	1.19
29802002--29802052	8	6.4	8	80	15	61	54	0	3	41	1.19
29804307--29804332	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
29805224--29805284	29	2.1	30	81	9	72	42	0	39	18	1.50
29805329--29805362	9	3.8	9	92	0	59	29	11	14	44	1.81
29805534--29805562	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
29807443--29807478	18	2.0	18	88	0	54	58	13	8	19	1.61
29811588--29811779	40	4.8	41	90	2	257	21	21	30	26	1.98
29816917--29817140	79	2.8	78	83	9	274	25	27	22	25	2.00
29816917--29817140	40	5.7	40	86	8	275	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29823132--29823282	40	3.8	41	86	3	200	23	22	30	23	1.99
29823133--29823302	80	2.1	79	80	7	191	23	21	29	25	1.99
29828631--29828670	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
29828812--29828925	19	5.8	19	86	5	156	38	8	14	38	1.77
29833810--29833836	14	1.9	14	100	0	54	22	3	37	37	1.72
29833872--29833963	19	4.8	19	91	0	157	39	9	14	36	1.79
29833872--29833986	19	5.7	22	80	15	94	38	8	14	38	1.77
29836508--29836551	23	1.9	23	81	9	54	2	18	4	75	1.09
29836882--29836918	6	6.5	6	87	9	51	48	2	0	48	1.15
29845995--29846066	17	4.2	17	74	0	54	27	20	23	27	1.99
29846008--29846076	34	2.0	34	82	0	84	28	21	24	24	1.99
29846008--29846089	17	4.8	17	73	0	74	26	20	24	28	1.99
29846902--29847041	35	4.0	35	82	1	156	35	37	1	25	1.65
29846902--29847032	70	1.9	70	85	3	183	35	36	1	25	1.66
29853138--29853222	30	3.1	27	78	17	93	34	17	22	25	1.96
29853158--29853239	27	2.9	28	82	15	91	32	15	23	28	1.95
29878311--29878387	24	3.2	23	75	21	86	29	33	12	23	1.92
29878785--29878811	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
29886483--29886581	27	3.5	28	88	2	137	31	30	13	25	1.93
29887028--29887054	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
29904000--29904078	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
29904524--29904550	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29908033--29908065	12	2.5	13	90	9	50	69	3	9	18	1.28
29910193--29910237	18	2.5	19	79	17	51	73	0	20	6	1.05
29910186--29910255	29	2.4	31	81	11	76	72	1	18	7	1.14
29925894--29926125	79	2.9	79	99	0	455	28	14	13	43	1.83
29929011--29929210	100	2.0	100	89	1	303	20	37	11	31	1.87
29931923--29931955	15	2.1	16	88	5	50	63	0	9	27	1.24
29940277--29940303	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
29940501--29940534	16	2.1	17	88	5	52	38	0	5	55	1.24
29946201--29946227	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
29952127--29952153	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
29958217--29958259	7	6.3	7	86	13	63	67	0	16	16	1.24
29958220--29958259	20	2.0	20	90	9	64	70	0	15	15	1.18
29959461--29959855	87	4.5	87	90	0	583	30	23	23	22	1.99
29959560--29959783	43	5.2	42	62	18	109	30	24	22	22	1.99
29959603--29959827	44	5.2	44	61	16	117	28	24	24	23	2.00
29959860--29960353	131	3.8	130	85	2	643	30	20	24	24	1.99
29959860--29960353	259	1.9	262	85	3	683	30	20	24	24	1.99
29968140--29968177	15	2.5	15	84	12	51	39	2	7	50	1.46
29975692--29975886	51	3.9	50	81	3	230	26	17	25	30	1.97
29975697--29975879	101	1.8	102	91	3	307	26	16	25	31	1.97
29975801--29975881	26	3.2	26	65	28	73	22	14	29	33	1.94
29983285--29983396	25	4.5	25	80	6	120	41	31	9	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29983285--29983396	49	2.3	50	85	1	154	41	31	9	17	1.82
29988540--29988599	25	2.4	25	86	5	86	36	26	10	26	1.88
30002212--30002253	21	2.0	21	90	9	68	11	0	7	80	0.88
30002212--30002253	22	2.0	20	86	9	57	11	0	7	80	0.88
30002216--30002259	21	2.0	21	86	4	61	15	0	9	75	1.05
30004296--30004344	11	4.3	12	77	10	50	75	4	16	4	1.11
30005441--30005538	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
30005469--30005553	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
30022824--30022872	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
30029292--30029340	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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