genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14019998--14021351	649	2.1	652	89	1	2065	28	19	25	27	1.98
14022844--14022903	23	2.6	22	75	17	68	43	1	1	53	1.20
14022885--14022934	21	2.4	22	74	16	52	34	6	4	56	1.43
14024209--14024594	9	46.2	9	72	17	264	48	19	1	31	1.56
14024216--14024255	12	3.3	12	85	0	53	50	17	0	32	1.47
14024252--14024595	34	9.6	35	67	21	142	48	18	1	31	1.56
14024308--14024594	16	18.0	16	73	16	192	46	19	1	32	1.57
14024304--14024594	25	11.4	25	82	7	347	46	19	1	32	1.57
14030115--14030165	21	2.4	21	90	0	75	33	15	47	3	1.64
14030075--14030240	87	1.9	87	87	0	242	39	18	28	13	1.88
14030607--14030995	43	9.1	43	86	2	480	28	19	25	26	1.98
14034857--14034937	37	2.2	37	82	10	94	53	1	8	37	1.40
14035458--14035546	22	4.0	23	88	4	78	39	14	6	39	1.73
14035488--14035572	22	4.0	22	92	4	140	32	16	9	41	1.80
14035531--14035582	19	2.9	17	81	10	59	32	15	11	40	1.83
14036357--14037119	44	17.8	44	88	5	1058	30	26	17	25	1.97
14036537--14036640	34	3.1	34	95	0	181	28	27	21	22	1.99
14038583--14038615	14	2.3	15	89	5	50	24	33	15	27	1.95
14042342--14042385	23	2.0	22	95	4	79	54	2	6	36	1.40
14042845--14042889	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
14043091--14043147	22	2.8	20	92	7	89	33	17	10	38	1.84
14043556--14043713	51	3.0	51	79	19	198	60	3	1	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14047629--14047765	67	2.0	67	95	0	247	33	33	10	22	1.88
14056167--14056219	26	2.0	26	88	0	79	33	20	0	45	1.52
14066482--14066720	41	5.8	41	87	4	279	27	20	24	28	1.99
14066492--14066720	123	1.9	123	84	7	313	27	19	24	28	1.99
14079383--14079423	20	2.0	21	85	4	57	41	2	14	41	1.59
14080165--14080241	28	2.6	30	83	6	104	15	32	0	51	1.44
14081788--14081829	17	2.5	17	75	17	52	50	0	19	30	1.48
14086347--14086412	30	2.1	32	83	10	84	15	43	1	39	1.55
14086892--14086929	19	2.0	19	94	0	67	31	7	26	34	1.85
14088318--14088475	84	1.9	84	84	7	214	21	18	29	31	1.97
14088306--14088475	43	4.0	43	79	13	199	21	17	28	31	1.96
14088635--14088666	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
14092672--14092705	13	2.6	13	90	0	50	32	2	2	61	1.26
14101664--14101705	22	1.9	22	85	9	59	64	2	2	30	1.19
14106122--14106185	26	2.4	29	77	15	75	35	1	3	59	1.23
14108983--14109031	20	2.5	20	100	0	98	44	12	10	32	1.75
14112619--14112752	45	3.0	45	85	0	187	38	25	14	21	1.92
14127970--14128017	25	1.9	25	82	0	60	4	22	22	50	1.67
14127983--14128048	31	2.1	31	82	0	78	1	19	31	46	1.59
14129673--14129771	44	2.2	45	92	7	168	57	2	29	11	1.44
14131494--14131666	72	2.4	72	82	5	233	26	6	12	54	1.62
14133546--14133575	10	3.0	10	95	0	51	53	0	6	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14133720--14133770	13	3.9	13	78	0	66	35	27	5	31	1.81
14136908--14136941	16	2.1	16	100	0	68	29	14	11	44	1.81
14136696--14137165	246	1.9	247	88	1	710	30	10	15	43	1.80
14137541--14137566	12	2.2	12	100	0	52	30	0	23	46	1.53
14142395--14142440	18	2.6	18	89	0	65	43	8	13	34	1.74
14142409--14142440	9	3.6	9	91	0	55	46	3	12	37	1.57
14142476--14142520	22	2.0	22	86	4	63	20	37	0	42	1.52
14142656--14142715	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
14142977--14143023	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
14145703--14145818	57	2.0	57	100	0	232	46	15	15	22	1.83
14149058--14149091	16	2.1	16	88	0	50	52	11	17	17	1.73
14161754--14162329	61	9.4	62	76	10	395	43	18	7	30	1.77
14161754--14162359	31	19.8	30	74	6	387	43	18	7	30	1.77
14161860--14162338	92	5.2	92	94	0	769	43	18	6	31	1.77
14162334--14162383	25	2.0	26	84	4	66	48	16	10	26	1.77
14162307--14162418	56	2.0	55	82	5	136	47	15	8	29	1.74
14167660--14167949	46	6.6	46	87	8	417	28	22	14	34	1.93
