genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27386054--27386101	17	2.8	17	74	0	51	64	8	2	25	1.32
27409106--27409151	16	2.9	16	93	0	74	39	0	32	28	1.57
27409365--27409406	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
27409374--27409415	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
27409368--27410170	120	6.7	120	97	0	1473	49	5	1	43	1.34
27409484--27410015	15	35.6	15	64	23	80	50	5	0	43	1.30
27410085--27410139	15	3.5	15	80	14	58	49	1	1	47	1.23
27410086--27410262	91	1.9	92	82	7	218	46	4	3	45	1.40
27411659--27411685	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
27415630--27415671	22	2.0	21	95	4	75	47	9	35	7	1.64
27419839--27419887	10	4.7	10	78	9	53	81	12	6	0	0.86
27419829--27419885	22	2.6	22	77	5	53	80	12	7	0	0.89
27420321--27420358	12	3.2	12	85	7	51	81	5	13	0	0.85
27420336--27420373	12	3.2	12	85	3	51	78	2	18	0	0.86
27420320--27420376	24	2.3	24	79	8	62	78	5	15	0	0.91
27420335--27420374	19	2.2	17	91	8	62	80	2	17	0	0.83
27420703--27420898	108	1.8	108	93	0	338	26	17	10	46	1.79
27421475--27421616	44	3.1	44	72	18	126	32	22	17	27	1.96
27421852--27421889	17	2.2	17	90	9	60	65	28	0	5	1.14
27422269--27422293	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
27423186--27423220	15	2.4	15	90	4	54	34	8	0	57	1.29
27423875--27424081	107	1.9	107	92	1	344	29	18	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27424541--27424571	16	1.9	16	93	0	53	38	3	25	32	1.72
27425325--27425386	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
27425932--27425991	27	2.3	27	88	8	88	0	15	11	73	1.10
27426528--27426589	31	2.0	31	96	0	115	43	14	9	32	1.78
27431139--27431163	12	2.1	12	100	0	50	52	16	8	24	1.70
27432791--27432927	71	1.9	71	93	0	238	40	17	17	24	1.91
27436981--27437045	5	13.0	5	98	0	94	60	0	13	26	1.34
27437339--27437377	19	2.1	19	95	0	69	30	17	10	41	1.83
27437397--27437448	25	2.0	27	92	7	90	32	3	0	63	1.12
27437397--27437437	12	3.3	12	80	6	55	34	2	0	63	1.08
27440322--27440371	24	2.0	25	84	3	66	18	28	20	34	1.95
27441782--27441839	30	1.9	30	83	13	75	44	5	24	25	1.74
27442176--27442417	50	4.8	50	90	1	351	24	23	30	20	1.98
27444979--27445045	22	3.2	21	80	12	75	47	13	2	35	1.58
27444992--27445049	19	2.8	20	82	10	64	43	13	3	39	1.61
27446338--27446373	9	4.3	9	80	20	51	66	0	0	33	0.92
27446341--27446379	15	2.6	14	92	8	60	64	0	0	35	0.94
27453980--27454115	49	2.8	49	83	5	168	23	26	22	27	1.99
27463616--27463693	25	3.1	25	74	7	86	23	28	16	32	1.96
27463680--27463743	25	2.6	25	80	9	76	28	17	20	34	1.95
27466972--27467001	12	2.4	13	94	5	53	0	13	0	86	0.57
27467961--27468021	5	11.8	5	80	13	54	78	3	3	14	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27467978--27468028	7	7.1	7	77	16	52	82	1	3	11	0.89
27467959--27468028	23	3.0	23	77	10	63	78	2	4	14	1.02
27480396--27480467	25	2.9	24	78	14	74	26	23	18	31	1.97
27485414--27485472	11	5.3	11	72	24	52	32	1	5	61	1.28
27489280--27489685	47	8.6	47	91	2	632	33	8	29	29	1.87
27489280--27489685	96	4.3	94	91	1	632	33	8	29	29	1.87
27489280--27489685	143	2.9	143	93	0	672	33	8	29	29	1.87
27491820--27491894	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
27491948--27492228	40	7.1	40	89	0	420	23	22	28	25	1.99
27495653--27496201	47	11.6	47	91	2	873	32	8	29	29	1.87
27495653--27496201	96	5.8	94	91	2	873	32	8	29	29	1.87
27495653--27496201	143	3.9	143	95	0	940	32	8	29	29	1.87
27501119--27501173	19	2.8	19	83	8	67	60	3	12	23	1.49
27501650--27501770	22	5.5	22	76	0	107	9	23	21	44	1.82
27501676--27501770	44	2.2	44	88	0	136	11	23	21	44	1.84
27512188--27512451	40	6.7	40	88	5	351	26	21	26	25	2.00
