genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  65  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18059141--18059222	38	2.2	38	88	0	119	21	12	8	57	1.61
18059326--18059351	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
18062471--18062692	43	5.2	42	82	3	230	24	18	26	30	1.98
18062485--18062692	86	2.4	86	86	1	292	25	18	25	30	1.98
18066883--18066933	27	2.0	26	84	7	68	50	7	5	35	1.55
18066894--18067008	27	4.5	27	71	14	91	50	7	6	35	1.56
18066894--18067009	13	9.1	13	75	10	105	50	7	6	35	1.56
18066901--18067009	40	2.9	38	85	8	152	49	8	5	36	1.56
18066901--18067011	35	3.0	37	86	6	154	49	9	5	36	1.57
18067979--18068018	18	2.2	18	100	0	80	57	5	15	22	1.57
18078912--18078954	23	2.0	22	90	9	70	67	4	6	20	1.33
18081535--18081867	42	7.9	42	78	8	322	32	20	20	26	1.97
18081541--18081915	85	4.4	85	84	6	483	30	20	20	27	1.98
18081539--18081913	169	2.2	168	84	5	495	31	20	20	27	1.98
18081541--18081931	42	9.2	43	76	12	177	30	21	20	27	1.98
18082364--18082431	21	3.2	21	91	0	109	4	44	17	33	1.69
18087993--18088032	16	2.5	16	88	8	55	30	0	17	52	1.45
18088012--18088082	25	2.8	25	78	16	76	32	2	21	43	1.67
18087983--18088105	41	3.0	41	83	7	133	30	2	19	47	1.63
18088049--18088114	25	2.6	25	90	4	98	27	3	19	50	1.63
18088037--18088127	16	5.6	16	76	14	71	29	2	21	46	1.64
18088049--18088127	25	3.2	25	87	0	86	29	2	20	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18088117--18088167	20	2.5	20	87	0	75	33	3	11	50	1.57
18088156--18088232	40	1.9	40	97	0	145	28	5	19	46	1.71
18088381--18088466	33	2.6	34	80	9	97	53	2	1	43	1.21
18088422--18088465	22	2.1	23	80	20	60	56	2	0	40	1.11
18089376--18089430	30	1.9	29	82	10	69	58	9	3	29	1.46
18091226--18091287	15	4.3	15	70	15	58	41	38	0	19	1.51
18091451--18091502	7	7.4	7	85	8	70	28	46	1	23	1.63
18091448--18091499	15	3.6	15	84	10	72	32	42	1	23	1.65
18091448--18091515	28	2.4	28	85	4	84	32	44	1	22	1.62
18091448--18091515	15	4.8	15	80	12	54	32	44	1	22	1.62
18092187--18092473	114	2.5	113	79	6	310	31	23	17	27	1.97
18092916--18092987	29	2.4	30	84	6	85	50	1	4	44	1.30
18096292--18096367	40	1.9	40	83	5	100	28	23	30	17	1.97
18096447--18096807	41	8.8	41	80	4	318	16	25	24	34	1.96
18097141--18097204	24	2.7	23	77	15	67	43	3	3	50	1.33
18097286--18097323	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
18097589--18097615	14	1.9	14	100	0	54	37	3	14	44	1.63
18098656--18098725	14	4.9	14	71	10	52	20	1	41	37	1.61
18098654--18098712	30	2.0	30	86	0	82	23	1	40	33	1.65
18098634--18098705	37	1.9	38	86	8	103	25	1	37	36	1.65
18098875--18098944	35	2.0	36	86	8	99	55	7	0	37	1.27
18101778--18102307	31	17.4	31	84	7	574	48	10	2	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18101778--18102415	62	10.6	61	80	10	651	47	10	2	39	1.52
18101873--18101926	22	2.3	22	87	9	72	46	11	1	40	1.50
18101888--18101933	22	2.1	22	95	0	83	47	10	0	41	1.38
18102101--18102145	22	2.0	22	95	0	81	46	11	0	42	1.39
18101778--18102360	212	2.7	211	96	1	1051	47	10	2	38	1.53
18102297--18102375	25	3.3	25	89	5	119	44	10	2	43	1.51
18102312--18102382	22	3.1	22	88	8	97	45	9	1	43	1.46
18102347--18102415	34	2.1	31	86	7	70	44	13	1	40	1.52
18102403--18102505	9	12.3	9	68	19	62	43	16	0	38	1.55
18102257--18102433	81	2.2	82	84	7	252	45	12	2	39	1.54
18102360--18102435	34	2.2	33	81	9	82	43	13	1	42	1.52
18102415--18102500	34	2.6	34	81	3	95	45	13	1	39	1.52
18102473--18102505	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
18107932--18108098	66	2.5	65	84	4	219	42	19	24	13	1.87
18108074--18108186	21	5.4	21	86	0	100	37	15	41	5	1.70
18108542--18108728	43	4.4	42	78	9	175	28	18	27	25	1.98
18108523--18108746	43	5.2	43	77	8	172	25	18	28	27	1.98
18109731--18109764	17	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
