genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
467433--467505	31	2.4	31	86	9	96	32	16	12	38	1.86
475277--475480	42	4.8	42	88	3	284	30	22	24	23	1.99
475277--475504	42	5.4	41	83	7	253	28	21	24	25	1.99
475297--475504	85	2.5	82	86	7	283	29	21	24	25	1.99
475298--475480	85	2.2	85	92	3	298	31	22	24	22	1.99
475954--476019	21	3.1	21	84	0	87	4	43	16	34	1.68
481494--481615	16	8.1	16	65	18	73	32	2	17	47	1.61
481505--481560	25	2.2	25	90	0	85	35	1	16	46	1.57
481562--481924	9	41.7	9	69	20	136	39	1	14	44	1.53
481594--482123	25	19.1	28	64	24	116	40	1	13	44	1.52
481595--481673	34	2.3	34	80	4	88	43	0	13	43	1.44
481657--481689	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
481624--481835	50	3.9	50	71	17	165	41	0	15	42	1.50
481675--481788	34	3.5	33	80	9	117	42	0	13	43	1.49
481606--482085	115	4.3	115	79	12	618	40	1	13	43	1.53
481772--481804	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
481790--481940	34	4.0	35	73	20	144	38	1	13	45	1.55
481709--481938	81	2.8	81	88	3	322	40	1	14	44	1.53
481991--482119	9	14.6	9	73	20	71	38	0	13	47	1.44
481796--482123	139	2.4	137	84	6	455	39	1	13	45	1.54
481992--482024	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
481958--482111	56	3.0	50	85	7	139	41	0	13	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
482050--482100	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
482072--482136	34	1.9	34	96	0	121	43	0	9	47	1.35
482364--482406	18	2.4	18	76	0	50	65	6	0	27	1.18
482696--482784	18	4.8	18	80	14	101	42	1	12	43	1.49
482724--482784	17	3.5	17	86	4	86	42	0	13	44	1.43
482669--482784	39	3.0	38	86	12	148	43	0	11	43	1.46
482698--482793	22	4.8	20	75	18	69	43	1	12	42	1.49
485736--486125	114	3.4	114	92	0	593	26	28	20	24	1.99
496701--496763	30	2.1	30	100	0	126	34	25	12	26	1.92
497187--497240	27	2.0	27	92	0	90	27	20	9	42	1.82
500501--500540	19	2.1	19	86	9	55	57	2	0	40	1.12
500509--500560	27	1.9	27	84	7	70	63	1	0	34	1.06
502281--502320	22	1.9	20	85	10	53	40	2	12	45	1.56
507214--507247	11	3.0	11	91	4	50	70	0	0	29	0.87
507736--507776	19	2.2	19	91	4	66	36	2	4	56	1.34
507736--507788	20	2.8	19	82	5	63	37	1	5	54	1.35
514521--514570	25	2.0	25	84	7	66	30	0	8	62	1.24
514520--514582	25	2.4	25	79	10	65	28	3	6	61	1.36
514987--515039	15	3.5	14	80	12	52	41	5	0	52	1.25
514999--515047	15	3.2	15	80	11	55	32	6	0	61	1.21
519447--519903	52	9.1	51	83	9	566	34	13	22	29	1.93
519439--519904	98	4.7	98	91	1	689	34	13	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
519867--520086	37	6.0	37	94	1	372	37	16	21	24	1.93
526908--526941	14	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
539862--539886	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
542783--542839	29	2.0	29	86	3	80	49	5	1	43	1.35
566821--566859	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
585835--585961	59	2.1	59	97	1	236	47	7	3	41	1.48
585846--585942	29	3.3	29	70	18	101	44	10	4	41	1.57
616564--616609	23	2.0	22	84	12	58	58	21	0	19	1.39
619044--619084	20	2.0	22	85	9	59	46	0	0	53	1.00
619076--619110	18	1.9	18	88	0	52	40	2	0	57	1.14
632285--632330	22	2.1	22	91	0	74	32	6	26	34	1.82
632483--632534	27	1.9	27	84	7	70	48	3	5	42	1.45
633534--633571	19	2.0	20	89	5	60	57	0	7	34	1.28
642045--642102	29	2.0	28	80	9	64	62	10	0	27	1.28
651624--651662	17	2.3	17	86	0	51	51	5	2	41	1.38
653660--653698	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
