genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  98  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27697434--27697580	49	3.0	49	83	3	170	25	20	23	30	1.98
27702355--27702530	78	2.3	75	82	5	199	37	4	16	41	1.69
27702355--27702530	76	2.3	77	82	5	212	37	4	16	41	1.69
27702875--27703116	33	7.4	32	74	15	212	28	8	19	43	1.80
27702875--27703101	64	3.5	64	90	3	337	28	8	18	43	1.80
27702890--27703112	31	6.9	31	75	15	195	28	8	19	43	1.81
27708481--27708573	20	5.2	18	70	23	54	59	3	2	35	1.26
27708481--27708519	18	2.1	19	85	4	53	51	7	2	38	1.44
27708515--27708543	8	3.8	8	90	9	51	75	0	0	24	0.80
27708515--27708544	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
27708498--27708573	36	2.1	36	82	2	91	63	1	2	32	1.17
27711384--27711408	4	6.2	4	100	0	50	48	28	0	24	1.52
27714310--27714354	22	2.0	22	100	0	90	31	22	17	28	1.97
27714628--27714667	18	2.2	18	90	0	62	20	30	10	40	1.85
27715096--27715212	25	4.9	25	72	16	113	43	0	12	43	1.42
27715086--27715256	69	2.5	69	96	0	315	40	0	12	47	1.41
27715259--27715295	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
27715326--27715414	23	3.8	23	90	1	142	46	25	0	28	1.53
27715326--27715863	46	12.4	46	77	13	466	46	27	0	25	1.56
27715417--27715844	23	19.5	22	73	16	216	46	27	0	25	1.56
27715440--27715510	36	1.9	37	91	2	117	47	28	0	23	1.52
27715357--27715872	67	8.0	67	86	6	510	46	27	0	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27715476--27715863	44	8.7	45	79	9	354	46	27	0	25	1.57
27715476--27715917	90	5.0	89	78	9	440	45	27	0	26	1.58
27715476--27715902	23	19.3	23	77	12	263	45	28	0	25	1.57
27715515--27715908	44	9.0	43	78	11	217	45	28	0	26	1.58
27715913--27716153	115	2.1	116	87	4	344	37	11	7	43	1.70
27719164--27719513	124	2.8	124	94	0	592	32	22	16	27	1.96
27719824--27719856	9	3.7	9	88	11	50	69	6	0	24	1.10
27720603--27720731	29	4.5	28	77	13	122	34	0	3	61	1.17
27720603--27720731	58	2.3	56	81	6	161	34	0	3	61	1.17
27720694--27720730	19	1.9	19	94	0	65	37	0	0	62	0.96
27722984--27723023	21	1.9	21	94	0	71	25	0	5	70	1.08
27729764--27729807	22	2.0	23	86	4	63	36	4	9	50	1.55
27740888--27740924	18	2.1	18	100	0	74	51	10	0	37	1.37
27741127--27741189	24	2.8	22	74	11	56	34	1	6	57	1.34
27741514--27741605	43	2.1	43	95	0	166	29	18	2	50	1.59
27756134--27756185	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
27756179--27756217	18	2.2	18	90	0	60	12	20	2	64	1.40
27761453--27761714	54	4.8	53	76	4	238	25	20	15	38	1.92
27761449--27761721	108	2.5	108	81	1	314	24	21	15	38	1.91
27765250--27765473	79	2.8	79	81	11	226	25	22	27	24	2.00
27765251--27765473	40	5.6	40	85	8	235	26	22	27	24	2.00
27765303--27765506	79	2.6	77	81	9	225	27	21	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27769183--27769215	12	2.8	12	90	4	50	42	33	18	6	1.75
27770213--27770251	20	2.0	20	89	0	60	51	0	2	46	1.14
27770272--27770358	33	2.7	32	79	13	106	48	18	6	26	1.73
27770351--27770402	20	2.6	20	96	0	95	44	15	5	34	1.70
27770801--27770853	21	2.5	22	84	6	74	30	35	5	28	1.80
27776310--27776429	45	2.7	44	85	5	143	36	16	21	25	1.94
27776446--27776660	46	4.7	46	86	2	272	45	15	20	18	1.85
27779509--27779691	79	2.3	81	82	9	216	24	27	22	25	2.00
27779507--27779691	40	4.6	41	82	9	222	24	28	22	24	2.00
27787365--27787549	40	4.7	40	82	7	218	25	28	21	24	1.99
27787365--27787549	79	2.3	81	82	9	220	25	28	21	24	1.99
27790902--27790988	20	4.3	20	73	5	70	35	19	32	12	1.89
27791534--27791577	13	3.5	13	76	17	56	40	9	0	50	1.34
27791524--27791577	25	2.2	25	100	0	108	44	7	0	48	1.31
27796900--27796929	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
27816830--27816865	18	2.0	18	100	0	72	38	5	11	44	1.63
