genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8648122--8648162	19	2.2	19	87	12	59	19	7	2	70	1.22
8651231--8651325	47	2.0	47	100	0	190	38	4	25	31	1.75
8652137--8652422	103	2.7	104	85	4	407	26	20	18	34	1.96
8651855--8652422	113	5.2	105	79	9	547	29	17	18	34	1.94
8668298--8668381	19	4.4	19	75	12	66	28	2	5	63	1.31
8668334--8668389	21	2.7	21	83	5	60	28	3	5	62	1.34
8668349--8668410	20	3.0	21	76	11	56	35	1	4	58	1.29
8668513--8668562	18	2.8	18	84	6	57	24	0	10	66	1.22
8670122--8670631	169	3.0	169	90	1	774	24	32	18	24	1.97
8671849--8672074	92	2.5	91	84	7	295	38	21	8	30	1.84
8678537--8678572	14	2.5	14	90	4	54	55	0	13	30	1.39
8678537--8678572	15	2.4	15	90	9	56	55	0	13	30	1.39
8678541--8678585	14	3.1	14	83	3	54	51	0	17	31	1.46
8680240--8680291	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
8681956--8682013	30	2.0	29	83	9	75	51	6	8	32	1.59
8683540--8683686	64	2.3	64	97	0	285	36	8	13	41	1.76
8684297--8685062	378	2.0	379	97	0	1464	24	16	17	41	1.89
8690403--8690432	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8703454--8703517	22	2.9	22	88	0	92	39	18	25	17	1.92
8703492--8703553	25	2.5	25	89	0	88	38	17	22	20	1.93
8704099--8704203	47	2.2	46	81	10	113	32	31	14	21	1.93
8704116--8704223	47	2.2	48	83	4	128	35	31	13	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8704134--8704249	47	2.5	46	78	5	117	29	28	17	25	1.97
8706778--8706820	22	2.0	22	90	0	68	51	9	16	23	1.73
8711530--8711577	22	2.4	19	75	21	53	45	0	0	54	0.99
8761148--8761181	16	2.1	16	88	0	50	55	2	23	17	1.55
8775139--8775170	13	2.5	13	100	0	64	34	6	12	46	1.67
8775463--8775532	27	2.7	25	80	8	77	20	27	20	32	1.97
8775495--8775575	25	3.3	24	72	14	58	14	29	23	32	1.95
8775535--8775614	25	3.2	26	72	13	69	16	27	21	35	1.94
8775493--8775614	49	2.5	48	81	6	136	17	28	21	32	1.96
8782002--8782036	16	2.3	15	90	5	52	40	0	11	48	1.39
8784311--8784404	42	2.2	42	83	3	118	43	18	22	15	1.87
8784367--8784464	41	2.3	42	78	3	117	48	15	17	18	1.81
8784457--8784506	21	2.4	21	80	6	57	50	14	20	16	1.78
8786048--8786081	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
8790409--8790459	22	2.4	22	93	3	86	31	25	0	43	1.55
8794187--8794245	29	2.1	27	93	6	100	69	0	3	27	1.04
8796543--8796612	35	2.0	35	100	0	140	40	2	2	54	1.30
8797193--8797223	13	2.4	13	94	0	53	48	6	3	41	1.45
8798634--8798888	90	2.8	89	81	5	244	28	23	14	33	1.94
8798685--8798908	90	2.5	90	81	5	265	26	24	16	32	1.96
8803856--8804216	50	7.5	50	75	10	324	30	20	22	26	1.98
8803847--8804298	95	4.8	95	86	1	611	30	21	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8804226--8805339	100	11.2	100	83	4	1164	30	22	21	24	1.99
8804241--8805005	50	15.4	50	65	8	202	31	24	21	22	1.99
8804233--8805339	298	3.7	294	81	5	1183	30	22	22	24	1.99
8804226--8805323	398	2.8	398	87	1	1479	30	23	22	24	1.99
8805931--8806406	44	10.8	44	67	12	228	30	18	24	26	1.98
8805837--8806560	132	5.5	132	92	0	1137	31	18	23	26	1.97
8806850--8806904	27	2.0	28	82	10	69	50	34	1	12	1.51
8807315--8807339	13	1.9	13	100	0	50	16	4	8	72	1.24
8808061--8808085	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8808874--8809071	105	1.9	105	88	3	297	29	17	19	34	1.94
8817066--8817126	31	2.0	31	93	0	104	22	14	26	36	1.93
8818004--8818127	61	2.0	61	84	6	162	41	4	13	41	1.63
8819737--8819788	19	2.7	19	84	0	59	30	28	21	19	1.97
8826558--8826639	29	3.0	27	80	15	89	41	2	1	54	1.21
8826554--8826646	28	3.3	27	74	14	71	39	2	1	56	1.18
8827066--8827141	19	4.1	18	78	10	73	36	0	5	57	1.21
