genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21469299--21469340	18	2.3	18	100	0	84	28	33	23	14	1.94
21470520--21470589	29	2.5	28	80	8	90	35	7	15	41	1.75
21472003--21472054	21	2.5	21	90	0	77	17	0	40	42	1.49
21472017--21472085	7	9.7	7	70	9	50	18	0	36	44	1.50
21472344--21472887	126	4.3	125	90	2	772	33	16	20	29	1.95
21475969--21476067	28	3.2	32	72	13	107	53	5	10	31	1.56
21475953--21476088	61	2.5	50	69	23	121	52	6	8	33	1.57
21475949--21476069	61	2.0	61	86	0	170	54	4	9	31	1.53
21475970--21476069	33	3.2	33	69	13	102	54	5	10	31	1.55
21476623--21476665	18	2.4	18	84	7	52	46	9	25	18	1.79
21477307--21477345	7	5.6	7	100	0	78	56	15	0	28	1.40
21478832--21479072	43	5.7	43	79	8	246	20	16	26	36	1.94
21478831--21479022	42	4.6	40	80	8	213	20	14	26	38	1.91
21478831--21479027	84	2.4	84	93	0	342	20	15	26	37	1.92
21481585--21481629	11	4.2	10	86	13	63	44	0	28	26	1.55
21483330--21483361	15	2.1	15	94	0	55	65	15	0	18	1.27
21483369--21483405	13	2.7	14	84	16	51	67	8	2	21	1.29
21483888--21483945	23	2.6	22	76	7	64	53	8	6	31	1.58
21484440--21484497	22	2.7	21	76	10	53	41	15	5	37	1.70
21484469--21484520	19	2.9	17	78	10	59	32	15	11	40	1.83
21484962--21484996	17	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
21489802--21490003	108	1.9	108	81	4	246	22	20	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21498804--21499005	100	2.0	100	98	0	386	40	10	7	42	1.67
21500275--21500348	16	4.8	16	75	3	62	32	2	8	56	1.43
21500666--21500708	16	2.7	16	77	0	50	58	23	2	16	1.50
21500863--21500892	9	3.2	9	95	4	51	86	0	0	13	0.57
21505623--21505651	11	2.6	11	100	0	58	24	6	6	62	1.45
21515635--21515697	31	2.0	32	93	3	110	33	9	14	42	1.78
21521746--21521808	31	2.0	31	93	6	110	31	6	14	47	1.69
21524803--21524856	24	2.2	24	87	6	74	42	18	14	24	1.88
21528113--21528230	40	2.9	40	80	12	141	22	15	24	37	1.93
21535404--21535457	27	2.0	27	81	0	63	37	5	18	38	1.74
21535413--21535489	29	2.7	27	78	11	75	38	5	15	40	1.70
21535477--21535578	28	3.5	28	77	12	107	37	3	10	48	1.57
21541041--21541085	22	2.0	22	100	0	90	51	8	8	31	1.64
21549872--21549940	28	2.5	28	75	0	66	28	20	28	21	1.98
21556483--21556512	12	2.4	13	94	5	53	16	0	16	66	1.25
21558985--21559014	4	7.5	4	100	0	60	76	0	23	0	0.78
21560597--21560641	19	2.4	19	88	7	65	26	15	15	42	1.87
21561451--21561498	16	2.9	17	81	15	64	22	27	0	50	1.50
21567821--21567857	16	2.3	16	95	0	65	40	5	32	21	1.76
21568107--21568162	23	2.4	23	79	8	69	53	5	0	41	1.24
21568195--21568229	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
21568090--21568331	119	2.0	122	91	5	395	54	5	0	39	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21568275--21568430	26	6.1	26	69	17	94	51	5	1	42	1.32
21568212--21568433	102	2.2	102	95	0	390	51	6	1	40	1.35
21568326--21568512	61	3.1	61	71	11	204	50	5	2	41	1.41
21568315--21568499	59	3.1	58	70	19	173	50	5	2	42	1.37
21570821--21570850	13	2.3	13	94	0	51	66	16	10	6	1.41
21574869--21574928	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
21575023--21575062	20	1.9	21	85	10	55	20	27	2	50	1.61
21575037--21575143	54	2.0	54	100	0	214	26	28	0	45	1.54
21575733--21575773	5	8.2	5	83	0	55	21	14	17	46	1.84
21575733--21575773	15	2.7	15	96	0	73	21	14	17	46	1.84
21581832--21581876	23	1.9	24	86	4	65	60	0	6	33	1.23
21585025--21585070	22	2.1	22	84	8	58	69	4	0	26	1.07
21586523--21586574	20	2.7	19	73	5	50	38	1	1	57	1.21
21587121--21587422	4	75.2	4	87	3	338	26	5	24	43	1.76
21589267--21589480	25	8.6	25	75	8	125	28	11	23	36	1.90
21589274--21589385	49	2.3	50	81	10	140	25	10	25	38	1.88
21590954--21591031	32	2.4	32	80	4	95	47	8	15	28	1.75
