genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23945941--23946586	126	5.1	126	88	2	931	27	17	17	37	1.92
23946658--23946757	34	2.9	32	81	11	101	48	15	0	37	1.45
23946809--23946879	21	3.4	21	66	14	65	46	25	0	28	1.53
23946800--23946894	42	2.2	42	85	7	129	47	26	1	25	1.59
23947198--23947240	19	2.3	20	84	11	56	46	2	0	51	1.13
23947212--23947249	19	2.0	20	84	5	51	50	2	0	47	1.15
23955182--23955217	15	2.3	16	90	4	56	61	13	2	22	1.46
23955198--23955267	30	2.4	30	92	2	115	48	14	8	28	1.73
23961676--23961773	42	2.3	42	83	0	133	22	22	31	23	1.98
23983451--23983506	27	2.0	29	86	6	80	66	5	1	26	1.23
23983523--23983561	21	1.9	20	89	5	60	56	2	7	33	1.41
23992698--23992762	34	1.9	34	90	0	103	33	21	10	33	1.88
23997674--23997879	27	7.6	27	86	3	243	30	28	15	26	1.96
24005712--24005915	27	7.6	27	86	3	243	29	28	15	26	1.96
24016030--24016104	27	2.8	27	87	0	114	29	26	14	29	1.95
24018661--24018704	20	2.2	20	91	4	70	25	11	11	52	1.70
24018784--24018826	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
24022087--24022132	6	7.7	6	95	0	65	39	0	60	0	0.97
24022087--24022134	12	4.0	12	91	0	78	41	0	58	0	0.98
24027678--24027717	21	1.9	21	85	10	55	57	12	0	30	1.36
24027746--24027782	3	12.0	3	94	5	65	67	0	0	32	0.91
24027749--24027781	16	2.1	16	100	0	66	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24027737--24027782	19	2.4	19	96	0	83	67	0	2	30	1.03
24028256--24028309	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
24028233--24028309	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
24028863--24029196	45	7.6	45	75	13	243	26	23	20	29	1.99
24028902--24029322	44	9.7	43	70	13	159	26	23	21	28	1.99
24028895--24029339	217	2.0	218	89	2	680	25	24	20	29	1.99
24029601--24030101	88	5.7	88	91	0	770	22	23	26	26	2.00
24029593--24030008	44	9.5	44	62	6	160	22	23	27	26	1.99
24029606--24030101	264	1.9	264	95	0	902	22	23	26	27	1.99
24031429--24031461	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
24035228--24035284	29	1.9	30	82	10	73	52	7	14	26	1.66
24036467--24036526	23	2.6	22	79	7	75	51	10	5	33	1.57
24036556--24036603	3	15.7	3	82	4	60	70	0	2	27	0.98
24036561--24036603	22	2.0	22	90	0	68	72	0	0	27	0.85
24036561--24036599	16	2.5	16	91	4	62	74	0	0	25	0.82
24037040--24037097	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
24041464--24041535	32	2.2	32	87	0	99	23	20	22	33	1.97
24043967--24043991	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24044392--24044438	24	2.0	24	91	0	76	38	10	4	46	1.58
24050007--24050061	2	27.5	2	100	0	110	50	0	49	0	1.00
24051407--24051467	30	2.0	31	90	6	99	31	3	13	52	1.56
24051409--24051475	30	2.2	30	86	5	91	32	2	10	53	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24062809--24063038	116	2.0	113	91	2	370	36	12	17	33	1.87
24066850--24066982	39	3.4	38	81	4	149	30	15	19	34	1.92
24066850--24067009	78	2.1	78	82	4	189	28	15	20	35	1.93
24068825--24068864	20	2.0	20	90	4	64	37	10	35	17	1.83
24075767--24075945	89	2.0	89	97	0	340	45	16	7	30	1.76
24076804--24076873	35	2.0	35	94	0	122	47	11	5	35	1.64
24081915--24081939	7	3.6	7	100	0	50	28	0	24	48	1.52
24082582--24082657	20	3.8	20	78	14	86	38	1	1	59	1.14
24082916--24082962	23	2.0	24	88	12	71	59	6	0	34	1.23
24082939--24082992	9	5.9	9	80	2	63	61	5	0	33	1.19
24083645--24083787	10	14.8	9	71	13	54	58	2	2	36	1.27
24083711--24083785	29	2.6	30	79	8	75	58	1	2	37	1.20
24084464--24084695	9	25.1	9	64	19	59	30	2	5	62	1.31
24084667--24084706	19	2.0	20	90	4	64	27	2	7	62	1.35
24093889--24094090	101	2.0	101	99	0	395	33	21	19	25	1.97
24106467--24106491	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
24106510--24106572	20	3.1	20	64	28	51	39	11	4	44	1.61
