genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14621296--14621353	30	1.9	30	85	0	80	25	3	24	46	1.68
14633079--14633134	15	3.6	16	76	9	53	75	1	0	23	0.90
14634445--14634689	44	5.5	44	75	13	155	26	22	20	30	1.98
14634998--14635109	44	2.5	44	86	2	154	30	17	20	31	1.96
14635422--14635708	44	6.7	44	77	10	279	26	27	18	27	1.98
14635422--14635708	126	2.2	126	84	7	355	26	27	18	27	1.98
14636053--14636195	42	3.3	43	73	13	150	25	23	25	25	2.00
14635975--14636210	86	2.7	87	90	3	341	26	23	21	29	1.99
14637518--14637547	15	1.9	16	93	6	53	0	16	3	80	0.85
14643931--14643968	17	2.3	17	86	4	51	81	2	0	15	0.80
14647013--14647042	11	2.7	11	89	0	51	90	0	10	0	0.47
14647628--14647712	30	2.8	29	75	16	75	38	2	11	47	1.53
14649778--14649842	30	2.2	30	83	5	80	69	3	0	27	1.03
14649779--14649846	22	3.1	21	73	16	59	67	2	0	29	1.05
14653683--14653732	24	2.1	24	100	0	100	16	30	30	24	1.96
14656963--14656998	18	2.0	18	100	0	72	27	11	50	11	1.72
14660431--14660482	26	2.0	27	82	14	65	38	0	1	59	1.08
14660534--14660592	27	2.2	27	93	0	100	28	25	25	20	1.99
14661370--14661409	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
14663580--14663617	12	3.2	12	96	0	67	26	36	36	0	1.57
14663583--14663620	18	2.1	18	95	0	67	26	31	42	0	1.56
14663580--14663617	6	6.3	6	90	0	58	26	36	36	0	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14663730--14663810	33	2.4	34	82	10	96	18	41	11	28	1.84
14663755--14663831	33	2.3	33	86	4	102	14	40	14	31	1.85
14667966--14668018	27	2.0	25	82	7	61	52	5	3	37	1.43
14672865--14672903	19	2.0	20	90	5	62	61	0	5	33	1.18
14674565--14675406	44	19.3	44	77	8	655	31	24	13	30	1.94
14675149--14675225	36	2.1	36	82	4	91	31	24	16	27	1.97
14674963--14675404	125	3.4	127	88	5	618	30	26	15	28	1.96
14676731--14676760	15	2.1	15	93	6	53	13	3	13	70	1.30
14681728--14681768	19	2.1	19	86	9	55	60	0	7	31	1.24
14683385--14683445	27	2.3	27	85	0	77	18	31	32	18	1.94
14683501--14683571	14	4.7	14	75	20	63	70	0	29	0	0.88
14683509--14683573	5	13.4	5	70	6	53	67	0	32	0	0.91
14683516--14683571	28	2.0	28	86	6	78	67	0	32	0	0.91
14683490--14683601	38	2.8	40	77	16	124	67	0	31	0	0.96
14683509--14683571	10	6.5	10	78	14	69	68	0	31	0	0.90
14683620--14683704	42	2.0	42	100	0	170	42	2	10	44	1.51
14684033--14684893	284	3.0	285	93	1	1512	51	6	11	30	1.63
14691737--14691797	27	2.3	27	97	0	113	18	31	36	14	1.91
14692712--14692806	44	2.2	44	81	11	106	15	31	23	29	1.95
14692873--14692996	46	2.7	47	74	5	135	20	27	17	33	1.96
14693061--14693094	16	2.1	16	88	0	50	14	20	23	41	1.89
14698898--14698929	16	2.0	16	93	0	55	34	15	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14704576--14704668	25	3.7	25	77	5	100	33	16	27	22	1.95
14716040--14716121	34	2.6	31	86	7	103	52	6	6	35	1.51
14735641--14736317	44	15.7	43	72	14	285	28	19	24	27	1.99
14735643--14735810	89	1.9	87	81	8	205	28	20	25	26	1.99
14735641--14736098	216	2.1	216	90	0	711	28	20	24	27	1.99
14736039--14736395	44	8.4	40	70	15	157	28	18	22	30	1.97
14736003--14736181	83	2.2	83	91	0	286	27	19	22	30	1.98
14735779--14736395	299	2.1	300	91	1	988	28	19	23	28	1.98
14738059--14738122	14	4.4	14	72	20	51	25	1	7	65	1.28
14740386--14740437	26	2.0	26	85	11	70	53	13	11	21	1.70
14740401--14740456	27	2.1	26	80	9	60	57	12	10	19	1.64
14752577--14752743	80	2.1	80	84	2	210	26	28	19	25	1.98
14752677--14752879	68	3.0	65	77	11	192	27	24	18	30	1.98
14752710--14752879	69	2.5	68	79	8	184	27	25	18	28	1.98
14758000--14758058	23	2.6	23	78	10	59	76	1	6	15	1.07
14760029--14760167	69	2.0	69	90	2	217	29	17	10	42	1.83
14772408--14772447	20	2.0	21	95	5	73	37	0	0	62	0.95
