genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16216697--16216757	30	2.0	30	83	3	77	44	0	36	19	1.51
16216895--16216935	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
16216973--16217018	9	5.1	9	91	0	74	30	13	13	43	1.81
16217072--16217102	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
16220624--16220696	25	2.8	25	79	4	83	46	19	15	19	1.84
16224106--16224183	37	2.1	38	95	4	142	34	8	25	30	1.87
16224891--16225020	64	2.0	65	92	1	217	26	30	18	23	1.98
16229595--16229623	6	4.8	6	100	0	58	17	17	48	17	1.82
16243042--16243088	15	3.2	15	71	17	53	34	8	4	53	1.51
16251102--16251131	15	1.9	16	93	6	53	33	0	33	33	1.58
16252931--16252998	20	3.5	20	78	11	77	4	16	20	58	1.54
16252938--16252987	24	2.0	25	84	3	66	4	18	20	58	1.55
16254313--16254347	15	2.4	15	90	4	54	25	0	0	74	0.82
16257070--16257131	18	3.4	18	80	4	61	46	3	19	30	1.65
16265004--16265062	5	11.8	5	81	0	73	3	23	18	54	1.59
16264991--16265062	15	4.8	15	80	0	72	4	22	19	54	1.61
16267248--16267315	31	2.1	33	89	5	104	29	11	19	39	1.87
16272798--16273015	89	2.5	87	82	10	255	33	7	20	38	1.81
16273532--16273562	13	2.4	13	94	0	53	35	0	0	64	0.94
16287640--16287672	16	2.1	16	94	0	57	42	0	21	36	1.53
16293209--16293236	5	5.6	5	100	0	56	17	0	17	64	1.30
16304766--16304873	23	5.0	22	80	8	123	17	22	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16308803--16308827	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
16309633--16309673	17	2.5	16	80	7	55	65	7	4	21	1.37
16314280--16314340	21	2.7	23	76	19	67	36	4	4	54	1.44
16314761--16314799	14	2.8	14	84	0	51	33	2	7	56	1.41
16326131--16326160	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
16326435--16326471	19	1.9	19	100	0	74	40	0	0	59	0.97
16329536--16329580	21	2.1	21	100	0	90	22	15	20	42	1.89
16333346--16333389	21	2.0	21	82	8	52	31	18	29	20	1.96
16335401--16335555	84	1.8	84	86	5	224	17	34	26	21	1.96
16339410--16339530	42	2.9	42	83	4	147	43	18	21	16	1.87
16344707--16344863	41	3.8	40	82	8	156	21	19	27	32	1.97
16345664--16345693	7	4.3	7	95	0	51	16	0	40	43	1.48
16345772--16345812	21	2.0	20	90	4	64	21	0	39	39	1.54
16345265--16345915	285	2.3	278	82	9	763	28	2	26	42	1.67
16346145--16347493	450	3.0	450	93	1	2276	31	15	19	34	1.92
16349188--16349321	66	2.0	66	88	5	200	41	20	23	14	1.90
16349188--16349336	66	2.3	66	85	4	194	40	19	25	14	1.89
16349327--16349403	21	3.7	21	87	0	118	32	12	45	9	1.74
16349774--16349994	43	5.2	42	74	4	147	24	18	28	28	1.98
16350126--16350169	21	2.1	21	95	0	79	43	29	15	11	1.82
16359279--16359336	25	2.3	25	87	0	80	24	20	20	34	1.97
16359404--16359497	39	2.4	40	80	8	104	42	2	14	40	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16361224--16361264	18	2.3	18	91	4	66	51	0	2	46	1.14
16365361--16365407	24	2.0	24	86	0	67	23	38	23	14	1.92
16369863--16370294	215	2.0	211	86	5	602	32	19	18	29	1.96
16369863--16370294	108	4.1	106	90	3	595	32	19	18	29	1.96
16372245--16372883	44	14.6	44	77	5	589	23	24	20	31	1.98
16372245--16372889	175	3.7	174	77	4	494	23	24	21	31	1.99
16372245--16372890	131	4.9	131	94	0	1125	23	23	21	30	1.99
16373204--16373259	24	2.3	24	90	6	87	32	21	12	33	1.91
16384484--16384872	215	1.8	213	86	4	568	33	19	17	29	1.95
16384484--16384867	108	3.6	107	88	3	544	32	20	17	29	1.95
16385701--16385730	13	2.3	13	94	0	51	0	56	0	43	0.99
16392377--16392435	21	2.8	21	84	0	82	38	5	18	37	1.73
16392418--16392463	18	2.6	18	86	10	67	32	8	21	36	1.84
16392688--16392732	18	2.5	18	82	7	56	17	13	42	26	1.86
16399326--16399388	28	2.3	27	86	10	85	61	1	0	36	1.05
16399395--16399424	13	2.3	13	94	0	51	80	0	0	20	0.72
16402554--16402653	8	11.4	8	74	17	67	37	2	1	60	1.15
