genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62641146--62641237	25	3.5	25	82	15	98	64	1	1	33	1.08
62645077--62645114	7	5.4	7	100	0	76	71	0	0	28	0.87
62645989--62646053	33	2.0	33	85	11	89	38	4	18	38	1.72
62646000--62646132	55	2.5	55	85	4	182	33	6	16	43	1.72
62646715--62646753	9	4.0	9	90	6	51	30	0	2	66	1.05
62651375--62651400	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62653232--62653396	90	1.8	90	85	2	233	44	15	13	26	1.83
62653661--62653694	16	2.0	18	88	11	54	70	2	14	11	1.27
62654400--62654433	18	2.0	17	88	11	52	58	0	5	35	1.22
62654658--62654699	21	2.0	21	86	4	59	50	4	2	42	1.36
62655474--62655620	68	2.2	68	85	4	199	29	20	19	29	1.97
62658676--62658725	25	2.0	25	92	0	82	42	18	18	22	1.90
62661431--62661480	11	4.5	11	82	5	55	34	0	2	64	1.05
62663455--62663527	25	2.9	25	77	0	74	30	16	28	24	1.96
62663651--62663710	26	2.3	26	82	0	75	36	20	23	20	1.95
62663511--62663725	24	8.6	27	71	11	124	34	19	24	20	1.96
62664448--62664472	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
62665727--62665945	110	2.0	109	92	5	363	48	11	17	22	1.79
62680882--62681723	420	2.0	420	99	0	1666	39	16	16	27	1.91
62689803--62689847	23	2.0	23	95	0	81	46	4	13	35	1.63
62694831--62694895	32	2.1	31	85	2	85	61	0	0	38	0.96
62694852--62694902	24	2.1	24	85	0	66	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62695304--62695346	19	2.3	19	84	8	52	32	4	2	60	1.30
62698134--62698169	17	2.0	19	89	10	58	36	0	0	63	0.94
62698140--62698177	17	2.3	17	81	4	51	42	0	0	57	0.98
62698193--62698225	13	2.4	14	90	5	50	42	0	0	57	0.98
62698642--62698700	30	2.0	30	86	3	84	40	15	11	32	1.83
62698719--62698771	27	2.0	27	88	3	81	24	0	3	71	1.02
62699342--62699448	56	1.9	55	90	1	169	39	12	10	38	1.77
62702898--62702927	10	3.0	10	95	0	51	36	0	13	50	1.42
62704183--62704240	10	5.9	10	76	17	59	56	1	1	39	1.19
62714207--62714272	20	3.3	20	71	10	55	66	6	4	22	1.32
62715104--62715136	16	2.1	16	94	0	57	33	0	6	60	1.21
62719889--62720163	138	2.0	138	95	0	496	28	18	20	33	1.96
62727782--62727813	16	2.0	16	93	0	55	25	9	6	59	1.52
62732334--62732368	16	2.2	16	90	10	54	20	2	22	54	1.58
62733509--62733558	26	1.9	26	83	0	64	62	4	0	34	1.14
62733502--62733614	10	11.8	10	68	16	53	63	3	2	30	1.25
62733997--62734042	20	2.4	19	81	3	56	60	0	4	34	1.16
62736765--62736885	3	40.0	3	82	8	147	33	4	0	61	1.15
62736848--62736892	21	2.1	21	88	8	65	37	4	0	57	1.19
62737441--62737495	24	2.2	24	84	9	67	20	9	3	67	1.34
62737534--62737755	109	2.0	110	86	2	313	31	16	17	34	1.92
62743674--62743949	139	2.0	139	94	0	491	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62745529--62745555	5	5.4	5	100	0	54	40	18	18	22	1.91
62746283--62746308	7	3.7	7	100	0	52	15	0	69	15	1.20
62746309--62746368	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
62746472--62746528	29	1.9	30	92	3	98	40	0	40	19	1.51
62747033--62747169	63	2.2	64	84	2	188	24	28	26	21	1.99
62751368--62751460	18	5.2	18	90	0	150	26	23	17	32	1.96
62751368--62751460	36	2.6	36	96	0	168	26	23	17	32	1.96
62770172--62770204	16	2.0	17	88	5	50	57	3	0	39	1.14
62770275--62770361	33	2.7	31	81	13	95	59	6	4	28	1.43
62771652--62771706	27	2.0	27	100	0	110	34	18	10	36	1.86
62774151--62774309	81	2.0	82	94	1	284	31	21	16	30	1.96
62785858--62785882	6	4.2	6	100	0	50	52	0	16	32	1.44
62795164--62795192	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
62799018--62799458	147	3.0	147	84	1	544	34	14	26	25	1.94
62801043--62801089	15	3.1	15	81	0	58	46	2	8	42	1.46
62801044--62801110	30	2.2	30	82	12	75	47	1	13	37	1.52
62801503--62801588	30	2.9	30	89	0	145	43	19	2	34	1.64
62804275--62804362	30	2.9	30	93	0	158	43	21	3	31	1.69
