genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28454657--28454836	83	2.2	82	92	1	297	30	28	13	26	1.94
28466917--28466971	27	2.1	27	87	12	80	14	10	10	63	1.52
28467786--28468460	44	15.6	43	69	15	281	28	20	23	28	1.99
28467775--28468460	217	3.2	217	94	0	1156	28	20	23	27	1.99
28470004--28470049	15	2.9	16	72	18	51	30	4	2	63	1.26
28472883--28472933	11	4.6	11	82	4	59	70	1	0	27	0.98
28473012--28473049	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
28477048--28477125	40	2.0	40	81	0	93	21	24	34	19	1.96
28477303--28477358	22	2.5	23	83	13	80	25	30	0	44	1.54
28477303--28477358	11	5.0	11	75	16	53	25	30	0	44	1.54
28477668--28477719	11	4.6	12	84	15	67	25	30	0	44	1.54
28477082--28477808	363	2.0	363	93	1	1235	27	24	14	33	1.94
28479621--28479658	18	2.1	18	90	0	58	21	28	7	42	1.81
28480286--28480580	22	12.9	22	76	10	252	49	30	0	20	1.52
28480295--28480665	44	8.0	44	77	14	318	50	29	0	18	1.49
28480344--28480456	7	15.6	7	69	17	61	50	30	0	19	1.48
28480344--28480476	29	4.3	29	66	20	90	51	28	0	19	1.47
28480322--28480559	51	5.0	50	78	14	277	50	29	0	19	1.51
28480388--28480476	29	3.3	28	73	20	91	51	29	0	19	1.47
28480322--28480664	94	3.6	94	87	2	438	51	29	0	19	1.50
28480482--28480538	29	2.0	29	85	0	78	49	31	0	19	1.49
28480562--28480627	29	2.3	29	86	2	89	56	28	0	15	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28480511--28480665	43	3.4	44	73	13	123	51	30	0	17	1.46
28480590--28480666	15	5.1	15	71	16	61	54	28	0	16	1.43
28480583--28480665	22	3.8	22	88	1	114	55	27	0	16	1.42
28480627--28480693	30	2.3	28	80	7	80	46	29	0	23	1.53
28480590--28480690	15	6.9	15	68	15	52	49	30	0	19	1.49
28496404--28496571	40	4.2	40	82	8	139	26	27	21	24	1.99
28496439--28496624	80	2.3	80	83	9	220	27	27	21	23	1.99
28496441--28496624	40	4.6	39	82	8	194	27	27	21	23	1.99
28499931--28499994	28	2.3	30	82	12	75	37	4	0	57	1.19
28499966--28500013	19	2.5	20	86	6	71	35	2	2	60	1.20
28500880--28500962	42	2.0	42	100	0	166	46	21	2	28	1.64
28509321--28509527	62	3.4	62	84	2	249	31	8	16	42	1.78
28509333--28509521	31	6.1	31	82	4	204	32	7	17	42	1.77
28509333--28509521	92	2.0	93	84	3	229	32	7	17	42	1.77
28509645--28509792	43	3.4	43	89	0	224	26	17	25	31	1.97
28515862--28516062	31	6.5	31	85	1	251	29	7	17	45	1.76
28515862--28516050	92	2.0	92	88	3	245	30	7	17	44	1.76
28516186--28516333	43	3.4	43	86	2	199	24	16	26	33	1.96
28516830--28516904	37	2.0	37	97	0	141	41	10	17	30	1.83
28525708--28525769	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
28529175--28529204	16	1.9	16	93	6	53	30	23	6	40	1.80
28547744--28547876	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28549263--28549761	47	10.6	47	93	1	795	32	8	29	29	1.87
28550719--28550905	27	6.9	27	95	0	293	39	24	17	19	1.92
28551271--28551335	28	2.3	28	89	0	94	23	18	24	33	1.96
28551290--28551359	28	2.5	28	83	2	79	22	24	20	32	1.97
28557223--28557284	27	2.3	27	88	5	90	19	19	19	41	1.90
28557771--28557813	8	5.4	8	85	0	50	16	20	16	46	1.84
28564115--28564366	137	1.8	137	84	3	346	19	19	27	32	1.97
28564327--28564421	42	2.3	41	79	1	109	24	24	22	29	1.99
28566527--28566646	36	3.3	36	76	11	111	43	17	6	32	1.75
28566814--28566935	41	3.0	41	90	1	190	22	28	21	27	1.99
28566816--28566950	41	3.3	40	82	11	175	22	28	21	28	1.99
28566818--28566976	82	1.9	81	82	9	198	23	27	21	28	1.99
28573829--28573974	41	3.6	41	88	5	208	22	28	21	26	1.99
