genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5821896--5821930	14	2.5	14	90	0	61	60	5	17	17	1.55
5821827--5822003	89	2.0	88	87	4	257	36	19	18	25	1.94
5821735--5822386	164	4.1	161	85	9	847	35	21	16	26	1.94
5821916--5822217	73	4.1	73	93	1	473	33	22	17	27	1.96
5821910--5822380	146	3.1	146	82	10	561	33	21	16	27	1.95
5822203--5822236	14	2.5	14	90	4	52	64	8	8	17	1.47
5821789--5822380	306	1.9	309	90	3	942	33	21	16	27	1.95
5830608--5830646	14	2.6	15	88	8	53	64	5	0	30	1.15
5830608--5830646	8	5.3	7	90	3	51	64	5	0	30	1.15
5830768--5830823	20	2.8	21	73	13	64	55	5	7	32	1.50
5830802--5830866	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
5830855--5830920	34	2.0	33	84	3	87	57	3	4	34	1.34
5830882--5831017	48	2.9	47	78	13	140	56	2	3	37	1.29
5830897--5831017	22	5.3	21	70	21	68	57	2	4	36	1.31
5831511--5831713	30	6.8	29	89	2	298	20	3	48	26	1.67
5831511--5831713	59	3.4	59	95	2	345	20	3	48	26	1.67
5831511--5831713	89	2.3	88	92	2	325	20	3	48	26	1.67
5832062--5832185	61	2.0	61	96	0	230	26	22	23	27	2.00
5836572--5836616	22	2.1	21	83	4	54	62	2	4	31	1.27
5836655--5836735	26	2.9	26	80	12	74	45	1	13	39	1.52
5836818--5836864	3	15.3	3	95	4	85	65	0	2	31	1.04
5838128--5838193	19	3.6	19	76	19	86	37	0	10	51	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5838147--5838209	16	3.8	16	76	19	74	34	0	11	53	1.36
5838127--5838214	35	2.5	35	100	0	176	37	0	12	50	1.41
5838264--5838354	22	4.1	22	88	4	121	23	2	29	45	1.65
5838371--5838410	7	5.9	7	83	16	57	52	0	0	47	1.00
5838368--5838410	12	3.3	12	78	15	50	53	0	0	46	1.00
5838422--5838490	21	3.3	21	92	6	113	21	1	36	40	1.63
5838476--5838514	14	2.8	13	81	11	51	28	0	28	43	1.55
5838580--5838649	21	3.3	21	86	6	97	25	1	31	41	1.64
5838282--5839327	281	3.6	300	87	7	1389	33	1	20	45	1.61
5838727--5838803	22	3.6	21	87	6	111	23	1	32	42	1.62
5838749--5840337	134	12.5	123	73	17	590	33	1	18	46	1.59
5838869--5838942	21	3.4	21	87	7	69	27	0	25	47	1.52
5838749--5839327	126	4.2	134	81	14	698	33	1	18	46	1.59
5838883--5838947	21	3.0	21	95	2	112	24	0	32	43	1.55
5839008--5839074	21	3.2	21	91	4	100	26	2	32	37	1.72
5839017--5839084	22	3.1	21	91	2	100	25	2	27	44	1.68
5838283--5839210	155	6.3	148	83	11	1049	33	1	20	44	1.61
5839166--5839218	22	2.4	22	93	0	88	22	1	30	45	1.63
5839126--5839788	112	5.8	108	72	19	412	34	1	17	46	1.59
5839296--5839348	14	3.7	14	71	14	54	24	0	28	47	1.52
5839435--5839784	113	3.2	109	74	17	366	33	2	18	46	1.60
5839635--5839688	22	2.5	22	93	0	90	22	1	29	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5839705--5839756	26	2.0	26	88	7	79	50	0	0	50	1.00
5839757--5839822	21	3.2	21	93	4	116	24	0	33	42	1.55
5839802--5839847	14	3.2	14	79	14	58	26	0	32	41	1.56
5839793--5839847	28	1.9	29	92	3	94	25	0	32	41	1.56
5839766--5839822	20	2.8	20	97	2	105	24	0	31	43	1.54
5839633--5839931	152	2.0	145	88	7	440	31	1	21	45	1.58
5839798--5840034	110	2.1	111	92	0	386	33	1	17	47	1.56
5839967--5840018	26	2.0	26	88	7	79	50	0	0	50	1.00
5840018--5840072	21	2.6	21	91	2	83	23	3	32	40	1.72
5839909--5840462	131	4.3	131	84	5	694	31	1	20	46	1.62
5840152--5840206	22	2.5	22	87	0	83	21	1	27	49	1.60
5839939--5840463	125	4.1	124	84	7	631	31	1	19	47	1.61
5840261--5840350	22	4.1	21	87	5	83	26	0	27	45	1.54
5840275--5840350	21	3.5	21	89	5	116	23	0	32	43	1.54
5840261--5840350	43	2.1	44	81	10	105	26	0	27	45	1.54
5840409--5840463	21	2.5	22	91	2	85	21	1	30	45	1.62
5840640--5841875	621	2.0	620	93	0	2089	22	22	28	26	1.99