14167841--14167913	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
14167795--14167949	82	1.9	82	95	0	283	29	21	12	35	1.91
14169324--14169368	18	2.6	18	92	3	74	35	15	0	48	1.45
14170048--14170072	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
14173971--14174514	31	18.0	30	71	11	208	43	18	6	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14173983--14174096	29	3.9	28	73	7	93	46	14	8	30	1.74
14173971--14174101	58	2.2	60	81	10	153	45	16	9	29	1.77
14174020--14174514	61	8.2	61	74	13	319	42	18	6	31	1.77
14174049--14174544	92	5.4	92	92	2	752	42	18	6	31	1.76
14174519--14174568	25	2.0	26	84	4	66	48	16	10	26	1.77
14179803--14180092	46	6.6	46	87	8	417	28	22	14	34	1.93
14179984--14180056	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
14179938--14180092	82	1.9	82	95	0	283	29	21	12	35	1.91
14181470--14181515	18	2.6	18	96	0	83	34	15	0	50	1.44
14182196--14182220	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
14186146--14186759	31	20.0	31	73	8	279	43	17	6	32	1.75
14186146--14186739	61	9.7	60	76	11	282	43	17	6	32	1.75
14186133--14186789	92	7.1	92	85	3	509	44	16	6	32	1.75
14186197--14186714	246	2.1	245	89	2	795	43	17	6	32	1.74
14186737--14186848	56	2.0	55	84	1	143	50	13	7	29	1.68
14197979--14198045	26	2.6	26	83	4	82	46	2	11	38	1.56
14198002--14198045	13	3.4	13	96	0	79	52	2	6	38	1.41
14198223--14198333	33	3.5	31	73	25	92	50	0	2	46	1.15
14198223--14198289	24	2.9	23	77	6	64	50	0	2	46	1.16
14198248--14198343	33	2.9	32	73	17	90	48	1	2	47	1.20
14198295--14198362	21	3.3	19	78	15	64	50	1	2	45	1.26
14203533--14203609	23	3.3	23	85	0	109	22	24	3	49	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14213722--14213793	30	2.4	30	80	0	81	22	27	26	23	1.99
14214378--14214432	27	2.0	27	96	0	101	36	16	10	36	1.84
14215989--14216031	22	2.0	22	86	13	63	55	0	0	44	0.99
14216814--14216876	30	2.1	30	94	5	110	57	17	3	22	1.54
14219200--14219241	13	3.3	13	80	3	50	73	0	0	26	0.83
14219683--14219778	19	4.7	21	78	10	65	41	15	4	38	1.67
14219683--14219740	22	2.6	22	81	7	64	41	17	3	37	1.66
14219719--14219793	19	3.9	19	87	0	114	38	14	6	40	1.73
14219712--14219803	38	2.5	37	86	10	127	38	14	7	40	1.74
14240271--14240308	18	2.1	18	100	0	76	31	21	5	42	1.75
14247019--14247045	14	1.9	14	100	0	54	25	0	14	59	1.36
14249820--14249872	5	10.4	5	82	11	63	22	22	15	39	1.91
14253941--14254023	25	3.3	25	80	9	98	18	24	22	34	1.96
14256187--14256241	24	2.3	22	77	17	56	18	27	18	36	1.94
14267718--14267811	48	2.0	48	91	0	152	42	22	15	19	1.89
14268007--14268075	36	1.9	36	93	0	120	44	14	13	27	1.82
14270326--14270421	48	2.0	48	93	0	165	43	21	14	19	1.87
14270625--14270688	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
14270626--14270696	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
14272361--14272407	24	2.0	24	86	0	67	36	0	2	61	1.08
14281915--14282361	223	2.0	222	98	0	867	40	18	15	25	1.90
14284481--14284515	11	2.9	12	87	12	54	11	0	11	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14289711--14289753	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
14290961--14290989	12	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
14290956--14291109	40	3.7	41	83	11	190	64	0	1	33	1.04
14293934--14293986	15	3.6	15	80	7	56	47	5	0	47	1.26
14295128--14295189	13	4.8	13	71	15	56	33	19	8	38	1.81
14298276--14298310	11	3.0	12	83	8	54	65	0	0	34	0.93
14300695--14300907	118	1.8	118	82	6	279	30	24	16	27	1.96
14306624--14306700	37	2.1	37	100	0	154	25	15	12	45	1.82
14310613--14310649	17	2.2	17	100	0	74	37	16	16	29	1.90
14311623--14311659	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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