genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60233378--60233487	41	2.7	41	85	0	148	16	22	18	42	1.88
60233531--60233556	12	2.2	12	100	0	52	53	30	7	7	1.57
60238344--60238401	9	6.6	9	75	15	50	51	1	0	46	1.11
60238327--60238399	34	2.2	31	81	15	85	54	2	0	42	1.14
60238757--60238822	26	2.5	27	82	7	73	54	3	0	42	1.15
60239211--60239258	17	2.9	16	77	14	53	14	12	0	72	1.11
60239208--60239251	18	2.4	18	85	7	54	15	9	0	75	1.05
60239824--60239886	31	2.0	31	90	0	99	34	9	11	44	1.73
60242830--60242870	5	8.0	5	94	5	73	78	2	0	19	0.87
60242830--60242893	26	2.5	26	84	5	76	73	4	1	20	1.09
60245133--60245626	46	11.6	44	88	7	535	35	14	22	27	1.93
60245167--60245353	74	2.5	74	88	0	302	37	14	20	26	1.92
60247830--60247869	15	2.5	16	88	8	55	70	5	5	20	1.26
60253189--60253214	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
60253507--60253824	125	2.5	125	87	3	444	30	16	22	30	1.96
60255192--60255881	359	1.9	359	92	0	1148	28	21	24	26	1.99
60257321--60257427	14	7.6	14	66	24	57	23	0	37	39	1.55
60257286--60257360	34	2.2	34	79	6	82	26	0	33	40	1.57
60257317--60257429	27	4.1	26	80	15	113	22	0	38	38	1.54
60258661--60258686	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
60258855--60258892	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
60260305--60260329	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60261467--60261557	22	4.2	22	84	8	132	29	29	0	40	1.57
60261467--60261557	43	2.1	44	91	2	148	29	29	0	40	1.57
60261529--60261587	30	2.0	30	93	0	100	30	35	0	33	1.58
60261507--60261609	52	2.0	51	85	9	138	32	33	0	34	1.58
60261559--60261600	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
60261642--60261699	29	2.0	30	89	3	91	37	1	1	58	1.18
60261645--60261707	29	2.1	30	85	2	83	38	1	1	58	1.17
60261803--60261848	23	1.9	25	86	8	69	30	0	4	65	1.12
60263954--60264644	23	26.2	28	76	15	524	47	23	0	28	1.57
60263959--60264640	52	13.1	53	79	13	613	47	23	0	28	1.56
60264023--60264513	98	4.8	106	79	13	419	50	21	0	27	1.52
60263959--60264644	132	5.2	126	80	14	702	47	23	0	28	1.56
60267277--60267541	124	2.1	124	88	1	397	30	23	15	30	1.95
60268575--60268647	30	2.5	31	86	6	98	53	4	0	42	1.20
60269316--60269366	25	2.0	25	100	0	102	31	11	29	27	1.92
60271206--60271236	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
60271417--60271471	25	2.2	25	83	9	67	38	1	14	45	1.56
60289587--60289629	19	2.2	20	87	4	61	4	11	6	76	1.13
60290358--60290414	30	1.9	29	96	3	105	36	8	0	54	1.32
60294633--60294836	88	2.3	88	82	0	255	21	21	26	30	1.98
60296156--60296188	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
60297017--60297077	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60299689--60299801	44	2.6	44	78	9	124	27	20	24	27	1.99
60300603--60301414	70	11.6	70	87	2	1035	27	13	18	40	1.87
60300593--60301414	23	35.3	23	72	7	566	27	13	18	40	1.88
60301741--60301767	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
60307881--60307989	44	2.5	43	81	10	132	23	21	27	27	1.99
60308129--60308337	104	2.0	104	100	0	418	30	6	19	43	1.76
60308895--60309061	74	2.3	74	84	7	211	26	14	16	42	1.86
60308974--60309070	24	3.9	25	76	17	96	27	13	15	43	1.84
60308907--60309070	23	6.8	24	75	9	111	28	14	15	42	1.85
60309963--60310142	83	2.3	81	81	6	208	46	12	13	27	1.78
60309963--60310320	82	4.3	82	74	10	268	46	11	12	29	1.76
60310458--60310499	22	2.0	21	85	4	57	64	0	2	33	1.07
60310459--60310524	28	2.4	28	82	12	82	57	0	3	39	1.14
60315685--60315732	16	3.0	16	87	0	69	35	2	35	27	1.69
60315690--60315738	16	3.1	16	87	0	71	38	4	32	24	1.74
60315720--60315808	44	2.0	44	86	4	124	30	3	29	37	1.74
60315720--60315825	39	2.5	44	80	11	114	32	2	29	35	1.72
