genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7086518--7086618	6	16.8	6	89	0	85	47	33	18	0	1.49
7086518--7086636	9	13.2	9	86	0	103	45	34	20	0	1.51
7086563--7086621	3	19.7	3	89	0	64	55	33	10	0	1.33
7086512--7086637	12	10.5	12	85	0	117	45	34	20	0	1.52
7087396--7087442	14	3.4	14	83	16	71	17	17	8	57	1.63
7088396--7088437	6	7.2	6	86	2	50	47	30	21	0	1.51
7088400--7088428	9	3.2	9	100	0	58	44	34	20	0	1.52
7088396--7088437	15	2.9	15	82	3	59	47	30	21	0	1.51
7115511--7115541	11	2.7	11	95	5	53	90	9	0	0	0.46
7116529--7117650	73	14.9	74	86	7	1351	27	15	20	36	1.93
7116530--7117648	228	4.9	226	87	6	1384	27	15	20	36	1.93
7117822--7117945	29	4.2	29	80	6	142	33	17	4	43	1.71
7118293--7118391	15	6.5	16	76	14	86	76	0	23	0	0.78
7118301--7118406	48	2.1	50	80	16	123	78	0	20	0	0.81
7118293--7118394	45	2.3	45	85	11	133	76	0	23	0	0.79
7118301--7118393	16	5.4	16	77	12	87	78	0	21	0	0.75
7118293--7118406	6	18.2	6	76	18	90	77	0	21	0	0.83
7118670--7118721	24	2.2	24	86	10	72	78	0	21	0	0.74
7118869--7118926	28	2.1	28	90	6	91	39	3	0	56	1.16
7119241--7119303	32	2.0	32	87	9	94	26	9	9	53	1.64
7124030--7124063	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
7125130--7125440	33	8.7	33	71	21	195	21	19	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7125155--7125439	75	3.8	75	94	0	489	21	18	27	31	1.97
7127946--7128654	363	2.0	363	91	0	1159	36	20	13	28	1.91
7129118--7129192	24	3.1	23	80	14	89	33	21	24	21	1.97
7129238--7129286	26	1.9	25	91	4	80	42	22	22	12	1.86
7133888--7133964	32	2.6	30	80	13	88	55	1	3	38	1.26
7133907--7133987	30	2.6	30	84	9	92	50	3	4	40	1.42
7133943--7134018	31	2.5	31	81	10	77	51	5	3	39	1.43
7136563--7136641	31	2.5	31	87	4	106	26	10	16	46	1.78
7137531--7137569	12	3.2	13	89	7	55	0	23	0	76	0.78
7142234--7142268	6	5.8	6	93	0	61	80	0	2	17	0.84
7147602--7147795	105	1.8	105	83	0	253	20	25	21	32	1.97
7147769--7147951	25	7.4	25	71	14	112	18	25	20	34	1.96
7147837--7147951	24	4.7	22	74	16	86	18	27	20	33	1.96
7152821--7152862	22	1.9	22	90	0	66	21	9	52	16	1.72
7157237--7157603	103	3.6	102	89	3	531	31	29	20	18	1.96
7162954--7162990	19	1.9	19	89	10	58	64	10	13	10	1.49
7167749--7167783	16	2.1	17	89	5	54	31	17	0	51	1.45
7168074--7168232	79	2.0	79	97	0	300	37	8	5	49	1.54
7172503--7172544	15	2.7	16	81	7	50	52	2	0	45	1.13
7175448--7175604	80	2.0	79	92	1	260	39	15	17	26	1.90
7175669--7175732	25	2.6	24	80	9	58	65	4	4	25	1.31
7175868--7175944	36	2.2	34	78	19	79	27	2	3	66	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7178685--7178728	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
7179739--7179832	47	2.0	47	97	0	179	32	17	13	36	1.89
7180292--7180319	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
7180476--7180510	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
7203713--7203807	37	2.6	37	98	0	181	49	1	12	36	1.48
7203712--7203807	19	5.2	19	77	5	115	48	1	12	37	1.48
7203883--7203941	19	3.2	19	82	4	84	49	0	10	40	1.37
7204194--7204231	20	1.9	20	89	10	60	34	5	7	52	1.53
7204567--7204631	28	2.4	28	86	2	96	47	0	10	41	1.38
7206140--7206204	30	2.2	31	88	5	98	36	1	4	56	1.29
7207410--7207452	20	2.2	19	87	4	59	23	6	4	65	1.37
7212966--7213026	30	2.0	30	96	0	113	47	14	19	18	1.82
7216793--7216874	25	3.3	25	87	0	92	17	29	20	32	1.95
7216985--7217022	19	2.0	19	85	10	51	52	5	15	26	1.64
7217645--7217678	13	2.6	13	90	0	59	41	41	0	17	1.50
7217659--7217775	39	3.0	39	96	1	209	50	27	2	19	1.61
7217909--7217983	37	2.0	37	89	0	114	37	5	13	44	1.66