655570--655610	22	1.9	21	85	14	57	53	7	7	31	1.56
665441--665509	29	2.6	26	86	9	95	42	7	0	50	1.30
665560--665632	27	2.7	27	82	4	94	32	23	31	12	1.91
666185--666280	19	5.2	19	74	5	106	36	12	1	50	1.47
666187--666280	37	2.6	36	96	3	170	36	12	1	50	1.48
666317--666373	19	3.1	19	80	14	82	52	0	10	36	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
666318--666378	18	3.3	18	76	13	70	50	1	9	37	1.45
666252--666522	134	2.0	136	92	2	449	43	5	6	44	1.52
666449--666507	19	3.2	19	80	4	84	49	0	11	38	1.40
667060--667123	27	2.4	27	91	0	101	15	37	17	29	1.91
667195--667257	26	2.4	27	94	2	110	46	0	12	41	1.42
671100--671429	110	3.0	111	95	2	612	52	5	25	16	1.65
672465--672499	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
677880--677933	11	5.1	11	80	6	58	77	7	7	7	1.12
677893--678038	61	2.3	61	81	5	168	73	6	10	9	1.23
678960--679019	29	2.1	29	96	0	111	35	16	11	36	1.85
682054--682094	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
686098--686135	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
688820--688880	16	3.9	15	89	2	77	50	37	3	8	1.48
688820--688880	31	2.0	31	83	6	79	50	37	3	8	1.48
688855--688895	15	2.5	17	84	7	50	48	43	4	2	1.37
688964--689073	13	9.4	13	71	22	100	38	52	0	9	1.33
688977--689065	22	4.0	22	95	0	160	37	53	0	8	1.32
688958--689083	35	3.3	35	78	19	146	37	53	0	9	1.34
688964--689084	44	2.7	44	78	10	145	38	52	0	9	1.35
689788--689827	19	2.2	19	86	8	57	22	15	5	57	1.57
702192--702260	31	2.3	30	82	2	75	39	13	10	37	1.78
702395--702474	29	2.6	30	82	5	90	45	15	10	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708705--708739	6	5.8	6	86	0	52	2	17	2	77	1.02
708705--708739	18	1.9	18	94	0	61	2	17	2	77	1.02
710085--710149	26	2.6	26	85	9	82	40	0	4	55	1.21
711993--712048	28	2.0	28	96	0	103	62	10	0	26	1.28
713425--713477	25	2.1	25	100	0	106	33	20	0	45	1.52
714355--714379	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
720078--720130	25	2.1	25	100	0	106	33	20	0	45	1.52
721008--721032	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
722071--722113	17	2.4	17	88	7	59	67	2	2	27	1.15
722286--722339	20	2.7	19	82	5	63	29	1	1	66	1.12
722335--722383	22	2.2	23	88	3	73	40	2	0	57	1.10
722341--722393	22	2.4	21	81	9	61	39	3	0	56	1.17
722336--722421	22	4.1	19	76	13	55	40	2	0	56	1.12
730671--730718	24	2.0	24	100	0	96	20	20	33	25	1.97
732027--732065	21	1.9	21	94	5	71	58	12	10	17	1.61
737012--737063	27	1.9	27	84	7	70	55	0	5	38	1.24
737594--737705	60	1.9	59	83	1	143	33	18	12	34	1.89
740270--740309	18	2.3	18	86	4	55	45	0	5	50	1.23
743665--743742	26	3.0	26	68	17	63	19	14	20	46	1.84
743794--743910	48	2.4	49	77	11	123	18	23	21	35	1.95
746838--746963	50	2.5	50	96	1	234	24	19	23	32	1.97
746959--747048	45	2.2	39	78	18	101	25	14	24	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746970--747060	45	2.0	45	93	0	155	25	16	24	34	1.95
749509--749551	21	2.0	21	100	0	86	32	23	9	34	1.87
751241--751292	24	2.1	25	82	10	63	50	0	3	46	1.20
751461--751503	21	2.0	23	86	9	63	55	6	0	37	1.27
751596--751630	18	1.9	19	88	11	56	28	0	2	68	1.04
753928--754377	219	2.0	220	96	0	830	32	12	16	38	1.85
760389--760874	207	2.4	205	81	8	540	31	24	17	26	1.97
761732--761865	59	2.3	59	85	2	180	30	20	10	38	1.87
766406--766894	183	2.8	176	85	9	657	47	13	14	25	1.80
766745--767018	140	2.0	140	90	5	439	46	16	15	21	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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