genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33411488--33411534	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
33416016--33416069	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
33416016--33416089	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
33416016--33416080	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
33421989--33422032	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
33429891--33429937	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
33430453--33430519	29	2.4	28	80	9	75	65	0	19	14	1.27
33430477--33430510	18	1.9	18	88	5	52	55	0	20	23	1.43
33430474--33430537	29	2.2	30	83	8	78	60	0	20	18	1.36
33435930--33435963	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
33440807--33440854	20	2.4	20	85	0	60	25	18	16	39	1.91
33440803--33440874	30	2.4	30	86	9	94	20	20	18	40	1.92
33441960--33442025	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
33445008--33445104	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
33447285--33447315	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
33447376--33447425	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
33447365--33447435	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
33447361--33447421	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
33448344--33448371	13	2.2	13	100	0	56	14	0	7	78	0.95
33450087--33450183	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
33451004--33451043	17	2.4	17	86	0	53	72	2	17	7	1.19
33453217--33453282	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33460953--33461025	29	2.5	29	95	0	128	31	9	13	45	1.76
33463715--33463811	30	3.2	30	75	2	97	28	25	15	29	1.96
33465538--33465575	11	3.2	12	85	14	53	73	7	5	13	1.22
33465545--33465585	11	3.8	11	84	12	50	78	4	9	7	1.10
33465523--33465585	22	2.8	23	75	2	65	74	4	12	7	1.19
33466514--33466584	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
33466524--33466573	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
33466634--33466664	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
33468840--33468936	30	3.2	30	75	2	97	28	25	15	29	1.96
33471250--33471312	21	3.0	21	83	2	81	28	3	31	36	1.73
33471250--33471312	10	5.9	11	73	10	51	28	3	31	36	1.73
33471254--33471317	22	2.9	23	79	9	62	26	3	31	39	1.72
33477065--33477099	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
33492573--33492648	25	3.0	25	100	0	152	51	0	3	44	1.20
33495731--33495774	19	2.4	19	88	3	63	6	22	6	63	1.43
33497014--33497073	27	2.2	27	96	0	111	30	23	15	31	1.95
33504502--33504591	26	3.5	26	92	6	139	33	21	20	25	1.97
33508289--33508378	24	3.8	24	79	2	101	26	21	15	36	1.93
33508301--33508389	23	3.8	24	76	7	85	23	22	15	38	1.93
33508264--33508402	47	2.9	47	81	11	167	27	23	16	33	1.96
33508325--33508421	47	2.1	47	82	3	115	28	20	17	32	1.96
33510371--33510522	79	1.9	80	82	6	193	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33510324--33510527	40	5.1	40	78	9	204	24	25	23	26	2.00
33512663--33512817	76	2.0	76	93	0	265	41	12	10	34	1.79
33514822--33514879	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
33514826--33514879	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
33514932--33515060	25	5.2	25	87	8	158	30	18	23	27	1.98
33518941--33519111	93	1.8	93	93	0	297	29	28	19	21	1.98
33518936--33519102	46	3.6	46	74	13	171	31	28	19	20	1.97
33523928--33524016	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
33523928--33524010	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
33523939--33524016	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
33526960--33527047	46	1.9	46	88	0	122	26	29	23	20	1.99
33534636--33534806	93	1.8	93	91	0	279	29	28	19	21	1.98
33534631--33534803	46	3.7	46	75	13	165	30	27	19	21	1.98
33534729--33534814	46	1.9	45	85	4	120	30	30	19	19	1.97
