genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8123967--8124620	50	13.1	50	70	3	402	24	20	22	32	1.98
8123952--8124771	100	8.1	100	85	5	977	24	20	22	32	1.98
8124507--8124730	110	2.0	112	85	3	308	23	20	25	30	1.99
8124621--8124763	46	3.0	46	71	13	137	22	20	24	32	1.97
8124621--8124770	50	3.1	50	67	15	134	23	20	24	32	1.98
8125638--8125690	24	2.3	23	81	12	63	1	15	3	79	0.96
8130083--8130326	120	2.0	120	98	0	470	36	26	5	31	1.80
8134747--8134944	50	3.8	50	81	4	189	28	20	27	22	1.99
8145746--8145799	26	2.1	26	100	0	108	33	7	7	51	1.58
8146774--8146806	15	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
8146801--8146872	20	3.7	19	85	7	92	37	0	6	55	1.27
8148972--8149010	16	2.6	15	88	11	62	61	2	0	35	1.10
8149306--8149372	22	3.0	22	78	8	73	16	25	16	41	1.88
8158104--8158182	37	2.1	37	86	4	106	24	30	18	26	1.98
8158300--8158739	47	9.3	47	93	1	709	29	29	8	32	1.87
8165754--8165795	21	2.0	21	81	9	50	42	0	9	47	1.36
8167522--8167577	15	3.7	15	76	7	51	62	8	0	28	1.25
8167779--8167818	21	1.9	21	89	0	62	77	7	7	7	1.13
8175305--8175364	20	3.1	19	79	11	59	68	3	0	28	1.05
8176754--8176795	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
8181645--8181777	50	2.6	51	85	3	180	22	18	29	29	1.98
8183629--8183665	19	1.9	19	88	0	56	32	2	16	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8186722--8186748	6	4.5	6	100	0	54	18	66	14	0	1.25
8191100--8192142	477	2.2	477	94	0	1822	27	22	16	33	1.95
8196508--8196538	6	5.0	6	96	4	53	32	19	48	0	1.49
8210386--8210426	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
8220631--8220779	42	3.5	42	78	11	124	24	18	26	30	1.98
8220631--8220747	42	2.7	45	81	12	129	22	19	28	29	1.98
8221564--8221840	22	12.6	22	81	0	302	29	10	18	41	1.83
8221762--8221840	11	7.2	11	71	16	65	32	5	17	44	1.71
8226518--8226668	33	4.5	33	71	23	118	19	17	27	35	1.95
8226486--8226713	101	2.2	101	91	0	357	21	18	26	33	1.96
8226652--8226756	43	2.5	42	85	4	131	23	14	25	36	1.93
8233893--8234118	103	2.2	102	87	2	319	23	17	25	33	1.96
8234057--8234160	42	2.5	42	89	6	149	26	14	23	35	1.93
8244532--8244624	20	4.7	20	78	0	105	41	22	25	9	1.84
8244532--8244624	40	2.3	40	86	0	141	41	22	25	9	1.84
8247575--8247635	30	2.0	31	87	9	90	27	1	6	63	1.28
8253375--8253695	162	2.0	162	97	0	606	29	18	6	45	1.74
8254104--8254185	20	4.1	20	76	10	78	46	2	9	41	1.50
8255462--8255499	20	2.0	20	89	5	60	52	7	5	34	1.53
8255527--8255569	20	2.2	20	82	0	50	37	6	9	46	1.63
8255668--8255728	19	3.2	18	75	13	52	44	1	11	42	1.50
8256142--8256200	19	3.0	19	76	9	64	47	5	8	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8257545--8257602	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
8276194--8276872	341	2.0	340	89	1	1038	36	15	16	31	1.90
8280597--8280704	57	1.9	57	96	0	198	30	25	14	28	1.95
8280910--8281031	61	2.0	61	100	0	244	50	11	11	26	1.72
8281874--8281916	17	2.6	17	92	3	70	39	4	18	37	1.72
8288194--8288317	60	2.1	60	84	1	160	36	19	20	23	1.95
8296154--8296204	27	1.9	28	84	11	72	19	27	15	37	1.92
8298668--8298712	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
8300283--8300316	13	2.6	13	86	13	52	20	0	2	76	0.92
8300732--8301108	44	8.1	44	69	18	187	27	20	18	32	1.96
8300681--8301248	142	4.0	142	92	0	913	28	20	17	33	1.95
8300681--8301248	283	2.0	284	92	0	958	28	20	17	33	1.95
8304379--8304573	51	3.8	51	81	6	234	23	13	28	34	1.93
8304948--8304977	12	2.5	12	100	0	60	56	0	0	43	0.99
8310596--8310637	22	1.9	22	95	0	75	23	4	28	42	1.74
8310977--8311171	51	3.8	51	76	7	182	25	15	26	33	1.95
