genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59602208--59602240	14	2.3	15	89	5	50	6	15	0	78	0.93
59602223--59602260	20	1.9	20	88	0	58	15	5	5	73	1.19
59608171--59608215	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
59608194--59608230	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
59608197--59608238	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
59611901--59611939	19	2.1	19	85	0	51	28	2	5	64	1.28
59611946--59612004	31	1.9	31	100	0	118	27	3	5	64	1.30
59611951--59612011	17	3.8	17	68	24	51	27	3	3	65	1.24
59612037--59612084	21	2.2	21	85	3	60	43	2	4	50	1.33
59612045--59612085	21	2.0	21	95	0	73	41	0	7	51	1.30
59612052--59612095	21	2.1	21	82	0	52	52	0	9	38	1.33
59622351--59622447	51	1.9	51	82	0	122	35	14	27	22	1.93
59622399--59622550	58	2.6	58	80	0	178	38	13	27	19	1.90
59622600--59622661	32	1.9	32	93	0	106	41	17	24	16	1.89
59636737--59636766	12	2.6	11	90	10	51	16	3	0	80	0.85
59638499--59638552	21	2.5	22	82	8	76	29	9	31	29	1.88
59638663--59638719	9	6.1	10	75	19	52	54	1	0	43	1.10
59638665--59638720	19	3.1	17	76	19	60	57	1	0	41	1.09
59638667--59638718	27	1.9	27	88	7	79	57	1	0	40	1.10
59638664--59638719	8	6.1	9	80	17	62	55	1	0	42	1.10
59655157--59655196	13	3.0	13	82	7	53	0	7	7	85	0.76
59656159--59656190	14	2.2	15	94	5	57	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59659604--59659650	19	2.4	20	78	7	51	55	0	4	40	1.19
59659884--59659981	28	3.4	28	76	12	92	29	6	2	62	1.31
59659956--59660009	18	2.9	18	86	5	72	27	5	0	66	1.13
59660098--59660314	87	2.4	89	81	7	246	37	7	18	36	1.79
59663770--59663849	41	2.0	40	90	2	124	32	25	17	25	1.97
59663999--59664281	30	9.3	30	82	4	316	43	18	8	30	1.78
59668025--59668058	14	2.4	14	95	5	59	20	44	8	26	1.81
59669018--59669140	30	4.1	30	96	0	219	25	4	14	55	1.59
59678316--59678343	13	2.2	13	100	0	56	64	35	0	0	0.94
59678653--59678682	12	2.5	12	94	0	51	50	0	3	46	1.18
59678667--59678768	31	3.3	30	71	15	84	42	1	6	49	1.41
59679283--59679494	42	5.0	42	93	0	352	26	20	19	33	1.97
59683634--59683712	16	4.6	17	74	14	74	36	1	18	43	1.59
59683645--59683999	9	40.4	9	68	22	186	33	0	21	45	1.54
59683634--59683714	25	3.2	25	78	16	103	35	1	19	43	1.59
59683634--59683818	25	7.8	24	72	21	85	36	0	19	43	1.55
59683738--59683914	19	9.5	19	66	26	103	32	0	19	48	1.49
59683672--59683818	62	2.6	58	82	13	164	36	0	19	43	1.52
59683763--59683914	51	3.3	44	82	13	198	32	0	19	48	1.49
59686451--59686610	84	1.9	83	92	1	266	30	18	13	38	1.89
59687318--59687394	39	2.0	40	87	7	113	38	38	2	19	1.66
59687420--59687461	13	2.9	15	79	10	52	50	0	4	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59687545--59687576	15	2.1	16	94	5	57	50	3	0	46	1.17
59687657--59687705	23	2.2	22	85	3	62	44	34	0	20	1.52
59687663--59687719	15	3.8	16	75	9	57	42	36	0	21	1.53
59687763--59687796	14	2.5	13	90	4	50	41	35	0	23	1.55
59690738--59690790	26	2.2	23	83	16	63	56	0	5	37	1.23
59695256--59695280	7	3.6	7	100	0	50	28	12	32	28	1.92
59697802--59697960	41	3.9	41	86	1	185	22	27	20	30	1.98
59697843--59697975	41	3.2	40	87	2	158	23	27	20	28	1.99
59711398--59711456	9	6.7	9	77	12	52	37	3	0	59	1.14
59713810--59713835	12	2.2	12	100	0	52	76	15	7	0	0.99
59717025--59717049	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
59718295--59718345	17	3.0	16	80	8	57	66	0	1	31	1.03
59718321--59718424	20	5.2	20	74	12	72	66	2	1	28	1.17
59718307--59718423	30	3.9	29	77	13	96	65	2	2	29	1.19
59718294--59718403	10	11.6	10	72	16	65	66	1	0	30	1.08
59718331--59718423	20	4.6	21	74	14	79	66	3	2	27	1.18
