genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12603043--12603073	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
12603202--12603262	30	2.0	31	83	3	79	21	44	0	34	1.53
12603520--12603559	20	1.9	21	85	10	55	22	22	0	55	1.44
12611714--12611744	10	3.2	10	90	9	55	61	0	0	38	0.96
12611709--12611743	9	3.8	9	88	7	52	54	0	0	45	0.99
12611856--12611908	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
12612578--12612611	14	2.3	15	90	5	52	32	5	17	44	1.73
12613080--12613121	22	2.0	22	90	4	68	35	4	14	45	1.66
12614599--12614639	21	2.0	21	90	0	64	41	19	12	26	1.87
12616038--12616107	22	3.2	22	80	8	88	31	27	0	41	1.56
12616057--12616159	52	2.0	50	83	9	127	33	32	0	34	1.58
12616109--12616150	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
12616192--12616255	29	2.2	30	85	2	94	37	0	1	60	1.06
12619932--12620163	125	1.9	124	86	4	333	33	22	13	30	1.93
12619909--12620188	125	2.3	123	80	6	332	32	23	13	30	1.94
12622205--12622246	21	2.0	22	85	4	59	40	9	16	33	1.81
12634406--12634497	22	4.1	22	74	13	89	18	13	6	61	1.52
12635837--12635898	19	3.2	19	70	21	56	43	11	8	37	1.70
12635920--12635961	20	2.1	20	86	0	57	61	11	19	7	1.52
12649737--12649790	22	2.5	22	96	0	99	57	16	7	18	1.62
12654922--12655069	57	2.5	57	84	9	190	30	22	25	21	1.99
12663347--12663376	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12663520--12663576	9	6.2	9	80	11	71	19	10	28	42	1.84
12666211--12666370	43	3.7	43	79	12	134	23	19	27	29	1.98
12669335--12669402	26	2.6	26	81	6	75	50	14	1	33	1.53
12671334--12671383	4	12.8	4	79	10	50	76	4	2	18	1.04
12671334--12671375	18	2.4	18	88	4	59	78	2	2	16	0.96
12689554--12689587	15	2.4	14	86	13	52	38	5	0	55	1.24
12692898--12692922	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12693167--12693268	42	2.4	41	79	14	93	26	2	2	67	1.19
12696459--12696505	24	2.0	24	83	8	60	61	4	0	34	1.15
12697439--12697541	31	3.4	30	71	12	93	49	5	3	40	1.45
12697432--12697547	61	1.9	61	89	0	178	47	6	3	43	1.45
12698794--12698831	3	12.7	3	100	0	76	34	0	31	34	1.58
12699250--12699293	23	1.9	23	85	0	61	29	2	6	61	1.34
12707031--12707075	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
12709884--12710104	35	6.6	32	84	8	271	38	18	23	19	1.93
12709874--12710111	67	3.5	66	86	4	309	41	17	22	19	1.91
12709884--12710104	102	2.2	99	91	2	361	38	18	23	19	1.93
12723130--12723194	19	3.6	18	73	8	60	66	0	0	33	0.92
12725061--12725145	41	2.1	41	93	0	143	37	23	18	20	1.94
12727993--12728047	24	2.3	24	84	6	67	30	20	30	18	1.96
12727993--12728073	24	3.4	22	78	10	63	30	18	30	19	1.96
12728106--12728172	26	2.6	26	86	6	100	37	23	23	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12728421--12728471	24	2.1	24	82	7	59	43	11	0	45	1.40
12728619--12728662	5	8.6	5	85	5	61	40	18	0	40	1.50
12733396--12733588	71	2.6	74	89	5	304	30	17	15	36	1.91
12739579--12739623	24	1.9	23	81	4	54	46	0	6	46	1.29
12739850--12739900	16	3.2	16	91	0	84	27	33	3	35	1.75
12741170--12741212	21	2.0	21	86	0	59	53	4	11	30	1.57
12744763--12744823	24	2.5	24	83	0	68	24	27	18	29	1.98
12752797--12752848	9	5.8	9	95	0	95	23	9	30	36	1.87
12753009--12753033	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
12753568--12753697	53	2.4	53	84	7	165	26	31	0	41	1.56
12760189--12760235	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
12769825--12769863	21	2.0	20	85	10	53	23	20	20	35	1.96
12773275--12773388	46	2.6	44	78	10	110	34	8	3	53	1.49
12780794--12780838	23	2.0	23	82	8	56	55	2	2	40	1.24
12780924--12780959	19	1.9	18	94	5	63	30	16	25	27	1.97
12783658--12783693	11	3.1	12	88	8	56	63	5	0	30	1.17
