genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14907726--14907764	17	2.4	17	86	4	53	25	15	15	43	1.86
14909425--14909542	61	1.9	61	85	0	164	25	26	19	28	1.99
14916858--14916893	18	2.1	18	89	5	56	58	11	13	16	1.63
14917905--14917958	21	2.6	21	76	23	60	51	0	7	40	1.30
14919015--14919054	17	2.3	18	91	8	66	45	2	2	50	1.28
14930954--14931036	15	5.5	15	70	11	71	26	20	7	45	1.77
14930935--14931058	30	4.1	30	93	1	194	27	23	6	42	1.78
14935648--14935730	15	5.5	15	68	11	62	25	20	8	45	1.79
14935629--14935752	30	4.1	30	91	1	185	26	23	7	42	1.80
14941890--14942024	57	2.4	57	83	5	175	42	1	2	52	1.25
14942188--14942256	16	4.3	16	75	0	75	26	23	5	44	1.75
14947872--14947955	42	2.0	42	100	0	168	33	11	9	45	1.73
14954292--14954379	34	2.6	34	94	1	151	19	12	21	46	1.82
14966222--14966251	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
14968200--14968244	16	2.7	17	86	6	65	17	0	11	71	1.14
14968608--14968658	6	8.7	6	76	20	54	29	1	0	68	1.00
14976170--14976881	260	2.7	259	91	1	1115	41	13	10	34	1.79
14979569--14979628	28	2.1	28	84	6	77	65	1	30	3	1.19
14979569--14979737	3	58.0	3	81	5	123	60	0	37	1	1.09
14981544--14981651	20	5.4	20	70	8	67	29	23	33	13	1.93
14981576--14981651	40	1.9	40	88	0	116	26	21	34	18	1.96
14981645--14981759	40	2.9	40	81	2	142	35	17	27	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14983468--14983520	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
14983545--14983592	25	2.0	24	87	4	69	64	10	2	22	1.35
14983616--14983653	9	4.2	9	89	0	58	28	10	21	39	1.86
14984347--14984400	16	3.5	16	72	7	58	29	3	3	62	1.29
14987921--14987973	20	2.9	17	77	20	54	24	32	0	43	1.55
14987937--14987976	20	2.0	20	90	9	64	20	37	0	42	1.52
14988769--14988812	23	1.9	24	81	9	56	40	2	4	52	1.34
14991506--14991563	22	2.7	22	94	5	102	3	50	34	12	1.57
14996571--14996700	40	3.3	39	81	2	125	27	25	13	33	1.94
15004869--15004909	17	2.4	18	80	12	50	56	0	0	43	0.99
15009208--15009250	20	2.1	21	83	12	54	4	23	4	67	1.28
15019896--15019943	24	2.0	24	100	0	96	20	25	25	29	1.99
15021099--15021149	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
15024410--15024455	14	3.2	15	81	12	51	50	19	0	30	1.48
15029935--15029980	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
15031782--15031840	30	2.0	30	82	0	73	33	15	20	30	1.93
15033411--15033440	13	2.3	13	94	0	51	73	10	10	6	1.25
15044424--15044456	16	2.0	17	94	5	59	24	24	0	51	1.48
15051674--15051750	34	2.2	34	79	6	84	29	22	22	25	1.99
15051755--15051813	29	1.9	31	86	10	86	40	10	15	33	1.81
15052213--15052470	27	9.6	26	84	5	266	21	15	19	43	1.88
15052214--15052470	81	3.2	79	83	4	293	21	15	19	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15058764--15058808	6	7.5	6	100	0	90	35	0	15	48	1.45
15066132--15066204	31	2.4	31	85	0	101	31	9	13	45	1.76
15071217--15071258	16	2.6	16	85	7	50	42	16	7	33	1.75
15072140--15072215	27	2.7	27	82	11	84	52	3	0	43	1.19
15072145--15072199	18	3.1	18	75	12	60	54	5	0	40	1.23
15072145--15072211	19	3.6	19	80	6	66	55	4	0	40	1.20
15072412--15072453	17	2.5	17	88	3	59	45	4	0	50	1.23
15081359--15081389	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
15082409--15082488	40	2.0	41	92	5	135	36	3	13	46	1.62
15089727--15089838	40	2.9	39	71	10	95	27	19	21	31	1.97
15093379--15093437	29	2.0	29	90	0	91	35	5	1	57	1.31
15100151--15100249	41	2.4	41	91	0	153	30	19	21	29	1.97
15100151--15100263	41	2.8	40	79	15	124	30	20	22	26	1.98
15103202--15103276	37	2.0	37	100	0	150	49	5	18	26	1.69
15105677--15105785	43	2.5	43	88	2	148	32	30	14	22	1.94
15108942--15108975	17	2.0	17	88	0	50	2	20	20	55	1.56
15109517--15109603	41	2.1	41	93	0	147	37	16	17	28	1.91