24107124--24107154	15	2.1	15	100	0	62	35	6	12	45	1.68
24108730--24108756	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
24110150--24110357	91	2.3	91	89	2	310	45	2	3	48	1.35
24110190--24110332	44	3.2	43	66	21	105	44	2	3	49	1.31
24110676--24110780	44	2.5	40	76	15	113	32	28	5	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24110693--24110782	45	2.0	44	87	6	128	34	27	6	31	1.83
24117603--24117695	31	3.0	31	82	1	116	20	39	0	39	1.53
24117775--24117835	17	3.4	17	78	15	61	22	27	0	49	1.50
24118334--24118359	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
24120032--24120065	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
24121355--24121394	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
24132966--24133009	23	2.0	23	90	4	72	11	0	15	72	1.11
24133452--24133482	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24133536--24133572	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
24133621--24133681	30	2.0	31	93	3	106	19	42	0	37	1.52
24133936--24133968	16	1.9	18	88	11	52	27	33	0	39	1.57
24138018--24138134	38	3.1	38	83	0	162	35	30	19	13	1.91
24144618--24144852	50	4.6	50	78	5	170	27	21	27	23	1.99
24157004--24157065	25	2.5	25	86	5	81	29	29	20	20	1.98
24157027--24157092	25	2.6	24	83	4	69	33	21	21	24	1.97
24157027--24157102	25	3.0	23	75	17	64	34	19	22	23	1.97
24157968--24158007	20	2.1	19	85	4	53	27	5	5	62	1.37
24163264--24163322	17	3.6	17	71	17	52	57	1	1	38	1.19
24164745--24164883	62	2.2	62	79	0	143	31	5	17	45	1.71
24167805--24167876	3	26.0	3	75	13	57	2	29	1	66	1.14
24167802--24167859	11	5.4	11	83	4	64	3	31	0	65	1.09
24167941--24168022	40	2.1	40	83	2	103	39	8	10	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24167963--24168041	40	2.0	40	97	0	149	40	3	10	45	1.56
24170947--24171066	59	2.0	59	93	0	204	26	20	12	40	1.88
24172757--24172979	42	5.3	42	77	3	198	24	17	17	40	1.91
24172746--24172962	84	2.6	84	80	2	238	23	17	17	41	1.89
24181201--24181367	86	2.0	85	83	8	214	39	22	9	28	1.85
24181386--24181482	9	10.6	9	67	12	54	63	1	2	32	1.12
24181401--24181443	19	2.3	18	92	7	77	58	0	2	39	1.11
24181422--24181484	28	2.1	31	85	8	87	65	1	1	31	1.12
24181569--24181630	30	2.2	28	80	11	74	35	1	0	62	1.05
24181614--24181655	10	4.3	10	85	8	52	19	4	0	76	0.96
24181622--24181655	11	3.3	11	92	8	54	17	5	0	76	0.98
24181611--24181645	8	4.1	8	86	13	52	22	2	0	74	0.95
24181670--24181866	90	2.2	91	78	3	218	37	8	15	39	1.77
24183057--24183692	241	2.6	236	82	8	718	28	11	13	46	1.78
24195103--24195940	276	3.0	276	95	1	1433	28	16	17	38	1.91
24196042--24196129	31	2.9	31	75	6	83	44	10	6	38	1.65
24202807--24202881	4	18.8	4	95	0	132	52	21	0	26	1.47
24206005--24206036	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
24209657--24209710	24	2.3	24	78	12	58	51	7	3	37	1.48
24210766--24211130	183	2.0	183	90	1	579	19	15	26	38	1.92
24223825--24223868	17	2.6	17	79	13	56	72	0	22	4	1.02
24224574--24225730	132	8.8	132	95	0	1983	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24227148--24227179	13	2.4	14	94	5	57	12	6	0	81	0.87
24227968--24227997	13	2.4	12	89	10	51	0	16	0	83	0.65
24227969--24228004	16	2.1	18	90	10	58	0	19	0	80	0.71
24230705--24230750	19	2.4	19	85	7	58	45	10	19	23	1.82
24233155--24233204	26	2.0	25	84	4	64	56	2	10	32	1.44
24233166--24233222	22	2.6	22	77	0	60	50	1	8	38	1.44
24238967--24238997	2	15.5	2	93	0	53	48	0	51	0	1.00
24241884--24241930	14	3.4	14	84	0	58	27	6	8	57	1.53
24244600--24244636	19	1.9	19	88	0	56	16	32	29	21	1.95
24251571--24251636	21	3.0	23	77	22	79	25	4	0	69	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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