18109942--18109984	19	2.2	20	84	12	54	53	0	4	41	1.21
18114520--18114574	22	2.4	23	84	6	76	65	12	1	20	1.35
18114509--18114568	28	2.1	28	81	0	66	70	11	1	16	1.25
18116302--18116356	22	2.4	23	84	6	76	65	12	1	20	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18116291--18116350	28	2.1	28	81	0	66	70	11	1	16	1.25
18121056--18121082	5	5.4	5	100	0	54	0	59	40	0	0.98
18121275--18121311	19	1.9	19	94	0	65	35	0	0	64	0.94
18121276--18121318	20	2.2	19	87	4	59	34	0	2	62	1.08
18130282--18130314	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
18133687--18133760	6	12.8	6	68	23	52	51	1	0	47	1.09
18133697--18133751	10	5.7	10	72	23	55	50	1	0	47	1.11
18133686--18133744	14	4.2	14	68	23	52	49	1	0	49	1.11
18145039--18145071	17	1.9	17	88	11	50	3	18	0	78	0.87
18148690--18148934	124	2.0	123	90	1	391	30	15	22	31	1.95
18148935--18150002	23	44.1	23	80	12	1144	28	0	22	48	1.52
18148938--18150002	149	7.3	147	88	5	1173	28	0	22	48	1.52
18151844--18151877	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
18152073--18152114	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
18152086--18152144	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
18152116--18152193	22	3.6	21	83	14	104	38	0	29	32	1.58
18152064--18152166	52	2.0	51	83	9	129	34	0	32	33	1.58
18154535--18154971	47	9.1	47	87	6	599	31	9	30	28	1.88
18154598--18154960	198	1.8	199	93	0	629	31	8	31	28	1.87
18155090--18155168	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18157020--18157122	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
18157104--18157177	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18157551--18157707	40	3.9	40	84	3	199	23	23	28	24	2.00
18161036--18161507	47	10.1	47	92	4	749	31	9	30	28	1.89
18161036--18161507	95	5.0	93	92	5	738	31	9	30	28	1.89
18161624--18161702	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18163551--18163653	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
18163635--18163708	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
18164085--18164240	40	3.9	40	84	4	190	23	23	28	25	2.00
18167698--18168177	47	10.1	47	94	1	762	31	9	30	28	1.89
18167701--18168177	143	3.3	141	92	2	774	31	9	30	28	1.89
18167698--18168177	190	2.5	191	95	0	836	31	9	30	28	1.89
18168296--18168374	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18171273--18171306	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
18171404--18171457	26	2.0	27	92	3	92	57	1	0	40	1.09
18171499--18171540	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
18171512--18171570	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
18171490--18171589	52	1.9	51	86	6	139	37	0	30	33	1.58
18171542--18171589	22	2.2	22	92	7	80	41	0	29	29	1.56
18172851--18172884	15	2.4	14	90	5	50	67	5	0	26	1.13
18172983--18173034	27	1.9	28	84	7	72	59	1	1	36	1.19
18173078--18173119	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
18173091--18173149	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
18173069--18173171	52	2.0	51	85	9	138	34	0	33	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18173121--18173212	22	4.2	22	90	0	148	41	0	28	30	1.56
18174747--18174780	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
18174998--18175077	30	2.7	29	94	5	142	35	0	33	31	1.58
18175050--18175118	22	3.2	21	91	6	111	39	0	28	31	1.57
18185380--18185467	25	3.4	25	74	6	68	3	25	2	69	1.16
18185389--18185461	21	3.3	21	77	17	76	4	23	2	69	1.18
18185482--18185506	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
18185488--18185570	40	2.1	40	86	4	116	43	3	2	50	1.32
18187347--18187414	21	3.2	21	89	0	100	27	39	14	17	1.89
18193520--18193564	20	2.2	20	84	7	56	64	4	0	31	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230