33541570--33541642	37	2.0	37	86	0	101	28	34	17	19	1.95
33541765--33542357	47	12.7	47	92	5	935	29	29	8	32	1.86
33541776--33541929	82	1.9	82	89	2	238	29	31	7	31	1.84
33545391--33545451	20	3.0	20	92	0	104	32	11	21	34	1.89
33545500--33545582	25	3.4	24	90	6	132	30	19	22	27	1.98
33545500--33545596	48	2.0	49	84	9	128	28	19	22	28	1.98
33547266--33547353	34	2.5	34	78	7	88	47	13	5	32	1.66
33555246--33555423	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33562419--33562683	40	6.7	40	84	5	277	26	27	21	25	1.99
33562615--33562692	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
33566456--33566629	27	6.4	27	84	4	170	29	28	15	26	1.96
33566646--33566713	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
33566949--33566983	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
33566836--33567120	157	1.8	157	96	0	525	43	2	5	48	1.40
33567086--33567120	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
33570326--33570380	28	2.0	28	92	0	92	63	5	29	1	1.27
33574125--33574203	32	2.5	32	89	4	115	26	21	26	25	1.99
33576118--33576186	33	2.1	33	97	0	129	47	17	4	30	1.67
33580131--33580333	27	7.6	27	85	1	192	41	18	11	27	1.86
33580138--33580333	54	3.6	53	84	2	223	40	19	11	28	1.86
33580152--33580333	80	2.3	81	89	0	267	40	19	12	27	1.87
33582042--33582088	9	4.9	10	78	19	55	21	27	34	17	1.95
33582558--33582591	7	5.1	7	86	13	54	0	29	47	23	1.52
33582556--33582591	13	2.8	13	100	0	72	0	27	47	25	1.52
33582556--33582589	6	5.3	6	86	13	50	0	29	47	23	1.52
33583527--33583678	42	3.5	43	76	10	123	28	22	19	29	1.98
33587802--33587847	22	2.1	22	91	0	74	34	26	15	23	1.94
33606410--33606508	49	2.0	49	100	0	198	20	16	29	34	1.94
33609454--33609491	20	2.0	20	89	5	60	65	0	7	26	1.19
33615477--33615536	27	2.2	27	84	0	75	33	23	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33615488--33615581	27	3.6	27	86	2	129	28	22	7	41	1.81
33615662--33615787	25	4.9	25	75	15	105	42	18	7	31	1.79
33615637--33615787	77	1.9	79	85	5	209	41	17	8	32	1.79
33615637--33615787	26	5.8	26	77	8	128	41	17	8	32	1.79
33615824--33615877	28	1.9	28	88	7	83	40	12	12	33	1.82
33615930--33616017	27	3.3	27	87	3	115	36	20	25	18	1.95
33615921--33616021	27	3.7	27	82	10	109	34	22	22	19	1.96
33616817--33616912	26	3.8	26	93	2	153	25	21	23	29	1.99
33616817--33616925	26	4.4	25	85	6	134	27	20	23	28	1.99
33617128--33617240	31	3.7	31	84	5	144	31	19	23	25	1.98
33618321--33618479	54	2.9	53	81	3	183	45	18	11	25	1.82
33618319--33618479	27	6.0	27	77	0	142	45	18	11	24	1.82
33625108--33625176	30	2.3	30	87	0	111	26	14	23	36	1.93
33631115--33631166	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
33638223--33638352	40	3.2	40	96	0	233	26	30	19	23	1.98
33646566--33646735	40	4.2	40	99	0	331	25	30	20	23	1.98
33657734--33657819	40	2.2	40	93	0	145	22	23	29	25	1.99
33657734--33657829	40	2.4	40	89	3	131	21	23	30	23	1.99
33659330--33659393	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
33659587--33659776	24	8.0	24	86	4	251	25	22	23	28	1.99
33659586--33659777	47	4.0	48	87	4	264	25	21	22	29	1.99
33659608--33659777	71	2.4	71	87	2	261	25	21	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33659587--33659775	95	2.0	96	90	3	301	25	22	23	28	1.99
33659826--33659891	20	3.3	20	85	12	100	33	19	12	34	1.89
33659826--33659880	11	5.5	11	68	27	50	32	18	12	36	1.88
33659826--33659881	19	2.9	18	92	7	85	33	17	12	35	1.88
33659928--33659975	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
33661128--33661192	27	2.4	27	84	0	85	20	26	20	33	1.96
33661243--33661461	27	8.0	27	79	2	186	31	10	18	39	1.84
33661223--33661460	81	2.9	81	74	9	205	31	10	19	38	1.85
33661453--33661583	27	4.9	27	88	0	154	38	6	23	30	1.81
33661427--33661540	54	2.1	54	81	0	129	40	7	18	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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