genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797732--2798196	87	5.3	87	74	11	346	31	20	21	26	1.98
2797730--2798251	177	3.0	172	81	6	513	31	19	22	27	1.98
2798703--2798727	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
2799199--2799244	23	2.0	24	83	8	60	0	58	0	41	0.98
2799209--2799246	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
2799711--2799781	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
2799723--2799784	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
2799747--2799792	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
2802157--2802217	32	1.9	32	90	6	97	40	6	8	44	1.60
2805413--2805464	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
2809799--2809895	37	2.5	37	73	6	86	28	29	18	22	1.97
2810171--2810224	27	2.0	27	85	7	74	33	12	0	53	1.39
2811066--2811098	8	4.0	8	92	7	57	60	0	0	39	0.97
2815831--2815884	27	2.0	27	85	7	74	33	12	0	53	1.39
2816627--2816653	13	2.1	13	100	0	54	0	25	0	74	0.83
2816732--2816764	8	4.0	8	92	7	57	60	0	0	39	0.97
2817776--2817802	13	2.1	13	100	0	54	22	7	25	44	1.79
2817790--2817830	20	2.0	20	100	0	82	24	9	19	46	1.80
2821811--2821866	23	2.4	24	82	8	71	41	1	1	55	1.21
2821902--2822156	43	5.9	43	75	5	203	27	18	26	27	1.98
2821903--2822149	86	2.9	86	83	4	259	27	18	26	27	1.98
2824344--2824383	17	2.5	16	84	8	55	47	12	2	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2824870--2824925	26	2.2	26	90	6	87	35	23	14	26	1.93
2825439--2825480	21	2.0	21	90	0	66	33	19	4	42	1.72
2825531--2825719	93	2.0	92	97	1	360	38	12	10	39	1.77
2836638--2836678	9	4.3	9	84	9	55	78	4	9	7	1.10
2837240--2837327	39	2.2	40	84	6	108	35	5	19	39	1.75
2837512--2837628	45	2.8	41	79	12	114	20	20	20	38	1.94
2837613--2837666	6	8.8	6	87	4	81	18	20	16	44	1.87
2837529--2837633	45	2.3	45	91	0	165	20	19	19	40	1.91
2841438--2841635	41	4.8	41	89	0	288	33	27	19	19	1.96
2841438--2841635	82	2.4	82	90	0	324	33	27	19	19	1.96
2842746--2842900	41	3.7	41	77	7	127	30	27	18	23	1.98
2843635--2843685	24	2.1	24	92	0	84	49	3	0	47	1.20
2843863--2843891	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
2852088--2852126	14	2.8	14	92	0	60	20	2	10	66	1.33
2852160--2852193	5	6.8	5	96	0	50	11	0	47	41	1.40
2855587--2855622	18	2.1	18	90	10	58	52	0	13	33	1.41
2857204--2857245	4	10.0	4	90	10	66	23	2	0	73	0.94
2857204--2857244	18	2.4	17	88	11	66	21	2	0	75	0.92
2865817--2866876	501	2.1	502	95	0	1881	24	17	20	37	1.94
2867135--2867308	96	1.8	96	84	0	240	21	17	17	43	1.88
2869750--2869849	29	3.5	29	90	4	150	38	13	1	48	1.49
2870406--2870466	19	3.3	19	77	9	63	49	0	8	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870965--2871021	27	2.2	26	93	3	96	15	26	31	26	1.96
2871058--2871134	28	2.7	29	92	8	122	46	0	11	41	1.40
2888355--2888393	17	2.4	17	91	4	62	33	17	10	38	1.84
2888985--2889029	20	2.3	19	81	11	54	73	0	4	22	1.01
2889838--2889885	21	2.2	22	78	14	55	54	2	4	39	1.32
2896509--2896682	96	1.8	96	83	2	233	21	17	17	43	1.88
2898810--2898840	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
2898921--2898979	24	2.4	24	80	11	66	42	10	1	45	1.48
2898920--2898981	26	2.4	27	81	5	74	41	11	1	45	1.50
2899059--2899135	24	3.2	24	77	1	66	42	6	0	50	1.28
2901410--2901526	59	2.0	59	100	0	234	37	17	13	30	1.89
2903066--2903099	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2907705--2907738	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2916878--2916932	28	2.0	28	100	0	110	7	14	14	63	1.50
2919313--2919362	26	1.9	26	100	0	100	16	24	32	28	1.96