16402564--16402663	27	3.7	27	72	15	80	40	2	1	57	1.17
16402554--16402653	17	5.7	16	73	18	67	37	2	1	60	1.15
16402564--16402649	29	3.1	28	78	18	90	38	2	1	58	1.19
16403660--16403837	28	6.4	28	81	4	198	23	17	6	53	1.66
16403659--16403825	55	3.0	55	81	5	210	23	16	5	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16406834--16407161	164	2.0	164	100	0	656	35	5	19	39	1.75
16407625--16407716	37	2.4	36	81	15	98	40	3	4	52	1.38
16408343--16408395	5	10.6	5	100	0	106	20	0	18	60	1.36
16408465--16408539	34	2.2	35	81	13	86	28	9	14	48	1.75
16416155--16416185	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
16416785--16416851	34	2.0	34	85	5	91	26	10	17	44	1.81
16416991--16417286	137	2.2	138	85	2	391	28	23	16	31	1.96
16418067--16418110	21	2.1	21	83	8	54	56	4	4	34	1.40
16419511--16419545	17	2.1	17	100	0	70	37	11	11	40	1.77
16419618--16419669	24	2.2	24	89	0	77	55	5	1	36	1.35
16421560--16421610	24	2.1	24	85	0	66	56	3	1	37	1.29
16421573--16421628	24	2.4	23	81	3	58	55	5	0	39	1.23
16427288--16427328	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
16431165--16431320	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
16438496--16438651	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
16442754--16442826	24	3.0	24	100	0	146	26	16	12	45	1.82
16442773--16442819	15	3.5	15	68	31	52	25	17	12	44	1.84
16450220--16450252	7	4.7	7	100	0	66	15	27	15	42	1.86
16452825--16452891	25	2.7	26	81	11	77	25	19	22	32	1.97
16452849--16452909	25	2.4	25	86	5	79	27	18	24	29	1.98
16457435--16457495	21	2.9	20	79	13	61	40	42	0	16	1.48
16457412--16457536	14	8.8	14	71	6	63	45	33	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16457426--16457536	22	5.2	21	75	6	80	45	35	0	19	1.51
16458256--16458352	43	2.3	43	80	3	106	29	25	18	25	1.98
16458733--16458780	21	2.3	21	88	0	69	2	43	18	35	1.62
16460387--16460492	17	6.4	17	68	22	82	40	0	12	47	1.41
16460387--16460493	9	11.9	9	69	19	64	40	0	13	46	1.43
16460416--16460523	49	2.3	49	88	7	161	39	0	12	48	1.40
16460586--16460759	47	3.8	47	79	11	227	43	3	15	37	1.64
16462141--16462233	16	6.0	16	72	20	81	35	19	13	31	1.91
16462146--16462225	14	5.4	14	69	19	63	35	18	13	32	1.90
16463934--16464078	31	4.8	31	78	9	158	35	42	1	20	1.61
16463995--16464148	7	20.4	7	70	13	83	35	44	1	18	1.61
16463995--16464041	24	2.0	24	95	0	85	31	51	0	17	1.46
16463934--16464090	62	2.6	62	94	4	275	35	42	1	20	1.60
16464019--16464149	38	3.5	37	87	6	183	37	41	2	18	1.63
16465253--16465299	19	2.6	17	84	12	67	31	46	0	21	1.51
16465572--16465819	73	3.4	73	82	5	268	26	26	22	25	2.00
16465770--16466043	112	2.4	112	81	6	313	25	24	22	27	2.00
16466261--16466405	40	3.6	39	81	9	175	34	24	18	22	1.96
16466261--16466445	81	2.3	81	86	3	250	34	25	18	22	1.96
16466290--16466451	40	4.0	40	82	4	175	32	27	18	20	1.96
16466507--16466618	40	2.9	37	75	11	107	18	20	19	41	1.91
16467585--16467669	43	2.0	43	83	4	109	38	1	12	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16469324--16469473	40	3.7	39	76	7	106	36	20	25	17	1.94
16469516--16469833	42	7.7	41	85	2	397	15	24	27	32	1.95
16469516--16469833	83	3.9	83	89	2	437	15	24	27	32	1.95
16469516--16469833	125	2.6	124	86	2	426	15	24	27	32	1.95
16470676--16470747	37	1.9	38	88	2	110	22	1	40	36	1.63
16471985--16472023	16	2.6	15	84	11	53	23	35	5	35	1.77
16472244--16472311	33	2.1	33	94	0	118	32	2	29	35	1.73
16472552--16472589	17	2.2	17	95	0	67	10	36	13	39	1.79
16474059--16474111	24	2.2	24	96	0	97	43	3	3	49	1.38
16474218--16474263	22	2.1	22	88	8	67	45	10	4	39	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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