genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  124  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36124148--36124243	6	15.7	6	69	7	59	70	3	18	7	1.24
36124148--36124198	18	2.9	18	82	2	68	72	5	15	5	1.24
36124204--36124241	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
36124205--36124255	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
36124258--36124320	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
36128679--36128732	20	2.7	20	82	0	63	22	20	20	37	1.95
36132121--36132172	14	3.6	14	85	10	77	17	11	3	67	1.36
36132121--36132173	16	3.4	16	89	5	83	16	11	3	67	1.35
36132213--36132263	12	4.2	12	92	5	84	21	1	7	68	1.25
36132213--36132263	25	2.1	24	92	3	84	21	1	7	68	1.25
36137014--36137061	15	3.3	14	80	8	60	4	18	0	77	0.93
36137014--36137072	21	2.8	21	87	5	75	6	22	0	71	1.09
36138109--36138143	12	2.7	13	91	8	54	14	5	2	77	1.07
36138991--36139015	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
36141291--36141328	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
36141290--36141327	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
36141291--36141351	20	3.0	20	83	9	63	29	27	14	27	1.95
36141301--36141347	10	4.6	10	80	15	51	31	27	14	25	1.95
36141834--36141858	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
36142797--36142853	29	2.0	29	85	0	78	68	7	10	14	1.38
36142802--36142879	13	5.8	13	73	16	61	75	3	10	10	1.16
36142800--36142883	14	6.1	14	69	21	61	72	3	11	11	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36143819--36143860	18	2.3	18	87	0	57	71	4	16	7	1.26
36145554--36145591	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
36145553--36145590	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
36145554--36145614	20	3.0	20	83	9	63	29	27	14	27	1.95
36145564--36145610	10	4.6	10	80	15	51	31	27	14	25	1.95
36146097--36146121	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
36147611--36147711	52	1.9	52	93	0	175	33	21	17	26	1.96
36152705--36152769	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
36154034--36154067	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
36154150--36154181	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
36155088--36155158	31	2.5	28	82	11	81	9	14	7	69	1.37
36155137--36155175	12	3.2	12	78	7	51	15	7	2	74	1.15
36155150--36155197	17	3.2	15	78	16	55	18	6	4	70	1.25
36156827--36156891	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
36158175--36158212	20	1.9	20	88	0	58	31	36	13	18	1.89
36160361--36160412	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
36164014--36164068	20	2.8	20	85	0	74	27	16	30	25	1.96
36165352--36165392	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
36165550--36165588	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
36166436--36166502	27	2.4	27	92	2	107	10	10	2	76	1.13
36166548--36166600	11	4.9	10	76	15	52	16	3	3	75	1.10
36166559--36166599	12	3.5	12	84	12	50	14	4	2	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36168298--36168362	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
36170362--36170396	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
36171329--36171376	13	3.5	13	76	15	51	16	6	4	72	1.20
36171355--36171387	10	3.0	11	91	8	50	15	3	9	72	1.21
36172881--36172945	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
36173981--36174087	56	1.9	56	86	3	153	25	20	13	41	1.88
36174711--36174765	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
36182787--36182848	31	2.0	31	100	0	124	22	22	19	35	1.96
36183288--36183372	23	3.7	23	77	3	91	37	34	4	23	1.76
36183265--36183382	45	2.6	45	90	4	175	37	32	4	26	1.76
36183311--36183423	22	5.1	22	76	5	95	40	31	3	23	1.72
36183284--36183394	45	2.5	44	89	2	159	38	32	3	25	1.73
36185987--36186077	12	6.7	13	72	16	51	75	3	6	14	1.12
36185986--36186075	25	3.4	25	76	20	85	74	4	6	14	1.18
36185987--36186077	42	2.2	40	90	5	137	75	3	6	14	1.12
36185987--36186075	13	6.8	12	75	18	63	75	3	6	14	1.14
36187142--36187175	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
36197222--36197254	12	2.8	12	90	4	50	6	9	3	81	0.95
36198809--36198854	20	2.3	20	80	0	56	23	13	32	30	1.93
36201402--36201448	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
36204197--36204221	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
36205304--36205407	48	2.2	47	84	10	131	59	1	24	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36208543--36208576	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
36209599--36209633	9	3.8	9	88	3	52	2	8	2	85	0.79
36209590--36209648	21	2.8	20	82	10	64	5	15	3	76	1.10
36212513--36212559	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
36214208--36214248	21	2.0	21	85	0	55	43	31	2	21	1.66
36218570--36218595	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
36220859--36220912	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
36233409--36233451	17	2.6	16	85	3	50	2	4	6	86	0.79
36242571--36242607	13	2.8	13	100	0	74	16	0	5	78	0.93
36242570--36242614	13	3.5	13	90	0	63	22	2	4	71	1.15
36245298--36245363	33	2.0	34	85	8	91	27	21	16	34	1.95
36245302--36245374	33	2.2	33	80	7	85	28	19	15	36	1.92
36246436--36246482	20	2.3	20	82	7	60	23	12	36	27	1.91
36249889--36249935	20	2.3	20	89	7	69	23	34	17	25	1.96
36252377--36252410	14	2.5	13	86	9	50	76	0	14	8	1.01
36252474--36252498	12	2.1	12	100	0	50	48	0	28	24	1.52
36254014--36254060	20	2.3	20	89	7	69	23	34	17	25	1.96
36254182--36254220	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
36254831--36254855	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
36258814--36258851	16	2.4	16	100	0	76	68	0	10	21	1.19
36263653--36263710	27	2.2	26	81	6	62	74	5	6	13	1.20
36268819--36268879	18	3.4	17	80	11	59	9	18	3	68	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36269808--36269835	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
36269810--36269843	14	2.4	14	90	5	50	20	14	5	58	1.57
36272962--36273058	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
36278273--36278318	20	2.3	20	80	0	56	23	13	32	30	1.93
36283530--36283618	31	2.9	31	89	0	133	35	13	23	26	1.92
36283949--36284056	46	2.3	46	88	1	153	50	10	9	30	1.68
36288862--36289039	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
36288862--36289039	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
36312039--36312106	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
36312213--36312280	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
36312387--36312454	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
36312556--36312634	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
36311928--36312603	174	3.9	174	97	0	1262	31	25	14	29	1.95
36320013--36320080	29	2.3	29	80	5	75	26	32	13	27	1.93
36320187--36320254	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
36320361--36320428	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
36320530--36320608	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
36319903--36320577	174	3.9	174	97	0	1246	30	25	14	29	1.95
36327163--36327425	131	2.0	131	99	0	517	41	12	9	36	1.75
36333342--36333389	18	2.6	18	86	6	60	22	27	0	50	1.50
36334096--36334134	20	2.0	20	84	0	51	33	17	0	48	1.48
36336256--36336497	43	5.6	43	86	1	281	40	24	16	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36336252--36336503	129	2.0	129	88	0	378	41	24	15	18	1.90
36336252--36336497	86	2.9	86	84	0	339	41	24	15	18	1.90
36340746--36340923	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
36340767--36340922	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36348936--36349113	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
36348957--36349112	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36362311--36362364	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
36362311--36362384	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
36362311--36362375	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
36364006--36364039	13	2.6	13	90	0	50	82	2	5	8	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230