genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25764935--25764984	7	7.3	7	75	20	52	16	18	0	66	1.26
25764944--25764981	13	2.8	14	88	4	60	13	15	0	71	1.16
25770266--25770305	18	2.1	18	90	9	62	52	0	0	47	1.00
25770657--25770713	5	11.2	5	78	10	53	70	0	0	29	0.88
25770652--25770719	21	3.3	20	82	13	93	66	0	0	33	0.92
25776014--25776197	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
25776014--25776194	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
25776015--25776234	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
25783969--25784152	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
25783969--25784149	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
25783970--25784189	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
25786162--25786319	47	3.3	48	69	20	123	57	1	0	40	1.10
25786254--25786320	20	3.3	20	77	6	64	55	2	0	41	1.15
25786358--25786410	23	2.3	22	81	9	61	43	0	3	52	1.19
25786400--25786438	7	5.6	7	100	0	78	30	0	0	69	0.89
25786395--25786449	21	2.7	21	78	15	71	36	0	0	63	0.95
25786634--25786672	16	2.4	16	91	0	60	33	28	0	38	1.57
25788609--25788661	21	2.7	20	85	11	65	37	5	16	39	1.73
25789716--25789745	15	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
25800560--25800607	23	2.1	23	100	0	96	25	8	35	31	1.85
25803432--25803686	112	2.3	112	91	2	417	32	20	14	32	1.93
25804465--25804503	21	1.9	21	89	5	62	43	12	5	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25806472--25807230	381	2.0	381	96	0	1410	43	18	8	29	1.79
25810830--25810860	9	3.4	9	100	0	62	12	0	32	54	1.38
25810974--25811540	126	4.5	124	81	4	629	30	16	21	31	1.95
25810974--25811540	251	2.3	250	84	2	728	30	16	21	31	1.95
25814591--25815618	22	47.7	22	83	6	1124	25	1	30	43	1.61
25814591--25815618	43	23.8	43	79	8	1014	25	1	30	43	1.61
25815002--25815065	28	2.3	28	81	7	69	28	1	28	42	1.65
25814592--25815621	64	16.0	62	76	12	404	25	1	30	43	1.61
25815887--25815933	21	2.2	21	81	7	60	2	23	36	38	1.67
25816191--25816233	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
25816831--25816872	7	6.0	7	83	10	50	50	14	0	35	1.43
25817041--25817078	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
25817927--25818024	51	1.9	51	85	8	137	44	4	24	26	1.71
25817986--25818062	11	6.9	11	73	24	72	44	1	28	25	1.62
25817986--25818062	22	3.5	22	83	16	97	44	1	28	25	1.62
25817986--25818062	33	2.3	33	82	10	102	44	1	28	25	1.62
25820808--25820833	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25821663--25821711	22	2.3	21	86	10	64	36	2	0	61	1.08
25827651--25827946	131	2.3	131	82	2	360	38	15	15	30	1.89
25834991--25835048	29	1.9	30	89	6	91	17	39	0	43	1.49
25838110--25838150	12	3.3	12	83	6	55	56	9	7	26	1.58
25851096--25851481	194	2.0	194	87	3	562	45	12	7	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25851540--25851615	27	2.8	26	74	16	75	65	1	0	32	1.01
25851599--25851641	6	7.3	6	89	2	61	58	0	0	41	0.98
25851599--25851659	18	3.4	18	78	10	63	55	3	0	40	1.16
25858080--25858192	38	2.9	39	88	1	156	12	18	32	36	1.88
25862644--25862694	21	2.4	21	96	0	93	37	11	7	43	1.71
25865180--25865211	5	6.4	5	100	0	64	56	0	0	43	0.99
25865621--25865695	29	2.6	29	80	2	96	54	0	1	44	1.08
25865640--25865677	17	2.1	19	90	9	62	47	0	0	52	1.00
25865621--25865707	18	4.3	20	73	17	56	54	0	1	44	1.07
25866235--25866278	21	2.1	21	83	8	54	40	2	0	56	1.11
25868698--25868735	20	1.9	20	88	0	58	31	18	15	34	1.92
25868870--25868916	21	2.3	20	85	3	58	59	0	6	34	1.23
25881195--25881302	19	5.7	18	69	17	60	25	7	1	64	1.30
25881288--25881369	9	8.9	9	68	15	51	34	1	1	63	1.10
25881288--25881358	28	2.6	26	76	8	70	36	1	0	61	1.05
25881233--25881375	46	3.1	45	75	12	123	30	2	1	65	1.16