8317182--8317411	27	8.5	27	82	7	243	20	13	20	46	1.83
8317187--8317412	54	4.2	53	86	4	292	19	13	20	46	1.83
8317187--8317412	81	2.8	81	85	4	294	19	13	20	46	1.83
8329374--8329623	100	2.4	104	87	6	348	20	29	24	25	1.99
8329375--8329623	50	4.8	51	85	6	299	20	29	24	25	1.99
8329869--8329905	17	2.1	18	90	5	58	0	27	8	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8329851--8329945	40	2.3	40	89	3	136	0	28	7	64	1.20
8329961--8330014	3	20.0	3	75	21	57	61	0	0	38	0.96
8329959--8330014	8	7.0	8	80	15	71	60	0	0	39	0.97
8329964--8330017	5	10.8	5	78	21	60	61	0	0	38	0.96
8329964--8330026	24	2.9	21	82	13	81	61	1	0	36	1.05
8331671--8331715	12	3.8	12	78	0	54	55	20	11	13	1.68
8331662--8331719	24	2.4	24	100	0	116	51	22	12	13	1.74
8334161--8334410	100	2.4	104	87	6	348	20	29	24	25	1.99
8334162--8334410	50	4.8	51	85	6	299	20	29	24	25	1.99
8334638--8334732	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
8334748--8334809	3	23.0	3	75	21	66	61	0	0	38	0.96
8334746--8334809	8	8.0	8	83	13	87	60	0	0	39	0.97
8334742--8334812	5	14.2	5	75	25	62	60	0	0	39	0.97
8334742--8334812	24	3.0	24	82	17	96	60	0	0	39	0.97
8344802--8344861	31	1.9	32	89	3	95	36	10	10	43	1.72
8346260--8346324	25	2.6	25	95	2	114	12	15	12	60	1.60
8355917--8355961	18	2.5	18	82	10	65	42	17	0	40	1.50
8359085--8359193	44	2.5	44	87	3	148	41	13	20	24	1.89
8359204--8359385	49	3.7	49	79	7	219	28	21	30	19	1.98
8362405--8362452	22	2.2	21	85	7	69	75	10	14	0	1.06
8362497--8362531	6	5.8	6	100	0	70	14	0	0	85	0.59
8367979--8368040	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8371899--8371956	25	2.3	26	84	3	82	34	22	3	39	1.71
8373671--8373716	22	2.1	22	84	11	60	47	6	4	41	1.49
8380480--8380504	13	1.9	13	100	0	50	24	24	4	48	1.68
8383219--8383267	18	2.7	18	81	6	55	40	4	20	34	1.71
8388851--8389092	126	1.9	126	83	1	315	26	26	24	22	2.00
8397728--8397768	21	1.9	22	85	14	59	17	14	0	68	1.22
8399896--8400041	45	3.3	44	77	8	136	35	13	21	28	1.92
8400165--8400221	15	3.5	15	78	17	69	40	15	19	24	1.90
8400215--8400274	19	3.4	19	65	25	58	45	15	10	30	1.78
8400153--8400343	34	5.6	34	84	0	256	40	14	14	30	1.85
8405692--8405828	40	3.5	40	87	3	197	32	21	22	24	1.98
8405881--8406029	40	3.8	40	80	0	156	26	22	22	28	1.99
8408736--8408904	43	4.0	43	84	2	207	30	15	21	31	1.95
8408737--8408904	86	2.0	84	85	5	230	30	16	22	31	1.95
8416388--8416729	180	1.9	180	89	1	533	31	18	15	34	1.92
8421500--8421529	5	6.0	5	92	0	51	63	0	0	36	0.95
8421501--8421529	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8425898--8425962	31	2.1	31	100	0	130	32	12	26	29	1.92
8429467--8429549	40	2.1	40	86	6	116	25	27	21	25	1.99
8430516--8430567	25	2.1	25	96	0	95	40	32	11	15	1.83
8431164--8431366	45	4.5	45	83	3	241	24	19	12	43	1.86
8431164--8431366	89	2.3	90	85	4	268	24	19	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8431854--8431912	21	2.8	21	100	0	118	25	0	37	37	1.56
8432149--8432183	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8432107--8432179	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
8432068--8432339	144	1.9	147	93	3	478	47	3	2	46	1.34
8432293--8432327	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8432313--8432491	55	3.1	53	64	22	117	49	7	1	41	1.42
8432308--8432495	61	3.1	61	68	14	181	49	7	1	41	1.40
8432276--8432498	120	1.9	120	96	0	410	49	6	1	42	1.39
8432413--8432447	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
8432488--8432534	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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