14772412--14772455	20	2.2	20	84	8	54	36	0	4	59	1.18
14773117--14773631	37	14.1	37	71	12	305	38	17	15	28	1.90
14773360--14773631	112	2.4	111	88	1	382	37	17	16	28	1.92
14773265--14773598	149	2.2	150	84	0	409	38	17	16	28	1.91
14776405--14776554	66	2.3	66	85	0	192	26	14	30	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14777070--14777120	23	2.2	23	85	0	75	49	0	3	47	1.20
14784649--14784674	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
14789969--14790012	19	2.5	17	85	7	52	61	0	2	36	1.09
14790268--14790645	115	3.4	109	86	6	524	32	16	14	35	1.90
14792160--14792214	22	2.5	22	87	0	83	41	5	9	43	1.59
14793714--14793762	25	2.0	25	95	0	89	42	18	8	30	1.79
14795050--14795159	53	2.1	53	96	0	202	26	8	11	53	1.65
14795075--14795160	29	3.1	29	62	21	76	27	9	10	52	1.66
14796117--14796156	17	2.3	18	87	8	57	12	7	5	75	1.18
14799701--14799745	18	2.4	18	82	13	56	4	4	8	82	0.94
14800073--14800394	44	7.5	43	69	14	191	27	21	21	30	1.98
14799991--14800216	85	2.6	85	84	3	276	29	20	19	30	1.97
14800027--14800304	44	6.6	41	71	10	164	28	20	21	29	1.98
14800099--14800519	129	3.3	129	87	1	551	26	21	21	30	1.98
14814052--14814155	24	4.3	24	71	11	77	21	28	16	33	1.95
14815797--14815955	35	4.5	35	86	0	201	36	32	13	18	1.89
14826804--14826841	14	2.7	14	95	0	67	44	31	2	21	1.66
14826882--14826943	27	2.4	25	83	5	70	24	6	29	40	1.80
14841931--14842184	70	3.6	69	80	3	294	29	21	23	25	1.99
14842045--14842165	36	3.4	36	70	8	104	28	26	23	22	1.99
14841931--14842184	140	1.8	140	84	3	350	29	21	23	25	1.99
14847836--14848383	78	7.0	77	82	4	598	39	13	14	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14847836--14848272	155	2.8	153	85	3	556	39	12	14	33	1.84
14847836--14848308	153	3.1	152	82	4	556	39	12	14	34	1.83
14850289--14850338	20	2.5	20	81	12	59	34	0	8	58	1.28
14864878--14864909	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
14865946--14865985	21	1.9	21	85	10	55	32	2	12	52	1.52
14867604--14867651	25	1.9	25	95	0	87	31	20	29	18	1.97
14867604--14867670	25	2.7	25	86	6	84	32	17	31	17	1.94
14867763--14867825	25	2.6	25	79	2	74	38	17	28	15	1.91
14873703--14873892	50	3.8	50	90	0	290	20	30	24	24	1.99
14873990--14874019	13	2.3	13	94	0	51	50	10	3	36	1.53
14876638--14876675	2	19.0	2	94	0	67	50	47	0	2	1.15
14877334--14877398	25	2.6	25	76	9	78	33	20	24	21	1.97
14877767--14877813	24	2.0	24	87	8	69	44	21	23	10	1.83
14878192--14878233	21	2.0	21	85	0	57	40	16	0	42	1.48
14880024--14880049	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
14880011--14880116	38	2.6	39	86	8	151	63	0	0	35	1.01
14880071--14880116	16	2.8	17	83	6	58	60	0	0	39	0.97
14880181--14880205	13	1.9	13	100	0	50	32	20	8	40	1.81
14883030--14883058	13	2.1	14	93	6	51	41	24	0	34	1.55
14884132--14884216	41	2.1	41	95	0	152	37	23	14	24	1.92
14886222--14886290	29	2.4	28	79	13	70	60	0	1	37	1.06
14886242--14886270	11	2.5	12	94	5	51	55	0	3	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14886222--14886330	39	2.8	39	78	18	122	61	0	1	36	1.07
14886238--14886321	29	2.9	28	83	11	105	63	0	2	34	1.08
14886256--14886319	31	2.1	30	88	5	94	65	0	1	32	1.02
14899059--14899174	61	1.9	58	87	5	169	41	4	5	49	1.45
14899061--14899194	58	2.2	60	83	8	159	41	3	6	47	1.47
14901144--14901174	5	6.2	5	100	0	62	38	19	19	22	1.93
14901816--14901875	30	2.0	31	86	3	86	38	0	38	23	1.55
14902056--14902131	9	8.4	9	85	0	107	42	21	11	25	1.86
14902234--14902277	18	2.4	18	88	0	61	11	2	43	43	1.53
14906237--14906269	17	2.0	17	88	5	50	42	0	6	51	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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