genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  220  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65199987--65200025	18	2.2	18	86	9	53	33	0	0	66	0.92
65200781--65200840	27	2.2	27	79	5	68	16	31	25	26	1.96
65200877--65201128	100	2.5	102	85	7	325	55	13	0	29	1.42
65201115--65201156	12	3.5	12	81	9	50	66	14	0	19	1.25
65214004--65214073	25	2.9	24	75	8	61	15	22	18	42	1.88
65214149--65214228	27	3.2	24	76	11	79	18	28	20	32	1.96
65214182--65214327	25	6.0	23	73	11	89	20	27	18	33	1.96
65214181--65214320	73	1.9	74	81	7	169	20	27	17	34	1.95
65215419--65215531	55	2.1	55	100	0	226	23	23	24	28	2.00
65215427--65215544	55	2.1	54	92	3	164	23	25	26	24	2.00
65219797--65219852	26	2.2	26	90	3	87	37	16	17	28	1.91
65223518--65223557	11	3.5	11	86	3	53	75	2	2	20	1.04
65227492--65227520	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
65229609--65229703	31	3.1	29	73	11	84	53	9	9	27	1.64
65233100--65233143	20	2.2	20	83	0	52	45	36	2	15	1.59
65233195--65233235	21	2.0	21	90	0	64	29	9	26	34	1.88
65240538--65240566	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
65242532--65243222	50	13.8	50	72	3	519	25	22	21	30	1.99
65242540--65243286	100	7.5	100	87	1	1003	25	21	21	31	1.98
65243419--65243459	16	2.7	15	85	7	64	31	2	21	43	1.66
65244184--65244252	14	5.4	13	78	13	72	1	15	1	81	0.84
65244184--65244231	25	1.9	25	91	0	78	0	16	2	81	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65244179--65244239	7	9.0	7	85	8	74	0	18	1	80	0.80
65244179--65244250	32	2.3	31	87	4	99	1	16	1	80	0.85
65247451--65247503	24	2.2	25	82	3	63	45	7	20	26	1.78
65252339--65252533	25	8.0	23	74	13	86	36	20	24	18	1.95
65252372--65252533	50	3.3	48	77	9	175	35	20	25	18	1.95
65252372--65252533	74	2.2	74	86	2	227	35	20	25	18	1.95
65252372--65252535	49	3.3	48	74	13	156	35	20	25	18	1.95
65254674--65254741	31	2.2	32	84	7	86	58	8	10	22	1.58
65257084--65257115	16	1.9	17	93	6	57	81	3	15	0	0.82
65257829--65257913	3	27.7	3	76	4	71	36	4	1	57	1.27
65257845--65257914	24	2.9	24	82	2	86	40	5	1	52	1.34
65259711--65259737	12	2.2	12	100	0	54	18	7	18	55	1.65
65269352--65269387	15	2.5	14	86	8	54	44	2	8	44	1.48
65275836--65275911	12	6.5	11	74	16	57	18	5	2	73	1.14
65277836--65277870	15	2.4	15	90	4	54	45	0	8	45	1.34
65280623--65280671	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
65281468--65281549	26	3.0	25	77	18	83	19	12	7	60	1.54
65306709--65306770	24	2.6	24	94	0	106	37	6	25	30	1.81
65312036--65312089	26	2.1	26	92	0	90	33	7	18	40	1.78
65323083--65323135	20	2.6	21	88	5	74	67	1	5	24	1.22
65323731--65323770	21	2.0	20	85	5	53	57	5	10	27	1.52
65327739--65327771	12	2.8	12	90	9	50	30	18	6	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65330764--65330926	17	9.4	17	67	19	70	68	4	6	20	1.31
65332304--65332767	44	9.9	49	73	15	210	28	19	17	34	1.94
65332301--65332781	95	5.2	95	80	6	445	28	19	17	35	1.94
65332361--65332802	45	9.6	45	75	13	314	28	20	16	34	1.95
65332460--65332802	89	3.8	90	80	6	302	29	21	16	33	1.95
65332373--65332797	134	3.1	133	77	9	401	28	20	16	33	1.95
65332460--65332802	179	1.9	180	82	6	433	29	21	16	33	1.95
65340108--65340142	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
65341605--65341667	13	4.9	13	76	1	65	34	6	23	34	1.81
65348835--65348879	6	7.5	6	100	0	90	33	0	0	66	0.92
65349713--65349740	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
65351142--65351168	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
65353364--65353390	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
65355149--65355349	109	1.8	109	88	0	303	30	17	20	31	1.95
65355533--65355586	3	18.3	3	78	3	56	64	0	5	29	1.16
65355659--65355698	21	1.9	21	84	0	53	57	0	5	37	1.21
