genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5241738--5241924	93	2.0	93	100	0	374	33	13	22	30	1.93
5242648--5242681	15	2.3	15	100	0	68	23	11	0	64	1.26
5248855--5248921	6	10.7	6	78	9	53	44	0	50	4	1.22
5248867--5248936	33	2.1	33	81	5	79	44	0	51	4	1.21
5261534--5261602	34	2.0	34	100	0	138	31	2	17	47	1.62
5262616--5262653	16	2.4	16	90	0	58	23	2	7	65	1.32
5264791--5264843	26	2.0	26	82	7	63	69	0	13	16	1.18
5265323--5265430	57	1.9	57	94	0	189	25	6	25	42	1.79
5271371--5271438	33	2.1	33	91	0	109	27	5	44	22	1.76
5271381--5271435	16	3.4	16	75	5	56	27	5	41	25	1.77
5277693--5277756	29	2.2	29	94	2	112	31	14	20	34	1.92
5277702--5277763	29	2.1	29	87	0	88	32	14	19	33	1.92
5285935--5286167	21	11.1	21	67	8	71	48	18	18	14	1.80
5285930--5286172	42	5.8	42	85	1	301	48	17	19	14	1.81
5295315--5295523	37	5.6	37	75	17	177	30	21	22	26	1.98
5295338--5295523	74	2.5	76	79	11	213	30	20	21	26	1.98
5296085--5296122	13	2.9	13	84	11	51	28	0	31	39	1.57
5296030--5296202	79	2.1	81	82	7	210	32	1	23	42	1.61
5310085--5310152	33	2.1	33	91	0	109	27	5	44	22	1.76
5310095--5310149	16	3.4	16	75	5	56	27	5	41	25	1.77
5316402--5316465	29	2.2	29	94	2	112	31	14	20	34	1.92
5316411--5316472	29	2.1	29	87	0	88	32	14	19	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5324604--5324831	41	5.6	41	78	6	223	50	17	18	14	1.79
5324720--5324785	20	3.2	20	70	10	62	54	18	15	12	1.71
5324617--5324831	81	2.7	81	84	5	240	50	17	18	14	1.79
5334038--5334269	41	5.7	41	83	4	297	29	19	22	28	1.98
5334589--5334622	14	2.4	15	85	14	54	29	0	20	50	1.49
5334598--5334634	14	2.6	14	91	0	56	24	0	27	48	1.51
5334857--5334894	13	2.9	13	84	11	51	28	0	31	39	1.57
5334800--5334975	81	2.1	83	84	4	232	32	1	23	42	1.62
5336903--5336928	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
5337955--5338045	41	2.2	41	90	0	137	29	23	18	28	1.98
5345475--5345576	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
5345475--5345591	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
5347154--5347178	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
5347673--5347742	36	1.9	36	88	0	104	28	4	31	35	1.77
5349310--5349399	47	1.9	47	84	8	121	21	12	28	37	1.89
5349422--5349653	43	5.6	41	78	11	181	23	16	32	27	1.96
5349372--5349653	86	3.4	86	78	7	222	23	16	32	28	1.96
5349524--5349594	36	2.0	36	94	0	124	15	19	36	28	1.92
5349481--5349633	79	1.9	79	87	0	225	20	17	34	27	1.95
5354660--5354705	16	2.6	19	80	20	71	32	10	26	30	1.90
5362590--5362620	6	5.2	6	100	0	62	35	16	16	32	1.91
5363371--5363447	37	2.1	37	92	0	127	25	14	28	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5364796--5364930	71	1.9	70	84	4	182	19	40	24	15	1.90
5370257--5370318	11	5.7	11	77	11	74	51	1	1	45	1.20
5371602--5371640	6	6.5	6	84	0	51	76	0	5	17	0.96
5377166--5377226	19	3.1	19	71	17	52	62	6	1	29	1.30
5380242--5380290	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
5380582--5380688	50	2.1	50	80	0	124	21	29	23	25	1.99
5380723--5380794	36	2.0	36	94	0	126	20	23	18	37	1.94
5384930--5384970	18	2.4	17	84	8	55	14	31	39	14	1.87
5399554--5399660	40	2.7	40	73	7	99	14	28	18	39	1.89
5407687--5407746	18	3.3	18	68	9	50	43	1	6	48	1.39
5407679--5407755	36	2.1	36	95	0	136	49	1	6	42	1.36
5408109--5408174	28	2.4	28	92	5	107	30	21	7	40	1.81
5408869--5408905	13	2.5	15	83	16	51	24	5	5	64	1.36
5410653--5410687	17	2.0	18	94	5	63	14	40	28	17	1.88
5418231--5418265	18	1.9	18	88	0	52	11	40	31	17	1.85
5420036--5420078	20	2.1	21	91	4	70	37	2	0	60	1.10
5420098--5420186	29	3.1	29	77	3	81	44	4	8	41	1.56
