genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57217936--57217968	17	1.9	17	93	0	57	36	12	24	27	1.91
57221443--57221533	44	2.0	45	93	2	157	31	14	16	37	1.89
57236456--57236583	65	2.0	65	90	0	202	42	15	15	26	1.87
57239625--57239730	55	1.9	55	82	3	133	20	23	28	27	1.99
57243153--57243374	40	5.6	40	93	3	369	30	20	27	21	1.98
57243153--57243374	79	2.8	79	95	0	392	30	20	27	21	1.98
57251807--57252031	40	5.6	40	93	0	387	29	19	28	22	1.98
57256014--57256137	61	2.0	62	95	1	223	22	16	16	45	1.85
57259824--57259853	15	1.9	16	93	6	53	16	23	26	33	1.96
57261523--57261556	10	3.3	10	91	4	50	52	8	0	38	1.33
57261957--57261995	16	2.4	16	100	0	78	25	17	10	46	1.80
57263618--57263675	30	1.9	30	82	6	73	24	31	29	15	1.95
57268420--57268446	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
57279974--57280010	18	2.1	19	90	10	60	75	0	0	24	0.80
57281230--57281278	21	2.4	20	83	6	71	32	0	6	61	1.21
57283171--57283354	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
57283355--57283404	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
57287623--57287806	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
57287807--57287853	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
57291743--57291818	32	2.4	32	90	0	125	47	23	7	21	1.77
57291749--57291806	16	3.6	16	78	0	71	44	18	10	25	1.82
57291767--57291818	16	3.2	16	80	0	68	50	21	7	21	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57311345--57311413	25	2.8	24	75	12	77	37	20	20	21	1.94
57314670--57314708	11	3.4	11	80	13	51	69	2	0	28	1.02
57314743--57314778	17	2.1	18	90	10	58	75	0	0	25	0.81
57316008--57316055	21	2.3	21	85	0	60	31	0	6	62	1.20
57320378--57320420	12	3.6	12	80	0	50	32	6	2	58	1.38
57321129--57321166	17	2.2	18	81	13	53	10	7	5	76	1.15
57321133--57321168	17	2.2	17	90	5	56	8	8	5	77	1.11
57326461--57326516	28	2.0	28	96	0	103	48	7	8	35	1.62
57327241--57327327	44	2.0	45	93	2	149	26	13	25	34	1.93
57327619--57327811	100	1.9	100	89	2	298	30	19	22	27	1.98
57327818--57328157	44	7.8	44	73	12	209	31	20	20	27	1.97
57327803--57328281	218	2.2	219	84	2	615	31	20	21	26	1.98
57328183--57328270	45	2.0	44	81	2	104	37	23	17	21	1.94
57327952--57328281	44	7.5	45	71	11	148	32	21	20	25	1.98
57329708--57329768	3	20.3	3	87	0	86	32	3	1	62	1.21
57329692--57329768	18	4.0	20	77	14	65	33	2	2	61	1.24
57330461--57330499	16	2.4	17	91	4	62	10	7	5	76	1.13
57332246--57332321	32	2.4	32	93	0	125	47	22	9	21	1.78
57332246--57332321	16	4.8	16	74	4	73	47	22	9	21	1.78
57334048--57334086	21	1.9	21	89	5	62	28	0	7	64	1.21
57339182--57339219	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
57343294--57343343	22	2.3	22	83	10	59	60	2	32	6	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57347088--57347137	26	1.9	26	92	8	84	24	8	8	60	1.52
57356386--57356494	54	2.0	54	96	0	200	27	16	1	54	1.53
57357611--57357654	20	2.3	19	84	4	52	43	2	0	54	1.12
57358829--57358875	24	2.0	23	88	8	69	36	17	10	36	1.84
57359565--57359624	20	3.0	20	80	9	77	38	11	13	36	1.81
57364083--57364130	21	2.3	21	92	0	78	31	20	14	33	1.93
57368191--57368226	18	1.9	19	88	5	56	58	13	13	13	1.64
57371704--57371750	17	2.7	17	83	9	51	17	4	6	72	1.22
57372595--57372643	25	2.0	25	91	0	80	30	8	4	57	1.47
57378226--57378265	21	2.0	21	85	5	55	12	22	12	52	1.72
57388319--57388406	39	2.3	39	91	0	140	42	19	18	20	1.90
57392108--57392305	101	2.0	101	94	0	351	31	13	14	40	1.85
57405283--57405320	19	2.1	19	90	5	60	55	5	18	21	1.62
57407659--57407685	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
57409945--57410066	43	2.9	42	86	3	163	22	33	18	25	1.96
57409993--57410197	43	4.8	43	83	1	250	27	25	18	29	1.98
57409949--57410195	86	2.9	86	82	2	282	25	27	18	28	1.98
