genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13553373--13553397	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
13560487--13560528	19	2.3	18	84	12	50	45	0	0	54	0.99
13560833--13560896	27	2.4	26	89	2	101	40	4	3	51	1.38
13576074--13576122	21	2.3	21	96	0	89	46	2	18	32	1.60
13576465--13576503	18	2.2	18	86	9	53	20	0	12	66	1.24
13576504--13576537	11	3.0	11	91	4	50	70	0	0	29	0.87
13578998--13579074	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
13579014--13579053	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
13579002--13579068	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
13579037--13579076	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
13581203--13581228	12	2.2	12	100	0	52	53	7	7	30	1.57
13588619--13588729	41	2.7	40	79	9	116	29	24	17	28	1.97
13588918--13589301	30	12.9	30	91	0	594	42	19	8	28	1.81
13598644--13598736	19	5.1	19	70	12	77	31	9	12	46	1.75
13598625--13598746	54	2.3	54	95	0	217	32	9	15	41	1.80
13609876--13609905	15	2.1	14	93	6	51	66	0	26	6	1.16
13615301--13615332	13	2.5	13	100	0	64	34	6	15	43	1.72
13619765--13619811	23	2.0	23	83	0	58	59	12	6	21	1.55
13623742--13623909	90	1.9	90	81	5	205	34	16	22	27	1.95
13623857--13623970	47	2.4	47	81	5	133	35	14	23	26	1.93
13625131--13625177	17	2.8	17	72	15	53	61	0	36	2	1.08
13630783--13630824	22	1.9	22	90	0	66	30	21	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13632705--13632792	37	2.3	37	81	12	99	42	2	4	51	1.35
13632726--13632801	39	2.0	37	82	10	91	40	2	3	52	1.34
13640950--13641042	45	2.1	45	91	0	150	32	23	18	25	1.97
13641048--13641234	51	3.7	51	76	3	198	32	27	16	24	1.96
13641046--13641230	101	1.8	101	88	3	282	32	27	16	24	1.96
13641045--13641264	101	2.2	101	83	4	273	31	27	15	25	1.96
13643473--13643501	5	5.8	5	100	0	58	0	17	62	20	1.33
13643868--13644211	22	16.0	21	70	22	123	30	1	13	54	1.48
13643866--13644238	19	20.2	19	68	24	185	31	1	13	53	1.48
13643869--13644162	61	4.7	59	73	21	235	30	1	13	54	1.48
13644008--13644059	15	3.2	15	80	19	68	28	0	13	57	1.36
13643915--13644162	82	3.2	81	79	12	204	31	0	14	53	1.47
13644045--13644238	27	7.8	25	81	16	235	31	1	13	53	1.47
13644043--13644234	49	3.9	49	95	0	348	30	1	14	54	1.47
13644103--13644264	8	19.4	8	63	17	53	32	1	14	51	1.51
13644043--13644238	98	2.0	98	98	0	383	31	1	13	54	1.47
13644282--13644400	60	2.0	60	85	3	159	31	0	15	52	1.48
13644514--13644555	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
13647256--13647309	22	2.4	23	84	12	76	1	31	1	64	1.14
13648663--13648710	22	2.3	20	82	13	53	62	2	2	33	1.18
13654070--13654099	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
13654609--13655013	164	2.5	164	94	1	686	25	40	0	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13654949--13655008	30	2.0	31	83	3	77	18	40	0	41	1.50
13655116--13655162	20	2.3	20	85	7	60	21	31	0	46	1.51
13655273--13655319	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
13658628--13658712	24	3.4	24	74	18	68	69	2	25	2	1.12
13658661--13658712	24	2.2	24	90	6	81	69	1	25	3	1.16
13658700--13658741	16	2.7	16	79	17	52	80	0	7	11	0.88
13662250--13662309	30	2.0	31	83	3	77	18	40	0	41	1.50
13662424--13662463	19	2.0	21	85	9	57	22	27	0	50	1.50
13662574--13662620	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
13664922--13664952	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
13665171--13665204	17	1.9	18	88	5	52	17	2	20	58	1.51
13668532--13668585	15	3.5	15	78	9	56	68	3	18	9	1.32
13671023--13671063	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
13672413--13672450	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
13676990--13677024	16	2.1	16	89	5	52	65	2	5	25	1.28
13682818--13682846	15	1.9	15	100	0	58	24	41	6	27	1.80