2919341--2919576	33	6.7	33	67	23	108	21	20	26	32	1.97
2919301--2919540	102	2.4	102	91	1	392	21	19	26	32	1.97
2922600--2922654	19	3.1	18	77	15	60	74	0	21	3	0.97
2922926--2923014	45	2.0	44	88	2	133	26	11	8	52	1.66
2922978--2923179	109	1.9	109	90	0	323	27	15	8	48	1.74
2923849--2923885	16	2.4	16	95	4	67	40	21	5	32	1.76
2924639--2924664	4	6.5	4	100	0	52	50	26	0	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2928628--2928659	14	2.3	14	100	0	64	50	12	21	15	1.77
2931881--2932047	10	17.1	10	69	18	68	0	30	1	68	0.98
2931885--2931965	20	3.9	21	76	15	87	0	25	2	71	0.98
2931885--2932035	22	6.7	22	68	17	87	0	28	1	70	0.96
2931881--2931986	43	2.4	44	80	15	119	0	27	1	70	0.97
2931915--2932032	12	9.6	12	73	24	72	0	27	0	71	0.92
2931954--2932041	5	19.0	5	76	11	57	0	32	0	67	0.91
2931915--2932008	28	3.7	26	80	15	99	0	27	1	71	0.93
2931891--2932035	73	2.0	73	85	10	199	0	28	1	70	0.96
2931891--2932025	4	33.2	4	71	25	65	0	26	1	71	0.94
2932084--2932155	27	2.7	27	77	0	81	16	33	30	19	1.94
2933770--2934303	152	3.6	151	74	11	531	31	11	6	50	1.65
2934284--2934310	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2933758--2934518	296	2.5	298	86	6	1020	31	10	6	50	1.63
2934566--2934605	17	2.4	16	87	4	53	17	10	0	72	1.11
2936490--2937256	156	5.0	153	76	12	761	30	10	6	52	1.62
2936487--2937256	299	2.5	298	88	6	1098	30	10	6	51	1.62
2937578--2937642	14	4.6	14	73	21	64	0	29	1	69	0.98
2937579--2937649	18	3.6	18	67	26	54	0	30	1	67	0.99
2937552--2937643	42	2.2	42	90	1	141	1	27	2	69	1.07
2937724--2937772	24	2.0	24	100	0	98	20	24	14	40	1.89
2938589--2938808	107	2.1	106	84	4	282	33	15	17	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2941438--2941496	23	2.6	23	77	15	59	49	0	6	44	1.29
2944500--2944914	89	4.7	88	86	2	562	27	23	18	30	1.97
2944417--2944912	44	11.2	44	70	6	295	28	23	17	30	1.97
2944458--2944914	177	2.6	178	86	2	591	28	23	17	30	1.97
2952317--2952395	3	26.7	3	72	21	60	60	1	3	34	1.23
2952350--2952383	5	7.2	5	87	12	54	61	0	0	38	0.96
2952332--2952426	22	4.3	23	73	21	64	64	1	4	30	1.19
2954562--2954611	15	3.3	15	100	0	100	20	0	6	74	1.03
2954704--2954747	21	2.1	21	87	8	63	59	2	0	38	1.10
2955626--2955735	10	11.3	10	72	20	74	0	29	0	70	0.94
2955598--2955746	41	3.8	41	83	12	179	0	28	0	70	0.97
2955598--2955737	31	4.5	31	73	16	103	0	27	0	71	0.96
2955608--2955746	38	3.6	38	84	10	167	0	28	0	70	0.97
2955596--2955745	10	15.5	10	69	20	61	0	27	0	71	0.96
2958358--2959006	300	2.2	287	87	7	906	31	10	6	51	1.62
2959293--2959333	19	2.2	19	86	0	55	2	31	2	63	1.20
2959361--2959441	14	5.8	13	72	13	54	3	28	0	67	1.07
2959303--2959442	38	3.6	37	80	12	156	2	27	1	67	1.13
2961483--2961916	153	2.8	149	74	18	415	29	11	6	53	1.60
2962197--2962296	10	10.0	10	72	18	59	0	29	2	69	1.00
2962169--2962300	41	3.2	40	82	8	122	0	29	1	68	1.04
2962203--2962300	41	2.4	40	89	5	160	0	27	2	70	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2963242--2963461	107	2.1	106	85	4	291	33	15	17	33	1.92
2965076--2965126	19	2.7	19	100	0	102	3	5	25	64	1.33
2966073--2966118	21	2.1	22	84	4	58	50	0	4	45	1.21
2966225--2966298	3	24.7	3	73	20	57	60	2	4	32	1.29
2966297--2966327	13	2.4	13	94	0	53	74	0	6	19	1.03
2967070--2967098	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
2968448--2968490	13	3.3	14	87	12	65	20	0	4	74	1.00
2968578--2968624	21	2.3	20	83	16	62	55	2	6	36	1.37
2969187--2969258	1	72.0	1	97	0	135	1	0	0	98	0.11
2969645--2969783	40	3.6	38	81	12	142	0	28	0	69	0.98

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