57412501--57412543	21	2.0	21	86	0	59	48	16	6	27	1.71
57412454--57412588	68	2.0	68	88	0	198	48	14	8	27	1.74
57412581--57412673	30	3.1	30	81	7	109	52	11	10	24	1.70
57420732--57420917	41	4.5	41	84	2	248	28	31	19	20	1.97
57426953--57427231	135	2.1	136	89	3	420	39	5	11	44	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57427221--57427283	31	2.1	31	90	3	101	33	1	7	57	1.37
57427805--57427851	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
57428008--57428037	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
57431256--57431332	30	2.6	30	89	4	120	22	7	16	53	1.69
57434745--57434855	42	2.7	42	83	2	145	50	16	17	16	1.79
57434756--57434855	21	4.8	21	77	3	94	50	15	18	17	1.79
57439518--57439554	18	2.1	18	90	10	58	62	5	0	32	1.18
57440733--57440775	15	2.9	14	86	10	59	25	2	0	72	0.97
57441212--57441812	50	12.0	50	72	8	364	23	20	22	32	1.98
57441199--57441807	100	6.1	98	83	6	631	24	20	22	33	1.97
57441199--57441807	200	3.0	196	86	5	737	24	20	22	33	1.97
57443111--57443162	7	7.4	7	85	8	70	11	13	3	71	1.28
57448887--57448923	18	2.1	18	90	10	58	62	5	0	32	1.18
57450099--57450143	19	2.4	19	100	0	90	22	4	13	60	1.51
57450150--57450202	14	3.5	15	82	15	65	22	0	1	75	0.90
57450150--57450209	5	12.2	5	79	13	54	21	0	3	75	0.95
57450153--57450200	23	2.1	23	84	7	62	20	0	2	77	0.88
57450150--57450204	24	2.4	23	82	11	69	21	0	1	76	0.88
57451510--57451555	18	2.7	17	93	6	76	67	0	6	26	1.15
57451697--57451876	23	7.6	23	74	14	134	58	3	5	32	1.39
57453012--57453044	17	1.9	17	100	0	66	18	6	36	39	1.75
57455473--57455901	142	3.0	142	94	0	750	31	13	16	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57461724--57461817	47	2.0	47	100	0	188	29	31	6	31	1.83
57462911--57463037	18	6.9	18	84	3	155	33	16	20	29	1.95
57462911--57463037	54	2.3	55	84	2	175	33	16	20	29	1.95
57464206--57464267	31	2.0	31	96	0	115	32	9	14	43	1.78
57464787--57464816	11	2.6	12	89	10	53	70	6	16	6	1.31
57470379--57470440	31	2.0	30	96	3	115	33	6	12	46	1.68
57472740--57472781	21	2.0	21	86	4	59	57	7	2	33	1.39
57473575--57473608	17	1.9	18	94	5	61	32	0	0	67	0.91
57474056--57474106	25	2.0	25	100	0	102	27	3	7	60	1.42
57478670--57478839	43	4.0	42	78	14	179	21	18	28	31	1.97
57478682--57478839	84	1.9	84	83	7	205	21	18	28	31	1.97
57479000--57479031	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
57482843--57483185	109	3.2	102	77	14	322	40	14	13	31	1.85
57482928--57483185	103	2.5	103	80	10	292	43	13	12	30	1.82
57483187--57483678	99	4.9	100	76	14	437	27	16	15	41	1.88
57483366--57483555	101	1.9	102	92	4	323	28	12	14	43	1.82
57490747--57490794	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
57498488--57498520	13	2.4	14	85	5	50	36	9	3	51	1.49
57514892--57515002	41	2.7	41	80	2	107	18	18	28	33	1.95
57516087--57516592	30	16.7	30	87	1	645	31	10	16	40	1.83
57523866--57524548	228	3.0	227	80	2	731	28	25	24	20	1.99
57527653--57527845	50	3.8	50	92	0	314	20	30	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57527940--57527969	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
57536217--57536439	79	2.8	78	83	9	274	24	27	22	26	2.00
57536217--57536439	39	5.7	40	87	8	275	24	27	22	26	2.00
57551150--57551203	28	1.9	28	92	0	90	31	11	14	42	1.81
57554483--57554511	10	3.0	10	95	5	51	51	0	10	37	1.36
57555666--57555729	30	2.1	30	85	0	83	31	20	18	29	1.96
57559259--57559355	42	2.3	42	85	3	124	25	24	30	18	1.98
57563577--57563775	43	4.6	43	89	0	263	30	28	17	24	1.97
57568305--57568370	20	3.3	19	79	12	71	46	4	0	48	1.22
57568875--57568959	13	6.0	14	73	16	59	47	29	0	23	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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