genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6867955--6867992	16	2.4	16	82	8	51	44	0	2	52	1.14
6868049--6868111	16	4.1	16	69	19	53	42	9	0	47	1.36
6868550--6868583	17	1.9	18	88	5	52	47	11	0	41	1.40
6870671--6870704	14	2.3	15	90	5	52	58	2	2	35	1.28
6872030--6872081	19	2.7	19	75	3	59	65	3	1	28	1.21
6873439--6873476	17	2.3	17	90	4	60	71	0	0	28	0.87
6881660--6881702	6	7.2	6	91	0	68	0	18	60	20	1.36
6885296--6885348	22	2.3	23	87	9	81	43	15	11	30	1.81
6885389--6885435	25	2.0	25	83	8	62	68	4	4	23	1.26
6886924--6887360	44	9.9	43	82	5	505	30	24	15	29	1.95
6886924--6887360	133	3.3	133	90	1	635	30	24	15	29	1.95
6887363--6888144	265	3.0	262	89	2	1215	28	24	19	28	1.98
6887363--6888121	132	5.7	132	89	2	1209	28	23	19	28	1.98
6889427--6889467	14	3.0	13	89	7	55	14	19	0	65	1.26
6889427--6889470	21	2.1	21	91	0	70	15	20	0	63	1.31
6889437--6889470	7	4.9	7	86	13	52	14	17	0	67	1.23
6892688--6892955	41	6.5	41	95	0	446	25	26	19	29	1.98
6892893--6893019	41	3.1	41	81	8	109	29	25	15	28	1.96
6894729--6894785	28	2.0	28	93	6	98	36	5	0	57	1.21
6894729--6894782	14	3.8	14	76	11	56	37	5	0	57	1.22
6895544--6895589	19	2.4	19	85	7	58	47	8	19	23	1.77
6896020--6896050	16	1.9	16	93	0	53	32	22	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6897780--6897832	22	2.3	23	83	9	72	45	13	11	30	1.78
6900521--6900658	71	2.0	70	88	4	206	28	21	23	26	1.99
6900605--6900805	76	2.6	76	82	6	253	31	22	21	23	1.98
6903767--6903830	25	2.6	25	76	11	69	26	25	21	26	2.00
6918826--6918892	23	2.8	23	75	6	62	58	0	7	34	1.26
6918878--6918921	16	2.7	16	78	3	52	61	0	6	31	1.22
6918993--6919039	18	2.6	17	83	9	58	63	0	6	29	1.19
6918998--6919054	15	3.7	15	77	20	55	61	1	8	28	1.36
6920009--6920045	17	2.2	17	95	0	65	16	21	29	32	1.95
6920624--6920813	44	4.3	44	80	7	224	31	25	14	29	1.94
6920624--6921004	88	4.5	87	78	12	349	30	25	14	29	1.95
6920735--6920888	75	2.1	75	91	0	245	32	24	16	26	1.96
6920832--6921035	44	4.6	44	92	1	329	29	23	14	31	1.94
6921005--6921521	132	3.9	129	86	4	590	28	23	17	30	1.97
6921069--6921454	44	8.8	44	67	7	183	28	23	17	30	1.97
6921025--6921521	264	1.9	264	89	1	773	28	23	17	30	1.97
6921542--6921903	44	8.2	45	73	5	290	28	22	17	30	1.97
6921536--6921917	88	4.3	89	89	1	545	28	22	18	31	1.97
6923013--6923055	21	2.1	20	86	4	59	16	20	0	62	1.32
6927141--6927198	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
6927410--6927441	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
6927536--6927831	50	5.8	50	91	2	466	26	22	31	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6927536--6927831	103	2.9	100	92	2	466	26	22	31	19	1.98
6929856--6929922	23	2.8	23	75	6	62	58	0	7	34	1.26
6929870--6929960	48	1.9	46	82	6	110	56	0	8	35	1.31
6930019--6930074	16	3.4	16	76	16	53	60	1	10	26	1.40
6931257--6931281	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
6936362--6936560	55	3.6	56	88	3	303	24	8	17	50	1.72
6936460--6936537	18	4.3	18	67	20	54	23	6	15	55	1.63
6936466--6936557	21	4.8	20	72	15	61	26	5	15	53	1.63
6938041--6938257	107	2.0	107	95	1	393	36	11	12	38	1.81
6950340--6950377	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
6951926--6951964	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
6952115--6952145	15	2.1	15	93	0	53	19	32	9	38	1.84
6956274--6956313	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
6956464--6956494	15	2.1	15	93	0	53	25	29	6	38	1.81
6958906--6958939	8	4.2	8	84	0	50	44	0	0	55	0.99
6959414--6959447	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
6959726--6959818	36	2.5	35	80	13	98	46	1	21	31	1.59