62807774--62807838	16	4.1	16	69	13	53	30	23	4	41	1.74
62811283--62811324	20	2.1	20	95	0	75	45	4	16	33	1.69
62818089--62818131	21	2.0	22	82	13	54	58	0	0	41	0.98
62818372--62818421	25	2.0	25	100	0	100	36	8	8	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62821595--62821635	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
62845803--62845861	29	2.0	30	90	3	93	28	6	15	49	1.70
62845807--62845870	29	2.2	29	83	8	76	31	9	12	46	1.73
62845931--62845994	29	2.2	28	81	8	74	50	7	3	39	1.47
62858399--62858447	24	2.1	23	81	11	55	51	2	0	46	1.12
62860901--62860994	48	2.0	48	80	4	109	21	22	18	38	1.93
62867301--62867327	4	6.8	4	100	0	54	51	25	22	0	1.48
62870993--62871046	23	2.5	22	79	11	58	55	7	0	37	1.28
62871004--62871047	23	1.9	23	86	9	63	54	6	0	38	1.27
62888906--62888945	20	2.0	20	95	0	71	32	10	12	45	1.75
62888892--62888955	34	1.9	32	84	12	85	37	7	12	42	1.72
62889051--62889089	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
62890253--62890302	26	2.0	24	85	14	66	52	6	8	34	1.55
62895566--62895629	16	3.8	17	69	17	53	60	0	0	39	0.97
62898532--62898565	6	5.7	6	89	0	50	11	11	5	70	1.32
62898532--62898566	18	1.9	18	94	0	61	11	11	8	68	1.39
62910888--62910944	25	2.3	25	87	0	78	17	15	17	49	1.81
62911390--62911443	24	2.1	25	83	16	67	53	0	1	44	1.11
62911405--62911458	23	2.3	24	84	6	67	50	0	1	48	1.11
62911589--62911618	11	2.7	11	94	0	51	36	0	3	60	1.14
62911631--62911678	13	3.5	13	85	5	60	77	0	18	4	0.93
62911629--62911673	22	2.0	22	87	8	65	75	0	17	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62912376--62912417	3	14.0	3	94	0	75	33	0	2	64	1.07
62912779--62912874	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
62914812--62914858	24	2.0	24	86	0	67	38	14	25	21	1.92
62915416--62915455	21	1.9	21	90	10	64	45	12	0	42	1.42
62915425--62915466	21	2.0	21	85	0	57	40	19	2	38	1.64
62918967--62919057	43	2.1	44	95	2	166	50	14	10	24	1.74
62920460--62920505	22	2.0	24	83	8	60	60	2	4	32	1.28
62920499--62920535	19	1.9	19	88	0	56	51	0	8	40	1.32
62921192--62921237	19	2.4	19	82	7	58	58	0	6	34	1.24
62921207--62921264	19	3.1	18	75	18	55	60	1	1	36	1.17
62941658--62941699	6	7.0	6	100	0	84	33	0	0	66	0.92
62944006--62944420	106	3.9	104	80	7	412	26	21	17	34	1.95
62950241--62950293	25	2.1	25	82	6	63	52	5	1	39	1.36
62951994--62952054	31	2.0	31	90	0	95	50	6	19	22	1.70
62951999--62952065	31	2.2	31	86	0	89	50	10	16	22	1.75
62952819--62952853	18	1.9	18	88	11	54	48	2	0	48	1.16
62959304--62959348	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
62971446--62971530	39	2.1	42	91	6	140	51	14	11	22	1.74
62972860--62972905	22	2.0	24	83	8	60	60	2	4	32	1.28
62972899--62972934	19	1.9	18	88	5	54	52	0	8	38	1.32
62973584--62973629	19	2.4	19	82	7	58	58	0	6	34	1.24
62973599--62973656	19	3.1	18	75	18	55	60	1	1	36	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62978800--62978849	25	2.0	25	100	0	100	16	8	20	56	1.65
62980789--62980856	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
62981072--62981113	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
62981081--62981122	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
62988139--62988173	16	2.2	16	90	10	54	20	0	22	57	1.41
62989385--62989427	3	14.3	3	100	0	86	34	0	32	32	1.58
62990573--62990680	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
62990566--62990680	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
62995268--62995345	15	5.2	15	71	11	70	43	7	21	26	1.80
62995261--62995345	30	2.8	30	94	0	143	44	7	22	25	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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