13682837--13682891	6	9.7	6	76	11	53	14	49	0	36	1.44
13682842--13682894	21	2.5	21	87	0	79	15	47	0	37	1.45
13682848--13682876	15	1.9	15	100	0	58	10	48	0	41	1.37
13684663--13684709	22	2.2	23	85	11	64	80	8	2	8	0.97
13684670--13684716	21	2.3	21	75	13	53	80	12	2	4	0.94
13684706--13684761	28	2.0	28	100	0	112	46	21	14	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13685650--13687450	278	6.4	281	84	3	2121	39	8	12	39	1.73
13690942--13691010	29	2.4	28	83	9	86	31	1	0	66	1.00
13692055--13692360	43	7.2	43	85	0	357	26	28	18	26	1.98
13692609--13692694	43	2.0	43	86	0	118	45	10	10	33	1.73
13696299--13696365	25	2.5	26	81	16	66	32	1	4	61	1.25
13696347--13696395	25	2.0	24	88	7	73	26	4	4	65	1.29
13696345--13696432	25	3.6	25	71	20	69	31	6	2	59	1.36
13696347--13696391	23	2.0	22	83	8	56	28	4	4	62	1.34
13696380--13696422	16	2.6	17	75	10	54	27	9	0	62	1.25
13696854--13696888	4	8.8	4	87	12	54	25	0	0	74	0.82
13696847--13696887	15	2.7	15	92	7	66	26	0	0	73	0.84
13699156--13699213	14	4.1	14	76	8	55	39	32	0	27	1.57
13699160--13699220	29	2.1	29	81	6	70	37	34	0	27	1.57
13699704--13699893	41	4.6	41	88	1	247	31	26	22	20	1.98
13699960--13700057	40	2.5	40	81	1	108	25	14	18	41	1.88
13701185--13701263	29	2.7	30	74	7	81	32	17	7	41	1.78
13701303--13701398	46	2.1	46	84	0	120	43	19	2	34	1.63
13701349--13701490	65	2.2	65	87	0	194	48	21	0	28	1.55
13703919--13703943	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
13707223--13707281	19	3.2	18	77	20	59	59	3	0	37	1.14
13707233--13707291	9	6.2	9	77	16	57	57	5	0	37	1.21
13707236--13707292	10	6.0	10	76	13	50	57	5	0	36	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13707495--13707576	43	1.9	43	94	0	146	31	23	8	36	1.85
13713556--13713599	17	2.5	18	81	3	54	72	4	18	4	1.19
13713579--13713619	20	2.1	19	86	4	55	75	4	17	2	1.08
13714586--13714617	5	6.8	5	92	7	50	59	0	0	40	0.97
13715739--13715770	9	3.7	9	91	8	57	59	0	0	40	0.97
13719492--13719526	17	2.1	17	94	0	61	37	0	17	45	1.48
13720465--13720514	24	2.1	24	100	0	100	36	8	16	40	1.77
13723000--13723090	41	2.2	41	98	0	173	48	15	12	24	1.79
13724382--13724467	44	2.0	44	85	0	118	37	10	25	26	1.88
13728130--13728174	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
13728835--13728871	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
13735948--13735988	15	2.6	15	88	7	55	80	0	17	2	0.82
13741299--13741351	24	2.2	24	79	0	61	26	33	20	18	1.96
13744800--13744924	57	2.2	57	90	7	191	47	6	19	27	1.73
13748599--13748627	15	1.9	15	100	0	58	34	3	6	55	1.44
13752298--13752330	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
13752761--13753128	53	7.0	53	83	1	346	34	12	25	27	1.92
13752761--13753114	106	3.4	104	83	3	397	33	12	26	27	1.92
13752756--13753128	159	2.4	159	80	1	410	34	12	25	27	1.91
13753241--13753330	29	3.1	29	68	15	78	41	15	21	22	1.90
13753246--13753410	57	2.9	57	84	0	204	33	15	24	25	1.95
13753251--13753344	29	3.3	29	68	14	86	34	15	23	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13768731--13768759	12	2.3	13	94	5	51	75	6	0	17	1.01
13780451--13780538	24	3.6	26	77	17	75	11	18	25	45	1.82
13780508--13780578	25	2.9	25	73	10	74	18	19	21	40	1.91
13785885--13785949	20	3.2	21	79	14	66	63	0	1	35	1.04
13788137--13788162	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
13788320--13788454	31	4.4	31	67	17	84	44	10	18	26	1.82
13788320--13788488	91	1.9	90	81	3	205	47	9	17	25	1.77
13792245--13792306	21	3.0	21	79	9	72	27	16	25	30	1.96
13792469--13792560	41	2.3	39	81	9	105	32	7	27	32	1.85
13793384--13793445	15	4.1	15	79	8	63	22	6	25	45	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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