15109821--15109868	24	2.0	25	87	4	71	60	0	4	35	1.16
15111411--15111606	41	4.8	41	90	0	284	30	26	22	21	1.99
15111659--15111781	40	3.1	39	80	9	142	19	16	23	40	1.91
15111674--15111798	40	3.1	41	82	8	136	20	19	21	38	1.94
15121475--15121509	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15121729--15122065	95	3.6	94	78	3	363	40	2	16	40	1.64
15127660--15127784	61	2.0	61	95	0	223	43	15	16	24	1.87
15129947--15129979	6	5.8	6	96	3	52	36	0	27	36	1.57
15129939--15129980	12	3.8	11	84	12	59	38	0	23	38	1.55
15130467--15130527	25	2.4	25	77	0	68	21	26	21	31	1.98
15133721--15133802	42	1.9	43	82	7	105	34	1	47	17	1.55
15136646--15136670	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
15137129--15137178	11	4.5	11	80	9	57	28	30	2	40	1.68
15137138--15137237	51	2.0	51	86	4	139	27	27	2	44	1.65
15137335--15137640	125	2.4	125	88	3	429	28	21	17	32	1.96
15137762--15137804	22	2.0	22	86	4	61	53	34	0	11	1.37
15139032--15139347	96	3.3	94	85	4	402	42	2	17	37	1.64
15143332--15143362	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
15145935--15146053	37	3.4	36	84	10	158	29	5	13	51	1.64
15145992--15146055	31	2.1	31	100	0	128	29	6	15	48	1.70
15146494--15146519	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
15157379--15157462	37	2.3	37	83	4	98	19	14	25	41	1.88
15157398--15157481	37	2.3	37	83	4	107	14	11	30	42	1.81
15166291--15166459	35	4.8	35	83	2	196	19	17	26	36	1.94
15169881--15169923	21	2.0	21	83	16	54	30	0	16	53	1.43
15177135--15177260	45	2.8	45	88	0	180	26	19	8	45	1.79
15185672--15185716	19	2.4	19	88	0	63	31	22	31	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15189011--15189049	19	2.2	19	86	9	55	35	2	0	61	1.10
15190314--15190398	9	9.0	9	72	10	53	58	3	3	34	1.32
15190316--15190415	47	2.1	47	81	7	114	61	5	3	31	1.33
15190522--15190551	16	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
15191203--15191236	4	8.5	4	86	0	50	0	5	23	70	1.09
15191304--15191361	26	2.2	27	87	3	82	53	10	10	25	1.66
15191362--15191400	15	2.6	15	83	0	51	17	15	20	46	1.84
15191424--15191474	19	2.7	19	75	0	57	54	0	5	39	1.24
15191779--15191863	10	8.9	10	72	10	54	30	3	1	64	1.17
15191753--15191848	27	3.4	28	77	8	88	32	5	1	61	1.25
15191852--15191905	27	1.9	28	88	7	83	44	0	1	53	1.11
15193072--15193482	124	3.3	125	93	1	682	31	17	20	30	1.96
15195972--15196092	56	2.2	56	95	0	215	40	8	2	48	1.46
15198233--15198283	10	4.9	10	80	7	57	64	0	0	35	0.94
15198233--15198281	21	2.3	21	89	0	71	65	0	0	34	0.93
15198243--15198282	21	1.9	21	100	0	80	60	0	0	40	0.97
15198279--15198378	51	2.0	50	82	11	123	47	1	25	27	1.59
15198338--15198385	11	4.3	11	76	12	53	43	0	27	29	1.55
15199148--15199202	27	2.0	27	100	0	110	30	7	3	58	1.43
15205897--15206412	89	5.8	89	83	2	622	30	24	21	23	1.99
15205899--15206445	178	3.1	178	84	2	704	30	24	22	23	1.99
15205898--15206407	44	11.4	45	71	11	343	30	24	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15207045--15207190	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
15207154--15207422	46	5.6	46	84	10	331	28	21	14	35	1.93
15207197--15207408	52	4.2	52	85	7	292	28	22	13	35	1.92
15207154--15207422	98	2.7	98	92	0	448	28	21	14	35	1.93
15211356--15211448	3	29.7	3	70	12	62	33	6	0	60	1.22
15211677--15211714	16	2.4	16	100	0	76	50	10	0	39	1.37
15212085--15212225	73	2.0	71	90	2	219	29	19	17	34	1.94
15213779--15213817	17	2.2	18	86	4	53	23	5	0	71	1.05
15219729--15219911	59	3.1	60	81	3	196	48	13	15	23	1.80
15220054--15220092	18	2.1	18	85	4	51	17	5	0	76	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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