genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771204--771640	124	3.5	124	85	4	596	29	17	23	29	1.97
771811--771943	51	2.6	51	91	2	223	49	1	20	28	1.58
771911--771955	11	3.9	12	78	18	51	48	0	26	24	1.51
780137--780222	31	2.7	31	77	7	84	31	12	8	47	1.71
780137--780225	33	2.8	31	77	11	83	32	12	7	47	1.70
781630--781666	20	2.0	20	84	10	51	35	5	2	56	1.36
781796--781826	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
783454--783524	29	2.4	28	82	13	81	57	2	7	32	1.40
784526--784583	19	3.3	17	72	23	57	68	1	0	29	0.99
784525--784586	11	5.3	11	73	19	54	67	1	0	30	1.00
789227--789273	23	2.0	24	83	4	60	27	2	0	70	0.99
789256--789309	19	2.9	19	80	2	74	18	0	0	81	0.69
789262--789301	21	1.9	21	90	10	64	25	0	0	75	0.81
789238--789299	29	2.1	30	94	5	110	22	1	0	75	0.88
790261--790315	28	1.9	29	82	10	69	56	1	1	40	1.21
794163--794195	15	2.2	15	100	0	66	48	18	6	27	1.71
796779--796819	17	2.4	17	95	4	73	29	17	14	39	1.89
800003--800044	20	2.1	20	90	0	66	45	16	4	33	1.69
800023--800095	30	2.4	30	80	8	87	36	10	9	42	1.73
801360--801394	13	2.5	14	90	9	54	42	2	0	54	1.15
801953--802037	20	4.2	19	67	16	55	28	2	7	62	1.34
805793--805837	22	2.0	22	95	0	81	35	22	8	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807215--807245	15	2.1	14	94	5	53	64	0	0	35	0.94
807345--807371	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
807414--807451	16	2.3	17	90	4	60	73	0	0	26	0.83
807414--807451	17	2.3	16	86	13	51	73	0	0	26	0.83
811151--811179	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
816364--816410	24	2.0	24	91	0	76	36	19	23	21	1.95
818794--818842	24	2.0	24	92	0	80	32	6	10	51	1.61
851889--851933	24	1.9	24	86	4	65	51	11	0	37	1.38
852270--852304	13	2.8	13	91	4	54	57	0	2	40	1.14
870573--870636	30	2.1	30	94	0	110	9	39	9	42	1.70
871026--871061	5	7.2	5	100	0	72	0	0	58	41	0.98
871569--871600	5	6.2	5	96	3	55	37	3	0	59	1.13
873042--873084	14	3.0	14	75	3	50	65	4	0	30	1.13
873027--873092	29	2.3	30	73	7	73	62	3	3	31	1.26
873318--873343	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
873350--873396	20	2.2	22	92	7	80	31	0	0	68	0.90
873348--873402	21	2.7	20	83	8	74	32	0	1	65	1.03
874291--874339	22	2.3	21	82	10	55	67	14	2	16	1.33
874967--875469	215	2.3	215	88	0	718	31	13	23	31	1.93
878976--879023	1	48.0	1	78	0	51	0	4	6	89	0.58
878976--879023	14	3.4	14	88	2	69	0	4	6	89	0.58
880029--880089	12	5.0	12	77	18	56	72	0	4	22	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880021--880086	20	3.3	20	78	19	75	71	0	6	22	1.08
880036--880094	17	3.4	17	73	11	57	72	0	5	22	1.03
881047--881116	16	4.4	16	94	0	104	30	1	34	34	1.67
881095--881204	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
881330--881371	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
881339--881380	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
881365--881552	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	43	1.38
881453--881490	16	2.4	17	82	13	53	55	0	0	44	0.99
881336--881554	120	1.8	120	97	0	420	49	5	1	43	1.36
881449--881491	15	2.8	16	79	10	54	53	0	0	46	1.00
881426--881509	43	1.9	43	83	11	109	53	1	1	44	1.16
892104--892128	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
894352--894421	31	2.3	31	84	0	95	42	10	11	35	1.74
896409--896523	58	2.0	57	80	8	126	40	13	12	34	1.81
897388--897421	17	1.9	18	88	5	52	58	2	5	32	1.37
903083--903146	31	2.1	31	82	5	76	31	12	17	39	1.87
904415--904447	17	1.9	17	88	11	50	66	3	9	21	1.33