28574307--28574356	24	2.2	23	82	7	57	46	14	2	38	1.56
28586396--28586490	25	3.8	24	87	2	118	21	25	23	30	1.99
28587132--28587173	20	2.2	19	83	12	50	59	4	19	16	1.54
28591392--28591447	20	2.8	20	84	10	87	21	28	0	50	1.49
28601036--28601062	10	2.7	10	100	0	54	44	18	0	37	1.50
28614900--28614926	10	2.7	10	100	0	54	44	18	0	37	1.50
28629912--28629948	18	2.1	18	100	0	74	37	5	16	40	1.71
28632088--28632235	59	2.6	59	87	5	223	31	8	20	40	1.81
28632345--28632370	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28632866--28632979	56	2.0	56	87	0	165	35	21	10	33	1.87
28638045--28638085	20	2.0	21	85	4	57	26	17	4	51	1.65
28642871--28642924	23	2.3	23	96	0	99	29	9	22	38	1.85
28648810--28648855	6	7.7	6	88	7	58	58	0	23	17	1.38
28648810--28648854	18	2.4	19	88	3	65	60	0	24	15	1.36
28662756--28662890	27	5.0	27	86	1	189	41	18	17	22	1.90
28663277--28663368	28	2.9	31	76	18	93	23	25	25	26	2.00
28663288--28663347	28	2.2	27	93	3	102	23	25	25	26	2.00
28664940--28664996	26	2.2	26	96	0	105	33	21	22	22	1.97
28667061--28667101	20	1.9	23	85	14	61	24	9	17	48	1.76
28676718--28676762	17	2.6	17	82	10	56	62	8	17	11	1.53
28682746--28682779	12	2.8	12	87	12	52	61	0	23	14	1.33
28685884--28686477	47	12.4	47	90	3	819	32	9	28	28	1.89
28685884--28686418	285	1.9	288	90	3	860	32	9	28	29	1.88
28686596--28686674	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
28689876--28690147	137	2.0	136	84	5	361	33	26	20	19	1.96
28697716--28697812	42	2.3	42	94	0	167	36	11	26	25	1.90
28712055--28712254	100	2.0	100	92	0	328	31	18	10	40	1.84
28718805--28719029	40	5.7	37	82	9	200	25	21	27	25	2.00
28718805--28719029	79	2.8	80	87	5	296	25	21	27	25	2.00
28718818--28719062	79	3.1	79	82	8	216	27	20	26	24	1.99
28726816--28726866	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28728351--28728687	50	6.6	50	82	3	327	23	29	20	27	1.99
28729750--28729805	25	2.3	24	82	17	64	30	23	1	44	1.63
28730980--28731023	12	4.0	12	72	22	51	45	9	9	36	1.68
28730986--28731024	20	2.0	20	100	0	78	51	7	10	30	1.64
28730877--28731101	117	1.9	118	96	0	416	42	12	5	39	1.67
28731888--28731937	23	2.2	23	96	0	91	24	10	22	44	1.83
28733052--28733165	43	2.7	42	75	12	110	28	23	16	31	1.96
28733092--28733208	41	2.8	42	76	6	121	28	26	16	29	1.97
28733329--28733463	31	4.4	31	86	0	182	44	18	8	28	1.78
28734048--28734077	11	2.9	10	90	9	51	70	0	3	26	1.03
28735808--28736144	40	8.5	40	80	3	286	19	30	16	33	1.94
28735884--28736169	80	3.6	80	81	1	315	19	29	15	34	1.93
28735982--28736087	20	5.3	20	72	4	88	13	30	17	38	1.88
28751760--28752016	30	8.6	30	78	5	164	36	12	26	23	1.91
28751708--28751901	90	2.2	90	78	1	210	34	11	27	26	1.91
28751888--28751960	29	2.5	30	93	2	121	39	12	31	16	1.85
28751708--28752016	60	5.2	60	73	6	252	36	12	26	24	1.91
28753806--28753998	41	4.7	42	84	3	223	32	13	30	23	1.93
28753806--28753998	83	2.4	81	82	1	224	32	13	30	23	1.93
28755396--28755611	107	2.0	107	91	0	351	26	6	22	43	1.78
28761618--28761805	50	3.6	50	83	4	205	26	19	28	25	1.99
28761620--28761805	100	1.8	103	81	6	234	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28761721--28761849	50	2.6	50	78	8	129	30	22	22	24	1.99
28763729--28763803	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
28763701--28764162	47	9.6	47	89	6	633	28	30	8	33	1.87
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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