21603016--21603044	6	4.8	6	100	0	58	0	34	31	34	1.58
21622674--21622715	20	2.1	20	86	8	59	30	16	21	30	1.95
21625575--21625616	6	7.2	6	91	2	68	71	0	14	14	1.15
21629176--21629232	23	2.5	23	79	0	69	35	22	21	21	1.96
21645522--21645549	12	2.3	12	100	0	56	35	0	7	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21652732--21652774	10	4.6	9	77	11	50	11	2	6	79	1.02
21655811--21655843	7	4.6	7	96	3	57	39	0	0	60	0.97
21655805--21655843	14	2.7	15	88	11	64	41	0	0	58	0.98
21655968--21656000	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
21663845--21663873	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
21666817--21666852	17	2.1	17	100	0	72	52	0	22	25	1.47
21679673--21679736	13	4.9	13	86	0	92	40	25	7	26	1.82
21684645--21684690	24	1.9	24	82	8	58	15	23	2	58	1.48
21687661--21687699	20	2.0	19	85	5	51	41	5	7	46	1.55
21690746--21690807	31	2.0	30	84	9	81	8	3	12	75	1.14
21691000--21691525	44	12.1	44	77	7	434	26	20	19	32	1.97
21691044--21691525	129	3.7	129	79	7	478	26	20	20	32	1.97
21692356--21692409	26	2.1	26	85	0	72	55	11	12	20	1.67
21692685--21692769	45	1.9	44	90	2	134	16	22	17	43	1.88
21704922--21704982	30	2.0	30	81	12	72	6	3	13	77	1.09
21710748--21710801	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
21710737--21710808	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
21710761--21710837	19	3.7	23	80	10	60	37	5	15	41	1.70
21711007--21711051	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
21711272--21711307	3	11.7	3	88	5	54	36	0	0	63	0.94
21714477--21714519	20	2.2	20	100	0	86	30	13	0	55	1.39
21716655--21717225	88	6.5	88	87	4	767	29	27	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21716884--21717027	44	3.3	44	68	7	130	25	27	22	24	2.00
21716989--21717132	44	3.2	45	66	11	116	30	27	23	18	1.98
21717016--21717154	44	3.2	44	66	11	122	27	30	22	19	1.98
21716659--21717223	264	2.1	264	89	0	871	29	27	22	20	1.99
21717034--21717172	43	3.2	43	67	11	129	28	29	25	17	1.97
21717236--21717354	44	2.7	43	85	5	150	26	19	25	28	1.99
21717425--21717528	50	2.1	50	85	0	136	25	22	25	25	2.00
21717711--21717828	45	2.7	44	77	6	130	33	22	19	24	1.97
21717978--21718003	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
21718349--21718401	18	2.8	19	88	5	90	37	9	16	35	1.82
21718380--21718424	23	2.0	22	82	4	54	37	6	20	35	1.79
21718603--21718651	23	2.1	23	84	0	62	22	0	14	63	1.30
21723871--21723956	38	2.2	41	85	6	115	58	2	0	39	1.11
21723870--21723945	17	4.1	19	71	20	54	61	1	0	36	1.04
21724251--21724288	20	1.9	20	84	10	51	47	13	2	36	1.56
21724522--21724547	6	4.3	6	100	0	52	34	15	0	50	1.45
21731533--21731591	15	3.8	14	77	16	55	76	6	15	1	1.07
21731542--21731586	16	2.9	14	81	18	54	75	8	15	0	1.03
21731529--21731585	23	2.5	22	82	8	60	75	8	14	1	1.11
21731528--21731592	10	6.4	10	74	13	53	76	7	13	1	1.06
21739077--21739117	17	2.4	17	84	15	50	70	7	21	0	1.11
21739995--21740070	40	1.9	40	86	5	109	27	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21741684--21741719	18	2.1	17	89	5	54	55	13	5	25	1.60
21741813--21741892	32	2.5	31	78	20	94	25	31	0	43	1.55
21751240--21751285	23	2.0	23	100	0	92	56	13	13	17	1.67
21752884--21752941	28	2.1	28	100	0	116	48	0	25	25	1.52
21755342--21755399	26	2.3	26	84	3	73	43	5	20	31	1.74
21755336--21755399	25	2.5	25	79	2	74	42	4	21	31	1.74
21760271--21760304	15	2.3	15	89	0	50	20	2	0	76	0.92
21760786--21760849	25	2.5	26	87	5	94	37	9	15	37	1.80
21761956--21762179	35	6.3	36	78	5	215	35	16	21	25	1.94
21761948--21762179	71	3.3	71	90	1	360	36	16	21	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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