25881324--25881369	19	2.4	19	85	3	56	34	0	2	63	1.07
25881233--25881368	29	4.8	29	72	14	88	31	2	1	63	1.18
25881486--25881672	89	2.1	90	85	4	254	34	11	18	35	1.86
25885204--25885647	136	3.3	136	90	4	640	30	13	29	26	1.93
25900759--25900964	44	4.7	43	79	4	205	23	13	21	40	1.89
25903472--25903542	21	3.3	21	78	2	88	30	12	25	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25903472--25903552	42	1.9	43	92	2	137	29	13	25	30	1.94
25903472--25903552	21	3.8	22	77	4	85	29	13	25	30	1.94
25909885--25909983	25	4.2	25	72	13	102	38	1	18	42	1.57
25909885--25909938	24	2.2	24	96	3	99	38	0	16	44	1.48
25915255--25915311	19	2.9	19	78	5	60	15	24	42	17	1.88
25916936--25916960	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25919378--25919446	21	3.3	21	87	2	95	56	8	23	11	1.62
25929075--25929108	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
25929692--25929746	27	2.0	27	96	0	101	49	18	0	32	1.48
25933625--25933673	19	2.7	19	81	6	57	71	0	4	24	1.03
25933646--25933676	11	2.8	11	100	0	62	70	0	0	29	0.87
25933627--25933699	30	2.3	30	79	11	76	67	0	2	30	1.05
25933647--25933738	11	8.4	11	74	20	50	63	1	0	35	1.02
25933644--25933730	35	2.5	33	79	17	88	65	0	0	34	0.93
25933646--25933747	24	4.5	24	70	21	67	61	1	0	36	1.07
25933680--25933730	16	3.1	16	79	17	59	64	0	0	35	0.94
25933691--25933732	21	2.0	21	95	0	75	64	0	0	35	0.94
25933661--25933783	56	2.2	56	81	11	135	59	1	2	36	1.20
25936456--25936514	19	3.2	19	64	9	50	18	13	6	61	1.54
25936455--25936524	36	1.9	36	94	0	122	22	14	5	57	1.59
25936458--25936548	36	2.6	36	84	5	96	24	14	6	54	1.63
25943761--25943791	14	2.3	13	94	5	53	38	9	0	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25955246--25955510	40	6.7	40	88	4	358	26	27	21	24	1.99
25955246--25955510	119	2.2	121	85	4	360	26	27	21	24	1.99
25964043--25964094	23	2.2	25	82	6	63	50	3	0	46	1.20
25971699--25971730	5	6.4	5	100	0	64	40	18	18	21	1.91
25972215--25972262	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
25972389--25972459	31	2.3	31	87	2	99	46	0	26	26	1.53
25972504--25972575	29	2.5	29	100	0	144	34	0	41	23	1.55
25972635--25972671	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
25972723--25972753	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
25974673--25974744	25	2.8	25	82	13	92	13	25	22	38	1.91
25974673--25974745	27	2.8	26	86	10	96	13	24	23	38	1.91
25978194--25978219	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
25984054--25984239	50	3.8	49	79	3	160	23	27	22	26	1.99
25984054--25984183	49	2.6	49	83	6	156	22	26	21	30	1.99
25992196--25992228	15	2.1	17	88	11	52	18	15	12	54	1.71
25996405--25996620	119	1.8	120	83	8	289	25	26	21	25	2.00
25996384--25996627	40	6.1	40	82	8	266	25	27	22	25	2.00
25998775--25998807	16	2.0	17	88	5	50	57	9	3	30	1.45
25998994--25999019	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
26008673--26008722	24	2.2	23	82	7	57	36	2	2	60	1.20
26018881--26018916	15	2.3	17	86	13	51	22	16	5	55	1.62
26019773--26019807	8	4.4	8	100	0	70	77	0	0	22	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26024570--26024679	32	3.5	32	81	1	132	39	20	20	20	1.93
26024679--26024732	26	2.1	26	89	0	81	37	25	20	16	1.93
26024720--26024784	27	2.4	27	80	14	73	33	23	23	20	1.97
26024860--26024906	24	2.0	24	91	0	76	55	17	8	19	1.67
26025111--26025525	27	15.4	27	84	3	371	25	15	18	40	1.90
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26025107--26025525	81	5.2	80	81	6	468	24	15	18	41	1.90
26031839--26031871	11	3.3	10	88	12	50	81	9	0	9	0.87
26031892--26031925	13	2.7	13	90	4	52	82	0	17	0	0.67
26032760--26032798	6	6.0	6	85	14	51	66	0	17	15	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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