65355672--65355702	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
65355652--65355730	24	3.1	25	72	17	63	60	1	7	30	1.32
65356017--65356076	18	3.4	17	78	13	66	63	3	6	26	1.35
65356049--65356121	3	23.3	3	80	8	83	60	2	6	30	1.37
65357033--65357090	13	4.5	13	72	20	50	81	3	6	8	0.98
65357033--65357086	26	2.1	26	86	10	76	81	3	5	9	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65357045--65357090	19	2.4	19	77	3	56	80	4	6	8	1.01
65368103--65368160	13	4.5	13	72	20	50	81	3	6	8	0.98
65368103--65368156	26	2.1	26	86	10	76	81	3	5	9	0.97
65368115--65368160	19	2.4	19	77	3	56	80	4	6	8	1.01
65368432--65368484	22	2.4	22	93	0	88	13	3	52	30	1.57
65378845--65378939	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
65380882--65380910	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
65389328--65389366	14	2.8	14	96	0	69	58	7	7	25	1.52
65389794--65389821	9	3.1	9	100	0	56	0	21	10	67	1.20
65390216--65390242	11	2.5	11	100	0	54	44	7	18	29	1.77
65391574--65391619	14	3.3	14	77	17	51	73	10	2	13	1.17
65393791--65393892	52	2.0	51	86	5	143	30	10	22	36	1.88
65397774--65397808	9	3.8	9	85	7	52	22	5	0	71	1.07
65400727--65400773	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
65408272--65408315	23	1.9	23	85	0	61	45	2	9	43	1.48
65413804--65413865	31	1.9	33	84	12	85	22	3	4	69	1.22
65419614--65419646	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
65419846--65419884	14	2.7	15	80	11	55	43	10	15	30	1.80
65420432--65420471	16	2.5	16	80	12	55	45	0	0	55	0.99
65421568--65421612	21	2.1	22	83	4	56	35	8	13	42	1.75
65426998--65427049	23	2.4	22	84	12	72	30	1	5	61	1.30
65434316--65434410	44	2.2	44	82	3	111	35	12	18	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65434282--65434466	95	1.9	95	86	2	264	35	12	20	32	1.90
65434407--65434530	44	2.8	44	77	2	124	33	16	19	30	1.94
65434291--65434503	95	2.2	95	81	3	250	36	14	19	30	1.91
65435019--65435082	26	2.4	26	80	10	76	35	6	1	56	1.34
65435126--65435175	16	2.8	18	77	17	59	50	10	0	40	1.36
65435126--65435177	17	3.0	17	78	13	61	48	11	0	40	1.40
65436262--65436345	30	2.8	31	89	5	136	25	23	7	44	1.79
65436262--65436338	15	5.1	15	66	12	59	25	22	7	44	1.79
65438027--65438066	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
65438254--65438301	22	2.2	22	82	14	55	70	8	20	0	1.12
65438660--65438703	23	1.9	24	90	9	74	56	0	20	22	1.42
65440331--65440362	15	2.1	15	100	0	64	18	31	0	50	1.48
65443262--65443286	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
65443441--65443524	30	2.8	31	90	5	136	25	25	5	44	1.76
65443441--65443517	15	5.1	15	63	12	50	25	23	6	44	1.77
65444688--65444752	32	2.0	32	100	0	130	44	12	15	27	1.82
65446096--65446123	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
65446677--65446729	27	2.0	27	92	0	88	28	15	7	49	1.71
65451793--65451832	21	1.9	21	89	0	62	55	12	7	25	1.63
65455760--65455798	18	2.1	19	86	13	55	64	5	0	30	1.15
65455901--65455933	15	2.1	16	88	5	50	63	3	12	21	1.41
65466710--65466757	16	3.1	15	77	17	53	39	22	4	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65466975--65467152	37	4.7	37	86	5	223	35	22	15	26	1.93
65468069--65468123	26	2.1	27	83	10	69	27	3	3	65	1.26
65468083--65468131	26	1.9	25	87	4	71	36	4	0	59	1.17
65469662--65469718	27	2.1	27	83	9	71	28	17	29	24	1.97
65475017--65475050	14	2.3	15	85	10	52	35	0	11	52	1.38
65475752--65475794	22	2.0	22	86	4	61	39	13	11	34	1.82
65476078--65476131	27	2.0	28	85	10	76	53	0	1	44	1.11
65494476--65494681	111	1.9	111	88	0	313	25	21	19	33	1.97
65501248--65501290	15	3.0	14	83	6	59	37	2	0	60	1.10
65503822--65503882	29	2.1	29	93	0	104	54	6	9	29	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230