60315972--60316106	18	8.0	17	70	19	86	53	2	2	42	1.25
60319821--60320043	84	2.7	83	81	4	288	46	12	14	26	1.80
60325638--60325685	25	1.9	25	91	0	78	58	2	8	31	1.39
60332431--60332641	110	1.9	110	94	1	370	26	21	20	31	1.98
60332543--60332660	40	2.8	42	77	8	134	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60332637--60332798	46	3.6	45	73	5	121	25	25	20	28	1.99
60332808--60333229	100	4.2	99	83	2	461	26	23	19	30	1.98
60332826--60333222	201	2.0	199	84	1	524	26	24	19	29	1.98
60332883--60333233	50	7.0	50	64	3	148	26	23	19	30	1.98
60333293--60333396	50	2.1	50	83	3	129	24	25	25	25	2.00
60333404--60333677	88	3.1	88	87	0	368	27	24	20	27	1.99
60333503--60333650	45	3.3	45	68	3	111	27	25	18	29	1.98
60339983--60340016	12	2.8	12	90	0	50	50	11	2	35	1.54
60346998--60347031	17	2.1	17	88	5	52	50	0	17	32	1.47
60347906--60348005	42	2.4	42	91	0	164	35	9	28	28	1.87
60356959--60357036	26	2.9	27	75	11	79	17	19	17	44	1.87
60359417--60359587	45	3.8	44	79	9	148	26	18	14	40	1.89
60359462--60359611	45	3.3	45	85	0	192	25	20	15	39	1.91
60360318--60360352	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
60365111--60365153	21	2.0	21	90	0	68	41	0	13	44	1.44
60370934--60370987	27	2.0	27	96	0	99	40	20	7	31	1.80
60373635--60373753	34	3.4	35	89	8	188	40	31	13	14	1.84
60383374--60383437	33	1.9	33	84	6	85	40	21	21	15	1.91
60392789--60392838	25	2.0	25	100	0	100	48	20	8	24	1.76
60396539--60396590	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
60399028--60400055	512	2.0	512	94	0	1795	31	24	13	30	1.94
60401446--60401502	24	2.4	24	85	5	71	47	10	5	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60401458--60401509	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
60403399--60403538	64	2.2	65	85	5	196	24	30	22	22	1.99
60405887--60406020	41	3.4	41	68	9	116	27	17	23	31	1.97
60405887--60406025	40	3.5	40	69	10	115	28	17	23	30	1.97
60408042--60408091	22	2.4	21	80	9	57	72	4	20	4	1.18
60413947--60413989	21	2.0	21	86	0	59	30	25	0	44	1.55
60413996--60414052	21	2.7	20	81	10	69	33	10	1	54	1.45
60418259--60418296	12	3.2	12	88	7	60	52	0	34	13	1.40
60418260--60418296	11	3.3	11	92	3	56	51	0	35	13	1.41
60422558--60422681	43	2.9	43	90	0	185	33	25	15	25	1.95
60422560--60422714	43	3.6	43	85	4	161	31	26	15	26	1.96
60429994--60430117	43	2.9	43	90	0	185	30	25	17	25	1.97
60429996--60430150	43	3.6	43	85	4	170	29	26	17	26	1.97
60434161--60434274	44	2.7	43	84	6	144	32	25	19	22	1.97
60434166--60434315	41	3.6	41	81	6	126	31	26	17	25	1.97
60437589--60437630	22	1.9	22	90	0	66	45	16	7	30	1.74
60437589--60437638	22	2.3	22	85	0	64	42	20	8	30	1.80
60439788--60439828	21	2.0	21	90	0	64	60	9	0	29	1.28
60439789--60439855	21	3.2	21	81	8	57	67	5	0	26	1.14
60446935--60447154	106	2.1	106	81	6	268	24	24	15	36	1.93
60449684--60449717	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
60450643--60450924	23	12.0	24	72	11	167	41	16	13	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60450660--60450949	93	3.1	93	92	1	454	41	16	13	28	1.87
60450631--60450937	47	6.5	47	80	4	325	40	16	13	28	1.87
60451697--60451823	28	4.5	28	87	1	173	31	25	11	32	1.90
60456402--60456474	33	2.2	33	82	0	83	34	12	13	39	1.82
60474088--60474219	25	5.3	25	65	12	74	18	24	22	34	1.96
60474282--60474330	25	2.0	25	83	0	62	22	26	16	34	1.95
60493102--60493234	34	3.9	33	83	3	158	39	0	13	45	1.49
60493288--60493568	126	2.2	126	86	1	384	37	16	16	30	1.90
60493460--60493654	98	2.0	98	87	0	282	37	19	14	28	1.91
60495640--60495675	7	5.3	7	96	3	65	61	11	0	27	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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