7217982--7218048	18	3.7	18	88	4	91	25	7	23	43	1.80
7217982--7218048	9	7.4	9	83	6	82	25	7	23	43	1.80
7220163--7220533	104	3.6	104	92	2	602	30	30	19	19	1.97
7222108--7222188	42	1.9	42	82	5	101	22	37	24	16	1.93
7223142--7223221	24	3.2	24	77	7	72	40	17	22	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7225355--7225401	21	2.2	22	77	11	53	74	0	2	23	0.93
7234775--7234866	22	4.2	22	86	5	105	30	28	0	41	1.56
7234775--7234866	44	2.1	44	84	8	116	30	28	0	41	1.56
7234841--7234897	30	1.9	30	92	0	96	33	33	0	33	1.58
7234868--7234909	22	1.9	22	95	0	75	35	33	0	30	1.58
7234953--7235015	29	2.1	30	88	2	92	36	0	1	61	1.05
7239993--7240492	47	10.6	47	93	3	797	32	8	30	29	1.86
7239993--7240492	96	5.3	94	93	2	815	32	8	30	29	1.86
7239993--7240492	143	3.5	143	94	1	837	32	8	30	29	1.86
7240153--7240228	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
7242155--7242357	84	2.4	84	96	0	370	32	23	20	24	1.98
7242279--7242505	124	1.8	124	88	3	350	33	22	13	30	1.92
7242267--7242546	124	2.3	125	81	6	345	33	23	13	29	1.93
7243342--7243414	31	2.4	31	90	0	110	45	8	8	38	1.64
7243980--7244016	13	2.9	13	85	14	51	67	0	0	32	0.91
7244108--7244142	13	2.7	13	95	0	61	42	28	17	11	1.83
7245595--7245702	44	2.4	44	85	3	135	29	22	13	34	1.93
7246667--7246699	16	2.1	16	94	0	57	3	18	0	78	0.87
7246708--7246779	5	14.4	5	75	20	62	55	4	1	38	1.28
7246709--7246751	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
7246715--7246780	24	2.7	24	81	9	71	57	4	1	36	1.28
7248456--7248590	40	3.4	40	76	7	114	34	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7250063--7250180	43	2.8	43	82	1	139	23	16	27	32	1.96
7257993--7258026	15	2.2	15	89	5	50	64	0	0	35	0.94
7257997--7258026	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
7265339--7265431	18	5.2	18	88	0	132	31	13	24	30	1.94
7265339--7265431	36	2.6	36	89	0	150	31	13	24	30	1.94
7273773--7273865	18	5.2	18	90	0	150	31	13	23	31	1.94
7276292--7276368	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
7280802--7280879	32	2.4	32	80	6	95	24	23	6	46	1.75
7281648--7281731	42	2.0	43	92	2	143	58	4	0	36	1.19
7282310--7282354	17	2.7	17	83	13	58	46	2	2	48	1.26
7282474--7282541	34	2.0	34	100	0	136	20	14	17	47	1.83
7305381--7306094	85	8.5	83	78	7	626	18	35	31	14	1.91
7305395--7306094	43	16.7	42	80	7	615	18	35	32	14	1.91
7305381--7306058	128	5.4	126	77	7	589	18	35	31	14	1.91
7318657--7318700	20	2.2	20	91	0	70	36	0	2	61	1.09
7333121--7333162	20	2.1	20	82	8	50	47	4	35	11	1.61
7333241--7333265	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7342125--7342153	14	2.1	14	93	6	51	0	10	0	89	0.48
7343900--7343996	51	1.9	51	82	0	122	41	11	7	40	1.69
7344820--7344878	31	1.9	31	85	0	82	30	8	3	57	1.45
7350132--7350161	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
7351693--7351728	6	6.0	6	90	0	54	2	19	30	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7368612--7368662	3	17.3	3	75	4	50	58	3	1	35	1.28
7370142--7370417	93	2.9	95	92	4	452	27	22	20	28	1.99
7370435--7371156	44	16.7	43	77	8	689	29	27	16	26	1.97
7370443--7371156	132	5.5	131	95	2	1201	29	27	16	27	1.97
7390924--7390949	12	2.2	12	100	0	52	23	26	7	42	1.81
7395409--7395441	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
7399140--7399190	19	2.6	20	84	9	61	66	1	3	27	1.20
7400489--7400524	18	2.1	17	89	5	54	27	2	0	69	1.02
7404070--7404145	7	10.9	7	81	8	84	81	1	17	0	0.76
7404059--7404146	9	9.8	9	77	20	87	82	1	15	0	0.72

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