genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23599308--23599645	56	6.6	48	81	7	230	23	26	20	29	1.99
23599355--23599649	99	2.8	102	80	8	276	23	27	19	28	1.98
23599496--23599649	56	2.8	56	94	0	263	25	27	17	29	1.97
23608706--23608738	17	1.9	17	93	0	57	21	15	6	57	1.59
23616445--23616485	20	2.0	20	100	0	82	46	19	0	34	1.50
23620677--23620774	42	2.3	42	78	0	115	30	20	24	24	1.98
23624621--23624669	23	2.1	23	100	0	98	36	4	32	26	1.75
23632124--23632178	20	2.8	20	80	0	65	29	18	23	29	1.98
23635025--23635072	19	2.7	18	81	12	55	33	2	0	64	1.05
23635034--23635072	19	2.1	18	90	4	60	33	0	0	66	0.92
23637704--23637885	88	2.0	90	87	2	260	37	20	8	34	1.82
23637900--23638010	9	12.1	9	76	17	86	63	0	1	33	1.11
23637888--23637932	18	2.4	19	81	11	56	71	0	2	26	0.98
23637888--23638004	10	12.6	9	73	14	69	65	0	2	30	1.11
23637888--23638004	46	2.5	47	77	10	125	65	0	2	30	1.11
23637910--23638049	56	2.5	55	80	6	149	62	1	4	31	1.23
23638224--23638249	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
23638289--23638349	20	3.1	20	68	11	54	34	1	0	63	1.04
23638234--23638380	46	3.2	47	75	12	155	40	2	0	57	1.10
23638297--23638345	18	2.6	19	78	12	57	34	2	0	63	1.06
23638297--23638346	19	2.7	17	77	17	55	34	2	0	64	1.05
23642534--23642573	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23643660--23644204	187	2.9	184	90	3	869	42	20	11	25	1.85
23647091--23647117	10	2.7	10	100	0	54	44	11	0	44	1.39
23651371--23651500	50	2.6	50	82	0	152	28	23	28	20	1.98
23653786--23653835	25	2.0	25	84	7	66	34	0	2	64	1.05
23654843--23654902	30	2.0	30	90	0	93	56	8	3	31	1.45
23654882--23654914	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
23654935--23654977	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
23656370--23656417	23	2.0	23	84	8	60	25	6	2	66	1.26
23659124--23659167	21	2.1	21	95	0	79	56	9	29	4	1.50
23669324--23669374	25	2.1	24	81	3	57	66	3	0	29	1.09
23669331--23669469	74	1.9	73	90	1	224	57	9	0	32	1.36
23677310--23677334	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
23679460--23679527	34	2.0	34	100	0	136	38	20	8	32	1.84
23679982--23680013	15	2.0	17	88	11	50	81	3	15	0	0.82
23682249--23682330	25	3.3	25	86	5	103	28	21	20	29	1.98
23685642--23685750	42	2.6	43	83	1	139	33	16	23	25	1.96
23692136--23692221	41	2.1	41	80	8	95	31	25	16	26	1.96
23700886--23701157	39	7.1	39	80	4	270	33	16	32	17	1.92
23701008--23701104	19	5.1	19	66	12	72	32	17	35	14	1.90
23702781--23702813	16	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
23703833--23703882	24	2.2	22	82	7	55	64	6	0	30	1.18
23703932--23703976	23	2.0	23	86	8	65	53	2	0	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23704178--23704229	26	2.0	26	81	7	61	38	21	9	30	1.85
23707332--23707365	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
23715080--23715127	10	4.6	10	85	10	51	62	4	0	33	1.14
23718453--23718541	47	1.9	46	88	2	133	32	12	25	29	1.92
23720014--23720091	25	3.1	25	94	0	138	37	14	11	37	1.82
23729397--23729454	26	2.2	26	90	0	89	37	8	15	37	1.78
23729409--23729470	26	2.4	26	83	2	81	35	9	20	33	1.86
23744784--23744842	26	2.2	26	96	3	109	59	0	3	37	1.14
23755032--23755265	10	23.4	10	69	21	102	1	28	0	70	0.96
23755089--23755191	18	5.3	18	67	24	57	1	28	0	69	0.99
23755034--23755262	40	5.6	41	88	8	308	1	28	0	69	0.96
23755180--23755242	5	13.0	5	75	6	58	0	33	0	66	0.92
23755317--23755380	27	2.4	27	89	0	101	18	28	21	31	1.97
23759213--23759255	14	3.0	14	83	6	50	62	4	0	32	1.15
23759236--23759279	21	2.0	22	86	4	63	61	0	0	38	0.96
23769340--23769396	18	3.1	18	73	9	51	24	14	14	47	1.80
23775969--23776012	18	2.4	19	80	3	54	34	0	18	47	1.49