5441560--5442518	88	10.9	87	66	15	310	29	20	25	24	1.99
5441508--5442645	132	8.6	132	96	0	1981	29	19	25	24	1.99
5445231--5445400	41	4.1	41	98	0	313	21	28	20	30	1.98
5447451--5447642	98	2.0	98	93	0	330	27	10	24	36	1.89
5451096--5451318	40	5.6	39	81	5	198	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5451250--5451327	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
5453647--5453751	27	3.9	27	86	2	140	43	21	16	18	1.87
5453640--5453751	54	2.1	54	89	3	172	42	22	16	17	1.88
5454853--5454895	19	2.3	19	95	0	77	18	48	11	20	1.79
5468042--5468424	201	2.0	190	82	8	457	33	17	13	34	1.90
5470914--5470972	24	2.5	24	78	13	61	45	1	0	52	1.10
5470908--5470976	22	3.1	23	73	10	72	44	1	0	53	1.09
5473009--5473066	28	2.2	26	81	9	73	20	0	15	63	1.30
5479032--5479171	74	1.9	74	89	5	221	35	20	6	37	1.78
5481286--5481314	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
5487659--5487795	44	3.2	43	65	16	111	27	22	24	25	2.00
5487612--5488321	86	8.2	87	91	2	989	30	22	22	24	1.99
5487612--5488335	172	4.2	172	91	1	1123	29	22	23	24	1.99
5487763--5488151	44	9.0	44	61	16	152	29	21	23	24	1.99
5487640--5488114	42	11.1	42	62	16	123	30	22	23	23	1.99
5487612--5488335	258	2.8	258	90	2	1145	29	22	23	24	1.99
5488352--5488595	87	2.8	87	80	3	274	29	19	25	25	1.98
5488392--5488548	44	3.6	44	94	1	280	27	20	27	24	1.99
5488314--5488598	44	6.5	44	83	2	261	30	18	25	24	1.98
5488586--5488685	44	2.3	44	85	3	130	28	18	26	28	1.98
5490141--5490166	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
5493031--5493065	18	1.9	18	94	0	61	54	11	25	8	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5511456--5511528	31	2.4	31	79	4	87	32	10	5	50	1.60
5511772--5511797	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
5514906--5514971	20	3.3	20	72	4	71	54	9	16	19	1.68
5514895--5514976	39	2.1	39	95	0	146	53	7	18	20	1.68
5515426--5516099	332	2.0	335	95	2	1228	24	20	16	39	1.92
5516182--5516235	20	2.7	20	79	0	72	40	7	0	51	1.30
5516122--5516332	102	2.1	102	88	1	309	34	8	4	53	1.52
5521250--5521278	14	2.0	15	93	6	51	82	6	10	0	0.83
5522627--5523302	132	5.1	132	89	1	1005	28	18	23	30	1.97
5523266--5523410	44	3.3	44	90	3	229	26	15	27	31	1.96
5524005--5524070	20	3.3	20	72	4	71	54	9	16	19	1.68
5523994--5524075	39	2.1	39	97	0	155	52	7	19	20	1.70
5523993--5524051	19	3.1	19	70	4	64	54	6	20	18	1.66
5524247--5524276	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
5524249--5524281	17	1.9	17	93	0	57	24	0	0	75	0.80
5524964--5525012	20	2.5	20	79	0	62	40	8	0	51	1.32
5524901--5525109	100	2.1	99	87	3	294	33	8	4	52	1.53
5526882--5528858	989	2.0	989	99	0	3936	39	16	16	26	1.90
5530071--5530123	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
5547411--5547454	1	44.0	1	81	0	52	90	0	9	0	0.44
5547411--5547454	11	4.1	11	97	2	81	90	0	9	0	0.44
5548457--5548617	50	3.2	50	68	8	130	27	21	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5548425--5548876	99	4.5	98	81	5	496	30	21	21	25	1.98
5548712--5548876	50	3.3	50	73	0	168	31	23	18	26	1.97
5548957--5549655	87	8.3	83	68	14	274	31	21	21	25	1.98
5548903--5549658	127	6.0	127	89	0	1188	32	21	20	25	1.98
5550015--5550055	19	2.2	19	91	8	66	58	36	0	4	1.20
5551299--5551342	21	2.2	21	88	11	67	43	18	0	38	1.50
5551867--5552195	106	3.1	106	80	3	360	31	17	17	33	1.94
5555360--5555413	27	2.0	28	85	10	76	64	14	12	7	1.47
5561621--5561735	56	2.1	56	98	0	221	38	11	13	36	1.81
5562222--5562372	49	3.2	49	73	11	177	27	26	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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