genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33149761--33149814	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33155306--33155347	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
33162582--33162620	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
33162601--33162690	35	2.6	35	96	0	162	33	11	12	43	1.77
33162938--33162975	20	1.9	20	88	0	58	44	10	18	26	1.82
33164821--33164867	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
33168331--33168405	13	5.5	13	77	16	71	76	4	6	13	1.13
33168341--33168405	15	4.5	14	77	12	69	75	3	7	13	1.14
33168398--33168438	16	2.7	15	79	20	57	68	9	14	7	1.39
33169473--33169507	18	2.0	18	88	5	54	51	0	34	14	1.42
33173484--33173588	48	2.2	48	83	11	128	14	24	1	59	1.46
33176212--33176258	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
33181437--33181502	33	2.0	33	82	8	80	34	15	22	27	1.94
33186940--33187027	30	2.9	30	74	0	104	28	27	15	28	1.96
33188629--33188662	12	2.8	12	90	4	50	82	8	2	5	0.93
33188752--33188789	10	3.6	11	89	6	53	84	5	5	5	0.88
33189719--33189789	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
33189729--33189778	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
33189839--33189869	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
33189862--33189928	30	2.2	32	76	12	79	61	1	20	16	1.42
33192047--33192134	30	2.9	30	74	0	104	28	27	15	28	1.96
33194005--33194032	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33196393--33196431	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
33197837--33197864	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
33200122--33200168	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
33202990--33203042	11	4.5	11	76	17	52	5	16	0	77	0.96
33202990--33203028	12	3.4	11	82	10	51	7	17	0	74	1.05
33203034--33203060	12	2.2	12	100	0	54	14	7	7	70	1.32
33204565--33204611	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
33207489--33207526	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
33207466--33207526	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
33207490--33207527	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
33208579--33208613	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
33208835--33208898	23	2.8	23	92	4	103	23	9	20	46	1.79
33210451--33210506	13	4.5	12	80	10	60	73	7	5	14	1.23
33210464--33210509	11	3.9	11	78	15	56	69	4	6	19	1.28
33210446--33210507	25	2.6	23	82	12	79	67	6	6	19	1.35
33210549--33210610	27	2.3	26	82	15	74	75	1	11	11	1.11
33213064--33213092	12	2.4	12	100	0	58	68	0	17	13	1.20
33222774--33222825	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
33226810--33226861	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
33232317--33232351	13	2.7	13	90	0	52	45	0	8	45	1.34
33232573--33232637	23	2.9	22	88	6	94	24	12	18	44	1.84
33235549--33235606	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33235549--33235609	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
33237309--33237363	20	2.8	20	82	0	74	25	27	16	30	1.96
33242978--33243033	12	4.7	12	86	4	69	71	7	5	16	1.27
33243076--33243137	28	2.3	27	84	13	83	75	1	9	12	1.11
33248907--33248972	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
33250089--33250122	11	2.9	12	91	8	61	76	5	0	17	0.98
33251048--33251107	18	3.2	18	78	7	66	73	3	16	6	1.18
33253278--33253343	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
33258569--33258615	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
33261855--33261902	15	3.3	14	80	8	60	4	18	0	77	0.93
33261855--33261913	21	2.8	21	87	5	75	6	22	0	71	1.09
33263294--33263390	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
33265118--33265157	12	3.2	13	86	13	57	75	7	5	12	1.18
33276385--33276428	20	2.2	20	91	0	70	31	36	9	22	1.86
33279814--33279897	31	2.8	29	77	12	80	8	16	4	70	1.30
33282238--33282302	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
33285779--33285840	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
33285779--33285841	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
33286429--33286461	12	2.8	12	95	0	57	78	3	0	18	0.87
33286497--33286548	13	3.8	15	78	21	69	65	0	11	23	1.25
33291429--33291463	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
33291685--33291748	23	2.8	23	92	4	103	23	12	20	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33296165--33296211	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
33300607--33300653	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
33307025--33307071	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
33309728--33309781	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33309728--33309801	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33309728--33309792	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33311895--33311938	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
33315176--33315219	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
33317772--33317819	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
33319217--33319283	30	2.4	27	87	7	89	11	17	0	70	1.17
33319196--33319367	57	3.1	52	74	14	159	11	17	2	68	1.33
33319289--33319347	18	3.3	18	80	0	73	6	13	6	72	1.25
33319214--33319347	6	21.8	6	68	6	63	9	17	2	70	1.27
33324969--33325002	9	3.7	9	92	4	50	11	5	8	73	1.24
33330679--33330732	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
33339834--33339957	62	2.0	62	100	0	248	35	12	30	20	1.91
33340015--33340080	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
33342149--33342205	18	3.0	18	76	7	60	73	3	15	7	1.18
33344550--33344581	16	2.0	16	93	0	55	62	6	9	21	1.47
33346364--33346437	30	2.5	30	86	4	96	20	20	20	39	1.93
33348090--33348123	12	2.8	12	86	0	50	79	2	5	11	1.02
33348102--33348175	31	2.6	28	80	14	87	70	6	13	9	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33350562--33350593	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
33350676--33350709	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
33351975--33352028	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33351975--33352048	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33351975--33352039	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33355193--33355281	14	6.6	13	74	20	60	74	5	7	12	1.21
33355193--33355254	16	4.6	13	78	18	65	75	4	4	14	1.13
33355203--33355267	14	4.6	13	78	16	67	75	3	7	13	1.14
33355193--33355298	26	3.7	27	80	17	101	72	5	10	11	1.26
33355259--33355302	17	2.7	16	80	19	63	70	9	13	6	1.33
33356227--33356258	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
33356341--33356374	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
33357640--33357693	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33357640--33357713	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33357640--33357704	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33362604--33362647	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
33374329--33374423	30	3.2	30	74	3	93	28	25	15	30	1.96
33376568--33376602	14	2.5	14	90	0	52	82	2	5	8	0.91
33377675--33377708	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
33383582--33383634	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
33395992--33396080	13	6.6	13	74	21	60	73	5	7	13	1.24
33396044--33396115	16	4.3	17	68	15	51	73	6	11	8	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33396002--33396066	30	2.2	30	82	0	76	73	3	7	15	1.18
33396002--33396067	26	2.4	26	85	10	78	72	3	7	16	1.20
33396044--33396115	34	2.2	31	85	7	90	73	6	11	8	1.24
33397037--33397068	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
33397151--33397184	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
33401401--33401434	13	2.7	12	90	9	50	82	0	5	11	0.83
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33407097--33407143	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
33409918--33409979	13	5.2	12	74	16	58	6	16	0	77	0.97
33409973--33409997	11	2.3	11	100	0	50	16	8	8	68	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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