23785723--23785892	85	2.0	85	95	0	304	32	24	13	30	1.93
23793027--23794098	89	12.1	89	89	2	1566	25	24	18	30	1.98
23815890--23815949	3	19.3	3	81	6	50	60	0	6	33	1.23
23815886--23815950	18	3.9	18	72	27	63	58	0	9	32	1.30
23817032--23817062	16	1.9	16	93	0	53	35	6	12	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23820209--23820256	24	2.0	24	84	8	62	18	2	14	64	1.38
23823663--23823688	12	2.2	12	100	0	52	7	15	0	76	0.99
23824689--23824817	63	2.0	63	92	2	215	35	13	13	37	1.84
23825692--23825764	35	2.1	34	92	2	119	32	6	35	24	1.82
23828703--23828736	17	2.1	17	88	5	52	41	5	8	44	1.60
23836303--23836391	35	2.5	35	78	5	99	39	34	12	13	1.82
23838984--23839020	18	2.1	19	85	10	51	59	5	10	24	1.52
23844717--23844821	20	5.3	19	71	6	84	33	16	34	16	1.91
23844697--23844876	79	2.2	81	87	1	247	32	16	31	20	1.94
23844697--23844879	40	4.6	41	88	3	248	32	16	31	20	1.94
23847613--23847729	34	3.4	34	81	4	101	31	9	15	43	1.78
23850568--23850600	17	1.9	17	100	0	66	48	12	21	18	1.80
23852221--23852287	21	3.3	20	71	8	55	61	1	5	31	1.29
23856210--23856252	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
23856862--23856931	30	2.3	30	82	0	77	47	5	5	41	1.51
23856918--23856983	22	2.9	23	77	11	64	54	0	1	43	1.09
23858447--23858486	20	2.0	21	85	5	55	55	10	2	32	1.47
23860658--23860725	33	2.1	33	100	0	136	48	11	26	13	1.76
23867052--23867125	29	2.3	30	80	19	80	60	4	2	32	1.29
23867076--23867138	29	2.2	28	81	16	67	66	4	3	25	1.26
23868621--23868679	29	2.1	27	84	9	75	44	13	15	27	1.84
23869872--23870000	63	2.0	63	81	0	150	31	31	8	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23874114--23874147	17	2.0	17	88	0	50	38	14	0	47	1.45
23877616--23877652	17	2.1	18	90	5	58	43	8	8	40	1.64
23879635--23879744	20	5.6	20	74	14	86	35	13	9	41	1.76
23879656--23879744	39	2.2	40	90	5	137	37	14	5	42	1.69
23887690--23887834	68	2.1	71	79	10	156	51	3	4	40	1.40
23888212--23888254	19	2.3	19	87	0	59	39	2	4	53	1.34
23889726--23889792	25	2.9	22	79	12	80	38	16	23	20	1.92
23889742--23889800	25	2.4	25	91	0	100	38	16	22	22	1.93
23896677--23896792	12	9.5	11	70	25	74	81	3	11	4	0.96
23896677--23896792	9	13.6	8	69	20	67	81	3	11	4	0.96
23896678--23896727	7	6.7	7	84	11	64	86	2	12	0	0.67
23896745--23896793	6	8.0	6	80	19	57	81	0	14	4	0.83
23897557--23897667	60	1.9	57	90	5	177	49	17	17	16	1.80
23899024--23899309	131	2.2	132	87	2	416	27	20	26	25	1.99
23899241--23899353	44	2.6	43	84	2	127	28	18	23	30	1.98
23899653--23900052	44	9.1	44	66	7	150	31	18	24	26	1.98
23899634--23899884	131	1.9	131	79	4	283	31	18	23	26	1.98
23899810--23900053	44	5.6	44	70	13	171	29	18	25	27	1.98
23899985--23900067	44	2.0	44	83	7	109	34	19	21	24	1.96
23899155--23900058	175	5.2	175	88	1	1341	29	19	24	26	1.98
23908155--23908188	17	2.0	17	94	0	59	32	29	5	32	1.81
23917273--23917338	28	2.4	27	78	12	71	24	4	4	66	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23923376--23923460	44	1.9	44	97	0	161	41	14	14	30	1.85
23924088--23924163	9	8.4	9	82	5	82	28	7	18	44	1.78
23936189--23936356	35	5.1	35	64	16	126	39	3	14	42	1.63
23936170--23936356	64	2.9	64	98	0	365	39	4	14	41	1.68
23936224--23936332	29	3.6	29	69	13	92	40	5	13	40	1.68
23936495--23936522	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
23936544--23936661	54	2.1	54	96	3	218	33	10	12	43	1.77
23940148--23940389	50	4.8	50	83	7	258	26	21	29	23	1.99
23940217--23940440	50	4.5	49	83	3	155	26	21	29	22	1.99
23942393--23942435	18	2.4	18	88	0	59	23	25	9	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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