6961631--6961661	15	2.0	16	93	6	55	12	12	12	61	1.58
6964045--6964069	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6969632--6969799	89	1.9	89	81	9	209	22	23	17	36	1.95
6969770--6969846	31	2.5	31	79	8	93	29	22	12	35	1.91
6975764--6975909	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6975873--6976141	52	5.2	52	87	6	379	27	22	14	35	1.93
6975975--6976147	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
6975873--6976147	98	2.7	98	89	3	406	27	22	14	35	1.93
6979272--6979475	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
6979356--6979474	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
6979365--6979455	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
6980729--6980911	37	5.0	37	94	4	309	25	20	16	37	1.93
6980875--6981143	52	5.2	52	87	6	388	27	22	14	35	1.93
6980875--6981149	98	2.7	98	90	3	415	28	22	14	34	1.93
6980875--6981143	150	1.8	147	91	0	394	27	22	14	35	1.93
6989888--6990020	37	3.4	41	71	15	109	36	24	15	24	1.94
6990857--6990928	22	3.3	20	74	12	56	2	22	4	70	1.17
6992481--6992508	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
6995708--6995736	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7002214--7002268	28	2.0	27	89	6	85	49	7	0	43	1.30
7004280--7004314	4	8.8	4	93	0	61	25	2	22	48	1.64
7009340--7009425	43	2.0	43	93	4	149	31	16	13	38	1.88
7013945--7013997	26	2.0	26	96	0	97	30	7	28	33	1.85
7018869--7018894	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
7019532--7019572	20	2.0	20	100	0	82	21	9	34	34	1.87
7020380--7020424	22	1.9	25	86	13	69	22	4	11	62	1.46
7020992--7021040	21	2.3	21	78	3	53	38	16	4	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7022249--7022295	20	2.3	21	78	14	53	31	4	2	61	1.27
7022257--7022320	20	3.1	21	75	16	64	32	4	3	59	1.34
7027858--7027950	12	7.8	12	77	12	84	59	2	7	31	1.37
7027858--7027951	3	31.3	3	74	8	75	59	2	7	30	1.37
7028746--7028777	11	2.8	12	86	13	50	81	0	6	12	0.87
7033074--7033121	19	2.5	19	80	10	53	56	4	0	39	1.19
7042521--7042586	25	2.7	24	74	4	69	13	25	19	40	1.89
7042521--7042598	24	3.2	25	73	10	72	14	28	21	35	1.92
7042772--7042853	24	3.4	24	86	10	105	17	31	20	30	1.95
7042762--7042853	24	3.8	24	82	7	98	17	30	20	31	1.96
7044263--7044350	27	3.3	27	79	3	97	31	25	19	23	1.98
7059153--7059201	11	4.5	11	92	2	73	24	30	0	44	1.54
7061019--7061056	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
7061259--7061299	21	2.0	21	85	0	55	29	41	24	4	1.75
7064008--7064422	126	3.3	125	90	0	641	27	20	18	33	1.96
7064455--7064735	96	2.9	95	81	3	339	41	17	3	37	1.67
7067085--7067298	106	2.0	106	93	0	365	38	20	6	34	1.78
7070055--7070112	30	1.9	30	96	0	107	25	34	24	15	1.95
7070055--7070128	30	2.5	30	88	4	96	24	35	21	18	1.96
7071333--7071437	25	4.3	25	75	3	97	34	20	25	20	1.96
7071391--7071554	73	2.2	73	75	9	163	35	20	24	19	1.95
7071391--7071578	25	7.7	26	68	13	78	35	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7080110--7080229	64	1.9	64	85	0	168	36	23	20	20	1.95
7081762--7081825	18	3.9	18	77	20	70	70	0	0	29	0.88
7081774--7081815	6	7.0	6	78	10	50	76	0	0	23	0.79
7081751--7081815	30	2.1	31	94	2	114	70	1	0	27	0.96
7081878--7081989	56	2.0	56	100	0	224	41	5	16	37	1.71
7081996--7082056	17	3.4	17	68	12	50	32	3	13	50	1.57
7081974--7082065	37	2.5	37	89	7	125	33	5	14	46	1.67
7082584--7082635	26	2.0	25	85	3	68	26	7	21	44	1.79
7083183--7083243	24	2.6	23	82	7	61	40	0	4	54	1.22
7086521--7086588	3	22.7	3	90	0	100	39	33	26	0	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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