genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21763147--21763350	110	1.9	110	83	4	268	36	14	8	40	1.77
21764159--21764193	18	2.0	18	88	5	54	37	0	5	57	1.23
21764291--21764675	126	3.0	126	77	9	337	30	19	20	29	1.97
21764418--21764823	139	2.9	139	84	3	507	32	20	19	28	1.97
21768384--21768535	35	4.3	35	84	0	169	16	10	26	46	1.79
21770532--21770844	138	2.3	139	86	4	438	39	9	5	45	1.61
21804696--21804770	28	2.6	28	89	2	114	20	30	37	12	1.89
21815962--21815998	18	2.2	16	90	9	56	21	45	0	32	1.52
21817261--21817556	148	2.0	148	95	0	529	27	21	31	20	1.98
21829877--21829941	30	2.2	29	79	12	80	26	12	10	50	1.72
21829970--21830036	31	2.1	32	91	2	109	19	28	7	44	1.77
21830887--21830944	27	2.0	28	87	9	82	32	1	1	63	1.14
21830897--21830957	29	2.2	27	82	5	68	37	1	1	59	1.17
21833654--21833705	20	2.6	19	76	8	50	3	34	5	55	1.42
21840410--21840443	16	2.1	16	88	0	50	44	2	2	50	1.32
21843177--21843208	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
21843161--21843205	9	4.5	10	84	15	58	28	0	4	66	1.11
21843417--21843459	22	1.9	22	85	4	59	27	6	2	62	1.33
21855701--21856024	44	7.5	43	74	10	236	29	20	21	27	1.98
21855653--21855990	170	2.0	173	85	4	461	29	21	23	26	1.99
21856528--21856573	23	2.0	23	100	0	92	56	34	0	8	1.30
21857661--21857692	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21857645--21857706	12	5.9	10	75	18	56	27	3	4	64	1.29
21871493--21871669	97	1.8	97	86	1	257	30	11	7	50	1.66
21871589--21871866	152	1.8	152	92	0	475	26	14	13	44	1.82
21871877--21872060	94	2.0	94	93	0	314	25	10	10	53	1.67
21871485--21872199	379	1.9	382	89	2	1123	27	13	11	47	1.76
21872115--21872269	78	2.0	77	88	1	229	29	9	8	53	1.61
21872822--21872859	15	2.6	15	83	4	51	36	36	2	23	1.69
21872732--21873271	267	2.1	253	85	8	702	43	24	1	31	1.64
21873066--21873121	23	2.5	23	85	2	78	32	42	0	25	1.55
21873418--21873974	114	4.9	114	88	2	777	25	25	22	26	2.00
21876638--21876669	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
21876622--21876683	12	5.9	10	75	18	56	27	3	4	64	1.29
21895653--21895687	6	5.8	6	100	0	70	34	14	0	51	1.42
21896918--21896969	22	2.3	22	83	9	61	57	5	3	32	1.40
21900558--21900601	22	2.0	21	83	12	54	36	20	2	40	1.65
21904477--21904587	54	2.1	54	98	0	213	41	22	5	30	1.76
21907554--21907586	17	2.0	17	94	5	59	12	0	18	69	1.18
21908657--21908687	16	1.9	16	93	0	53	45	22	12	19	1.84
21914384--21916071	662	2.6	645	90	3	2564	29	16	15	38	1.89
21915673--21915703	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
21918100--21918157	28	2.1	28	100	0	116	43	13	13	29	1.83
21919776--21919813	15	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21919776--21919813	14	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
21934773--21934820	20	2.4	22	86	13	68	43	2	12	41	1.54
21935148--21935178	16	1.9	16	93	0	53	38	9	3	48	1.52
21937784--21937849	33	2.0	33	100	0	132	27	9	12	51	1.69
21940001--21940063	25	2.5	25	92	0	99	15	15	23	44	1.86
21940136--21940227	25	3.6	25	81	8	98	16	27	22	33	1.95
21940130--21940203	26	2.9	26	80	8	89	18	22	22	35	1.96
21940230--21940291	25	2.5	25	75	15	65	22	20	20	35	1.96
21942220--21942293	17	4.3	17	78	10	60	16	16	29	37	1.90
21942251--21942293	18	2.5	17	92	3	68	18	13	27	39	1.89
21947083--21947176	47	2.0	47	89	0	143	32	11	25	29	1.91
21949175--21949216	21	2.0	21	95	0	75	30	11	14	42	1.81
21950699--21950775	38	2.0	38	95	5	138	23	10	10	55	1.64
21955574--21955604	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
21958277--21958306	16	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
21961419--21961497	27	2.9	27	69	12	72	34	3	2	59	1.29
21967566--21967982	97	4.4	96	88	6	593	41	2	18	37	1.65