12783722--12783769	21	2.3	20	80	16	53	66	2	6	25	1.26
12795915--12795952	20	2.0	20	84	5	51	63	0	7	28	1.23
12802605--12802701	42	2.3	42	83	0	113	19	32	28	18	1.96
12808364--12808417	22	2.4	22	87	3	72	51	0	1	46	1.11
12808391--12808432	16	2.6	16	96	0	75	47	0	7	45	1.30
12808362--12808417	23	2.5	23	85	2	78	51	0	1	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12808435--12808554	59	2.1	59	90	1	197	42	5	7	45	1.54
12815821--12815873	20	2.7	20	78	0	70	60	15	18	5	1.54
12821582--12821633	23	2.3	22	75	21	54	11	19	1	67	1.31
12821627--12821665	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
12826359--12826420	32	1.9	32	96	0	115	37	14	9	38	1.79
12829393--12829677	50	5.6	50	79	5	261	28	21	26	22	1.99
12834694--12834781	46	2.0	44	82	8	106	35	23	17	23	1.95
12834782--12834982	51	4.0	51	82	8	248	30	28	16	23	1.97
12834788--12834974	101	1.8	102	93	3	324	31	27	17	23	1.97
12837175--12837248	27	2.7	27	82	0	85	36	17	21	24	1.95
12840233--12840295	21	2.9	21	80	4	63	46	12	1	39	1.52
12842207--12842309	42	2.3	44	77	11	104	35	3	1	58	1.28
12842299--12842354	22	2.5	22	76	0	58	32	1	5	60	1.29
12842695--12842741	16	2.9	16	78	12	51	29	4	0	65	1.11
12847611--12847649	13	3.0	12	85	14	51	61	0	35	2	1.10
12852536--12852585	26	1.9	26	84	8	66	62	2	22	14	1.42
12858940--12858990	23	2.2	24	82	3	59	29	0	1	68	1.00
12861424--12861472	16	2.9	16	75	6	53	55	2	8	34	1.41
12869478--12870243	44	17.8	44	71	9	313	27	22	19	30	1.98
12869478--12870238	89	8.8	88	70	13	377	27	22	19	30	1.98
12869474--12870242	217	3.6	217	89	1	1170	27	21	19	30	1.98
12890476--12890580	54	1.9	56	90	3	169	23	14	18	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12890574--12890626	26	2.0	26	100	0	106	22	15	18	43	1.87
12896221--12896291	16	4.4	16	77	7	54	39	4	25	30	1.75
12896428--12896566	62	2.3	57	84	7	161	53	1	0	44	1.14
12896583--12896616	15	2.4	15	90	9	54	61	0	0	38	0.96
12900279--12900315	19	1.9	19	88	0	56	35	2	13	48	1.57
12900279--12900357	21	3.5	22	84	10	90	32	1	15	50	1.52
12900680--12900731	21	2.5	21	73	14	54	34	15	26	23	1.94
12901064--12901110	17	2.8	17	79	20	62	55	6	2	36	1.37
12901692--12901722	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
12906322--12906364	23	1.9	22	85	4	59	9	4	27	58	1.49
12910242--12910271	15	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
12911994--12912027	17	2.0	17	94	0	59	29	32	11	26	1.92
12915604--12915641	20	1.9	20	89	10	60	31	0	0	68	0.90
12915694--12915775	23	3.9	23	72	23	74	40	1	2	56	1.20
12915695--12915798	38	2.6	37	77	20	104	41	0	1	55	1.17
12923423--12923634	106	2.0	106	98	0	406	20	20	23	36	1.95
12935076--12935129	26	2.1	26	86	6	74	33	22	3	40	1.71
12936910--12936955	16	2.9	16	90	0	65	43	6	28	21	1.77
12937106--12937398	145	2.0	145	88	5	432	47	3	2	46	1.33
12937387--12937526	26	5.5	26	68	21	82	50	3	2	43	1.31
12937716--12937799	42	2.0	42	100	0	168	21	26	11	40	1.88
12941203--12941879	174	3.9	173	87	1	870	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12947168--12947215	23	2.1	23	84	7	62	39	4	8	47	1.53
12950458--12950492	17	2.1	17	94	0	61	54	0	2	42	1.15
12952818--12952874	27	2.0	29	86	6	82	15	0	36	47	1.46
12952905--12953223	95	3.3	98	82	5	382	39	3	16	40	1.66
12953258--12953528	126	2.2	126	90	0	425	33	18	19	28	1.95
12957228--12957271	18	2.4	18	84	0	52	45	9	25	20	1.80
12957895--12957930	7	5.1	7	100	0	72	58	13	0	27	1.36
12958697--12958729	16	2.1	16	94	0	57	30	15	24	30	1.95
12959112--12959170	11	5.5	10	83	15	73	47	0	30	22	1.51
12963635--12963665	15	2.1	14	94	5	53	19	9	0	70	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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