27512240--27512484	120	2.1	118	85	4	323	26	20	26	25	1.99
27520148--27520411	40	6.7	40	88	5	351	26	21	26	25	2.00
27520200--27520444	120	2.1	118	85	4	323	26	20	26	25	1.99
27524272--27524324	24	2.2	24	86	0	79	52	7	7	32	1.58
27536942--27537000	30	2.0	30	86	0	82	10	32	35	22	1.87
27542766--27542805	19	2.1	19	100	0	80	30	10	42	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27542788--27543729	300	3.1	299	85	2	1250	24	20	23	31	1.98
27542788--27543729	100	9.4	100	84	2	1092	24	20	23	31	1.98
27551944--27552059	54	2.1	54	84	3	144	25	24	31	18	1.98
27553038--27553093	28	1.9	29	85	7	78	62	3	3	30	1.29
27553584--27553618	14	2.5	14	90	0	61	0	5	42	51	1.25
27555511--27555539	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
27557038--27557078	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
27560019--27560111	6	15.7	6	86	2	71	81	9	3	5	0.95
27560031--27560111	18	4.5	17	89	6	81	82	9	3	3	0.91
27560007--27560106	6	16.5	6	82	10	60	81	9	6	4	0.99
27560043--27560106	12	5.3	12	98	0	110	84	12	3	0	0.74
27561483--27561526	12	3.8	12	88	11	74	77	0	6	15	0.97
27561492--27561549	5	11.2	5	90	7	53	79	0	10	10	0.94
27561483--27561549	10	6.3	10	91	3	71	79	0	10	10	0.95
27561483--27561526	22	1.9	24	90	9	74	77	0	6	15	0.97
27561506--27561551	5	9.2	5	97	0	65	80	0	13	6	0.89
27572797--27572822	13	2.0	13	100	0	52	61	7	15	15	1.55
27573361--27573474	21	5.4	21	83	4	149	28	26	20	25	1.99
27573361--27573474	42	2.7	42	89	2	167	28	26	20	25	1.99
27573742--27573777	16	2.3	16	90	4	56	63	5	22	8	1.43
27577690--27577727	13	2.9	13	100	0	76	23	7	28	39	1.83
27577890--27577955	28	2.2	30	82	12	84	42	1	1	54	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27577890--27577950	30	2.1	28	85	11	79	42	1	1	54	1.20
27579801--27579937	72	1.9	72	93	0	238	55	15	6	22	1.63
27580292--27580339	18	2.7	18	86	0	69	41	14	10	33	1.80
27585092--27585348	138	1.9	137	80	5	304	34	25	21	19	1.96
27591645--27591680	5	7.0	5	93	6	63	80	0	0	19	0.71
27593839--27593882	20	2.2	20	84	8	54	2	22	0	75	0.92
27594681--27594714	16	2.1	16	88	0	50	47	26	2	23	1.66
27600465--27600688	79	2.8	79	83	6	283	25	27	22	24	2.00
27600465--27600688	40	5.7	40	86	6	271	25	27	22	24	2.00
27621923--27621956	16	2.1	16	88	0	50	47	26	2	23	1.66
27627626--27627847	40	5.7	40	85	8	262	25	27	22	24	2.00
27635617--27635840	79	2.8	78	82	8	274	25	27	22	24	2.00
27635617--27635840	40	5.7	39	84	8	267	25	27	22	24	2.00
27638747--27638861	56	2.2	53	86	9	155	27	19	28	24	1.98
27649010--27649041	9	3.6	9	91	0	55	34	0	25	40	1.56
27649566--27649597	16	2.0	16	93	0	55	50	0	9	40	1.35
27652388--27652433	21	2.2	21	88	0	65	28	28	30	13	1.94
27659025--27659294	50	5.4	50	83	4	305	21	28	22	27	1.99
27659064--27659294	101	2.3	100	90	2	347	21	30	22	25	1.99
27660979--27661203	40	5.6	40	84	2	281	23	26	24	25	2.00
27660943--27661203	80	3.3	79	82	4	285	23	26	24	26	2.00
27667363--27667399	18	2.1	18	100	0	74	32	27	5	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27668702--27668735	16	2.1	16	88	5	50	58	0	2	38	1.13
27669868--27669969	52	2.0	52	88	0	150	34	24	9	31	1.88
27673830--27673862	16	2.1	16	94	0	57	21	30	24	24	1.99
27674021--27674101	25	3.2	24	79	8	81	17	27	19	35	1.94
27674030--27674108	26	3.1	26	87	7	108	17	25	20	36	1.94
27674191--27674312	65	1.9	65	92	0	208	16	21	16	45	1.85
27675041--27675106	4	16.5	4	96	0	123	24	0	25	50	1.50
27677033--27677107	34	2.2	34	85	4	98	22	1	29	46	1.60
27680244--27680316	25	2.9	26	80	11	64	30	20	17	31	1.96
27697449--27697576	25	5.2	25	73	14	104	25	21	22	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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