908467--908563	40	2.4	40	93	3	160	46	13	17	22	1.83
912606--912666	31	2.0	31	84	12	81	47	9	8	34	1.66
921788--921870	38	2.1	39	88	6	123	51	9	6	32	1.59
922340--922399	31	2.0	30	83	3	75	45	8	5	41	1.56
922860--922931	33	2.3	30	83	7	81	34	16	9	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922860--922935	30	2.4	33	84	6	95	34	15	9	40	1.79
926450--926499	24	2.1	24	92	0	82	48	6	10	36	1.61
927295--927335	21	2.0	21	90	9	66	48	2	0	48	1.14
950371--950442	31	2.2	31	85	7	99	52	11	4	31	1.56
950383--950441	31	1.9	30	93	3	100	54	8	3	33	1.48
951738--951800	31	2.0	31	84	3	81	46	15	9	28	1.78
953034--953174	40	3.5	40	74	8	135	29	21	18	29	1.97
954054--954117	15	4.2	15	80	9	67	0	20	3	76	0.92
954053--954098	20	2.3	20	92	7	76	0	23	0	76	0.79
956857--956912	27	2.1	27	100	0	112	30	19	17	32	1.95
957016--957119	31	3.4	30	72	7	86	40	6	13	39	1.71
957027--957127	29	3.4	28	73	8	76	38	6	12	41	1.70
959532--959569	13	2.9	14	88	11	62	36	0	5	57	1.21
962560--962623	20	3.2	20	72	18	60	21	9	28	40	1.84
962976--963004	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
965407--965437	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
967842--967867	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
977542--977919	124	3.1	124	77	5	372	39	16	12	30	1.87
977790--978521	150	4.9	150	80	7	745	41	17	10	30	1.83
978350--978406	4	14.2	4	100	0	114	50	24	0	24	1.49
978874--978901	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
979573--979609	20	2.0	20	84	10	51	40	2	2	54	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
984116--984354	68	3.4	68	72	10	180	45	10	11	32	1.75
987078--987118	20	2.0	22	90	9	68	41	0	7	51	1.30
989573--989613	20	2.0	20	90	9	66	12	9	4	73	1.24
992808--992907	49	2.0	49	98	0	191	31	12	12	45	1.78
995106--995137	14	2.3	14	94	0	55	43	3	6	46	1.44
996724--996799	38	2.0	38	100	0	152	44	10	13	31	1.77
998404--998458	5	11.0	5	100	0	110	20	40	20	20	1.92
1003826--1003859	16	2.1	16	94	0	59	44	23	11	20	1.84
1008162--1008350	84	2.2	84	82	0	216	35	8	20	35	1.83
1028402--1028434	17	2.1	16	88	11	50	24	0	18	57	1.40
1032098--1032147	25	2.0	25	85	14	68	24	6	0	70	1.10
1032101--1032152	6	8.3	6	78	16	52	21	3	0	75	0.97
1033301--1033333	17	2.1	16	88	11	50	24	0	18	57	1.40
1036687--1036767	15	5.4	15	66	16	51	48	7	19	24	1.75
1036680--1036794	30	3.8	30	94	0	185	46	6	21	25	1.76
1036703--1036782	15	5.3	15	66	11	56	47	7	20	25	1.75
1040223--1040330	15	7.2	15	68	12	78	44	7	21	26	1.78
1040216--1040330	30	3.8	30	94	0	185	45	6	21	26	1.77
1048411--1048447	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
1051563--1051587	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
1059492--1059551	29	2.1	29	96	0	111	18	23	31	26	1.97
1061799--1061874	30	2.5	30	86	0	116	42	1	3	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1068951--1069076	43	2.9	43	78	13	150	20	20	27	30	1.98
1071575--1071606	16	2.0	16	100	0	64	37	25	6	31	1.81
1074690--1074782	18	5.2	18	85	0	132	26	21	17	34	1.95
1074690--1074782	36	2.6	36	89	0	150	26	21	17	34	1.95
1084837--1084929	18	5.2	18	85	0	123	31	23	12	32	1.92
1084837--1084931	36	2.6	36	91	0	154	31	23	13	31	1.93
1090799--1090846	19	2.5	20	76	10	55	56	0	6	37	1.25
1092798--1092884	8	10.5	8	74	18	72	37	0	3	58	1.15
1092802--1092890	5	17.6	5	74	22	71	38	0	3	58	1.15
1092832--1092882	3	19.0	3	75	22	51	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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