5842244--5842268	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
5843475--5843534	22	2.7	22	78	21	63	48	1	30	20	1.59
5843491--5843521	11	2.8	11	95	0	53	48	3	29	19	1.64
5857123--5857163	18	2.3	18	91	0	64	39	21	21	17	1.93
5858024--5858056	13	2.6	13	90	4	50	60	0	6	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5858167--5858220	22	2.5	22	81	0	63	62	14	9	12	1.53
5866304--5866436	63	2.1	64	80	6	155	23	28	27	21	1.99
5869528--5869555	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
5870296--5870335	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
5877798--5877827	7	4.3	7	91	0	51	0	16	0	83	0.65
5881520--5881587	33	2.0	35	88	8	104	26	10	22	41	1.85
5882390--5882435	6	6.7	7	85	14	53	26	2	10	60	1.41
5882398--5882441	12	3.4	13	84	9	54	25	0	9	65	1.21
5882398--5882441	20	2.2	20	84	11	56	25	0	9	65	1.21
5883186--5883219	16	2.1	16	88	0	50	61	8	0	29	1.26
5884223--5884256	13	2.6	13	85	0	50	79	0	20	0	0.73
5888555--5888641	44	2.0	43	86	2	120	33	27	19	19	1.96
5890961--5891005	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
5891234--5891284	18	2.7	19	71	14	52	33	11	5	49	1.64
5891471--5891523	21	2.4	20	82	17	61	26	13	5	54	1.60
5891471--5891522	22	2.3	21	84	15	61	25	13	5	55	1.60
5891549--5891979	111	3.9	110	86	2	553	31	15	18	34	1.93
5906940--5907090	76	2.0	76	88	0	221	21	34	13	29	1.93
5908775--5908799	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
5909295--5909336	21	2.0	22	90	4	68	54	0	0	45	0.99
5909324--5909357	17	2.0	17	100	0	68	23	0	0	76	0.79
5918625--5918668	14	3.3	14	78	12	56	59	15	0	25	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5924005--5924030	10	2.6	10	100	0	52	69	0	0	30	0.89
5923966--5924047	31	2.6	30	86	9	110	62	0	1	36	1.03
5924273--5924388	50	2.3	49	80	1	124	31	22	18	28	1.97
5924575--5924980	200	2.0	200	91	0	659	25	18	12	43	1.85
5925067--5925157	47	1.9	47	90	0	146	31	17	20	29	1.96
5925631--5925783	49	3.1	48	77	4	126	24	24	16	33	1.95
5925655--5925823	51	3.3	50	76	4	160	25	22	17	34	1.95
5925114--5933762	593	14.6	589	87	3	12022	31	17	14	36	1.90
5928361--5928386	6	4.3	6	100	0	52	46	19	15	19	1.85
5930351--5930459	47	2.3	49	81	7	118	26	21	13	38	1.91
5930448--5930545	53	1.9	51	81	10	119	28	20	17	33	1.95
5932489--5932520	6	5.3	6	100	0	64	46	18	15	18	1.84
5933402--5933525	51	2.4	51	82	6	144	30	19	20	29	1.97
5933392--5934132	370	2.0	372	90	1	1184	31	14	17	36	1.90
5933762--5939054	597	9.0	586	83	6	6033	31	17	14	36	1.90
5933762--5937346	596	6.1	592	84	5	4204	31	17	14	36	1.89
5937591--5937616	6	4.3	6	100	0	52	46	19	15	19	1.85
5939016--5941168	585	3.7	585	88	3	3146	30	17	15	36	1.91
5940748--5940921	48	3.5	48	76	8	170	25	21	16	36	1.94
5942698--5942829	30	4.5	30	80	4	144	36	20	3	40	1.68
5942698--5942829	59	2.2	59	82	6	160	36	20	3	40	1.68
5943561--5943590	11	2.7	11	94	0	51	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5946943--5947004	17	3.5	17	73	6	52	38	12	9	38	1.77
5946954--5946999	17	2.6	18	80	16	60	32	15	8	43	1.77
5947058--5947263	17	11.3	18	68	15	75	33	10	11	44	1.75
5947035--5947265	36	6.3	36	72	11	184	33	10	11	44	1.75
5947058--5947101	21	2.1	21	86	0	61	43	9	9	38	1.68
5947036--5947228	73	2.6	73	78	4	210	34	11	10	43	1.77
5947040--5947267	110	2.1	111	89	2	343	35	10	11	42	1.76
5947334--5947411	17	4.8	16	69	19	54	30	10	12	46	1.75
5947303--5947389	35	2.4	35	85	9	113	33	12	10	43	1.77
5947326--5947509	90	2.0	93	86	6	259	36	12	9	41	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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