27819900--27819952	27	2.0	27	96	0	97	39	20	16	22	1.92
27825425--27825700	25	11.0	25	87	0	390	39	17	20	22	1.92
27825432--27825700	75	3.6	75	91	0	430	39	16	21	22	1.92
27826244--27826368	49	2.6	47	83	3	142	36	27	13	22	1.92
27833026--27833053	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
27849678--27849901	40	5.7	39	83	9	242	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27849678--27849901	79	2.8	79	80	9	226	24	27	22	25	2.00
27857786--27858009	40	5.7	39	83	9	242	24	27	22	25	2.00
27857786--27858009	79	2.8	79	80	9	226	24	27	22	25	2.00
27860946--27861134	40	4.8	40	82	3	193	38	16	28	17	1.91
27860958--27861134	80	2.2	79	83	1	219	37	17	28	16	1.92
27860994--27861134	20	7.1	20	66	13	67	36	18	28	17	1.93
27872548--27872598	23	2.3	21	80	12	57	33	0	13	52	1.41
27874543--27874726	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	24	2.00
27874543--27874726	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	24	2.00
27874594--27874759	79	2.1	79	79	8	178	27	21	27	24	1.99
27882405--27882627	39	5.7	40	84	8	257	25	21	27	25	2.00
27882405--27882627	79	2.8	81	83	9	273	25	21	27	25	2.00
27882457--27882650	79	2.5	79	83	9	202	26	21	27	25	1.99
27882457--27882660	78	2.6	78	82	9	202	26	21	27	25	1.99
27888715--27888757	14	2.9	14	86	6	59	67	2	9	20	1.30
27888763--27888798	13	2.8	13	91	8	56	66	0	16	16	1.25
27890109--27890426	50	6.4	50	68	3	192	31	24	20	22	1.98
27890081--27890398	100	3.2	100	87	2	442	32	22	22	22	1.98
27895793--27896071	50	5.5	50	84	4	319	26	21	29	23	1.99
27907513--27907705	50	3.7	50	78	6	172	27	21	29	21	1.99
27912017--27912059	21	2.0	21	100	0	86	34	18	13	32	1.90
27913848--27913898	21	2.4	22	77	9	61	43	7	1	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27917991--27918015	4	6.2	4	100	0	50	24	0	76	0	0.80
27920100--27920142	18	2.5	17	85	7	52	25	30	0	44	1.55
27924649--27924687	11	3.5	11	83	16	53	71	12	0	15	1.14
27924650--27924696	23	2.1	22	88	11	69	72	10	2	14	1.21
27926272--27926311	21	2.0	21	85	5	55	22	22	12	42	1.87
27930773--27931123	40	8.8	40	93	0	585	21	27	20	29	1.98
27938115--27938465	40	8.8	40	94	0	594	21	27	20	29	1.98
27941066--27942048	502	2.0	503	96	0	1815	28	34	13	22	1.92
27944018--27944058	12	3.5	12	90	3	66	85	0	14	0	0.60
27944020--27944056	16	2.2	16	95	4	65	83	0	16	0	0.64
27944020--27944067	23	2.0	25	88	11	75	79	0	18	2	0.84
27944017--27944057	17	2.4	16	88	11	64	85	0	14	0	0.60
27945589--27945625	20	1.9	18	89	10	56	37	5	8	48	1.56
27952771--27953008	51	4.7	49	81	4	260	31	28	16	24	1.96
27952771--27953003	101	2.3	102	85	3	310	31	28	15	24	1.96
27958618--27958661	23	1.9	23	100	0	88	36	13	18	31	1.90
27958678--27958733	26	2.2	25	87	3	76	19	21	23	35	1.96
27958865--27958924	28	2.2	26	91	5	93	23	20	25	31	1.98
27965849--27965901	13	4.2	12	81	9	52	24	1	0	73	0.93
27966274--27966314	14	3.0	14	75	17	50	14	21	0	63	1.30
27971007--27971099	24	3.9	24	85	0	132	29	27	19	23	1.98
27979147--27979336	50	3.7	50	81	4	164	23	28	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27983404--27983596	50	3.8	50	81	0	224	22	29	22	25	1.99
27983404--27983594	100	1.9	101	84	1	258	22	29	23	25	1.99
27987360--27987490	50	2.6	50	79	2	138	20	29	23	26	1.99
28000577--28000629	25	2.1	25	100	0	106	47	22	3	26	1.68
28000577--28000618	13	3.3	13	73	6	50	42	23	4	28	1.74
28002161--28002519	186	1.9	183	83	5	454	37	12	13	35	1.83
28023244--28023300	26	2.2	26	87	9	80	31	0	0	68	0.90
28027723--28028060	113	3.0	113	94	1	574	29	15	17	37	1.90
28037840--28037926	25	3.5	25	81	10	99	24	24	21	29	1.99
28044541--28044863	140	2.3	141	93	1	576	32	8	30	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230