59718345--59718422	40	2.0	40	86	0	111	64	3	2	29	1.25
59718626--59718691	29	2.3	29	80	17	84	36	3	1	59	1.22
59718633--59718691	30	2.0	31	87	12	88	35	3	1	59	1.24
59718690--59718728	18	2.1	18	86	13	53	41	5	0	53	1.23
59718713--59718778	10	6.8	10	71	13	57	36	3	0	60	1.12
59723212--59723248	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59724181--59724207	5	5.4	5	100	0	54	22	18	22	37	1.95
59727278--59727416	41	3.4	41	90	1	208	40	13	21	24	1.90
59730946--59731451	264	1.9	265	94	0	888	38	15	12	33	1.85
59734230--59734277	23	2.1	23	92	0	78	29	8	14	47	1.73
59742093--59742143	21	2.5	20	87	6	68	25	17	23	33	1.96
59744541--59744608	23	3.0	23	93	0	118	22	22	26	29	1.99
59745163--59745212	24	2.0	27	88	11	79	36	12	0	52	1.39
59745299--59745350	27	1.9	27	88	0	77	30	23	30	15	1.95
59745429--59745498	19	3.7	19	83	11	99	38	8	0	52	1.32
59745434--59745504	37	1.9	37	100	0	142	40	9	0	49	1.36
59745724--59745795	19	3.8	19	75	3	83	36	9	1	52	1.43
59745361--59746063	293	2.4	295	95	1	1268	31	14	9	44	1.76
59750228--59750317	46	2.0	46	91	4	146	33	12	24	30	1.92
59752541--59752652	25	4.6	24	70	8	82	32	20	25	22	1.98
59757518--59757631	31	3.7	30	74	9	104	39	1	3	55	1.27
59757505--59757634	61	2.1	61	92	0	215	40	1	4	53	1.31
59762078--59762112	17	2.1	17	89	5	54	31	2	22	42	1.68
59763371--59763448	41	1.9	41	91	0	129	26	21	25	25	2.00
59763376--59763460	41	2.1	41	86	0	116	28	21	27	23	1.99
59772834--59773039	98	2.1	98	97	0	385	51	3	9	35	1.52
59772933--59772979	20	2.3	20	85	0	67	55	0	8	36	1.31
59772841--59772989	44	3.1	48	69	26	141	51	3	10	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59774326--59774610	44	6.4	44	81	5	297	30	23	14	31	1.94
59774366--59774607	90	2.7	88	85	2	306	30	23	14	30	1.94
59774582--59775434	88	9.7	88	89	0	1211	24	26	23	25	2.00
59781609--59781820	105	2.0	105	92	4	358	51	4	8	34	1.53
59781628--59781842	104	2.1	104	85	6	294	53	5	9	32	1.55
59782557--59782594	13	2.9	14	84	11	53	71	5	5	18	1.25
59795146--59795171	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
59796006--59796040	17	2.1	17	88	0	52	51	5	8	34	1.56
59797132--59797189	27	2.1	27	84	6	73	6	24	0	68	1.13
59797140--59797263	44	2.8	46	82	8	148	8	27	2	62	1.36
59798827--59798865	16	2.4	16	95	0	69	58	0	2	38	1.12
59798846--59798909	23	2.8	22	75	15	58	59	4	0	35	1.18
59798953--59798998	20	2.3	20	85	7	58	52	0	0	47	1.00
59798956--59799036	32	2.4	34	80	15	98	58	0	0	41	0.98
59798956--59799064	31	3.5	31	82	8	105	59	0	0	39	1.04
59798993--59799048	23	2.7	21	77	22	64	58	0	0	41	0.98
59800170--59800221	18	3.0	17	86	5	77	46	0	0	53	1.00
59802266--59802312	16	3.0	16	78	3	51	48	17	0	34	1.47
59809500--59809603	19	5.0	21	78	15	83	40	17	7	34	1.78
59809533--59809607	19	3.8	19	87	6	105	37	18	9	34	1.83
59809980--59810225	44	5.8	44	84	10	309	30	25	13	29	1.94
59809980--59810219	125	1.9	123	86	5	324	31	25	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59810341--59811128	86	9.2	87	87	5	1097	24	26	23	25	2.00
59810341--59811128	173	4.6	174	89	3	1127	24	26	23	25	2.00
59810341--59811128	259	3.1	261	89	3	1168	24	26	23	25	2.00
59817299--59817471	52	3.2	53	74	21	171	52	4	8	35	1.51
59817299--59817515	108	2.0	107	95	1	391	52	4	8	35	1.52
59817407--59817455	20	2.3	20	82	6	62	55	2	8	34	1.41
59817301--59817486	54	3.5	53	75	12	173	52	3	8	35	1.50
59817330--59817489	56	3.0	51	71	19	157	52	4	8	34	1.52
59817341--59817504	54	3.0	55	72	16	178	52	4	8	34	1.53
59817318--59817538	108	2.1	106	88	5	320	53	4	9	32	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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