8827074--8827131	18	3.2	18	80	9	73	37	0	1	60	1.07
8827092--8827207	49	2.3	51	79	10	132	38	1	4	55	1.30
8827079--8827236	9	15.7	10	64	25	50	37	1	4	56	1.27
8827242--8827284	19	2.3	18	88	8	59	53	2	0	44	1.13
8828308--8828380	30	2.6	28	79	14	78	68	2	23	5	1.24
8834041--8834146	51	2.1	51	94	0	185	37	12	17	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8839561--8839622	24	2.7	23	87	9	65	20	12	14	51	1.75
8839573--8839622	24	2.1	24	100	0	100	20	12	18	50	1.78
8840732--8840818	28	3.1	28	67	26	85	43	25	2	28	1.67
8840731--8840821	33	3.1	33	65	31	96	42	27	2	27	1.67
8840707--8840821	55	2.1	55	100	0	230	43	27	1	26	1.65
8866464--8866488	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
8868140--8868244	41	2.6	41	86	3	140	25	18	26	29	1.98
8873315--8873396	29	2.9	28	83	5	94	40	19	28	12	1.87
8873316--8873402	28	3.1	28	80	8	95	39	19	27	13	1.90
8876776--8876875	51	1.9	52	87	2	148	47	19	3	31	1.64
8880408--8880460	26	2.1	25	82	10	63	18	0	20	60	1.36
8881104--8881210	44	2.5	44	80	7	130	26	17	28	28	1.98
8887904--8887945	16	2.6	16	81	7	50	16	0	23	59	1.37
8888568--8888887	96	3.3	97	86	5	427	39	18	1	40	1.62
8888568--8888887	97	3.3	95	86	6	419	39	18	1	40	1.62
8892972--8893029	29	1.9	31	82	6	75	36	8	5	50	1.56
8894915--8894960	22	2.1	22	95	0	83	32	28	8	30	1.87
8898389--8898422	8	3.8	9	88	11	52	29	0	26	44	1.55
8900010--8900063	24	2.2	24	81	15	58	40	14	7	37	1.74
8900824--8900871	15	3.1	15	88	11	62	25	0	2	72	0.95
8901462--8901491	15	2.0	15	93	0	51	83	0	3	13	0.77
8901888--8901925	20	1.9	19	85	15	51	63	7	0	28	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8910874--8910917	19	2.3	19	80	7	54	50	2	0	47	1.13
8925305--8925460	78	2.0	78	94	0	276	36	9	7	46	1.64
8927666--8928209	132	4.1	132	90	2	815	25	26	19	28	1.99
8928221--8928584	89	4.1	89	81	1	370	26	20	23	29	1.99
8928647--8928796	45	3.3	46	73	17	132	26	29	14	30	1.95
8929092--8929147	24	2.3	24	96	0	103	28	25	12	33	1.92
8930043--8930135	48	1.9	48	86	4	134	16	23	18	41	1.89
8931082--8931124	23	1.9	22	80	4	50	6	25	0	67	1.15
8931138--8931167	10	3.1	10	90	9	53	13	0	6	80	0.91
8934152--8934198	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
8941758--8941829	36	2.0	36	94	0	126	29	45	0	25	1.53
8956378--8956437	28	2.2	27	88	5	86	26	5	0	68	1.10
8956665--8956716	7	7.3	7	78	4	59	46	32	0	21	1.52
8956665--8956716	14	3.6	14	82	14	70	46	32	0	21	1.52
8956658--8956717	29	2.1	29	93	0	102	45	31	0	23	1.53
8958560--8958609	20	2.3	23	83	10	61	76	8	2	14	1.10
8958661--8958723	27	2.3	27	88	0	90	9	28	34	26	1.88
8960522--8960584	27	2.3	27	86	0	90	25	33	30	11	1.90
8962222--8962259	20	1.9	20	88	0	58	44	10	2	42	1.52
8962215--8962249	12	2.9	12	91	0	52	48	11	2	37	1.54
8966322--8966374	21	2.5	21	78	6	63	45	32	0	22	1.53
8966538--8966568	8	4.0	8	91	8	55	38	38	0	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8966540--8966568	15	1.9	15	100	0	58	37	41	0	20	1.53
8967034--8967272	41	5.8	41	84	5	268	28	30	19	21	1.97
8969268--8969333	26	2.5	26	78	9	64	30	3	6	60	1.36
8969262--8969333	27	2.8	25	77	10	65	27	2	6	62	1.35
8969935--8969973	16	2.4	17	86	4	53	69	2	2	25	1.14
8970326--8970510	92	2.0	94	83	7	234	41	12	11	34	1.79
8970326--8970551	92	2.4	94	79	8	230	42	11	11	34	1.78
8971866--8971903	17	2.4	16	87	12	53	26	0	2	71	1.00
8981537--8981688	54	2.8	54	76	4	153	23	21	14	41	1.89
8981620--8981732	27	4.2	27	80	4	111	26	25	8	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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