21968025--21968440	126	3.3	126	92	0	681	33	18	19	28	1.96
21972004--21972045	18	2.3	18	87	0	57	45	7	28	19	1.76
21972102--21972195	30	3.1	30	81	0	107	10	15	43	29	1.81
21972866--21972906	20	2.1	20	82	13	50	39	9	7	43	1.65
21973819--21973868	22	2.3	22	82	0	64	46	2	24	28	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21973833--21973870	11	3.5	11	88	0	58	42	0	26	31	1.56
21974394--21974425	11	2.9	11	95	0	55	28	31	0	40	1.57
21974388--21974432	22	2.0	22	83	8	56	26	31	2	40	1.68
21975308--21975499	95	2.0	96	92	1	323	40	18	2	38	1.65
21977693--21977803	19	5.8	19	85	0	159	39	10	13	36	1.80
21977700--21977803	38	2.7	38	95	0	181	40	10	12	36	1.78
21982004--21982029	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
21982003--21982034	17	1.9	16	93	6	55	90	0	9	0	0.45
21983210--21983353	45	3.3	43	67	14	114	30	22	24	22	1.99
21983417--21983597	44	4.1	44	66	16	104	28	17	24	29	1.97
21983333--21983831	132	3.8	131	93	2	813	28	18	24	29	1.98
21984163--21984273	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
21984170--21984273	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
21999068--21999097	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
21999707--21999803	47	2.1	47	100	0	194	16	24	6	52	1.66
22007219--22007249	16	1.9	16	93	0	53	41	25	19	12	1.87
22008670--22009069	200	2.0	200	99	0	791	26	25	14	34	1.94
22011115--22011302	23	8.2	22	71	11	101	31	4	22	41	1.73
22011093--22011212	46	2.6	46	89	1	168	33	5	23	38	1.76
22011093--22011289	46	4.3	47	80	5	152	30	4	23	41	1.73
22011830--22011925	45	2.2	44	88	5	140	38	23	4	33	1.74
22011904--22011975	16	4.5	16	87	0	108	27	25	6	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22014191--22014291	48	2.1	48	88	0	148	38	11	17	31	1.86
22020905--22020934	14	2.1	14	93	0	51	46	10	10	33	1.71
22022559--22022633	38	2.0	38	97	0	141	36	24	8	32	1.84
22023419--22023546	25	5.2	25	78	9	136	29	20	25	25	1.99
22023419--22023558	50	2.8	50	82	9	162	30	20	25	25	1.99
22034498--22034551	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
22047243--22047337	25	3.8	25	82	6	113	30	21	23	25	1.99
22057732--22057777	15	3.0	16	75	12	60	21	26	6	45	1.76
22057727--22057805	25	2.9	28	85	14	119	24	25	7	43	1.80
22062389--22062448	30	2.0	31	90	3	95	26	23	6	43	1.78
22062423--22062473	25	2.0	25	92	7	86	23	15	7	52	1.68
22062973--22063277	137	2.2	139	91	3	494	43	6	8	42	1.59
22063199--22063359	82	2.0	82	93	2	279	40	6	8	44	1.60
22063060--22063669	220	2.8	220	95	0	1058	42	5	9	42	1.61
22063419--22063580	82	2.0	82	92	0	270	39	6	10	43	1.64
22067536--22067742	101	2.0	101	93	0	351	38	21	11	28	1.88
22070845--22070985	70	2.0	70	95	2	257	36	8	12	42	1.73
22073642--22073717	37	2.1	37	100	0	152	25	10	15	48	1.77
22075179--22075220	9	4.8	9	77	16	52	42	2	0	54	1.13
22075169--22075232	26	2.4	25	80	12	74	39	3	1	56	1.25
22075181--22075262	17	5.0	17	72	23	61	41	1	1	56	1.15
22076432--22076466	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22076606--22076671	23	2.9	22	76	10	62	42	1	21	34	1.62
22076819--22076909	37	2.4	38	81	5	105	19	23	28	28	1.98
22076819--22076913	38	2.5	37	81	5	111	20	24	28	27	1.99
22080390--22080433	20	2.2	20	87	0	61	72	2	18	6	1.17
22084356--22084416	32	1.9	32	100	0	122	8	16	13	62	1.53
22085627--22085681	28	2.0	27	86	10	76	58	0	3	38	1.16
22087799--22087832	15	2.3	15	89	0	50	50	2	14	32	1.58
22092583--22092661	41	1.9	41	84	0	104	17	20	35	26	1.95
22092609--22092692	41	2.0	41	81	4	98	15	22	36	25	1.93
22096118--22097888	884	2.0	884	99	0	3533	31	20	11	36	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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